(Ja anteeksi kun en eilen kirjoittanut. Koko päivä oli yhtä juoksua. Sain nimittäin valmiiksi viikon aikana kirjoittamani APURAHAHAKEMUKSEN Suomen Kulttuurirahaston Pohjois-Pohjanmaan maakuntarahastolle! Toukokuussa selviää, saanko ensi vuodeksi rahoituksen.)
Sain isyysanalyysit tehtyä ongelmitta pari viikkoa sitten. Nyt tarkastan tuloksia, eli käytännössä käyn läpi kaikki ne mikrosatelliittiajot, joista löytyi eroavaisuuksia poikasten ja vanhempien välillä. Alla näkyy esimerkkinä kahden yksilön mikrosatelliittiajot lokuksen Ruff6 osalta (Ruff on englanniksi suokukko, jolle mikrosatelliittilokus alunperin on suunniteltu). Yksilöt eivät ole sukua keskenään.
Y-akselilla näkyy alleelipiikin "voimakkuus", eli kuinka hyvin se on monistunut PCR-laitteessa - mitä korkeampi piikki, sitä enemmän siitä on kopioita. (Joskus alleelipiikit ovat hyvin selkeitä [näkyvillä on vain yksi ainoa piikki], mutta joskus niitä on hyvin vaikea lukea. Tässä tapauksessa lukeminen on vielä suhteellisen helppoa, vaikka yksi alleeli onkin monihuipukas.) X-akselilla on alleelin koko emäspareina (esimerkiksi vasemmanpuoleinen yksilö on heterotsygootti alleelein, jotka ovat 130 ja 142 emäsparia pitkiä). Koon päättäminen voi olla vaikeaa kun alleeleissa on niin monta erikokoista piikkiä. Silloin täytyy vain pysyä johdonmukaisena ja merkitä alleelin koko aina saman piikin perusteella, kuten alla olevassa tapauksessa leveimmän kohdan mukaan.
Tästä löysin virheen: vasemmalla olevassa kuvassa oleva yksilö on siis heterotsygootti. Oikeanpuolesessa kuvassa yksilö on myös merkitty heterotsygoottiseksi, alleelein 130 ja 134. Kuitenkin tarkasteltaessa alleelipiikkien muotoa, huomasin että oikeanpuoleinen yksilö on oikeasti homotsygootti 134-alleelin suhteen. Oikeassa kuvassa 130-alleeliksi merkitty piikki näkyy hyvin vasemmanpuoleisen yksilön molemmissa alleeleissa. Piikki on siis osa alleelia, ei omansa. Virheen löysin, kun isyysanalyysi ehdotti oikeanpuoleista poikasta EPF-poikaseksi (extra-pair fertilization). Sen molemmat vanhemmat olivat homotsygootteja alleelin 134 suhteen, joten poikanen ei olisi voinut saada alleelia 130 mistään muualta kuin parin ulkopuoliselta yksilöltä. Tapaus ratkesi, ja poikanen oli kuin olikin vanhempiensa summa.
Monissa tapauksissa alleelit kuitenkin näyttävät olevan oikein luettuja, ja vaikka vain yhdessä lokuksessa olisi ero poikasen ja isän välillä, ne tulkitaan EPF-poikasiksi. Vastaan on tullut muutama tapaus, joissa poikanen eroaa lähes kaikissa lokuksissa isästään. Olisivatpa kaikki näin selkeitä! Vielä en osaa sanoa kuinka paljon EPF-poikasia suosirreillä keskimäärin on, sillä aineiston tarkastaminen on vielä kesken.
Tässäpä pieni käytännön katsaus työhöni. Paperihommia, paljolti.
Hyvää viikonloppua,
Nelli
Ei kommentteja:
Lähetä kommentti