torstai 24. maaliskuuta 2011

En ossaa!

Hei!

Päätin kirjoittaa jo tänään, koska huomenna on niin paljon tekemistä, että bloggaus saattaisi unohtua kaiken kiireen keskellä.

Viime ajat olen testannut hermojani karvamäärityksien parissa. Olen siis tutkinut keräämistäni ahman ulosteista, mitä ahma on syönyt. Useimmiten lajinmääritys tapahtuu ulosteista löytyvien karvojen avulla, mutta toisinaan esim. luun, kynnen tai hampaankin avulla pääsee oikeille jäljille. Olen tehnyt näitä analyysejä aikaisemminkin, mutta taito tuntuu kasvavan tässä hommassa varsin hitaasti. Kukaan ei käsittääkseni meidän laitoksellamme tee tällä hetkellä ulosteanalyysejä, joten kukaan ei ole pystynyt opettamaan minulle tätä kädestä pitäen. Sen sijaan olen tutustunut alan kirjallisuuteen ja pommittanut eri yliopistojen ihmisiä sähköposteilla. Olenkin saanut monelta hyviä vinkkejä (kiitos niistä, jos joku teistä lukee tätä blogia!) tekniikasta ja siitä, kuinka erottaa vaikeat lajiparit toisistaan karvojen perusteella. Tosin olen myös huomannut, että lähes kaikki ovat kehittäneet "oman määrityskaavansa" ja kolleegoilta saamani neuvot saattavat poiketa aika rajustikin toisistaan. Kuka sitten on oikeassa vai ovatko kaikki?

Mikä tässä sitten on niin vaikeaa? Aloitetaanpa perusteista. Eläinten karvapeite koostuu aluskarvasta (underhair) ja päällyskarvasta (overhair, stiff hair). Aluskarvoissa ei ole havaittu selviä lajienvälisiä eroja, joten määritykset tehdään yleensä päällyskarvasta. Päällyskarvassa on erotettavissa paksumpi (shield) ja ohuempi (shaft) osa, ja yleensä määritys tehdään paksunnuksen kohdalta. Jos tässä tulee ensimmäinen ongelma: läheskään aina karvoista, jotka ovat ahman ulosteeseen päätyneet, ei vaan yksinkertaisesti löydy päällyskarvoja, joista määrityksen voisi tehdä. Parhaiten määritys onnistuu selän ja kylkien karvoista, mutta jos ahma on järsinyt esimerkiksi hirven tai jäniksen jalkaa, ei karvoissa enää välttämättä näekään tunnusomaisia piirteitä.

Joku voisi sanoa, että kyllähän nyt esimerkiksi hirven karvan tunnistaa jo paljaalla silmälläkin. Mutta jos ulosteesta löytyy vaan lyhkäisiä hirven karvoja, saattavat ne muistuttaa ulkonäöltään vaikkapa kesäpukuisen jäniksen karvaa. Siksi mikroskooppia tarvitaan.

Vaikka käytettävissä olisikin päällyskarvoja, ongelmia riittää edelleen. Ensinnäkin, preparaatit eivät aina onnistu. Tässä kyllä voisin itsekin skarpata. Käytän nimittäin ns. kynsilakkamenetelmää preparaattien teossa, kun olisi olemassa vaihtoehtoinenkin menetelmä, ns. asetaattimuovimenetelmä. Kynsilakan edut ovat nopeus ja helppos, kun taas muovisysteemillä tehdessä menee enemmän aikaa ja vaivaa, mutta lopputulos on käsittääkseni yleensä parempi. Suurin osa kolleegoista tuntuu käyttävän kynsilakkamenetelmää, mutta he, ketkä käyttävät asetaattimuovia, kehuvat kyllä kovasti sen paremmuutta.

Toiseksi, ei ole mitenkään helppoa nähdä määritysoppaiden listaamia eroja karvoissa. Erot siis saattavat olla joko medullassa tai karvan pinnan suomukuvioissa. En halua alkaa arvailemaan tai kuvittelemaan mitään, joten arvatenkin työ on hidasta ja tässä vaiheessa on vielä kovasti matskua laatikossa nimeltä "en osaa määrittää, yritä uudelleen jossain vaiheessa". Jänis on ihanan helppo, ja hirvikin silloin, kun ei ole vaaraa muista hirvieläimistä. Linnut menevät yleensä yhteen luokkaan, vaikka toisinaan saan määritettyä kanalinnut lajilleenkin. Mutta kaikki muut tuottavat vaikeuksia.

Tässä siis selitys sille, miksi väikkärini etenee tällä hetkellä etanan vauhtia. Deadlinet paukkuu ja kovaa, mutta ei auta kuin tehdä uudet aikataulut. Ensi viikolla lähden reiluksi viikoksi Arabiemiraatteihin rentoutumaan ja toivon mukaan reissun jälkeen on taas paljon uutta energiaa :)

Anni

perjantai 18. maaliskuuta 2011

Biocenter-päivä tulee taas!

Käytänkin oman kirjoitusvuoroni häpeämättömästi mainostamiseen. Kirjoittelin tällaisen lehdistötiedotteen tapahtumasta, pitäkääpä silmät auki jos se vaikka tulisi jossain pikkumediassa vastaan. :)

Biocenter-päivä

Biocenter Oulun nuoret väitöskirjatutkijat järjestävät jälleen vuotuisen Biocenter-päivän tiistaina 29.3.2011. Kansainvälisten huippututkijoiden luentoja seuraamaan odotetaan yli 150 tutkijaa Oulun yliopiston luonnontieteellisestä ja lääketieteellisestä tiedekunnasta.

Biocenter-päivän tämänvuotisena teemana ovat fysikaaliset voimat biologiassa. Erilaiset fysikaaliset voimat ja vuorovaikutukset muodostavat pohjan elämälle sen kaikissa ilmenemismuodoissa. Altistuminen tietyille ympäristötekijöiden aiheuttamille fysikaalisille voimille voi myös aiheuttaa ongelmia elävissä soluissa. Kutsupuheiden aiheet käsittelevät fysikaalisia voimia monilta eri kannoilta. Aiheita ovat mm. fysikaalisten vuorovaikutusten mittaaminen, niiden mallintaminen tietokoneita käyttäen, sekä ionisoivasta säteilystä johtuvien DNA-vaurioiden korjaaminen.

Kutsuttuja puhujia saapuu Suomen lisäksi useista Euroopan maista. He ovat alojensa tunnettuja tutkijoita, joiden tuloksia julkaistaan tieteen huippujulkaisuissa. Fysikaalisten vuorovaikutusten tutkimuksesta saadaan arvokasta tietoa, jota voidaan soveltaa mm. lääketieteessä.

Biocenter-päivän tapahtumapaikka on Oulun yliopiston lääketieteellisen tiedekunnan päärakennuksen auditorio 101A. Tilaisuuteen ovat tervetulleita kaikki kiinnostuneet. Biocenter-päivän tarkempi ohjelma on luettavissa täällä.


Nähdään tiedeluentojen merkeissä!

perjantai 11. maaliskuuta 2011

Labroi

Perjantaita!

Viivästys kestikin sitten kokonaisen viikon, suonette anteeksi sen!

Tällä viikolla päivät ovat
menneet hujauksessa (miten ihmeessä nyt on jo perjantai?!!) molekyyliekologian labraharkkoja opettaessa ja omia labroja tehdessä. Opettaminen on ollut kivaa ja helppoa, kun kaiken opetettavan tuntee läpikotaisin ja tietää mistä puhuu. Eilen teimme yhdessä sekvensointi-PCR:n kalapuikoista eristetylle DNA:lle; tarkoituksena on katsoa (kuten viime vuonnakin kyseisellä kurssilla), onko kala sitä mitä paketissa lukee. Alkuviikosta määritimme geneettisesti talitiaisten sukupuolia, ja ensi viikolla monistamme mikrosatelliitteja. Mukavaa. :)

Omat labratyö
ni keskittyvät tällä hetkellä suosirrin noin 20 mikrosatelliittilokuksen monistamiseen ja näytteiden sukupuolenmäärittämiseen. Lintujen sukupuolenmääritys saattaa olla vaikeaa luonnossa, koska usein höyhenpuvut ovat samannäköiset ja koko ei välttämättä eroa sukupuolten välillä kovin paljoa. Sukupuolet voidaan kuitenkin määrittää geneettisesti; sitä varten on kehitelty alukkeet, jotka monistavat tiettyä lokusta lintujen sukupuolikromosomeissa, jotka on nimetty X:ää ja Y:tä vastaavasti W:ksi ja Z:ksi. Siinä missä esimerkiksi ihmisillä miehillä on yksi Y- ja yksi X-kromosomi ja naisilla kaksi X:ää, linnuilla naarailla on yksi kappale kumpaakin (Z ja W), ja koirailla kaksi Zetaa. Naaraat ovat siis heterogameettisia ja koiraat homogameettisia. DNA-pätkä, jota alukkeet monistavat, on eri mittainen eri sukupuolikromosomeissa. Täten, koska koirailla on kaksi samanlaista kromosomia, niillä monistuu vain yhden mittaista pätkää (sama pätkä kummastakin kromosomista). Naarailla puolestaan monistuu kahta eri mittaista DNA-pätkää (yksi molemmista kromosomista). Tämä voidaan sitten havainnollistaa ajamalla PCR-tuote agaroosigeelillä - naaraiksi voidaan määrittää ne näytteet, joiden kohdalla geelillä näkyy kaksi erillistä rantua, ja koiraiksi ne, joilla rantuja on vain yksi.












Tältä näyttää onnistunut sukupuolenmääritys (naarailla kaksi, koirailla yksi rantu). Valokuvat on otettu valokuvista, eli anteeksi oudot heijastumat...


Edelliset kuvat ovat siis agaroosigeelistä, jossa näytteet ajetaan. Geeli valetaan ajoa varten tietynlaiseen muottiin, ja geeliin lisätään ainetta (yleensä etidiumbromidia), joka sitoutuu DNA:han ja saa sen hohtamaan UV-valossa. Geeliin upotetaan valuvaiheessa "kammat", jotka jättävät geeliin kuopparivin, johon DNA-näytteet sitten pipetoidaan latauspuskurin kanssa (ks. seuraavat kuvat). Geelin läpi laitetaan kulkemaan sähkövirta, ja koska DNA on negatiivisesti varautunutta, näytteet alkavat liikkua kuopistaan ajolaitteen positiivista napaa kohti. Näytteiden kulkunopeus riippuu ensisijaisesti DNA-pätkän pituudesta; lyhyemmät pätkät kulkevat nopeammin ja pidemmät hitaammin. Myös geelin "tiukkuus" vaikuttaa eli mitä jämäkämpi geeli on (mitä enemmän siinä on agaroosia), sitä hitaammin DNA siinä kulkee. Jämäkämpää geeliä käytetään esimerkiksi sukupuolenmäärityksessä, kun halutaan saada erotettua toisistaan naaraiden kaksi erimittaista pätkää. Geelille pipetoidaan näytteiden lisäksi myös tunnettua kokostandardia, johon omien näytteiden kokoa voidaan verrata.












Lähikuva geeliin tulevista kuopista, johon näytteet pipetoidaan.












Kuv
assa geeli ajon jälkeen: sinisenä näkyy näytteiden sekaan pipetoitu latauspuskuri.












Ja tässä geeli UV-valossa; punaisena hohtavat DNA-rannut näkyvät hienosti.


Edellisellä geelillä näkyy erimittaisia mikrosatelliittilokuksia. Oikeassa reunassa näkyy kokostandardi, jonka
avulla oikeanpuoleiset seitsemän näytettä voidaan määrittää noin 100 emäsparin pituisiksi, ja vasemmalla olevat rannut (näkyvissä kolme ja puoli rantua) noin parisataa emäsparia pidemmiksi. Standardin rantujen koot siis tiedetään; ne ovat alhaalta ylöspäin järjestyksessä 100, 200, 300 ja 400 emäsparia. Tätä suuremmat rannut eivät ole erotettavissa tässä kuvassa toisistaan (jotta ne saisi kunnolla näkyviin ja erkanemaan, pitäisi geeliä ajaa vielä paljon pidemmälle).

Tällaisia juttuja minä siis laboratoriossa puuhastelen, ja tykkään kovasti. Onhan se hienoa kun ihan oikeaa DNA:ta, pienenpientä molekyyliä, voi näin päästä (muutamien välivaiheiden kautta) paljailla silmillä tarkastelemaan!

Tässä vielä kohtalokas näyteputki, nimesin linnun Damieniksi.











Hyvää viikonloppua, me lähdetään Annan kanssa hiihtelemään ja rentoutumaan pariksi päiväksi.

lauantai 5. maaliskuuta 2011

Viivästys

Nyt on tiedossa pieni viivästys; saatte sitten ensi viikolla lukea viimeaikaisista tekemisistäni, jotka koskevat lähinnä Oulun yliopiston eläinmuseon yläkerran laboratoriota ja siellä tapahtuneita sattumuksia. (Viivästyksen syy tiivistyy kahteen asiaan: Bloggerin toimimattomuuteen perjantai-iltana sekä kameran kotiinunohtamiseen.)

Nähdään ensi viikolla,

Nelli