perjantai 24. syyskuuta 2010

Kirjoittamista, tieteellistä kirjoittamista.

Olen opiskellut tieteellistä kirjoittamista. Luen parhaillani kirjaa "The words between" joka on todella kuivakka mutta hyödyllinen. Kirjoittaminen kun on muutakin kuin tulosten latomista paperille; lauseiden pitää olla hyvää ja ymmärrettävää englantia, ei liian koukeroista ja hienoa, mutta kuitenkin tarpeeksi tieteellistä.

Jatko-opiskelijoille järjestetään nyt syksyllä pieni tieteellisen kirjoittamisen kurssi, jossa englantia äidinkielenään puhuva post-doc -vaiheen tutkija opastaa meitä kädestä pitäen mikä käsikirjoituksissamme on pielessä ja mitä pitää tehdä virheiden korjaamiseksi. Minusta se on hienoa. Kurssimateriaalina meillä on erinäisiä versioita "Guide to scientific writing" -kirjasista, joihin varmasti kannattaa paneutua. Saapahan siinä samalla muuta lukiessa etäisyyttä hetkeksi omaan tekstiin.

Kirjoitan siis edelleen ensimmäistä juttuani. Nyt olen edennyt pohdintaan, ja sitä kirjoittaessa muukin juttu pikku hiljaa muokkautuu, aina johdannosta saakka. Pitää muistaa olla johdonmukainen. Kaiken mikä löytyy tuloksista pitää myös olla menetelmissä selostettuna. Jo johdannossa pitää olla selkeästi esillä asiat, joita sitten tarkemmin miettii pohdinnassa. Luulin että olisin saanut jutun valmiiksi jo paljon aiemmin, mutta näyttääkin siltä että hyvä jos sen tämän vuoden puolella saa julkaistua. Mutta etenee se silti, ja tämä tarkoittaa sitä että jossain vaiheessahan sen on pakko valmistua. Pitää ajatella positiivisesti. :)

Toinen ohjaajistani kurkisti jokin aikaa sitten huoneeseeni ja totesi ohimennen että "me tehtiin sulle tutkimussuunnitelma". Kävin sen jo pikaisesti läpi ohjaajani kanssa, ja ensi viikolla puhutaan siitä vielä tarkemmin molempien kera. Sitten saankin alkaa kirjoittaa jatko-opintoihin kuuluvaa "introductory"-esseetä (n. 10 sivua omasta tutkimusaiheesta), ja kunhan tämä eka juttu valmistuu, pääsen labrahommiin. Ja tietenkin tutkimussuunnitelma pitää kirjoittaa, ja keväällä pitää tutkimussuunnitelmaseminaari. Yhden väikkärityön tarkoituksena on suunnitella lukuisia uusia markkereita suosirrille ja tutkia Itämeren suosirrin populaatiorakennetta paremmalla resoluutiolla. Toisen jutun aiheena on suosirrin "Population Viability Analysis" eli PVA, jossa nimensä mukaisesti tehdään populaatiolle elinkykyanalyysi. Se tulee olemaan mielenkiintoista ja taatusti erilaista kuin tähän mennessä tekemäni jutut.

Tämän kaiken lisäksi päällimmäisenä mielessä pyörii viikon päästä viikonloppuna oleva kansainvälisen kahlaajatutkimusryhmän konferenssi, jota varten lähden torstaina Lissaboniin. Kerronkin siitä reissusta sitten seuraavalla kerralla!

Anna puheli tuossa kesän alussa meidän viljelypalstaprojektista, ja ajattelin että nyt voisin, näin sadonkorjuun aikaan, päivittää tilanteen. Eli palsta tuotti hirveän määrän rikkaruohoa, mutta myös kurpitsoita, sipulia, papuja, nauriita, ja älyttömästi porkkanaa. Ensi vuonna ehdottomasti uudelleen.

Tänään lähden illalla Hailuotoon, siellä on huomenna jokavuotinen syyslinturalli, johon osallistumme kaverini kanssa ekojoukkueena (eli pyöräillen). Sunnuntaina sitten sienestetään.

Nähdään muutaman viikon päästä!

Nelli

torstai 16. syyskuuta 2010

Kaksi askelta eteenpäin - ja yksi taaksepäin

Heippa täältä Kainuusta!

Viime aikojen kuulumiset voisi tiivistää siihen, että saimme pannoitettua kaksi ahmaa, mutta toisen panta toimi vain muutaman päivän ajan. Eteneminen tuntuu siis taas olevan mallia "kaksi askelta eteen ja yksi taakse". Eipähän tutkija pääse liikaa ylpistymään onnistumisistaan :)

Ensimmäisen ahman ("Tahvo", 12 kg uros) saimme pannoitettua Pohjois-Karjalassa, jossa eräs äärimmäisen ystävällinen ja vieraanvarainen yrittäjä tarjosi piilokojunsa ja haaskapaikkansa meidän käyttöömme. On upeaa, että löytyy ihmisiä, jotka tekevät mielellään yhteistyötä tutkijoiden kanssa, koska omin voimin emme pysty kaikkea tekemään. Itselleni on ollut suunnattomasti apua useista paikallisista ihmisistä, jotka ovat mm. tarjonneet maitaan ahman pyydystyspaikoiksi, kertoneet vinkkejä ahmojen liikkeistä ja käyneet tarkistamassa loukkuja. Suuri kiitos heille kaikille!



Kuvassa yksi käyttämistämme loukuista. Syöttinä loukun sisällä on hirven pää ja jauhelihaa.

Pääsin siis viettämään muutaman ikimuistoisen kojuyön ahman pannoituksen merkeissä. Meillä oli siis loukku syötteineen viritettynä piilokojun edessä ja tehtävänä oli istua piilokojussa mahdollisimman hiljaa niin kauan, että ahma olisi loukussa. No, ensimmäisenä yönä ahmat vaan kiertelivät loukkua, mutta muutaman päivän päästä, kun tulimme uudestaan piilokojuihin, nuori urosahma rohkaistui menemään häkkiin ja niin Tahvo-ahma sai pantansa. Anestesia sujui hyvin ja ahma nousi melko pian herätysaineen antamisen jälkeen.



Ylläolevassa kuvassa Tahvo-ahma panta kaulassa.


Kojuyöt olivat unohtumattomia! Itselläni ei ole hyvää kameraa, joten tyydyin vaan katselemaan syksyisen luonnon iltanäytöstä. Sain mm. katsella tämänkesäisten ahmanpentujen painimista ja näin kuinka emo kantoi niille ruokaa haaskalta. Lisäksi ahmat olivat parhaillaan metrin etäisyydellä minusta. Taustalla suolammessa uiskenteleva ja huuteleva kuikka kruunasi illan taianomaisuuden. Aamulla usvaisen lammen rannalla varovasti liikkuva ahma oli myös kaunis näky.

Valitettavasti Tahvon panta ehti lähettää vain 17 paikannusta, ennenkuin se lakkasi toimimasta. Myös susi- ja ilvespuolella pannoissa on toisinaan jotain teknisiä ongelmia, jonka takia ne toimivat vain muutaman päivän. Tuo kyllä harmittaa suunnattomasti, kun ottaa huomioon, kuinka paljon rahaa, aikaa ja ihmisten työtä yhden ahman pannoittaminen vaatii. Nuo 17 paikannusta kävin maastossa läpi yhden päivän aikana ja niistäkin onneksi kertyi jonkin verran aineistoa (mm. 10 ulostetta, jippii!), joten aivan turhaan emme ole Tahvoa kiusanneet. Pääsin myös ensimmäistä kertaa kokeilemaan "ahmakoiraani" Johkaa tositoimissa, apuna maastossa. Koko aikaa nuori koira ei jaksanut keskittyä kunnolla, mutta kyllä siitä apua oli!

Onneksi Tahvon pannan mykistymisen aikoihin sain myös iloisia uutisia: miehet olivat pannoittaneet naarasahman ("Seita", 11 kg) Pohjois-Savossa. Tällä kertaa koira oli ajanut ahman puuhun ja nukutus oli ammuttu suoraan puussa olevaan ahmaan. Ahman kannalta tällainen järjestely on yleensä vähemmän stressaavaa kuin loukkupyynti. Koska tällaisissa tapauksissa ahma on nukutettava melko pian puuhun ajamisen jälkeen, en päässyt itse paikalle. Aivan lähipäivinä minun on tarkoitus lähteä Seita-ahman jäljille. Niistä maastopäivistä voi tulla melko rankkoja, koska aion käydä Pohjois-Savossa täältä Kainuusta käsin. Joudun siis ajamaan ensin pari tuntia, sitten käymään läpi tehokkaasti paikannuksia koko valoisan ajan, ja illalla taas ajamaan pari tuntia Kainuuseen.

Ensi kerralla siis raportoin luultavasti maastotöiden etenemisestä. Siihen asti, heippa! Nauttikaa kauniista ruskasta!


Anni

perjantai 10. syyskuuta 2010

Reissu-uutisia täältäkin päin

Onnea Nellille konferenssiin pääsyn johdosta!

Itselläni on vähän saman tyylisiä hyviä uutisia. Minut hyväksyttiin Lundin Yliopiston kansainväliselle aistiekologiakurssille! Kurssi pidetään Lundissa, Etelä-Ruotsissa, ja se kestää lokakuun kaksi ensimmäistä viikkoa. Kurssilla kustakin eläinten aistityypistä on puhumassa oman alansa huippunimiä ympäri maailmaa. Osallistujat tulevat myös eri maista ja ovat kaikki aistitutkimuksen parissa puurtavia väitöskirjatyöntekijöitä. Kurssi järjestetään joka toinen syksy, ja edelliskerran kävijän kertoman perusteella se on paras kurssi, jolle hän on osallistunut (eikä kyseessä edes ollut biologi!). Luentojen lisäksi kurssilla tutustutaan Lundin aistiekologiseen tutkimukseen laboratoriovierailujen merkeissä. Kukin opiskelija myös esittelee omaa tutkimustaan posterilla eli ”tiedejulisteella”. Kurssiin kuuluu myös vierailu Falsterbon rengastusasemalle, mikä kuuluu olevan hyvinkin käymisen arvoinen paikka.

Tällaiset kurssimatkat ovat ymmärrettävästi aika kalliita reissuja. Siksipä heti saatuani vahvistuksen kurssille pääsystäni aloin väsäämään matka-apurahahakemusta tutkijakoululleni. Apurahahakemukset ovat usein isotöisiä ja aikaa vaativia väsättäviä, ja niihin tulee liittää yhtä ja toista dokumenttia, joilla kukkaronnyörejä pitelevät tahot vakuutetaan matkan tarpeellisuudesta. Hyväkin hakemus todennäköisesti hylätään, enkä siksi ollut kovin positiivisella fiiliksellä kirjoitustyöni kimpussa. Lähetin hakemuksen sähköisesti ja odotin kuulevani siitä jotain aikaisintaan muutaman päivän päästä. Sen sijaan vastaus tuli jo samana päivänä, ja siinä ilmoitettiin tutkijakoulun maksavan mielellään tämänkaltaisen reissun matka- ja majoituskulut!

Toisinaan asiat sujuvat yllättävänkin helposti. Nyt kun minun ei tarvitse enää murehtia matkakuluista, voin keskittyä tekemään kokeita oikein olan takaa, jotta saan tarpeeksi materiaalia posterini väsäämistä varten. Niin, ja ne kokeetkin ovat sujuneet viime aikoina oikein mukavasti.

Ruskaterkuin,

maanantai 6. syyskuuta 2010

Väliaikatiedote

Aamulla tuli sähköpostia; pääsen Lissabonin konferenssiin mukaan!

Hienua!

Nelli

perjantai 3. syyskuuta 2010

Epäonnistumisia

Hyvää perjantaita! Niin kuin viimeksi luvattiin, tällä kertaa kirjoitusvuoron saa veiraileva tähti, Oulun yliopiston biologian laitoksen kasvigeneetikko Ulla. Ole hyvä!



Fuksina tiesin jotain: minusta ei tule geneetikkoa, opettajaa eikä tohtoria. Olin pahemman kerran väärässä: nyt teen väitöskirjaa genetiikasta ja opiskelen opettajaksi. Nyt tiedän, että en tiedä juuri mitään. Haluni tietää enemmän saikin minut jatkamaan tutkimuksen parissa.

Tutkimusprojektissani tutkin geenejä, jotka aikaansaavat eroja erilaisissa olosuhteissa kasvavien kasvipopulaatioiden kukkimisajankohdassa
ja muissa kukkimiseen liittyvissä ominaisuuksissa. Kukkimisen oikea ajoittaminen on kasvien kannalta erittäin tärkeää: lisääntyäkseen keskenään saman lajin kasvien tulee kukkia samoihin aikoihin ja lisääntymisrakenteiden tulee olla tarpeeksi samanlaiset. Kukkimisajankohdan lisäksi ryhmässämme on tutkittu myös muita kukkimiseen liittyviä ominaisuuksia, kuten kukkimisen kestoa, kukan kokoa, kukkavanan pituutta, kukkien lukumäärää ja pitkän, kylmän jakson vaikutusta kukkimiseen (eli luonnossa talven). Tietynlainen ominaisuus, esimerkiksi pitkä kukkavana, voi olla etu kasville tietyissä olosuhteissa vaikkapa muusta kasvillisuudesta erottumisen vuoksi. Evolutiivisesti on mielenkiintoista, miten erilaisissa olosuhteissa kasvavat populaatiot sopeutuvat ympäristöönsä ja missä geeneissä tämä sopeutuminen näkyy.

Äh. Kyllähän evoluutio, geenit, sopeutuminen ja ennen kaikkea kukat ovat tärkeitä ja mielenkiintoisia asioita. Siitä huolimatta päätin juuri, että niistä paasaamisen sijaan käytän tämän tilaisuuden ihan muuhun. Päätin kertoa muutaman tarinan tutkijan epäonnistumisista. Eli siitä, miten pienistä asioista tutkijan onnistuminen työssään on kiinni.

Ensinnäkin – ehdoton tähtihetki tutkijanuraltani: Tutkimusryhmässämme tutkitaan idänpitkäpalko- eli Arabidopsis lyrata –nimisen kasvin erilaisista olosuhteista peräisin olevia populaatioita. Osa tutkimuspopulaatioista on peräisin esimerkiksi Norjan karusta vuoristomaisemasta, osa Pohjois-Amerikan vehreästä m
etsästä ja osa kivikkoisesta Saksasta. Enimmäkseen tutkimuksemme tehdään kasvatushuoneissa kontrolloiduissa olosuhteissa, mutta on meillä kenttäkokeitakin Norjan vuorilla Galdhøbiggenin lähettyvillä, noin 1000 m korkeudessa. Eräänä kesänä sinne oli istutettu uusi koe: tuhansia pienenpieniä kasvinalkuja, joiden toivottiin selviävän viheliään kylmästä talvesta ja toimivan seuraavana kesänä kuten kunnon kasvien kuuluukin. Jotta kasvien talvesta selviäminen saadaan selville, on toki järkevää selvittää, mikä osuus kasveista on hengissä ennen talvea. Ilokseni minä sain tämän mielenkiintoisen tutkimustehtävän (lue: nakin) ruotsalaisen Davidin kanssa. Syyskuun puolivälissä me ajelimme Norjan hyytävään syksyyn. Aamuvarhaisella majapaikassa herätessämme suunnitelma oli selvä: puetaan päälle kaikki mukana olevat vaatteet, ajetaan kasvien luokse, skoorataan nopeasti kasvit läpi (”dead”, ”alive”, ”alive”, ”dead” jne.) ja ajetaan takaisin majapaikkaan. Kaksi ensimmäistä osaa suunnitelmasta sujui mallikkaasti, mutta kasvien luokse saavuttuamme teimme muutamia kolmannen osan suorittamista vaikeuttavia havaintoja: 1) Aita, joka oli pystytetty kasvien ympärille pitämään lehmät loitolla, ei ollut enää pystyssä. 2) Syy edelliseen oli se, että lehmät olivat rymistelleet aidan kumoon. 3) Läjien määrästä, tallatuista ja multapaakuissaan ympäriinsä lennelleistä kasveista sekä pureskelluista tägeistä eli kasvien nimilapuista päätellen olivat lehmät löytäneet alueen parhaan ajanviettopaikan istutustemme päältä. Koska tähän kokeeseen oli käytetty suunnattomasti aikaa ja rahaa, tehtävämme oli tietysti pelastaa se, mikä pelastettavissa oli. Niinpä iltamyöhälle asti etsimme sateisessa pikkupakkasessa lantakasojen seasta sellaisia kasveja, jotka olivat hengissä, joissa nimilappu oli vielä paikallaan ja joiden alkuperäinen sijainti oli jotenkin selvitettävissä. Arvannette varmaan, että vaikka tutkijanalut kaikkensa yrittivätkin, eihän siitä enää mitään tullut. Koe istutettiin seuraavana vuonna uudestaan. Ja rakennettiin jykevämpi aita.

Maastohommissa Norjassa - tällä kertaa ilman lehmänläjiä.












Sitten ihkaomiin kokeisiini: Ensimmäisen ke
rran suunnittelin ja toteutin päivänpituuskokeeksi nimeämäni kasvatuskokeen pari vuotta sitten. Tarkoitukseni oli tutkia, mikä on oikean päivänpituuden merkitys kasvien kukkimisenaloituspäätökselle. Kasvien luonnollinen päivänpituushan vaihtelee sen mukaan, kuinka pohjoisesta tai etelästä kasvi on kotoisin. Koska päivänpituus on aina sama tiettynä vuodenaikana tietyllä latitudilla eli leveysasteella, on erittäin todennäköistä, että kasvit osoittavat merkkejä sopeutumisesta oman elinympäristönsä päivänpituuteen. Halusin siis selvittää, reagoivatko eri leveysasteilta peräisin olevat idänpitkäpalkopopulaatiot eri tavalla erimittaisiin päiviin. Halusin myös tutkia vuorokausirytmiikkaan ja kukkimiseen liittyvien geenien ekspressiota eli keräsin kasveista näytteitä tietyin väliajoin. Itse tunnen tämän kokeen kahdella eri nimellä: ”ensimmäinen päivänpituuskoe” ja ”ensimmäinen epäonnistuminen”. Kasveja oli kasvatettu ja seurattu noin puoli vuotta ja näytteitä kerätty tuhansia, kunnes paljastui erittäin harmillinen takaisku: erään kasvatushuoneen valot olivat menneet rikki ja sen sijaan, että kasveilla olisi ollut 8 tuntia valoa vuorokaudessa, olivatkin ne jatkuvassa valossa. Eipä siinä muu auttanut kuin heitellä kasvit kompostiin, näytteet roskiin, pyyhkiä kyyneleitä ja suunnitella uutta koetta. Seuraava koe kulkee nimillä ”toinen päivänpituuskoe” ja ”toinen epäonnistuminen”. Tiivistettynä: nyt valot hajosivat eri huoneesta ja jo toisen kuukauden aikana. Taas sama rumba: itku kurkussa kasvit kompostiin, näytteet roskiin ja uusi koe suunnittelun alle. Seuraava yritys tunnetaan edelleenkin vain yhdellä nimellä: ”kolmas päivänpituuskoe”. Valot toimivat mallikkaasti kokeen loppuun saakka, näytteet ovat vielä pakastimessa enkä vieläkään ole itkenyt tämän kokeen vuoksi. Näytteiden analysointi on vielä edessä ja toiveet korkealla: hyvä tästä vielä tulee!

Istuttamassa ensimmäistä, toista tai kolmatta päivänpituuskoetta. Pienet siementaimet siirretään pinseteillä varovasti purkkeihinsa yksitellen.















Viimeisimmästä päivänpituuskokeesta jäi viime syksynä noin sata kasvia, jotka kokivat keinotalven kylmähuoneessa. Kesän kynnyksellä istutin ne ulos. Tällä kertaa tarkoitukseni oli seurata niiden kukkimista kesän ajan ja syksyllä tarkastella, ymmärtävätkö eri leveysasteilta peräisin olevat kasvit valmistautua talveen oikeaan aikaan. Jos eivät osaisi, tämä kertoisi sopeutumisesta oman ympäristönsä syksyyn. Myös nyt halusin tutkia tiettyjen geenien ekspressiota. Päätin istuttaa kasvit toukokuun puolivälissä, jotta ne ehtisivät totutella lämpenevään ulkoilmaan. Pieleen meni! Muistatteko, millaiset helteet Oulussa oli tämän vuoden toukokuussa? Itse muistan tämän historiallisen toukokuun kuumuuden lisäksi myös siitä, että kasvini kuolivat. Enpä olisi uskonut, että Oulussa saa kasvit kuolemaan toukokuussa liian kuumuuden ja valon vuoksi. No, taaskaan ei auttanut lannistua: uudet kasvit kasvamaan. Tällä kertaa istutin ne ulos elokuussa ja toistaiseksi kaikki näyttää oikein hyvältä.

Ensimmäisen, toisen tai kolmannen päivänpituuskokeen kasveja.










Iso osa tutkimuksestani on geenien ekspressiotason määrittämistä. Niiden geenien, joita tutkin, tiedetään aikaisempien tutkimusten perusteella vaikuttavan eri populaatioiden välisiin eroihin monissa eri ominaisuuksissa, esimerkiksi kukkimisajankohdassa. Minun hom
mani on siis tutkia, ekspressoituvatko nämä geenit eri tavalla eri populaatioissa. Tätä varten olen tutkimuksissani kerännyt tuhansia näytteitä, joista osa on analysoitu ja osa odottaa edelleenkin analysoimista. Näytteeksi kerään kasveista lehtiä, joista RNA eristetään. RNA-eristyksen jälkeen tutkin erilaisilla menetelmillä, kuinka paljon tutkittavan geenin RNA:ta näytteessä on eli kuinka voimakkaasti tiettyä geeniä ekspressoitiin kasvissa näytteidenkeräyshetkellä. RNA on erittäin helposti hajoavaa, joten lehtinäytteet tulee jäädyttää keräämisen jälkeen välittömästi ja säilyttää -80 asteen pakastimessa. Valitettavasti epäonnisuuteni on jatkunut myös pakastimien kanssa: useamman kerran joku näytteitäni pullollaan olevista pakastimista on hajonnut. Eräänkin kerran töihin tullessani huomasin, että yhdessä ”-80 asteen” pakastimessa oli +30 astetta lämmintä. Ja taas: näytteet roskiin ja kyyneliä kuivaamaan. No, onnekseni näytteitä on niin paljon, etteivät ne mahdu kaikki samaan pakastimeen. Osa niistä on siis vielä priimakunnossa.

Ja nyt – hämmästellään kaikki yhdessä: Mikä ihme saa minut jatkamaan epäonnisella tutkijantielläni? Miten on mahdollista, että haluan edelleenkin tietää lisää? Kaikesta huolimatta suurin syy on tässä: onnistumisen kokemukset. Voitte varmaankin kuvitella, miten hyvältä ”kolmannen päivänpituuskokeen” loppumetreillä tuntui. Sitä onnistumisen aikaansaamaa tunnetta, joka tutkijanalulla on hänen yritettyään niin kovasti kuin vain voi yrittää, ei voi ymmärtää kuin toinen työssään onnistunut tutkijanalku. Kannatti epäonnistua. Kokeilkaapa!

(Epä)onnistumisterveisin,
vieraileva tähtönen Ulla