keskiviikko 22. helmikuuta 2012

Se aika vuodesta

Hei!

Varma kevään merkki on laitoksemme Talviekologian ja -fysiologian kurssi, jolle olen taas menossa opettamaan. Tänään pidän luentoni Oulussa ja sunnuntaina suunnataan kohti Oulangan biologista tutkimusasemaa. Odotan innolla kurssia -se kun tuntuu monesti vähän "hiihtolomalta" ollessaan mukavaa vaihtelua kirjoitushommiin. Toivottavasti säät suosivat ja vaihtariopiskelijammekin saavat mukavia kokemuksia Suomen talvesta ja hiihtämisestä. Tämän postauksen kuvat ovat vuodelta 2006, kun olin itse opiskelijana talvikenttiksellä. Kuvista taitaa löytyä kaikki tämän blogin kirjoittajat :)

Avannon tekoa Oulankajoen jäällä.

Kun ensimmäistä kertaa tulin opettamaan kurssille ja valmistelin luentoslideja, uskoin vakaasti mielessäni tekeväni kerralla hyvät opetusdiat, jotka täytyisi sitten vaan seuraavana vuonna kaivaa taas esiin. Toisin kävi. Joka vuonna olen tehnyt vähän erilaisen esityksen ja muutellut opetusmetodeja. Joskus kyse on siitä, että ajallisesti joku asia on järkevämpää hoitaa toisella tavalla. Toisinaan taas olen hoksannut, kuinka jonkun asian voi esittää yksinkertaisemminkin. Toisaalta myös oma tietämys aiheesta kehittyy ja pitäähän sitä muutenkin yrittää pysyä ajan hermoilla.

Nousu Riisitunturille.

Riisitunturin rinteessä.

Tärkeänä olen pitänyt sitä, että en halua luentojeni olevan opiskelijoiden kannalta pelkkää istumista ja kuuntelemista. Oma aiheeni ei onneksi ole ihan tylsimmästä päästä (kai?), joten siinäkin mielessä opiskelijoiden mielenkiintoa aihetta kohtaa on helppo ylläpitää. Tällä kertaa valmistelin esityksen, josta löytyy aukkokohtia, jotka opiskelijoiden täytyy täydentää, ja lisäksi luvassa on pieni piirtämistehtävä eläinten jälkien tunnistukseen liittyen :) Opiskelijat myös saavat pienryhmissä "kuivaharjoitella" lumimittausvälineiden käyttöä, jotta fysikaalisten ominaisuuksien mittaus sujuu Oulangalla kuin vanhoilta tekijöiltä. Välillä kyllä toivon, että olisin käynyt pedagogiset opinnot, niin saattaisi löytyä enemmänkin keinoa elävöittää luentoja.

Perinteinen talvikenttiksen pulkkakisa.

Omasta tutkimuksesta ei ole oikeastaan mitään uutta sanottavaa. Ekaan ja tokaan kässäriini olen saanut jo jonkin verran kommentteja, ja korjauksiakin olen tehnyt melko paljon. Onneksi korjausehdotukset ovat olleet hyviä, eli niissä on esitetty konkreettisia korjausehdotuksia eikä ole vaan todettu, kuinka "tämä kappale on huono". Olen myös ollut ohjaajieni kanssa samaa mieltä kaikista korjausehdotuksista, joten kinaamaan ei ole tarvinnut alkaa :) Kolmannesta kässäristä puuttuu vielä se mielestäni kaikkein vaikein, eli pohdinta.

Yleinen näky Oulangan jyrkissä rinteissä: kaatunut opiskelija.

Aurinko paistaa ja lämmittääkin jo mukavasti. Itselläni on ollut siinä mielessä vähän erilainen talvi, kun en ole kirjoitushommista johtuen päässyt metsäsuksille kuin yhden kerran. Toki silloinkin löydettiin ahman jäljet :)

Anni


sunnuntai 19. helmikuuta 2012

Nyt ei oikein irtoa

Anteeksi, unohdin, että on jo minun vuoroni kirjoittaa!

Viimeiset kaksi viikkoa ovat olleet ihan hulluja. Olen tehnyt lisää käyttäytymiskokeita ja jatkanut intrasellulaarimittauksia. Nyt niistä jopa on tullut dataa! Mittauspäivät ovat venyneet yöhön, ja olen ollut koko viikon ihan sekaisin, ajasta ja kaikesta muustakin. Mutta pääasia on, että dataa tulee. Toivotaan, että se olisi tarpeeksi laadukasta, ja että tämän rupeaman jälkeen voisin alkaa lopultakin työstää ensimmäistä artikkeliani.

Leppoisaa sunnuntaipäivää teille lukijoille!

lauantai 11. helmikuuta 2012

Vanhemmuudesta ja syrjähypyistä

Ei, en ole hankkinut viime aikoina lapsia, enkä käynyt vieraissa. Mutta suosirritpä käyvät, ja se näkyy niiden jälkeläisissä - geneettisesti.

(Ja anteeksi kun en eilen kirjoittanut. Koko päivä oli yhtä juoksua. Sain nimittäin valmiiksi viikon aikana kirjoittamani APURAHAHAKEMUKSEN Suomen Kulttuurirahaston Pohjois-Pohjanmaan maakuntarahastolle! Toukokuussa selviää, saanko ensi vuodeksi rahoituksen.)

Sain isyysanalyysit tehtyä ongelmitta pari viikkoa sitten. Nyt tarkastan tuloksia, eli käytännössä käyn läpi kaikki ne mikrosatelliittiajot, joista löytyi eroavaisuuksia poikasten ja vanhempien välillä. Alla
näkyy esimerkkinä kahden yksilön mikrosatelliittiajot lokuksen Ruff6 osalta (Ruff on englanniksi suokukko, jolle mikrosatelliittilokus alunperin on suunniteltu). Yksilöt eivät ole sukua keskenään.

Y-akselilla näkyy alleelipiikin "voimakkuus", eli kuinka hyvin se on monistunut PCR-laitteessa - mitä korkeampi piikki, sitä enemmän siitä on kopioita. (Joskus alleelipiikit ovat hyvin selkeitä [näkyvillä on vain yksi ainoa piikki], mutta joskus niitä on hyvin vaikea lukea. Tässä tapauksessa lukeminen on vielä suhteellisen helppoa, vaikka yksi alleeli onkin monihuipukas.) X-akselilla on alleelin koko emäspareina (esimerkiksi vasemmanpuoleinen yksilö on heterotsygootti alleelein, jotka ovat 130 ja 142 emäsparia pitkiä).
Koon päättäminen voi olla vaikeaa kun alleeleissa on niin monta erikokoista piikkiä. Silloin täytyy vain pysyä johdonmukaisena ja merkitä alleelin koko aina saman piikin perusteella, kuten alla olevassa tapauksessa leveimmän kohdan mukaan.













Tästä löysin virheen: vasemmalla olevassa kuvassa oleva yksilö on siis heterotsygootti. Oikeanpuolesessa kuvassa yksilö on myös merkitty heterotsygoottiseksi, alleelein 130 ja 134. Kuitenkin tarkasteltaessa alleelipiikkien muotoa, huomasin että oikeanpuoleinen yksilö on oikeasti homotsygootti 134-alleelin suhteen. Oikeassa kuvassa 130-alleeliksi merkitty piikki näkyy hyvin vasemmanpuoleisen yksilön molemmissa alleeleissa. Piikki on siis osa alleelia, ei omansa. Virheen löysin, kun isyysanalyysi ehdotti oikeanpuoleista poikasta EPF-poikaseksi (extra-pair fertilization). Sen molemmat vanhemmat olivat homotsygootteja alleelin 134 suhteen, joten poikanen ei olisi voinut saada alleelia 130 mistään muualta kuin parin ulkopuoliselta yksilöltä. Tapaus ratkesi, ja poikanen oli kuin olikin vanhempiensa summa.

Monissa tapauksissa alleelit kuitenkin näyttävät olevan oikein luettuja, ja vaikka vain yhdessä lokuksessa olisi ero poikasen ja isän välillä, ne tulkitaan EPF-poikasiksi. Vastaan on tullut muutama tapaus, joissa poikanen eroaa lähes kaikissa lokuksissa isästään. Olisivatpa kaikki näin selkeitä! Vielä en osaa sanoa kuinka paljon EPF-poikasia suosirreillä keskimäärin on, sillä aineiston tarkastaminen on vielä kesken.

Tässäpä pieni käytännön katsaus työhöni. Paperihommia, paljolti.

Hyvää viikonloppua,

Nelli


lauantai 4. helmikuuta 2012

Piip!

Blogi on tauolla tämän viikon!

Palaamme asiaan ensi perjantaina.