Nyt on taas siirrytty makoisista maastohommista, joita en edes ehtinyt tehdä kovin kauaa, takaisin sisätiloihin. Artikkelin pariin. Muistatteko kun puhuin taannoin "keväällä häämöttävästä deadlinesta"? Se häämöttää nyt melkein kuukausi takanapäin, ja täällä sitä vieläkin istutaan ja kirjoitetaan, tehdään analyysejä uusiksi, taistellaan aineiston parissa, revitään hiuksia päästä. Tuntuu kuin tekisin graduani uudelleen, paljon tarkemmin, niin sanotusti oikeasti tällä kertaa.
Tällä viikolla olen hyvän osan työajastani hermoillut mikrosatelliittidatan toimimattomuuden kanssa, ja sen loppuajan sitten vaan pelkästään hermoillut aikaansaamattomuuden kanssa. Inhottavaa kun asiat junnaa paikallaan. En saanut millään tehtyä aivan perus populaatiogeneettisiä laskuja; joku aineistossa mätti ja sain ihan ihme tuloksia muutaman lokuksen suhteen. Mukamas heterotsygootteja oli aivan liian vähän (Ho eli havaittu heterotsygotia) siihen nähden mitä HardyWeinberg-tasapainon perusteella odotettiin (He eli odotettu heterotsygotia), vaikka aiempien analyysien perusteella tiedän, että näin ei missään tapauksessa ole. Lopulta päätin että virheen täytyy olla ohjelmassa, joka kääntää mikrosatelliittidatan perusteella tehdyn tiedoston sellaiseen muotoon, jota voi sitten käyttää useissa eri analyysiohjelmissa. Jos tämä tiedosto on virheellinen, se vaikuttaa tietenkin analyysiohjelmien antamiin tuloksiin. Olipa virhe missä tahansa, päädyin tekemään toimivan tiedoston käsin, ja sain vihdoin eilen iltapäivällä laskettua "normaalit" arvot. Nyt ollaan taas yhtä taulukkoa lähempänä artikkelin valmistumista.
Tällä hetkellä isoin artikkelia koskevista kysymyksistä on se, kuinka moneen populaatioon jaottelen aineistoni 184 yksilöä. Lapinsirrinäytteitä on kerätty kolmestatoista eri paikasta (Norjasta, Suomen Lapista ja Perämeren rannalta, monesta paikasta pitkin Jäämeren rantaa, keskeltä Siperiaa, sekä aivan Koillis-Siperiasta), ja tähän mennessä olen tehnyt analyysit kolmellatoista populaatiolla. Tämä ei kuitenkaan näyttäisi olevan juurikaan perusteltua, sillä geneettiset erot keräyspaikkojen välillä ovat hyvin pienet, minkä takia ainoastaan vähäistä populaatiorakennetta on nähtävissä. Tärkeintä olisi löytää lähinnä totuutta oleva populaatiorakenne koko levinneisyysalueelta, ja tehdä analyysit sen mukaan. Esimerkiksi jos vaikka aivan itäisimmän Siperian populaatiot olisivat oma ryhmänsä, ja vaikkapa Norjan linnut omansa eroten muista, silloin analyysit kannattaisi tehdä kolmella populaatiolla, joista yhteen kuuluisivat itäiset yksilöt, toiseen norjalaiset ja kolmanteen kaikki muut. Mutta miten sen voi tietää, mikä on oikein ja miten kannattaa tehdä?
Onneksi on tietokoneohjelmia, jotka auttavat minua löytämään kaikista "oikeimman" populaatiorakenteen kaikista parhaimmalla tilastollisella merkitsevyydellä. Mahdollisia yhdistelmiä on kuitenkin monia, joten asiaan pitää paneutua vähän vielä tarkemmin, vaikka olen jo alustavia testejä tehnyt. Mitään kovin selkeää ja merkitsevää populaatiorakennetta ei välttämättä edes löydy, vaikka miten päin yksilöitä yhdistelisi. Tylsää, jos kaikki ovat samaa porukkaa; minusta olisi kovin jännää jos jotain geneettisesti erilaista löytyisi. :)
Toinen ohjaajistani - se joka auttaa analyyseissä - jää juhannukselta lomille, joten tässä pitäisi nyt parissa viikossa saada tehtyä ongelmallisimmat analyysit kun on vielä apu lähellä, ettei sitten tarvitse istua sormi suussa koko heinäkuuta. Suosirrin poikaset kuoriutuvat parast´aikaa, joten on toisaalta vähän harmi etten pääse nyt maastoon niitä katsomaan ja rengastusta harjoittelemaan. Jospa sitä ensi viikolla yhden päivän voisi käyttää maastohommiinkin...?
Hyvää ja rentouttavaa viikonloppua kaikille!
Nelli
Ei kommentteja:
Lähetä kommentti