sunnuntai 18. maaliskuuta 2012

Uskottavaa tiedettä?

Olin perjantain pois töistä, joten tämän viikon merkitä tulee vasta nyt. Pahoitteluni. Tällä kertaa kirjoitan tieteen totuudenmukaisuudesta. Pyrin kirjoittamaan tämän tekstin viittaamatta suoraan kyseiseen aiheeseen tai tekijään, mutta katsotaan miten se onnistuu. Kyseessä on tapaus, joka tahraa Oulun yliopiston mainetta tiedeyliopistona.

Pari viikkoa sitten yliopistolla nousi melkoinen kohu eräästä tekniikan alan väitösilmoituksesta. Aihe oli melkoisen raflaava, suorastaan epätieteellinen, ja kiinnitti siten huomiota. Väitöskirja oli luettavissa PDF-muodossa yliopiston sivuilla jo ennen väitöstilaisuutta. Useat tahot huomasivat suuria tieteellisiä puutteita väitöskirjassa ja sen osajulkaisuissa, ja valmistelivat kommentteja esitettäväksi väitöstilaisuudessa. Meidän tutkimusryhmässämme väitösilmoitus herätti niin suurta närkästystä, että päätimme porukalla mennä seuraamaan väitöstä.

"Väittely" tapahtui englannin kielellä, sillä vastaväittäjä oli ulkomailta. Ilmeisesti väittelijän englannintaito ei ollut aivan väitöksen vaatimalla tasolla, sillä hänellä oli vaikeuksia vastata vastaväittäjän kysymyksiin. Väitöstilaisuus oli alusta loppuun muiltakin osin eriskummallinen. Väittelijä piti auksi yleisölle suomenkielisen lektion, jossa hän kävi läpi väitöstutkimuksen pääkohdat. Lektion jälkeen vastaväittäjä piti oman alustuksensa, jossa hän keskittyi kehumaan väittelijää rohkeudesta ottaa tällainen vaikea aihe väitöstyökseen. Väitöstilaisuuden tähän osaan ei yleensä kuulu väittelijän vuolas ylistäminen, sillä varsinainen väittely ei ole vielä edes alkanut!

Väittelyn aikana kävi usein niin, että vastaväittäjä esitti kysymyksen, johon väittelijä mutisi epäselvällä ja hiljaisella äänellä jotain, usein asian vierestä. Tähän vastaväittäjä reagoi yleensä kysymällä: "tarkoititko vastauksellasi tätä...", ja piti parin minuutin luennon kysymyksen aiheesta, osoittaen sanansa usein enemmänkin yleisölle kuin väittelijälle. "Luennon" pääätteeksi väittelijä sanoi tarkoittaneensa juuri sitä. Käytännössä vastaväittäjä siis vastasi itse esittämiinsä kysymyksiin. Ennenkuulumatonta!

Väitös eteni hyvävelihengessä loppuun asti. Lopuksi vastaväittäjä vielä kehui väittelijää ja luki lausuntoehdotuksensa, jossa puoltaa väitöksen hyväksymistä.

Tässä vaiheessa väitöstilaisuutta kustos (väitöksen "erotuomariksi" määrätty professori) kysyy yleisöltä, onko kenelläkään mitään kommentoitavaa. Yhdessäkään väitöksessä, jossa minä tai tuttuni ovat olleet, kukaan ei ole koskaan kommentoinut mitään. Tällä kertaa kuitenkin oma professorini pyysi heti puheenvuoroa. Hän oli etukäteen tehnyt kaksi A4-arkillista muistiinpanoja väitöskirjan ja osajulkaisujen tieteellisistä puutteista ja virheistä, ja hän luki ja komentoi ne kaikki. Hän esitti tiukkoja kysymyksiä, joihin väittelijä ei osannut tai kyennyt vastaamaan. Professorini ilmoitti tekevänsä väitöksestä kirjallisen lausunnon, jossa hän vastustaa väitöksen hyväksymistä. Tämän jälkeen vielä neljä muuta henkilöä pyysi puheenvuoroa. Kaikilla oli kysymyksiä ja kommentteja väitöstyön tieteellisestä laadusta. Väittelijä ei pystynyt kysymyksiin vastaamaan, joten kustos kehotti parin kysyjän jälkeen esittämään kysymykset suomeksi. Tämä ei paljoa auttanut, sillä järkeviä vastauksia ei väittelijästä suomeksikaan herunut. Kaikki kommentoijat aikoivat esittää väitöstä hylättäväksi.

Jossain vaiheessa myös vastaväittäjä pyysi puheenvuoroa. Hän alkoi kiivaasti esittää vastakommentteja englanniksi esitettyihin kommentteihin ja kysymyksiin. Hän suorastaan haastoi oman professorini, joka sanavalmiina ja tiukkana tiedemiehenä pystyi helposti vastaamaan vastaväittäjän argumentteihin. Puoli kolmen maissa kustos keskeytti keskustelun. Kustos ei saisi keskeyttää väitöksen aiheessa pysyvää keskustelua ennen salivarauksen päättymistä (klo 16), mutta kustos ilmeisesti halusi suojella väittelijää kritiikiltä. Professorini ilmoitti lopuksi, että hän aikoo kirjata lausuntoonsa myös sen, että vastaväittäjä puolusti väittelijää, ja että kustos keskeytti väitöksen aiheesta käydyn keskustelun ennen aikojaan.

Henkilökohtaisella tasolla minun kävi väittelijää ja hänen perhettään sääliksi. Kaikille oli varmasti sanottu, että väitöstilaisuus on vain jäykkää teatteria, joka kulkee tietyn kaavan mukaan kohti onnellista loppua. Väittelijä ja katsomon keskellä istunut perhe olivat kommenttiryöpytyksen alettua silminnähden kauhuissaan. Miten ihmeessä tuollainen huuhaatutkimus on voinut päästä väitösvaiheeseen asti, kun julkinen teilaus oli takuulla ennakoitavissa?

Professorini kertoi, että kustos ja vastaväittäjä kuuluvat vanhaan "kaveriporukkaan", joka on tehtaillut arveluttavia tutkimuksia ennenkin. Ainakin yksi tämän porukan junailema heppoinen väitös on Oulun yliopistossa aikanaan hyväksytty, koska se pääsi väitösvaiheeseen asti, eikä kukaan "tolkun ihminen" vaivautunut väitöstilaisuuteen sitä vastustamaan. Professorini sanoi, ettei olisi halunnut osallistua väitöstilaisuuteen, mutta koska se oli ainoa jäljellä oleva mahdollisuus saada väitös kaatumaan, hänen oli ihan pakko osallistua ja kommentoida. Lisäksi hän sanoi, että väitöskirjan osajulkaisuista pari oli julkaistu lehdissä, joiden toimittajakunnassa työn ohjaajat itse vaikuttavat. Osa "julkaisuista" oli konferenssijulkaisuja, eli ne eivät ole edes näennäisesti käyneet läpi vertaisarviointia. Väitöskirjan esitarkistus oli ilmeisesti myös onnistuttu junailemaan kaveriporukan kesken. Käytännössä siis väitöskirjatyön kokoinen läjä paskaa on onnistunut kulkemaan usean seulan ohi jäämättä mihinkään kiinni!

Minulla on riittänyt pohdittavaa tämän tapauksen tiimoilta. Näyttää siltä, että mikäli motivaatiota on, tiedeyhteisöä ja yliopistoja pystyy jallittamaan yllättävän pitkälle. Tarvitaan tiedeyhteisön omaa tarkkaavaisuutta ja uskallusta kritiikkiin, jotta epätieteellisyys ja suoranainen taikausko eivät pääse rehottamaan yllättävissä paikoissa. Oma itsekritiikki on välttämätöntä. Jos en pysty perustelemaan asioita itselleni tai en uskalla kysyä niihin ulkopuolisen mielipidettä, teorioitani ei kannattane viedä julkiseen tarkasteluun.

Lopullinen päätös tämän väitöksen hyväksymisestä/hylkäämisestä tehdään kuulemma tämän kuun lopulla. Mikäli päätös ilmoitetaan yleisesti, kerron siitä seuraavalla kerralla.

Tässä kaikki tällä kertaa. Seuraava teksti onkin sadas blogimerkintämme! Pitäisikö sen kunniaksi pitää blogitapaaminen kahvittelun merkeissä ensi perjantaina?

perjantai 9. maaliskuuta 2012

Lisää mikrosatelliitteja

Heippa kaikille!

Tuntuu etten ole kuukaudessa edennyt mihinkään. Siispä jatkan aivan samasta aiheesta kuin viimeksikin - suosirrin mikrosatelliittiaineiston käsittelystä. Takana on kiireisin kuukausi pitkään aikaan, ja töitä on tullut tehtyä reippaalla tahdilla, mutta hommaa on niin paljon että tässä menee varmasti vielä aikaa.

Löysin aineistosta kaikenlaisia virheitä, ja olen nyt käynyt läpi kaikkien noin 600 yksilön yhdentoista mikrosatelliittilokuksen alleeleita, lokus kerrallaan. Kun saan tämän valmiiksi, voin hyvillä mielin todeta että pohjatyö on nyt tehty kunnolla ja aineistoon voi luottaa (vaikka toki sinne varmasti joitain virheitä aina jää). Alussa tuntui että edessä on aivan loppumaton urakka, mutta pakkohan tämä on tehdä, muuten tulee epäkelpoja tuloksia. Viimeiset pari viikkoa tätä on tehnyt ihan hyvillä mielin, eipähän tekeminen lopu!

Huomasin monissa tapauksissa virheen mikrosatelliittiajoissa mukana olevassa kokostandardissa, aineessa, jonka perusteella tietokoneohjelma tunnistaa ja ilmoittaa analysoiduille yksilöille niiden alleelien pituudet. Jos kokostandardi on väärin luettu, alleelikoot menevät pieleen. Ainetta siis kirjaimellisesti pipetoidaan jokaisen näytteen kanssa samaan kuoppalevyn kaivoon. Kukin näyte ajetaan elektroforeesilaitteen läpi, jossa DNA kulkeutuu tietyllä nopeudella (pidemmät DNA-pätkät hitaammin, lyhyemmän pätkät nopeammin), ja tietokone hoitaa alleelien tunnistamisen ja niiden kokojen määrittämisen juuri kokostandardin avulla.

Alla on esimerkki tapauksesta, jossa GeneMapper on laittanut kokostandardin 139-emästä pitkän piikin väärään paikkaan (vasemmalla). Tummalla on merkitty sen oikea paikka. Joudun manuaalisesti klikkaamaan kokostandardipiikkiä, deletoimaan väärän koon, klikkaamaan oikeaa piikkiä, ja lisäämään siihen äsken deletoidun numeron (oikealla).












Yksinkertaisimmissa tapauksissa homma on sillä selvä, ja alleelit ovat korjauksen jälkeen oikeilla paikoillaan, oikean pituisina. Joissain tap
auksissa kaikki piikit ovat kuitenkin väärin merkittyjä. Siinä on hiirikäsi kovilla kun klikkailee ja muuttelee kokostandardien kokoja pitkin päivää.

Alla on sitten esimerkki siitä, miten alleelikoko muuttuu kun kokostandardi korjataan. Väritin pinkillä alleelipiikeistä sen osan, jonka perusteella alleelikoko on määritetty. Vasemmalla olevassa kuvassa kokostandardi on väärä, joten suosirriyksilö numero 269 näyttäisi olevan Calp2-mikrosatelliittilokuksen suhteen heterotsygootti alleelein 128/140 (vaikka oikeastaan alleelit näyttäisivät pikemminkin osuvan kohdille 127 ja 139 - tämä oli siis hieman epäselvä tapaus, jonka perusteella tajusin lähteä etsimään virhettä kokostandardista). Oikealla näkyy sama yksilö kokstandardin korjauksen jälkeen. Nyt alleelit ovatkin selvästi 126/138!













Pienikin virhe kokostandardissa voi siis muuttaa alleelikokojen tulkitsemista. Koska virheitä näytti löytyvän kymmenistä yksilöistä, päädyin siihen että kaikki yksilöt täytyy
käydä läpi ennen kuin aineiston perusteella voi tehdä huolellisia analyysejä.

Tällä hommalla jatketaan, mutta toivottavasti ei aivan koko loppukevättä. Päivän tietokoneella istumisen jälkeen olen rentoutunut lähinnä siementen (nyt jo taimien) ja mullan parissa. Ja iltaisin taustalla näkyvän teoksen merkeissä (uni tulee mukavasti tätä lukiessa:). Kesä ja chilit, täältä tullaan!











Nelli



perjantai 2. maaliskuuta 2012

Se aika kuukaudesta...

...eli tauon paikka! Ensi viikolla jatketaan.

keskiviikko 22. helmikuuta 2012

Se aika vuodesta

Hei!

Varma kevään merkki on laitoksemme Talviekologian ja -fysiologian kurssi, jolle olen taas menossa opettamaan. Tänään pidän luentoni Oulussa ja sunnuntaina suunnataan kohti Oulangan biologista tutkimusasemaa. Odotan innolla kurssia -se kun tuntuu monesti vähän "hiihtolomalta" ollessaan mukavaa vaihtelua kirjoitushommiin. Toivottavasti säät suosivat ja vaihtariopiskelijammekin saavat mukavia kokemuksia Suomen talvesta ja hiihtämisestä. Tämän postauksen kuvat ovat vuodelta 2006, kun olin itse opiskelijana talvikenttiksellä. Kuvista taitaa löytyä kaikki tämän blogin kirjoittajat :)

Avannon tekoa Oulankajoen jäällä.

Kun ensimmäistä kertaa tulin opettamaan kurssille ja valmistelin luentoslideja, uskoin vakaasti mielessäni tekeväni kerralla hyvät opetusdiat, jotka täytyisi sitten vaan seuraavana vuonna kaivaa taas esiin. Toisin kävi. Joka vuonna olen tehnyt vähän erilaisen esityksen ja muutellut opetusmetodeja. Joskus kyse on siitä, että ajallisesti joku asia on järkevämpää hoitaa toisella tavalla. Toisinaan taas olen hoksannut, kuinka jonkun asian voi esittää yksinkertaisemminkin. Toisaalta myös oma tietämys aiheesta kehittyy ja pitäähän sitä muutenkin yrittää pysyä ajan hermoilla.

Nousu Riisitunturille.

Riisitunturin rinteessä.

Tärkeänä olen pitänyt sitä, että en halua luentojeni olevan opiskelijoiden kannalta pelkkää istumista ja kuuntelemista. Oma aiheeni ei onneksi ole ihan tylsimmästä päästä (kai?), joten siinäkin mielessä opiskelijoiden mielenkiintoa aihetta kohtaa on helppo ylläpitää. Tällä kertaa valmistelin esityksen, josta löytyy aukkokohtia, jotka opiskelijoiden täytyy täydentää, ja lisäksi luvassa on pieni piirtämistehtävä eläinten jälkien tunnistukseen liittyen :) Opiskelijat myös saavat pienryhmissä "kuivaharjoitella" lumimittausvälineiden käyttöä, jotta fysikaalisten ominaisuuksien mittaus sujuu Oulangalla kuin vanhoilta tekijöiltä. Välillä kyllä toivon, että olisin käynyt pedagogiset opinnot, niin saattaisi löytyä enemmänkin keinoa elävöittää luentoja.

Perinteinen talvikenttiksen pulkkakisa.

Omasta tutkimuksesta ei ole oikeastaan mitään uutta sanottavaa. Ekaan ja tokaan kässäriini olen saanut jo jonkin verran kommentteja, ja korjauksiakin olen tehnyt melko paljon. Onneksi korjausehdotukset ovat olleet hyviä, eli niissä on esitetty konkreettisia korjausehdotuksia eikä ole vaan todettu, kuinka "tämä kappale on huono". Olen myös ollut ohjaajieni kanssa samaa mieltä kaikista korjausehdotuksista, joten kinaamaan ei ole tarvinnut alkaa :) Kolmannesta kässäristä puuttuu vielä se mielestäni kaikkein vaikein, eli pohdinta.

Yleinen näky Oulangan jyrkissä rinteissä: kaatunut opiskelija.

Aurinko paistaa ja lämmittääkin jo mukavasti. Itselläni on ollut siinä mielessä vähän erilainen talvi, kun en ole kirjoitushommista johtuen päässyt metsäsuksille kuin yhden kerran. Toki silloinkin löydettiin ahman jäljet :)

Anni


sunnuntai 19. helmikuuta 2012

Nyt ei oikein irtoa

Anteeksi, unohdin, että on jo minun vuoroni kirjoittaa!

Viimeiset kaksi viikkoa ovat olleet ihan hulluja. Olen tehnyt lisää käyttäytymiskokeita ja jatkanut intrasellulaarimittauksia. Nyt niistä jopa on tullut dataa! Mittauspäivät ovat venyneet yöhön, ja olen ollut koko viikon ihan sekaisin, ajasta ja kaikesta muustakin. Mutta pääasia on, että dataa tulee. Toivotaan, että se olisi tarpeeksi laadukasta, ja että tämän rupeaman jälkeen voisin alkaa lopultakin työstää ensimmäistä artikkeliani.

Leppoisaa sunnuntaipäivää teille lukijoille!

lauantai 11. helmikuuta 2012

Vanhemmuudesta ja syrjähypyistä

Ei, en ole hankkinut viime aikoina lapsia, enkä käynyt vieraissa. Mutta suosirritpä käyvät, ja se näkyy niiden jälkeläisissä - geneettisesti.

(Ja anteeksi kun en eilen kirjoittanut. Koko päivä oli yhtä juoksua. Sain nimittäin valmiiksi viikon aikana kirjoittamani APURAHAHAKEMUKSEN Suomen Kulttuurirahaston Pohjois-Pohjanmaan maakuntarahastolle! Toukokuussa selviää, saanko ensi vuodeksi rahoituksen.)

Sain isyysanalyysit tehtyä ongelmitta pari viikkoa sitten. Nyt tarkastan tuloksia, eli käytännössä käyn läpi kaikki ne mikrosatelliittiajot, joista löytyi eroavaisuuksia poikasten ja vanhempien välillä. Alla
näkyy esimerkkinä kahden yksilön mikrosatelliittiajot lokuksen Ruff6 osalta (Ruff on englanniksi suokukko, jolle mikrosatelliittilokus alunperin on suunniteltu). Yksilöt eivät ole sukua keskenään.

Y-akselilla näkyy alleelipiikin "voimakkuus", eli kuinka hyvin se on monistunut PCR-laitteessa - mitä korkeampi piikki, sitä enemmän siitä on kopioita. (Joskus alleelipiikit ovat hyvin selkeitä [näkyvillä on vain yksi ainoa piikki], mutta joskus niitä on hyvin vaikea lukea. Tässä tapauksessa lukeminen on vielä suhteellisen helppoa, vaikka yksi alleeli onkin monihuipukas.) X-akselilla on alleelin koko emäspareina (esimerkiksi vasemmanpuoleinen yksilö on heterotsygootti alleelein, jotka ovat 130 ja 142 emäsparia pitkiä).
Koon päättäminen voi olla vaikeaa kun alleeleissa on niin monta erikokoista piikkiä. Silloin täytyy vain pysyä johdonmukaisena ja merkitä alleelin koko aina saman piikin perusteella, kuten alla olevassa tapauksessa leveimmän kohdan mukaan.













Tästä löysin virheen: vasemmalla olevassa kuvassa oleva yksilö on siis heterotsygootti. Oikeanpuolesessa kuvassa yksilö on myös merkitty heterotsygoottiseksi, alleelein 130 ja 134. Kuitenkin tarkasteltaessa alleelipiikkien muotoa, huomasin että oikeanpuoleinen yksilö on oikeasti homotsygootti 134-alleelin suhteen. Oikeassa kuvassa 130-alleeliksi merkitty piikki näkyy hyvin vasemmanpuoleisen yksilön molemmissa alleeleissa. Piikki on siis osa alleelia, ei omansa. Virheen löysin, kun isyysanalyysi ehdotti oikeanpuoleista poikasta EPF-poikaseksi (extra-pair fertilization). Sen molemmat vanhemmat olivat homotsygootteja alleelin 134 suhteen, joten poikanen ei olisi voinut saada alleelia 130 mistään muualta kuin parin ulkopuoliselta yksilöltä. Tapaus ratkesi, ja poikanen oli kuin olikin vanhempiensa summa.

Monissa tapauksissa alleelit kuitenkin näyttävät olevan oikein luettuja, ja vaikka vain yhdessä lokuksessa olisi ero poikasen ja isän välillä, ne tulkitaan EPF-poikasiksi. Vastaan on tullut muutama tapaus, joissa poikanen eroaa lähes kaikissa lokuksissa isästään. Olisivatpa kaikki näin selkeitä! Vielä en osaa sanoa kuinka paljon EPF-poikasia suosirreillä keskimäärin on, sillä aineiston tarkastaminen on vielä kesken.

Tässäpä pieni käytännön katsaus työhöni. Paperihommia, paljolti.

Hyvää viikonloppua,

Nelli


lauantai 4. helmikuuta 2012

Piip!

Blogi on tauolla tämän viikon!

Palaamme asiaan ensi perjantaina.