Hyvät ja huonot uutiset

Huomentapäivää!

Yritän nyt kirjoittaa ihan lyhyesti, vaikka päässä pyörii yhtä ja toista kertomisen arvoista. Yritän saada väitöskirjan yhteenvedon kirjoitettua tämän kuun aikana pääosiltaan kasaan, joten muutakin tekemistä olisi. Mutta tokihan bloggaaminen on välillä tervetullutta vaihtelua. Taidan tehdä ihan vaan listan viimeaikaisista huonoista ja hyvistä uutisista.

Huonoja uutisia

Kyllä minä niin mieleni pahoitin kun monen kuukauden väännön jälkeen ikuisuusartikkelini tuli hylätyksi myös Current Biology -sarjasta. Teimme tarkat vastaukset arvioitsijoiden ensimmäisen kierroksen kommentteihin, mutta silti se negatiivisempi piti päänsä, eikä lämmennyt käsikirjoituksellemme. Negatiivisen arvioitsijan henkilöllisyys paljastui hänen toisen kierroksen vastauksestaan. Lyhyesti sanottuna taisimme vain astua liian isoille varpaille. Tämä ehkä opettaa minua kirjoittamaan tiettyjä asioita sovittelevammin, ehkä ei. Negatiivisenkin arvioitsijan kommenttien mukaan tutkimukseni sinällään oli hyvä, mutta johtopäätökseni ilmeisesti eivät.

Kävin Japanissa esittelemässä viimeisimpiä tuloksiani posterilla. Viimeistelin posteriani oikein tunteella ja lähetin sen sitten painoon. Työkaverini kävi hakemassa sen painosta ja ilmoitti minulle, että se näyttää hyvältä. En itse perehtynyt siihen sen tarkemmin ennen kuin olin ripustamassa sitä posteritaululle Sapporossa. Yllätys oli melkoinen, kun posterista oli painossa kadonnut valitsemani fontti, joka oli vielä lähettämässäni pdf:ssä. Tilalla oli joku tökerö oletuskirjaintyyli. Tästäkin voisi oppia jotain pdf:n tekstien tallentamisesta kuvamuodossa tai jotain, mutta itseni tuntien en muista tätä enää seuraavaa posteria tehdessäni. Posterisessiossa kyllä harmitti niin vietävästi.

Hyviä uutisia

Neuroetologian konferenssimatka oli mahtava. Itse konferenssi oli aika raskas, 11 tuntia ohjelmaa päivässä ynnä siirtymiset Sapporossa ja illalliset muiden tutkijoiden kanssa päälle. Unet jäivät aika lyhyiksi, mutta konferenssin sisältö oli mielenkiintoinen. Neuroetologia tutkii eläinten käyttäytymisen hermostollisia perusteita, eli esittelyssä oli paljon erilaisia eläimiä, käyttäytymismalleja ja mitä erikoisimpia tutkimustapoja, -vehkeitä ja analyysimetodeita. Tutkijoiden mielikuvituksella ei ilmeisesti ole rajoja silloin, kun tutkimuskohteesta pitää saada dataa irti.

Konferenssin jälkeen teimme parin päivän laboratoriovierailun Sokendai-instituuttiin Hayamassa, Jokohaman liepeillä. Siellä on meidän kanssa yhteistyössä oleva perhoslabra, jossa nuo meidän seniorit kävivät selvittelemässä mittausvahvistimen kanssa ilmenneitä ongelmia. Instituutin pihalta näkyy pilvettömällä säällä Fuji-vuori, mutta tietenkin unohdin juuri sinä pilvettömänä päivänä kuvausvehkeeni hotellille. Sen sijaan saatte valokuvan perhoslabran roskiksesta. Se näyttää ja haisee paremmalta kuin torakkalabran roskis.

Perhoslabran roskis.

Kesken konferenssin Sapporossa minulle tultiin tarjoamaan töitä. En vielä kerro tästä sen tarkemmin, koska minun on ensin valmistuttava ja hankittava itselleni rahoitus, mutta nyt on jalka oven välissä niin huippuluokan tutkimukseen, että ihan jännittää.

Konferenssin lopuksi esillä olleiden vajaan 400 posterin joukosta äänestettiin neljä posteripalkinnon saajaa. Niin vain kävi, huolimatta fonttini katoamisesta, että minut kutsuttiin heti ekana lavalle vastaanottamaan posteripalkinto! Ilmeisesti posterini sisältö ja pyrkimykseni selkeään esillepanoon riittivät miellyttämään suurta yleisöä. Olen saanut kuulla tästä Ouluun paluuni jälkeen aika paljon, ja ilmeisesti minulta nyt odotetaan hattutemppua posteripalkintojen kanssa. Minulle myös ehdotettiin posterintekofirman perustamista. Tutkijat lähettäisivät minulle kuvat ja tekstit ja minä sommittelisin niistä hienot posterit. Ehkäpä sitten, jos tutkijanura ei kunnolla urkenekaan. ;)

Voittoisa/epäonnistunut posterini.

Siinäpä ne tärkeimmät uutiset taisivat tullakin. Käsikirjoitukseni on jälleen uudessa sarjassa käsittelyssä. Enää ei ole mitään väliä, mihin se menee, kunhan se vain saataisiin lopulta ulos. Näin ne haaveet kaatuu, hehe. Nyt tosiaan yritän takoa yhteenvetoa kasaan. Paraikaa olen pohdinnan kimpussa, ja huomaan pohdinnan rajaamisen olevan aika vaikeaa. Minähän voin pohtia asioita vaikka mihin suuntaan! Väikkäristä ei kuitenkaan ole tarkoitus tulla älyttömän paksua, joten suuntia pitää vähän priorisoida. Voi, miten mälsää!

Katsotaan sitten seuraavalla kirjoitusvuorollani, miten olen pysynyt tavoiteaikataulussani.

Muimui,

Kansalaiset! Medborgare!

Halusin tehdä kivan päivityksen, mutta minulla ei oikein ole asiaa… Siispä liitän tekstiini kuvan!

Kotitoimisto. Ei tietoakaan työergonomiasta.

Tässä on kotitoimistoni: nippu luettuja ja toinen lukemista odottavia artikkeleita sohvalla, teemuki, puhelin ajan seuraamista varten, sekä pönnötyyny seuraa pitämään. Jos meinaan liukua pahoille teille, pönnötyyny käskee minut pois tabletilta ja feispuukista. Nuoremmalle polvelle tiedoksi: tuo vasemmanpuoleisin paperiesine on muistikirja. Teen siihen muistiinpanoja lukemastani käsin, kynällä. Tapa, jonka opin nuoruudessani myöhäisellä jurakaudella.

Olen viime aikoina siis työskennellyt osittain kotona. Pidän lukupäiviä, jolloin ajan mieheni aikaisin ovesta ulos ja jään itse tuohon sohvalle artikkeleineni. Välillä pidän jaloittelutaukoja, jolloin keittelen teetä tai kahvia ja kastelen parvekekasvit, siivoilen vähän tai kauniin sään sattuessa käytän lemmikkisiiltämme nurmikolla. Tauon jälkeen jaksaa taas päntätä artikkelin tai pari. Suunnilleen joka toinen päivä käyn yliopistolla kirjoittelemassa muistiinpanojeni pohjalta väikkärin yhteenvetoa ja/tai seuraavaa käsikirjoitustani sekä lukemassa sähköpostit.

Niin, ne sähköpostit! ”Siellä ei oo koskaan mitään kivaa!” Odottelen lopullista päätöstä ikuisuusartikkelini hyväksymisestä/hylkäämisestä. Korjattu versio lähetettiin eteenpäin viime viikolla. Odotus on ihan liian jännää, en kestä. Yritän pitää ajatukset luku-urakassani, mutta jännittää se silti. Pitäkää peukkuja!

Japanin-reissun lennot on varattu. Se on siis menoa eikä meininkiä heinäkuun lopulla. Konferenssin jälkeen teemme oululaisdelegaation kanssa vielä muutaman päivän laboratoriovierailun yhteistyökumppaneidemme luokse, eli matkasta vaikuttaa kehkeytyvät oikein hyvä reissu. Enitenhän toki odotan pääseväni syömään tuoretta sushia.

Eipä mulla oikeastaan tämän kummempaa tällä kertaa. Oon hieman mökkihöperö, mutta ehkä saan aikaiseksi parempaa tekstiä taas, kunhan jotain jännää oikeasti tapahtuu.

Helteistä heinäkuuta!

Petos ja itsepetos ihmiselämässä ja juhannuksena eritoten

Moro!

Julkaisen tämän tekstin hieman etuajassa juhannuksen takia, mutta se tuskin haittaa. Onnellisena ilmoitan saaneeni UniOGS:lta pienen matka-apurahaa elokuista selkärangattomien näkökonferenssia varten! 

Olen onnellinen kuin tämä sirkkaäyriäinen (joka varmaan oikeasti on lähinnä stressaantunut)!

Varsinaisena aiheenani tänään on kirja-arvostelu. Kävin huhti-toukokuussa Biologian laitoksella järjestetyssä lukupiirissä, jossa käytiin pääosiltaan läpi Robert Triversin kirja Petos ja itsepetos ihmiselämässä (suom. Terra Cognita 2012). Lukupiiri oli järjestetty Eläintieteen erikoisluento -opintojaksona, eli osallistumisesta sai opintopisteitä. Minulla ei ole opintopisteistä puute, mutta menin mukaan, koska kirja vaikutti mielenkiintoiselta. Lukupiiri kokoontui noin kerran viikossa ja pui kerralla kahdesta kolmeen lukua.

Suomennetun version sijaan päätin tilata kirjan alkuperäiskielellä, sillä minua häiritsee Terra Cognitan kirjoissa ihan liikaa niiden selkeästi läpipaistava viimeistelemättömyys. Arvostan kyllä T.C.:n periaatetta tarjota laadukasta tiedekirjallisuutta suomeksi, mutta itse mieluummin luen alkuperäisen, jos vain kieli ja aihepiiri sen sallivat. Yksi englanninkielinen versio lukupiirissä osoittautui ihan hyväksi vertailukohdaksi siitä, miten teksti on mahdollisesti muuttunut käännöstyön aikana. Lisäksi Triversin valinta itsepetosta uskonnollisessa kontekstissa käsitellessään käyttää jumalasta järjestelmällisesti pronominia ”she” ei kuulemma tullut suomennoksesta ilmi.

Kirjan keskeinen kysymys oli, miksi ihmiset pettävät paitsi toisiaan, myös itseään? Tiivistetty vastaus oli, että ihmisen on helpompi pettää toisia pettämällä ensin itseään. Kun ihminen kuvittelee mustan valkoiseksi, mustan väittäminen valkoiseksi muille ei ole henkisesti niin raskasta kuin silloin, kun väittäjä tietää valehtelevansa. Kirjan tarkoitus oli kai tutkia väitettä erilaisissa ihmiskonteksteissa, mutta mielestäni luvuissa mentiin usein harhateille. Osa kirjan väittämistä oli mutu-tuntumaa heppoisine perusteluineen. Triversin kirjoitustyyli on hirveän hyppelehtivää. Mielenkiintoisesti alkavat kappaleet loppuvat lyhyeen, minkä jälkeen siirrytään johonkin ihan muuhun. Sama asia saattaa nousta esille useassa kohdassa, mutta ei pakettia kokoon sitovana juonteena vaan enemmänkin ”huppista, mikäs se siinä” -tyylisesti.

Kirjan parasta antia olivat alun eläimiä käsittelevät, tutkimukseen kunnolla pohjaavat luvut, sekä Triversin lukuisat omakohtaiset esimerkit. Kirjoittaja on ilmeisesti jo sen verran iäkäs, että hän voi jo kertoa kämmäilyistään julkisesti pelkäämättä seurauksia. Välillä nämä omakohtaisuudet kuitenkin aiheuttavat enemmän myötähäpeää kuin toimivat valaisevina esimerkkeinä. Triversillä on toinen koti Jamaikalla, ja Jamaikan-juttuja onkin paljon; Näin minua jallitettiin ja oma itsepetokseni auttoi huijariani. Kirjasta jäi kuitenkin sellainen mielikuva, että se on enimmäkseen höpöä.

Trivers sanoo heti aluksi, että itsepetoksen tutkimus on vielä niin nuori tieteenala, että iso osa tässä kirjassa esitetystä asiasta on väistämättä väärin. Silti kirja ei minun kohdallani täyttänyt ollenkaan niitä odotuksia, joita esittelytekstien perusteella asetin. Toki kävi mielessä myös, että ehkä minä vain olen liian ”palikka” ymmärtämään esitettyä konseptia, mutta koska kirja on suurelle yleisölle tarkoitettu, jutun ”pihvin” pitäisi olla niin perinpohjaisesti selitetty, että maallikkokin voisi sen ymmärtää. Aiheesta olisi saanut todella hyvän pamfletin tai vastaavan suppeamman tekstin, mutta satojen sivujen kirjaan tässä on ihan liikaa höttöä mukana.

Meinasin tähän loppuun kirjoittaa, että en suosittele lukemaan, mutta oikeastaan haastankin muita biologeja tarttumaan teokseen. Lukekaa ja kommentoikaa vaikka tänne, mitä mieltä olette.

Lopuksi vielä muistutus naapurini Vaakku Variksenpojan puolesta: Pidetään koirat ja kissat taluttimissa, että sulkiaan metsän pohjalla kasvattavilla linnunpoikasilla olisi turvallisempaa!

 

Vaakku tarpoo varvikossa.

Lerssirikasta Jussia,

Kolmas!

Moikkamoi!

Aluksi pieni tiedotus: blogillamme on nykyään oma yhteisö myös facebookissa. Tiedotamme siellä blogin tapahtumista, linkittelemme mielenkiintoisia tiedeuutisia ja keskustelemme tiedemaailman ihmeistä. Facebook-sivulle pääset tästä. Tervetuloa, kaikki naamakirjailevat blogin lukijat!

Sitten asiaan. Samana päivänä, kun olin kirjoittanut edellisen blogikirjoitukseni, sain kivan sähköpostin: kolmas käsikirjoitukseni oli hyväksytty julkaistavaksi Annales Zoologici Fenniciin. Asia oli melkoinen yllätys, koska en ollut mielestäni pystynyt toteuttamaan läheskään kaikkia sarjan vaatimia korjausehdotuksia, enkä siis ollut revisioon kovin tyytyväinen. Mutta nyt siis kolme neljästä väikkäriini tulevasta paperista on hyväksytty julkaistavaksi. Jee! :) Tässä kirjoituksessa ajattelinkin sitten kertoa tuosta kolmannesta artikkelistani, kahdesta aikaisemmastahan olen kertonut blogissa jo aikaisemmin. Ensi kerralla sitten kerron Oxfordin konferenssireissusta, joka oli hieno kokemus!

Olen esittänyt kyseisen paperin Kaamos Symposiumissa, joten monelle kollegalle asia on jo tuttua. Työn otsikon "Does grey wolf presence affect the habitat selection of wolverines?" mukaisesti kyseessä on ahman habitaatinvalintaan liittyvä tutkimus (habitaatti = elinympäristö), jossa selvitimme, mitkä tekijät vaikuttavat ahman elinalueen valintaan. Erityisesti olimme kiinnostuneita suden roolista: näyttävätkö ahmat hakeutuvan satunnaista lähemmäs susia, vai vältteleekö tutkimuslajini tätä itseään kookkaampaa suurpetolajia. Tiedetään, että ahmat hyödyntävät ruokavaliossaan suden jälkeensäjättämiä (pääasiassa hirven-) haaskoja. Toisaalta tunnetaan tapauksia, joissa susi on tappanut ahman. Susi on ahmalle sekä uhka että mahdollisuus.

Harvoja löytämiäni kuvia, jossa ahma ja susi ovat samalla haaskalla. Tilanne on tietenkin aika harvinainen, koska yleensä ahma saapuu haaskalle vasta, kun sudet ovat lähteneet muualle. Video löytyy täältä.

En päässyt maastotöihin tämän osatyön kohdalla, koska keräsimme datan riistakolmiolaskenta-aineistoista. Riistakolmiolaskenta on merkittävä osa maamme riistantutkimusta, sillä sen avulla saamme vuosittaiset kanta-arviot noin 30 nisäkäslajistamme. Menetelmä on maailmalla suhteellisen ainutlaatuinen, sillä juuri tällaista, vapaaehtoistyöhön perustuvaa laskentaa ei tietääkseni tehdä missään muualla. Riistakolmio on siis kartalle sijoitettu tasasivuinen kolmio, jonka yksi sivu on 4 km. Kolmio kierretään talvisaikaan yleensä hiihtämällä, ja lasketaan kaikki kolmion sivun ylittävät jäljet, jotka ovat syntyneet viimeisen 24 tunnin aikana. Tuloksien perusteella saadaan laskettua jälki-indeksi ja lajin tiheys. 

Riistakolmio. Kuva: www.rktl.fi

Tutkimusalueeksi valitsimme Itä-Suomen (Kainuu, Pohjois-Savo ja Pohjois-Karjala), koska tältä alueelta löytyy molempia tutkimuslajeja. Keräsimme kaikki sutta ja ahmaa koskevat jälkihavainnot (koordinaatit) tutkimusalueeltamme vuosina 2005-2009. Suomessa lasketaan vuosittain noin 800 riistakolmiota, ja löysimme havaintoja ahmasta ja/tai sudesta yhteensä 146 riistakolmiolta. Ahmasta löytyi 109 havaintoa, sudesta 59. Poimimme kolmioilta myös satunnaiskoordinaatteja kontrollipisteiksi.

Kuva: seppo.net

Habitaattimuuttujiksi valitsimme havumetsät, lehtimetsät, sekametsät, nuoret metsät ja suot. Lisäksi analyysissä oli mukana ihmisasutus-muuttuja sekä susi-muuttuja. Testasimme Spearmanin korrelaatioanalyysillä, löytyykö muuttujien välillä suuria korrelaatioita (voisi esimerkiksi olettaa, että lehtimetsät korreloisivat positiivisesti ihmisasutuksen kanssa, jolloin tämä voisi vaikuttaa tuloksiin), mutta koska merkittäviä korrelaatioita ei löytynyt, kaikki muuttujat otettiin mukaan varsinaiseen analyysiin. Käytimme logistista regressiota yhdessä Akaiken informaatiokriteerin kanssa (AICc) mallintamaan tärkeitä habitaatteja ahmalle ja sudelle. Parhaiden mallien valinnassa käytimme ΔAICc-arvoja. Hypoteesimme oli, että ahma hakeutuu satunnaista useammin suden läheisyyteen, ja molemmat lajit välttelevät ihmisasutusta.

Tulokset kertovat, että ahma suosii suden läheisyyttä sekä havu- ja sekametsiä ja soita, ja välttelee ihmisasutusta, nuoria metsiä ja lehtimetsiä. Sudella habitaatinvalinta oli samankaltaista, paitsi sudet välttelivät soita. Ahmalle tärkeimmät habitaatinvalintaa ohjaavat muuttujat olivat suden läheisyys (ahma siis suosi suden läheisyyttä habitaatinvalinnassaan), ihmisasutus (jota ahma vältteli) ja lehtimetsät (joita ahma vältteli). Sudelle tärkeimmät muuttujat olivat ihmisasutus (jota susi vältteli), sekä havu- ja sekametsät (joita susi suosi). Tulokset siis todistivat hypoteesimme oikeiksi.

Ahman jäljet, Sotkamo. Kuva: Anni Koskela

Tulokset olivat osaltaan odotetunlaiset, mutta yllätyksiäkin mahtui joukkoon. Ei ollut yllätys, että molemmat lajit näyttävät välttelevän ihmisasutusta; se on todistettu jo useassa muussakin tutkimuksessa. Tämä on sen sijaan tietääkseni ensimmäinen tutkimus, jossa on todistettu ahman hakeutuminen suden läheisyyteen. Suden merkitys ahmalle korostuu varsinkin alueilla, joilla keskikokoisten hirvieläinten (poro ja metsäpeura) ja muiden ahman saalislajien määrä on alhainen, jolloin haaskat muodostavat merkittävän osan ahman ruokavaliosta. Todennäköisesti ahmat eivät kuitenkaan liiku aivan lähellä susia välttääkseen joutumasta susien suuhun, mutta elelevät kuitenkin samoilla seuduilla, jolloin ne pitkillä kulkumatkoillaan törmäävät todennäköisemmin susien jälkeensäjättämiin haaskoihin.

Ahman jäljet. Kuva: Anni Koskela

Yllättävää tuloksissa oli lehtimetsien korostuminen ahman habitaatinvalinnassa. Kun tarkastelimme muuttujien suhteellisia tärkeys -arvoja (relative variable importance), lehtimetsä nousi yhtä tärkeäksi muuttujaksi kuin suden läheisyys (paitsi että arvo oli negatiivinen, eli ahmat välttelivät lehtimetsiä).Mallinnuksen pitäisi ottaa huomioon eri metsätyyppien suhteellinen osuus maassamme, joten tulosta ei voi oikein selittää pelkästään lehtimetsien vähäisellä määrällä. Mutta tottahan se on, että puhtaita lehtimetsiä on Itä-Suomessa erittäin vähän, joten ehkäpä pisteet eivät sitten vaan sattuneet juuri ikinä lehtimetsiin. 

Tuloksia voisi pohdiskella vaikka kuinka paljon, mutta silloin kirjoitus venyisi ehkä liian pitkäksi. Vastailen kuitenkin mielelläni kysymyksiin, jos joku asia jäi askarruttamaan. Artikkeli löytyy mm. täältä.

Hauskaa pääsiäistä ja kantavia hankia!

Anni

Synthesis

Moi!

Tammikuu on puolessa välissä, ja joululoman jälkeinen arkeenpaluu on sujunut suhteellisen hyvin. Koska en voi tehdä kässäririntamalla tällä hetkellä oikeastaan mitään, olen jatkanut väitöskirjan yhteenveto-osan kirjoittamista. Yhteenvetohan tulee väitöskirjan alkuun, ennen artikkeleita, ja sen ohjeellinen pituus on noin 40-50 sivua. Yhteenvedon avulla mitataan omaa tieteellistä kypsyyttä ja osaamista, ja yhteenvedossa siis kootaan yhteen kaikki osatutkimukset.

Hetkellisesti minulle tuli jotenkin juhlallinen olo, kun avasin ensimmäisen kerran yliopiston virallisen yhteenveto-templaatin (mallipohjan), johon yhteenveto tulee kirjoittaa. Juhlallisuus kyllä karisi varsin nopeasti, kun kohtasin ensimmäiset tekniset ongelmat :D Jostain syystä templaatin asetukset muuttuivat yhtäkkiä itsestään (käytän sanaa "itsestään" tietokoneisiin liittyvissä asioissa aina silloinkin, kun tiedän vian olevan minussa). No, korjailin asetuksia ja ainakin pääfontin pitäisi nyt olla oikein. Mikäli kuitenkin väitöksessäni huomaatte, että väitöskirjassani on kirjoitettu vaikkapa kiitokset fontilla comic sans, asia saattaa liittyä juuri tähän työvaiheeseen.

Tein itselleni aikataulun tuota yhteenvedon kirjoittamista varten, ja se ehkä jotenkin auttoi hahmottamaan, ettei kyseessä ole kuitenkaan mikään ihan mahdoton homma. Myönnettäköön, että aikataulua on kyllä jo rikottu pari kertaa, mutta syyt ovat olleet ehdottoman hyviä ("Koira näyttää tylsistyneeltä, lähdenpä kolmen tunnin metsälenkille sen kanssa", "Yle Areenaan on näköjään tullut ennakkojaksoja Ypäjä-sarjasta, katsonpa ne kaikki", ja toki se perinteinen: "Asunto näyttää kovin epäsiistiltä, taidanpa aloittaa kunnon suursiivouksen"). Kaikesta huolimatta olen ihan tyytyväinen: olen kirjoittanut ekat versiot (jotka siis kaipaavat vielä suurta korjailua) työn tarkoituksista, menetelmistä ja tuloksista. Viimeiseksi jätän (minulle) vaikeimmat osat eli johdannon ja pohdinnan.

Kirjoittaessani minulla on suuri tarve päästä nopeasti eroon tyhjän paperin ongelmasta, joten kirjoitan aluksi vähän miten sattuu: fiksu lause siellä, puuta heinää -lause tuolla. Olen kuitenkin havainnut tämän minulle sopivaksi taktiikaksi. Työpäivän jälkeen tekstiä katsellessa (ei liian tarkkaan) tulee ihan tyytyväinen olo, kun on saanut jotain aikaiseksi, ja se taas motivoi seuraavanakin päivänä kirjoittamiseen. Kakkoskierroksella sitten keksin niiden puuta heinää -lauseiden tilalle jotain fiksua sanottavaa.

Välillä tässä kyllä miettii, olenko riittävän kypsä ja riittävän perillä aiheestani, että kykenen tuottamaan (tieteellisesti riittävän) korkeatasoisen väitöskirjan yhteenvedon. Vieläkin välillä tuntuu vaikealta viedä pohdintaa syvemmälle tasosta, johon päätyi artikkeleissa. Vieläkin välillä tuntuu vaikealta kirjoittaa englanninkielistä tieteellistä tekstiä. Vieläkin välillä tuntuu haastavalta sitoa laajoja osa-alueita yhdeksi kokonaisuudeksi. Mutta yksi asia, jossa olen huomannut kehittyneeni, on artikkelien lukeminen, niiden ymmärtäminen ja niistä olennaisen tiedon poimiminen. Sekin on jo jotain! :)

Anni

Sarjikset: http://www.phdcomics.com

               http://imaginaryanomaly.wordpress.com

UniOGS:n artikkeliluennolla

Päivää, että pätkähti!

Yliopistomme on viime aikoina yhdenmukaistanut tohtorivaiheen koulustusta. Tätä varten perustettiin Oulun yiopiston tutkijakoulu UniOGS (University of Oulu Graduate School). Yleisesti kuulostaa siltä, että ennen UniOGS:n perustamista väikkärityöskentelyn aloittaneille UniOGS on vain rasite. Tutkintovaatimukset muuttuvat (tosin helpompaan päin), ja entiset selvät sävelet sekoittuvat. Itseäni kirpaisi hetken aikaa se, että vanhojen biofysiikan tutkintovaatimusten mukaan opintopisteitä on väikkäriprojektin aikana kerättävä 60, kun nykyisin vaatimus on "vain" 40 pistettä. Ja minulla oli tuo 60 suunnilleen kasassa jo siinä vaiheessa kun muutos tuli. Mutta tämähän on tietenkin ihan "happy problem".

Jotain konkreettista hyvääkin UniOGS:sta on tullut. Tohtorikoulun järjestämät yleiset kurssit vaikuttavat melko käytännönläheisiltä. Osallistuin viikko sitten Tieteellisen lehtiartikkelin kirjoittaminen -luennolle. Siellä käytiin läpi paljon tuttuja asioita, mutta muutama hyvä uusi vinkkikin luennolta jäi käteen. Kyseisen luennon lisäksi tarjolla on mm. Väitöskirjan kirjoittaminen sekä Kokoelmaväitöskirjan yhteenveto-osan kirjoittaminen -sessiot, joihin voisin osallistua sitten, kun asia on hieman ajankohtaisempi. Hyviä neuvoja ei kai koskaan voi saada liikaa.

Yhdessä kohtaa artikkeliluentoa repesin. Luentodiassa oli listattuna artikkelikäsikirjoituksen viimeistelyssä muistettavia asioita. Yksi oli: "Poista torakat! Arvioija voi etsiä syitä hylätä". Hihittelin vieressäni istuneelle Ullalle, että minun artikkeistani ei paljoa jäljelle jäisi, jos siitä poistaisi torakat. Ehe ehe... Selvennettäköön, että luennoitsija tarkoitti "torakoilla" sekalaisia pikkuvirheitä.

Koittakaahan taas viikko pärjäillä. Tieteen kananpojat päivittyy uudelleen jo ensi perjantaina!

Faktaa ja fiktiota virtuaalimaailmasta

No nyt on hyviä uutsia! Meiltä ilmestyi artikkeli pari viikkoa sitten! Kyseessä on metodiartikkeli, joka esittelee ryhmässämme ideoidun ja toteutetun virtuaaliympäristön hyönteisten näön tutkimiseen. Artikkeli ilmestyi Nature Publishing Groupin upouudessa avoimessa nettilehdessä nimeltä Scientific Reports. Suora linkki artikkeliin on tässä.

Oma osuuteni artikkelista ovat nuo käyttäytymiskokeet, joissa torakka juoksee virtuaalimetsässä. Supplementary information -osiosta löytyy kaksi lyhyttä videota torakasta metsälenkillä. Kuvat 6a ja b esittävät torakan juoksemaa matkaa virtuaalimetsän kartalla. Karttojen mustat pisteet ovat puiden paikkoja, ja liikkumisnopeuden hahmottamiseksi torakan polulle on merkitty punainen ruksi joka 20. sekunti. Torakka on lähtenyt liikkeelle metsän keskeltä ja päätynyt molemmissa tapauksissa kiertämään metsää ympäri. Oletettavasti torakkaa viehättää suuri kontrasti metsänreunan ja täysin mustan ympäristön välillä.

"Virtuaalipallo" on herättänyt paljon mielenkiintoa. Onhan se toki mediaseksikäs aihe! Yllättävin artikkelimme innoittama teksti löytyi Scientific Americanin Observations-blogista. Ferris Jabr oli kirjoittanut sadun, jossa virtuaalitodellisuustutkimuksissa käytetyt eläimet pitävät kokousta. Uusina osallistujina kokoukseen saapuvat myös minun torakkani! Kyseisen sadun voit lukea täältä.

Haluan vielä tehdä yhden bloginoston. Tuonne oikeassa sivupalkissa olevaan Tiedeblogeja -listaan on ilmestynyt kotimainen Erään planeetan ihmeitä -niminen blogi. Kirjoittaja on ekologian ja evoluutiobiologian opiskelija Jyväskylän yliopistosta. Blogi on hyvin kirjoitettu ja käsittelee monipuolisia asioita ekologiasta paleontologiaan, koristettuna kirjoittajan itsensä tekemillä upeilla kuvituksilla. Suosittelen lämpimästi tutustumaan!

Eipä sitten muuta kuin leppoisaa pitkää viikonloppua ja hauskaa pääsiäistä niille, jotka sitä viettävät!

Uskottavaa tiedettä?

Olin perjantain pois töistä, joten tämän viikon merkitä tulee vasta nyt. Pahoitteluni. Tällä kertaa kirjoitan tieteen totuudenmukaisuudesta. Pyrin kirjoittamaan tämän tekstin viittaamatta suoraan kyseiseen aiheeseen tai tekijään, mutta katsotaan miten se onnistuu. Kyseessä on tapaus, joka tahraa Oulun yliopiston mainetta tiedeyliopistona.

Pari viikkoa sitten yliopistolla nousi melkoinen kohu eräästä tekniikan alan väitösilmoituksesta. Aihe oli melkoisen raflaava, suorastaan epätieteellinen, ja kiinnitti siten huomiota. Väitöskirja oli luettavissa PDF-muodossa yliopiston sivuilla jo ennen väitöstilaisuutta. Useat tahot huomasivat suuria tieteellisiä puutteita väitöskirjassa ja sen osajulkaisuissa, ja valmistelivat kommentteja esitettäväksi väitöstilaisuudessa. Meidän tutkimusryhmässämme väitösilmoitus herätti niin suurta närkästystä, että päätimme porukalla mennä seuraamaan väitöstä.

"Väittely" tapahtui englannin kielellä, sillä vastaväittäjä oli ulkomailta. Ilmeisesti väittelijän englannintaito ei ollut aivan väitöksen vaatimalla tasolla, sillä hänellä oli vaikeuksia vastata vastaväittäjän kysymyksiin. Väitöstilaisuus oli alusta loppuun muiltakin osin eriskummallinen. Väittelijä piti auksi yleisölle suomenkielisen lektion, jossa hän kävi läpi väitöstutkimuksen pääkohdat. Lektion jälkeen vastaväittäjä piti oman alustuksensa, jossa hän keskittyi kehumaan väittelijää rohkeudesta ottaa tällainen vaikea aihe väitöstyökseen. Väitöstilaisuuden tähän osaan ei yleensä kuulu väittelijän vuolas ylistäminen, sillä varsinainen väittely ei ole vielä edes alkanut!

Väittelyn aikana kävi usein niin, että vastaväittäjä esitti kysymyksen, johon väittelijä mutisi epäselvällä ja hiljaisella äänellä jotain, usein asian vierestä. Tähän vastaväittäjä reagoi yleensä kysymällä: "tarkoititko vastauksellasi tätä...", ja piti parin minuutin luennon kysymyksen aiheesta, osoittaen sanansa usein enemmänkin yleisölle kuin väittelijälle. "Luennon" pääätteeksi väittelijä sanoi tarkoittaneensa juuri sitä. Käytännössä vastaväittäjä siis vastasi itse esittämiinsä kysymyksiin. Ennenkuulumatonta!

Väitös eteni hyvävelihengessä loppuun asti. Lopuksi vastaväittäjä vielä kehui väittelijää ja luki lausuntoehdotuksensa, jossa puoltaa väitöksen hyväksymistä.

Tässä vaiheessa väitöstilaisuutta kustos (väitöksen "erotuomariksi" määrätty professori) kysyy yleisöltä, onko kenelläkään mitään kommentoitavaa. Yhdessäkään väitöksessä, jossa minä tai tuttuni ovat olleet, kukaan ei ole koskaan kommentoinut mitään. Tällä kertaa kuitenkin oma professorini pyysi heti puheenvuoroa. Hän oli etukäteen tehnyt kaksi A4-arkillista muistiinpanoja väitöskirjan ja osajulkaisujen tieteellisistä puutteista ja virheistä, ja hän luki ja komentoi ne kaikki. Hän esitti tiukkoja kysymyksiä, joihin väittelijä ei osannut tai kyennyt vastaamaan. Professorini ilmoitti tekevänsä väitöksestä kirjallisen lausunnon, jossa hän vastustaa väitöksen hyväksymistä. Tämän jälkeen vielä neljä muuta henkilöä pyysi puheenvuoroa. Kaikilla oli kysymyksiä ja kommentteja väitöstyön tieteellisestä laadusta. Väittelijä ei pystynyt kysymyksiin vastaamaan, joten kustos kehotti parin kysyjän jälkeen esittämään kysymykset suomeksi. Tämä ei paljoa auttanut, sillä järkeviä vastauksia ei väittelijästä suomeksikaan herunut. Kaikki kommentoijat aikoivat esittää väitöstä hylättäväksi.

Jossain vaiheessa myös vastaväittäjä pyysi puheenvuoroa. Hän alkoi kiivaasti esittää vastakommentteja englanniksi esitettyihin kommentteihin ja kysymyksiin. Hän suorastaan haastoi oman professorini, joka sanavalmiina ja tiukkana tiedemiehenä pystyi helposti vastaamaan vastaväittäjän argumentteihin. Puoli kolmen maissa kustos keskeytti keskustelun. Kustos ei saisi keskeyttää väitöksen aiheessa pysyvää keskustelua ennen salivarauksen päättymistä (klo 16), mutta kustos ilmeisesti halusi suojella väittelijää kritiikiltä. Professorini ilmoitti lopuksi, että hän aikoo kirjata lausuntoonsa myös sen, että vastaväittäjä puolusti väittelijää, ja että kustos keskeytti väitöksen aiheesta käydyn keskustelun ennen aikojaan.

Henkilökohtaisella tasolla minun kävi väittelijää ja hänen perhettään sääliksi. Kaikille oli varmasti sanottu, että väitöstilaisuus on vain jäykkää teatteria, joka kulkee tietyn kaavan mukaan kohti onnellista loppua. Väittelijä ja katsomon keskellä istunut perhe olivat kommenttiryöpytyksen alettua silminnähden kauhuissaan. Miten ihmeessä tuollainen huuhaatutkimus on voinut päästä väitösvaiheeseen asti, kun julkinen teilaus oli takuulla ennakoitavissa?

Professorini kertoi, että kustos ja vastaväittäjä kuuluvat vanhaan "kaveriporukkaan", joka on tehtaillut arveluttavia tutkimuksia ennenkin. Ainakin yksi tämän porukan junailema heppoinen väitös on Oulun yliopistossa aikanaan hyväksytty, koska se pääsi väitösvaiheeseen asti, eikä kukaan "tolkun ihminen" vaivautunut väitöstilaisuuteen sitä vastustamaan. Professorini sanoi, ettei olisi halunnut osallistua väitöstilaisuuteen, mutta koska se oli ainoa jäljellä oleva mahdollisuus saada väitös kaatumaan, hänen oli ihan pakko osallistua ja kommentoida. Lisäksi hän sanoi, että väitöskirjan osajulkaisuista pari oli julkaistu lehdissä, joiden toimittajakunnassa työn ohjaajat itse vaikuttavat. Osa "julkaisuista" oli konferenssijulkaisuja, eli ne eivät ole edes näennäisesti käyneet läpi vertaisarviointia. Väitöskirjan esitarkistus oli ilmeisesti myös onnistuttu junailemaan kaveriporukan kesken. Käytännössä siis väitöskirjatyön kokoinen läjä paskaa on onnistunut kulkemaan usean seulan ohi jäämättä mihinkään kiinni!

Minulla on riittänyt pohdittavaa tämän tapauksen tiimoilta. Näyttää siltä, että mikäli motivaatiota on, tiedeyhteisöä ja yliopistoja pystyy jallittamaan yllättävän pitkälle. Tarvitaan tiedeyhteisön omaa tarkkaavaisuutta ja uskallusta kritiikkiin, jotta epätieteellisyys ja suoranainen taikausko eivät pääse rehottamaan yllättävissä paikoissa. Oma itsekritiikki on välttämätöntä. Jos en pysty perustelemaan asioita itselleni tai en uskalla kysyä niihin ulkopuolisen mielipidettä, teorioitani ei kannattane viedä julkiseen tarkasteluun.

Lopullinen päätös tämän väitöksen hyväksymisestä/hylkäämisestä tehdään kuulemma tämän kuun lopulla. Mikäli päätös ilmoitetaan yleisesti, kerron siitä seuraavalla kerralla.

Tässä kaikki tällä kertaa. Seuraava teksti onkin sadas blogimerkintämme! Pitäisikö sen kunniaksi pitää blogitapaaminen kahvittelun merkeissä ensi perjantaina?

Pätevää

Tämän viikon olen tuntenut itseni erittäin päteväksi. Minua pyydettiin arvioimaan artikkelia ensimmäistä kertaa. Aihepiirinä oli erään kahlaajalajin populaatiorakenne, hyvin tuttua asiaa siis, joten otin arviointityön mielelläni vastaan. Sain pari minuuttia sitten lähetettyä valmiin arvioinnin lehteen. Lehden toimitus käyttää sitten minun, ja jonkun toisen (yleensä arvioijia on kaksi) arviointeja hyväkseen päättäessään mitä artikkelille tapahtuu - julkaistaanko vai hylätäänkö se.

Oli todella mukava huomata että ymmärsin mitä artikkelissa oli tehty, ja osasin tehdä korjausehdotuksia jos joku oli mennyt väärin. Yhden isomman virheen löysinkin, ja monta pientä. Artikkelia kirjoittaessaan täytyy olla täsmällinen, mutta silti virheitä jää, vaikka olisi kuinka kokenut kirjoittaja (kuten arvioimassani artikkelissa). Onneksi siis kaikki jutut luetutetaan muilla ennen hyväksymistä. Uskon että kommenteistani on hyötyä. Ainakin itse koin arviointiprosessin erittäin hyödylliseksi omalta kannaltani.

Nyt pitää juosta vielä tunteroiseksi eläinmuseolle kertaamaan oppilaiden kanssa Suomen lajistoa ennen ensi tiistaina olevaa tenttiä. Kiireinen viikko on ollut.

Rauhallista viikonloppua, ja toivotaan että sitä lunta nyt tulisi enemmän!

Nelli

Hyviä uutisia!

Ensimmäinen, ihkaoikea neljän viikon kesäloma on nyt lusittu. Puolet lomasta meni flunssassa sohvalla maaten (tulipahan levättyä). Tietokoneen ääressä on hankala olla, ja tuntuu että kaikki biologiaan liittyvä on kadonnut päästä (ehkä rään mukana?). Tyhmä olo. Mutta eiköhän se tästä, kun vauhtiin pääsee.

Sain pari viikkoa sitten arvioitsijoiden kommentit ensimmäiseen käsikirjoitukseeni. Pidin eritoten lauseista: "The paper is very well written", "The many complicated analyses are of the highest standard" ja "I enjoyed reading the manuscript". Tämä tarkoittaa sitä, että ellen kovin kauheasti kämmää korjausehdotuksia, joita arvioitsijat kehottivat minua tekemään, saan kenties pian julkaistua ensimmäisen väitöskirjatyöni! Mahtavaa!

Juttu käsittelee siis lapinsirrin koko levinneisyysalueen geneettistä historiaa ja populaatiorakennetta (eli fylogeografiaa) mitokondrio-DNA:n ja mikrosatelliittien avulla tutkittuna. Edellämainittujen kivojen kommenttien lisäksi arvioitsijat ehdottivat tehtäväksi muutaman hieman työläämmän jutun, sekä kaikenlaista pientä. Meidän pitää mm. tehdä populaatiorakenneanalyysi uudestaan, koska aiemmin tietokoneohjelman asetukset olivat pielessä (analyysi raksuttaa tuossa parast´aikaa). Lisäksi meidän pitää ajoittaa kahden löydetyn mtDNA-linjan erkanemisajankohta - tai oikeastaan melko laaja aikahaarukka, jonne eroaminen sijoittuu (ajoittaminen riippuu sekvenssin mutatoitumisnopeudesta, ja mtDNA:n kontrollialueen mutaatiovauhtiarviot vaihtelevat kovin). Tarkoituksena on myös pohtia enemmän mahdollisia syitä selkeän populaatiorakenteen puuttumiselle. Nämä ovat ne aikaavievimmät, ja loput hoituvat toivon mukaan nopeasti.

Hyviä uutisia siis tällä kertaa! Nyt peukut pystyyn että kaikki sujuu leppoisasti!

Nelli

Oho...

...taisinpas unohtaa eilen julkaista kirjoittamani tekstin.

Mietin pitkään, mitä uutta voisin kertoa, mitä sellaista asiaa käsitellä, josta en olisi jo aiemmin jotain puhunut. Tällä hetkellä mielen päällä on lähinnä etelänsuosirrin genetiikka, josta olen kaivanut tietoa Itämeren suosirriä käsittelevään juttuun, johon siis lupauduin kirjoittamaan oman osuuteni Lissabonissa pidetyssä kokouksessa. Tästä taitaa nyt seurata jälleen asiatekstiä. :)

Suosirrillä (Calidris alpina) tunnetaan noin yhdeksän alalajia ympäri maailmaa (riippuen ketä uskoo). Alalajit eroavat toisistaan pääasiassa morfologian perusteella, mutta koska suosirrin pesimäalue ulottuu maapallon ympäri, geneettisiäkin eroja löytyy väkisin. Mitokondrio-DNA:n kontrollialueen perusteella on löydetty viisi erillistä linjaa, jotka kuitenkaan eivät aina vastaa tiettyä alalajia (alalajeja on siis reilusti enemmän kuin geenilinjoja). Tämä on melko yleistä, kun populaatiota tarkastellaan neutraalien markkereiden (kuten mtDNA:n kontrollialueen tai mikrosatelliittien suhteen), sillä ne eivät monestikaan vastaa morfologisia ominaisuuksia. Esimerkiksi lapinsirrillä on löydetty kaksi mtDNA-linjaa, muttei yhtään alalajia, ja vaikkapa mustapyrstyökuirilla kolme eri alalajia, mutta paljon vähemmän muuntelua mtDNA:n kontrollialueessa kuin edellämainituilla kahdella lapinsirrilinjalla.

Suosirriä löytyy Fennoskandiasta kahta eri alalajia, C.a. alpinaa ja schinziitä, joista ensin mainittu on pohjoisempi, ja jälkimmäinen kiinnostuksen kohteenani oleva uhanalainen etelänsuosirri. Schinzii pesii Itämeren rannoilla (mutta myös mm. Islannissa), alpina puolestaan Pohjois-Ruotsin, Pohjois-Norjan ja Lapin alueilla ja siitä itään Jäämeren rannikkoa pitkin aina Yamaliin ja Gydaniin asti läntiseen Siperiaan. Etelä-Norjassa on schinziin ja alpinan hybridivyöhyke (jossa molemman alalajit siis pesivät).

Selkeää eroa näiden kahden alalajin välillä ei ole geneettisten markkerien suhteen löydetty. Kuitenkin mikrosatelliittien ja mtDNA:n kontrollialueen perusteella on löydetty ns. kliini, eli alleeli- ja haplotyyppifrekvenssit muuttuvat asteittain etelästä pohjoiseen ja itään päin, aina seuraavan suosirrialalajin, centraliksen, seuduille Taimyrin niemimaalle Siperiaan mentäessä. Schinzii koostuu omasta haplotyypistään, centralis pääosin omastaan (vaikka joukossa on vähän schinziin haplotyyppejäkin), ja alpinassa on molempia haplotyyppejä. Läntisimmissä ja eteläisimmissä alpinoissa on vain vähän centralis-haplotyyppejä joukossa, mutta mitä idemmäksi ja pohjoisemmaksi mennään, sitä suuremmaksi kasvaa niiden osuus. Täten alpina on geneettisesti vähän niinkuin välimuoto kahden muun alalajin välissä.

Tämä tieto pitäisi nyt kirjoittaa englanniksi, ja tähän lisätä tietämys siitä, mitä muilla geneettisillä markkereilla on saatu selville. Pääpointti on kuitenkin se, ettei geneettisillä perusteilla voida erottaa näitä alalajeja toisistaan (paitsi tietenkin jos linnulla on siperialainen haplotyyppi, silloin se ei voi olla etelänsuosirri).

Tuli tässä mieleeni että onkohan suosirriä tutkittu ns. viivakoodigeenin, mitokondriaalisen sytokromioksidaasi ykkösen (COI:n) avulla? Se voisi hyvinkin auttaa alalajien geneettisessä määrittämisessä, sillä se ei ole neutraali markkeri ja siten siinä voisi periaatteessa näkyä samankaltaisia eroja alalajien välillä kuin morfologiassakin. (Tiedän että suosirriltä on sekvensoitu kyseinen geeni, mutta en ole varma onko sitä tehty eri alalajeilta.)

Nyt lauantain viettoon ja ulkoilemaan!

Nelli

Post-posterinen euforia kirvoittaa kirjoittamaan

No huh heijaa! Nyt on ollut tälläkin jatko-oleskelijalla työntäyteinen kuukausi! Tekemistä on ollut enemmän kuin ehtii tehdä, etenkin nyt parin viimeisen viikon ja viikonlopun ajan. Olen istunut iltaisin puoli kymmeneenkin asti töissä ensin analysoimassa dataa ja sitten kirjoittamassa posteriani. Tämä siis sen jälkeen, kun istuin viikkotolkulla täysiä päiviä pimeässä laboratoriossani kaksin torakan kanssa tekemässä optomotorisia kokeita. Syy tähän tappotahtiin on tuo viimeksi bloggaamani Lundin aistiekologian kurssi, jonne olen nyt sunnuntaina lähdössä. Kurssilla tulee esitellä omaa tutkimustaan posterin avulla, ja koska sain optomotoriikkakokeet toimimaan vasta elokuulla, minulle tuli tulenpalava kiire kerätä tarpeeksi dataa esitystä varten. Posteri kuitenkin valmistui eilen iltapäivällä, ihan kunnialla ja hyvissä ajoin. Ohjaajat ja ohikulkijat kehuivat sitä paitsi ”ihan hyväksi”, myös hyvin kauniiksi. Sisältöön ei erityisen kriittisesti puututtu, minkä takia post-posterinen euforiani jatkuu yhä.

Viimeinen kuukausi on tiivistänyt mielessäni sen, mitä tutkimuksen tekeminen on koeosuudesta julkaisemiseen asti. Vielä ei tietenkään varsinaisesta julkaisusta ole kyse (enkä voi siis puhua tuloksistanikaan), mutta tiukat posterinvääntösessiot muistuttavat hieman artikkelin kirjoittamista. Koska en oikein muutakaan nyt keksi, voisin valottaa teillekin tätä prosessia, tai ainakin omaa näkemystäni siihen.

Ensin siis tehdään kokeita epätoivon vimmalla. Puurretaan lukemattomia tunteja labrassa (tai maastossa/koekentällä…) ja toivotaan koko ajan, että ettei mikään tuhannesta mieleen tulleesta virhemahdollisuudesta toteudu. Jotain menee kuitenkin aina välillä pieleen, ja ne ovat yleensä sellaisia asioita, joita ei ole osattu ottaa ennalta huomioon. Sitten pohditaan ja pähkäillään ja puserretaan itkua kunnes ongelma saadaan ratkaistua ja töitä päästään jatkamaan.

Kokeita tehdään, jotta saadaan dataa. Kun dataa alkaa olla tarpeeksi (mikä sitten on "tarpeeksi" onkin jo eri juttu), sille pitää tehdä jotain. Raakadata kun voi olla hyvinkin luotaantyöntävää, eikä siitä monestikaan pysty suoraan näkemään oikeastaan yhtään mitään. Alkaa siis analysointivaihe. Tässä vaiheessa käytetään apuna erilaisia tietokoneohjelmia, jotka nopeuttavat suurten tietomassojen käsittelyä ja mahdollistavat täten suurempien otoskokojen ja toistomäärien käytön. Erityyppisen datan käsittelyyn on saatavilla monenlaisia valmiita kaupallisia ohjelmia. Koodin pyörityksestä jotain ymmärtävät voivat myös tehdä omiin tarkoituksiinsa räätälöityjä sovelluksia esimerkiksi MATLAB -ympäristössä.

Monesti raakadata on sellaisessa muodossa, että analysoinnissa käytettävät ohjelmat eivät sitä osaa lukea. Data täytyy siis ensin muuttaa "ymmärrettävään" muotoon. Yleensä tähän liittyy taulukointia ja mahdollisesti erilaisia laskutoimituksia. Tämä työvaihe on myös yleisesti ottaen kuolettavan tylsä ja yksitoikkoinen, eikä juurikaan aivotoimintaa vaativaa. Työtä, jonka robotit tulevaisuudessa tekevät, hehe…


Työrauhan takaamiseksi keskittymistä vaativien työvaiheiden ajaksi työhuoneen oveen voi ripustaa hiljaisuuden tarvetta havainnollistavan kyltin. Tämän kyltin totesin riittävän havainnollistavaksi.

Mielenkiinto lisääntyy hieman seuraavaan vaiheeseen, eli siihen varsinaiseen analyysiin päästäessä. Tässä vaiheessa viimeistään pitäisi olla selvillä, mitä datasta haluaa saada irti (Tokihan koe on suunniteltava alusta lähtien sen ympärille, mitä tietoa kokeesta halutaan saada!). Mikäli aineisto vaatii tilastollista testausta, on osattava valita oikeat testit. Aineiston esittämistä on myös hyvä miettiä tässä vaiheessa. Tulevatko olennaiset asiat esille parhaiten taulukkona vai jonkinlaisena kuvaajana?

Analyysien aikana ja jälkeen mietitään tietenkin tulosten merkitystä. Olen saanut selville, että kun kohteelle X tekee käsittelyn Y, kohteesta saadaan vaste Z. Miksi näin on? Mitä hyötyä kohteelle on siitä, että se reagoi kyseisellä tavalla? Millaiset mekanismit ovat vasteen takana? Onko vaste verrattavissa lähisukuisten lajien vastaaviin reaktioihin? Esimerkiksi tällaisia kysymyksiä on hyvä mielessään pyöritellä, kun perehtyy tuloksiinsa. Näistä kysymyksistä ja niihin mahdollisesti löytyvistä vastauksista rakentuu aikanaan tuloksista kirjoitettavan artikkelin pohdinta-osio, jossa omat tulokset liitetään osaksi sitä "isoa kuvaa" ja parhaassa tapauksessa useiden tutkijasukupolvien peräänantamatonta tutkimustyötä.

Tulosten julkaiseminen onkin luonnollisesti tutkimuksen seuraava vaihe. Julkaisussa tulokset on osattava esittää selkeästi yhdessä hyvin perusteltujen johtopäätöksien kanssa. Aloittelevilla tutkijoilla pelkkä kirjoittaminen voi kestää kuukausia (Tsemppiä teille juttujenne loppuunsaattamisessa, Nelli ja Maria!), kun taas rutinoitunut tutkija saattaa saada julkaisukelpoista tekstiä aikaan lähestulkoon itsestään. Tästä on elävänä esimerkkinä graduohjaajani, joka kirjoittaa lukuisien tutkimusjulkaisujensa lisäksi vuosittain monta laajaa oman erikoisalansa katsausartikkelia ja aivan käsittämättömästi myös muita tiedeartikkeleita täysin harrastepohjalta. Hänellä ei käsikirjoituksen kanssa kauaa nokka tuhise!

Tulosten julkaisemisessa kirjoittamista vaikeampaa voi olla artikkelin varsinainen julkaistuksi saaminen. Tiedelehtiä on nykyisin pilvin pimein, ja niitä yritetään pistää paremmuusjärjestykseen ns. vaikuttavuuskertoimen eli impact factorin avulla. Koska esim. yliopistoissa yksiköiden rahoitus riippuu osittain siitä, miten korkean "impaktin" lehdissä viime aikojen tulokset on julkaistu, kaikki yrittävät saada tuloksensa mahdollisimman kovan linjan lehtiin. Tämä tietenkin synnyttää kovaa kilpailua. Suurin osa lehteen lähetetyistä eli submittoiduista käsikirjoituksista tulee bumerangina takaisin. Joko lehti vaatii tekstiin korjauksia ja/tai tehtäväksi joitain selventäviä lisätutkimuksia ennen julkaisua, tai sieltä suoraan ilmoitetaan, että kiitos mutta ei kiitos. Monesti käsikirjoitus kiertää useamman lehden kautta ennen kuin "nappaa" ja jokin sarja hyväksyy sen julkaistavaksi. Tässä vaiheessa tutkija itse on todennäköisesti jo suunnitellut uuden tutkimuksen ja häärää uuden tutkimusongelmansa kimpussa jossain labran uumenissa (tai maastossa/koekentällä…).

Nyt pakkaan hammasharjan, vaihtoalkkarit ja puhtaat sukat rinkkaan ja häivyn Ruotsinmaalle. Seuraavassa merkinnässäni lokakuun loppupuolella kerron kurssikuulumisia Lundista, toivon mukaan valokuvien siivittämänä!

Seuraavaan kertaan!