Nyt ei oikein irtoa

Anteeksi, unohdin, että on jo minun vuoroni kirjoittaa!

Viimeiset kaksi viikkoa ovat olleet ihan hulluja. Olen tehnyt lisää käyttäytymiskokeita ja jatkanut intrasellulaarimittauksia. Nyt niistä jopa on tullut dataa! Mittauspäivät ovat venyneet yöhön, ja olen ollut koko viikon ihan sekaisin, ajasta ja kaikesta muustakin. Mutta pääasia on, että dataa tulee. Toivotaan, että se olisi tarpeeksi laadukasta, ja että tämän rupeaman jälkeen voisin alkaa lopultakin työstää ensimmäistä artikkeliani.

Leppoisaa sunnuntaipäivää teille lukijoille!

Vituiks Män ja muita savolaisia supersankareita

Heipä hei, lukijat!

Oma Negatiivisen Elämänasenteen™ sanansaattajanne on näppäimistön takana jälleen! Kuten arvata saattaa, mikään ei töissäni vieläkään mene niin kuin pitää. Nelli nauraa vastoinkäymisilleni aina niin makeasti, että ihan huumoriarvon vuoksi lienee paikallaan lyhyesti kertoa, mikä mättää.

Joulukuun alun punkkiräjähdyksen jälkeen torakoita on olut vain siinä kliimakaapissa, jossa punkkeja ei tuolloin ollut. Viime perjantaina pikkupirulaiset kuitenkin järjestivät yllätyksen myös ”puhtaassa” kaapissa. Sain jälleen rakkaat torakkani pelastettua, koska huomasin punkit ennen kuin ne olivat kaikkialla. Kliimakaappi kuumennettiin viiteenkymmeneen asteeseen, jolloin kaikki näkyvillä olevat punkit kuolevat. Tutkimusryhmämme diplomi-insinööri rakenteli iltapuhteinaan otsonointilaitteen, joka säteilee UV-A:ta ja muodostaa otsoonia. UV-säteily aiheuttaa DNA-vaurioita ja otsooni on eliöille myrkyllistä. Toiveena olisi, että tämä ”tuplamyrkytys” vaikuttaisi myös niihin punkkiyksilöihin, joita kuumennus ei tapa. Lienevätkö ne sitten jossain lepomuodossa kliimakaapin tiivisteiden välissä, vai miten ne kuumuudesta selviävät, en tiedä. Fakta kuitenkin on, että normaalein keinoin niistä ei näytä pääsevän eroon.

Joulun alla aloitin jälleen intrasellulaarimittaukset. Koejärjestely oli valmiina ja loppukesästä toimivaksi todettu, ja ajattelin pääseväni tarttumaan toimeen hyvinkin pian. Joulunalusviikko oli yhtä katastrofia. Joka päivä tuli eteen uusi, täysin odottamaton ongelma, joka vaati jonkin asian säätöä. Aatonaattona luulin rikkoneeni huippukalliin mittausvahvistimen, ja olin asiasta aivan palasina. Vahvistin oli onneksi kunnossa ja vika löytyi elektrodeista, ja pääsin joulunviettoon kevein mielin. Välipäivinä en uskaltanut yrittääkään mittauksia, koska töissä ei ollut ketään, jolta olisi voinut kysyä apua.

Uuden vuoden jälkeen jatkoin koemittauksia. Sama päätön meininki jatkui kuin joulun alla, kunnes lopulta viime torstaina kaikki meni niin kuin oppikirjassa. Olin riemuissani; perjantaina yrittäisin mittauksia yhdellä viidestä kallisarvoisesta koetorakastani! Perjantai meni kuitenkin ihan pipariksi yllämainittujen punkkien ansiosta. Operaatio Pelastakaa Minkä Voitte kesti nelisen tuntia, eikä sen jälkeen enää kannattanut aloittaa. Jäin siis jännittyneenä odottamaan maanantaita ja ensimmäistä varsinaista mittausta.

Maanantaina tutkimusryhmämme aamupalaverissa toinen ohjaajani sanoi kuulleensa kahdesta muusta tutkimusryhmästä, jotka ovat tekemässä hyvin samanlaista tutkimusta kuin mikä minulla on ollut työn alla jo hyvän aikaa. Meidän on pakko saada tulokset julkaistua ensimmäisinä, mikäli mielimme saada ne julkaistua niin korkealla kuin on suunniteltu. Siksipä deadlineani kiristettiin. Käsikirjoituksesta on oltava olemassa ensimmäinen vedos huhtikuussa. Ei paineita…

Lounaan jälkeen aloittelin töitä tohkeissani. Preparaatti torakasta numero 92 onnistui hyvin ja mittauslaitteisto toimi. Torakka vain ei tulosten perustella ollut ihan ”priimakuntoinen”. Mittaustuloksia tuli, mutta ne olivat aika heikkolaatuisia. Paineet kasvoivat tiistaita kohden.

Tiistain sivulla laboratoriopäiväkirjassani lukee koko sivun peittävä ”KAIKKI MENI PÄIN V*TTUA!” Ei siitä sen enempää.

Keskiviikkona olin jo niin hermoraunio, että päätin preparoida taas yhden numeroimattoman ”joutotorakan” ja kokeilla systemaattisesti, mikä mittauksissa mättää. No, keskiviikkonapa ei mättänyt yhtään mikään. Itse asiassa keskiviikon mittaukset olivat parhaimpia mitä olen koskaan tehnyt! Harmi vain, että niitä ei saatu numeroidusta eli käyttäytymiskokeisiin käytetystä yksilöstä, tosin tämäkin data menee varmasti artikkeliin.

Keskiviikon onnistumisen myötä itsetuntoni kohosi sen verran, että preparoin torstaina torakan numero 94. Preparointi sujui hyvin, mutta mittauksista ei taaskaan tullut mitään: soluja löytyi huonosti, enkä löytänyt preparaatista yhden yhtä valovastetta, eli silmä tuntui olevan kokonaan sokea. Mitä ihmettä? Torakka oli pärjännyt ihan hyvin näköön perustuvaa käyttäytymistä testaavissa kokeissa, ei se voi olla sokea. Jokin oli joka tapauksessa taas vialla, ja niin olin käyttänyt 3/5 numeroiduista torakoistani saamatta yhtään kelvollista mittausta.

Tänään en edes yritä. Olen tehnyt koko viikon töitä iltaa myöten, ja tänään ajattelin lähteä kotiin jo iltapäivällä. Toinen ohjaajani kävi kyselemässä edistymisestäni, eikä minun auttanut kuin ääni väristen kertoa, mikä täydellinen katastrofi tämä viikko on ollut. Ohjaajani nauroi makeasti ja totesi, että tervetuloa elektrofysiologian pariin!

Nyt kaulukset pystyyn ja nokka kohti ensi viikkoa ja uusia epäonnistumisia!

Opetäteilyä

Taas on se aika keväästä, kun opetusvelvollisuus kutsuu. Vedän viime keväältä tuttua labratyötä ”Entsyymireaktioiden kinetiikka”, mutta täysin ongelmitta en ole selvinnyt.

Tarkistin Laitteiston toimivuuden pariinkin kertaan ennen ensimmäistä kurssikertaa ja tilasin uutta entsyymiä jotta reaktio varmasti onnistuu. Kaiken piti olla kunnossa ja tiptop. Sitten tulivat opiskelijat ja alkoivat ohjeideni mukaan töihin.

Työn alkumetreillä sattui pieni vahinko ja arvokkaat elektrodit sisältänyt reraktioastia putosi pöydältä – onneksi vain lavuaariin. Tarkistin elektrodien kunnon silmämääräisesti ja ne näyttivät ehjiltä. Työtä jatkettiin.

Hetken kuluttua elektrodien putoamisesta alkoivat ongelmat. Mittaussofta kaatui. Käynnistin sen uudelleen ja se näytti toimivat, mutta vain tovin. Softa alkoi kaatuilla vähän väliä, eikä lopulta suostunut toimimaan lainkaan.

Minulla eri ole mitään kokemusta siitä, mitä kyseiset softat ovat syöneet ja miten niiden toimivuus tarkistetaan. Siksipä kipaisin hakemaan paikalle kätevämmän työkaverini, joka kävi softan kimppuun. Siksi aikaa lähetin opiskelijat kahville.

Hetken tietokoneen kanssa juteltuaan työkaverini tuli siihen tulokseen, että softa on kunnossa. Ongelma oli hänen mukaansa elektrodien päässä. ”Mahtravaa,” ajattelin, ”elektrodit hajosivat!”

Etsin opiskelijat käsiini. Sovimme, että koska he olivat jo päässeet kokeilemaan työn kaikkia vaiheita käytännössä, ja koska työ on pääasiassa pipetoimista ja odottamista (mitä he jo saivat harjoitella, hehe), heidän ei tarvitse varata uutta labra-aikaa. Lupasin lähettää heille jonkin viimevuotisen datasetin työn viimeisestä osiosta, joka heiltä jäi keräämättä. Sen avulla työselostuksen voi tehdä, vaikka data ei omaa olekaan.

Seuraavana päivänä ryhdyin toden teolla selvittämään elektrodien ongelmaa. Ne eivät onneksi olleet rikki, mutta referenssielektrodi oli niin tukossa, että se piti tyhjentää ja puhdistaa oikein viimeisen päälle hyvin. Sen jälkeen kokeillessani kaikki toimi täydellisesti. Seuraavan työparin kanssa jännitin laitteiston toimimista, mutta onneksi ongelmia ei tullut.

Vielä tänään sulkeudun opiskelijoiden kanssa laboratorioon koko iltapäiväksi, ja sitten on lähiopetus tältä keväältä purkissa. Työselostukset pitää tietenkin vielä tarkistaa, mutta muuten voin rauhassa keskittyä taas omiin tutkimuksiini.

Aurinkoista äitienpäiväviikonloppua kaikille!

Labroi

Perjantaita!

Viivästys kestikin sitten kokonaisen viikon, suonette anteeksi sen!

Tällä viikolla päivät ovat menneet hujauksessa (miten ihmeessä nyt on jo perjantai?!!) molekyyliekologian labraharkkoja opettaessa ja omia labroja tehdessä. Opettaminen on ollut kivaa ja helppoa, kun kaiken opetettavan tuntee läpikotaisin ja tietää mistä puhuu. Eilen teimme yhdessä sekvensointi-PCR:n kalapuikoista eristetylle DNA:lle; tarkoituksena on katsoa (kuten viime vuonnakin kyseisellä kurssilla), onko kala sitä mitä paketissa lukee. Alkuviikosta määritimme geneettisesti talitiaisten sukupuolia, ja ensi viikolla monistamme mikrosatelliitteja. Mukavaa. :)

Omat labratyöni keskittyvät tällä hetkellä suosirrin noin 20 mikrosatelliittilokuksen monistamiseen ja näytteiden sukupuolenmäärittämiseen. Lintujen sukupuolenmääritys saattaa olla vaikeaa luonnossa, koska usein höyhenpuvut ovat samannäköiset ja koko ei välttämättä eroa sukupuolten välillä kovin paljoa. Sukupuolet voidaan kuitenkin määrittää geneettisesti; sitä varten on kehitelty alukkeet, jotka monistavat tiettyä lokusta lintujen sukupuolikromosomeissa, jotka on nimetty X:ää ja Y:tä vastaavasti W:ksi ja Z:ksi. Siinä missä esimerkiksi ihmisillä miehillä on yksi Y- ja yksi X-kromosomi ja naisilla kaksi X:ää, linnuilla naarailla on yksi kappale kumpaakin (Z ja W), ja koirailla kaksi Zetaa. Naaraat ovat siis heterogameettisia ja koiraat homogameettisia. DNA-pätkä, jota alukkeet monistavat, on eri mittainen eri sukupuolikromosomeissa. Täten, koska koirailla on kaksi samanlaista kromosomia, niillä monistuu vain yhden mittaista pätkää (sama pätkä kummastakin kromosomista). Naarailla puolestaan monistuu kahta eri mittaista DNA-pätkää (yksi molemmista kromosomista). Tämä voidaan sitten havainnollistaa ajamalla PCR-tuote agaroosigeelillä - naaraiksi voidaan määrittää ne näytteet, joiden kohdalla geelillä näkyy kaksi erillistä rantua, ja koiraiksi ne, joilla rantuja on vain yksi.












Tältä näyttää onnistunut sukupuolenmääritys (naarailla kaksi, koirailla yksi rantu). Valokuvat on otettu valokuvista, eli anteeksi oudot heijastumat...


Edelliset kuvat ovat siis agaroosigeelistä, jossa näytteet ajetaan. Geeli valetaan ajoa varten tietynlaiseen muottiin, ja geeliin lisätään ainetta (yleensä etidiumbromidia), joka sitoutuu DNA:han ja saa sen hohtamaan UV-valossa. Geeliin upotetaan valuvaiheessa "kammat", jotka jättävät geeliin kuopparivin, johon DNA-näytteet sitten pipetoidaan latauspuskurin kanssa (ks. seuraavat kuvat). Geelin läpi laitetaan kulkemaan sähkövirta, ja koska DNA on negatiivisesti varautunutta, näytteet alkavat liikkua kuopistaan ajolaitteen positiivista napaa kohti. Näytteiden kulkunopeus riippuu ensisijaisesti DNA-pätkän pituudesta; lyhyemmät pätkät kulkevat nopeammin ja pidemmät hitaammin. Myös geelin "tiukkuus" vaikuttaa eli mitä jämäkämpi geeli on (mitä enemmän siinä on agaroosia), sitä hitaammin DNA siinä kulkee. Jämäkämpää geeliä käytetään esimerkiksi sukupuolenmäärityksessä, kun halutaan saada erotettua toisistaan naaraiden kaksi erimittaista pätkää. Geelille pipetoidaan näytteiden lisäksi myös tunnettua kokostandardia, johon omien näytteiden kokoa voidaan verrata.












Lähikuva geeliin tulevista kuopista, johon näytteet pipetoidaan.












Kuvassa geeli ajon jälkeen: sinisenä näkyy näytteiden sekaan pipetoitu latauspuskuri.












Ja tässä geeli UV-valossa; punaisena hohtavat DNA-rannut näkyvät hienosti.


Edellisellä geelillä näkyy erimittaisia mikrosatelliittilokuksia. Oikeassa reunassa näkyy kokostandardi, jonka avulla oikeanpuoleiset seitsemän näytettä voidaan määrittää noin 100 emäsparin pituisiksi, ja vasemmalla olevat rannut (näkyvissä kolme ja puoli rantua) noin parisataa emäsparia pidemmiksi. Standardin rantujen koot siis tiedetään; ne ovat alhaalta ylöspäin järjestyksessä 100, 200, 300 ja 400 emäsparia. Tätä suuremmat rannut eivät ole erotettavissa tässä kuvassa toisistaan (jotta ne saisi kunnolla näkyviin ja erkanemaan, pitäisi geeliä ajaa vielä paljon pidemmälle).

Tällaisia juttuja minä siis laboratoriossa puuhastelen, ja tykkään kovasti. Onhan se hienoa kun ihan oikeaa DNA:ta, pienenpientä molekyyliä, voi näin päästä (muutamien välivaiheiden kautta) paljailla silmillä tarkastelemaan!

Tässä vielä kohtalokas näyteputki, nimesin linnun Damieniksi.











Hyvää viikonloppua, me lähdetään Annan kanssa hiihtelemään ja rentoutumaan pariksi päiväksi.

Sähköinen kurkistus näköreseptorisoluun

Päivää että pätkähti!

Heti alkuun kerron, että edellisessä merkinnässäni jännittämäni tentti meni läpi. Tavoitteena oli saada kurssi rimaa hipoen läpi. Nyt opintorekisterissäni komeilee kakkonen, eli se meni jopa kirkkaasti läpi!

Työrintamaltakin kuuluu kummia. Juttelin etenemisestäni toisen ohjaajani kanssa viime viikolla, ja tulimme siihen tulokseen, että minun olisi syytä opetella solunsisäisiä eli intrasellulaarimittauksia ja kokeilla niiden tekemistä virtuaalimaailmassa mitä pikimmin, ja jatkaa käyttäytymispuolta vasta sen jälkeen. Touhuni ovat siinä vaiheessa, että olisi hyvä tietää, mitä torakan silmän näköreseptorisolujen sisällä tapahtuu kun esittelen niille käyttämiäni ärsykkeitä. Muuten saattaisi käydä niin, että haalisin hurjasti ylimääräistä ja ehkä tarpeetontakin käyttäytymisdataa ja nousisin niin sanotusti pyrstö edellä puuhun.

Olen nyt sitten opetellut torakoiden preparointia mittauksia varten, elektrodin viemistä silmään ja mittauslaitteiston käyttöä. Preparointi alkaa jo sujua. Torakan pää pitää kiinnittää tukevasti pitimeen ja tutkittavan silmän pintaan on tehtävä pieni aukko elektrodin sisään vientiä varten. Olen aika näppärä sormistani, mutta kun työskennellään mikroskoopin alla, käden pienikin väpätys tuntuu kamalalta heilunnalta. Silti preparaateista tulee yleensä ihan kelvollisia ja toimivia. Tämänkin kädentaidon kuulemma oppii vain toistojen kautta.

Elektrodeina käytetään ohuista lasikapillaareista vedettyjä mikropipettejä, joiden sisällä on sopivaa elektrolyyttiliuosta ja kloridoitu hopealanka. Intrasellulaarielektrodin kärjen halkaisija on alle mikrometrin. Elektrodi kiinnitetään pietsosähköiseen mikromanipulaattoriin, jolla se saadaan ajettua silmään täsmällisesti siitä kohdasta ja sillä nopeudella kuin halutaan. Niin ainakin teoriassa. Mikromanipulaattoria ohjataan käsin samalla kun elektrodin lähestymistä valvotaan stereomikroskoopin avulla. Voitte kuvitella, että kun elektrodin kärki on niin ohut, että se jatkuu vielä hyvän matkaa siitä, mihin se paljaalla silmällä katsottuna näyttäisi loppuvan, sitä ei kestä paljoa täräytellä tai tuikkia sillä mihin sattuu. Tämä tekee elektrodin ajamisesta silmään erittäin haastavaa ja minulle tähän mennessä yleensä mahdotonta. En osaa hahmottaa elektrodin tarkkaa tulokulmaa oikein. Saan sen näennäisen ehjänä tekemästäni aukosta sisään, mutta kun tämän jälkeen käynnistän mittausvahvistimen, elektrodi on parhaassakin tapauksessa pahasti tukossa, mutta yleensä poikki. En ole vielä antanut tämän suhteen periksi, sillä tykkään leikkiä teknisillä vempeleillä ja tiedän oppivani hallitsemaan niitä ajan kanssa.

Kunhan opin saamaan elektrodin ehjänä silmään ja mittaamaan sieltä valovasteita, on aika miettiä virtuaalimaailman muuttamista elektrofysiologisiin torakkamittauksiin sopivaksi. Siitä en ole onneksi itse vastuussa, mutta luultavasti palaan asiaan tämän kevään aikana.

Pakkasterkuin,

Post-posterinen euforia kirvoittaa kirjoittamaan

No huh heijaa! Nyt on ollut tälläkin jatko-oleskelijalla työntäyteinen kuukausi! Tekemistä on ollut enemmän kuin ehtii tehdä, etenkin nyt parin viimeisen viikon ja viikonlopun ajan. Olen istunut iltaisin puoli kymmeneenkin asti töissä ensin analysoimassa dataa ja sitten kirjoittamassa posteriani. Tämä siis sen jälkeen, kun istuin viikkotolkulla täysiä päiviä pimeässä laboratoriossani kaksin torakan kanssa tekemässä optomotorisia kokeita. Syy tähän tappotahtiin on tuo viimeksi bloggaamani Lundin aistiekologian kurssi, jonne olen nyt sunnuntaina lähdössä. Kurssilla tulee esitellä omaa tutkimustaan posterin avulla, ja koska sain optomotoriikkakokeet toimimaan vasta elokuulla, minulle tuli tulenpalava kiire kerätä tarpeeksi dataa esitystä varten. Posteri kuitenkin valmistui eilen iltapäivällä, ihan kunnialla ja hyvissä ajoin. Ohjaajat ja ohikulkijat kehuivat sitä paitsi ”ihan hyväksi”, myös hyvin kauniiksi. Sisältöön ei erityisen kriittisesti puututtu, minkä takia post-posterinen euforiani jatkuu yhä.

Viimeinen kuukausi on tiivistänyt mielessäni sen, mitä tutkimuksen tekeminen on koeosuudesta julkaisemiseen asti. Vielä ei tietenkään varsinaisesta julkaisusta ole kyse (enkä voi siis puhua tuloksistanikaan), mutta tiukat posterinvääntösessiot muistuttavat hieman artikkelin kirjoittamista. Koska en oikein muutakaan nyt keksi, voisin valottaa teillekin tätä prosessia, tai ainakin omaa näkemystäni siihen.

Ensin siis tehdään kokeita epätoivon vimmalla. Puurretaan lukemattomia tunteja labrassa (tai maastossa/koekentällä…) ja toivotaan koko ajan, että ettei mikään tuhannesta mieleen tulleesta virhemahdollisuudesta toteudu. Jotain menee kuitenkin aina välillä pieleen, ja ne ovat yleensä sellaisia asioita, joita ei ole osattu ottaa ennalta huomioon. Sitten pohditaan ja pähkäillään ja puserretaan itkua kunnes ongelma saadaan ratkaistua ja töitä päästään jatkamaan.

Kokeita tehdään, jotta saadaan dataa. Kun dataa alkaa olla tarpeeksi (mikä sitten on "tarpeeksi" onkin jo eri juttu), sille pitää tehdä jotain. Raakadata kun voi olla hyvinkin luotaantyöntävää, eikä siitä monestikaan pysty suoraan näkemään oikeastaan yhtään mitään. Alkaa siis analysointivaihe. Tässä vaiheessa käytetään apuna erilaisia tietokoneohjelmia, jotka nopeuttavat suurten tietomassojen käsittelyä ja mahdollistavat täten suurempien otoskokojen ja toistomäärien käytön. Erityyppisen datan käsittelyyn on saatavilla monenlaisia valmiita kaupallisia ohjelmia. Koodin pyörityksestä jotain ymmärtävät voivat myös tehdä omiin tarkoituksiinsa räätälöityjä sovelluksia esimerkiksi MATLAB -ympäristössä.

Monesti raakadata on sellaisessa muodossa, että analysoinnissa käytettävät ohjelmat eivät sitä osaa lukea. Data täytyy siis ensin muuttaa "ymmärrettävään" muotoon. Yleensä tähän liittyy taulukointia ja mahdollisesti erilaisia laskutoimituksia. Tämä työvaihe on myös yleisesti ottaen kuolettavan tylsä ja yksitoikkoinen, eikä juurikaan aivotoimintaa vaativaa. Työtä, jonka robotit tulevaisuudessa tekevät, hehe…


Työrauhan takaamiseksi keskittymistä vaativien työvaiheiden ajaksi työhuoneen oveen voi ripustaa hiljaisuuden tarvetta havainnollistavan kyltin. Tämän kyltin totesin riittävän havainnollistavaksi.

Mielenkiinto lisääntyy hieman seuraavaan vaiheeseen, eli siihen varsinaiseen analyysiin päästäessä. Tässä vaiheessa viimeistään pitäisi olla selvillä, mitä datasta haluaa saada irti (Tokihan koe on suunniteltava alusta lähtien sen ympärille, mitä tietoa kokeesta halutaan saada!). Mikäli aineisto vaatii tilastollista testausta, on osattava valita oikeat testit. Aineiston esittämistä on myös hyvä miettiä tässä vaiheessa. Tulevatko olennaiset asiat esille parhaiten taulukkona vai jonkinlaisena kuvaajana?

Analyysien aikana ja jälkeen mietitään tietenkin tulosten merkitystä. Olen saanut selville, että kun kohteelle X tekee käsittelyn Y, kohteesta saadaan vaste Z. Miksi näin on? Mitä hyötyä kohteelle on siitä, että se reagoi kyseisellä tavalla? Millaiset mekanismit ovat vasteen takana? Onko vaste verrattavissa lähisukuisten lajien vastaaviin reaktioihin? Esimerkiksi tällaisia kysymyksiä on hyvä mielessään pyöritellä, kun perehtyy tuloksiinsa. Näistä kysymyksistä ja niihin mahdollisesti löytyvistä vastauksista rakentuu aikanaan tuloksista kirjoitettavan artikkelin pohdinta-osio, jossa omat tulokset liitetään osaksi sitä "isoa kuvaa" ja parhaassa tapauksessa useiden tutkijasukupolvien peräänantamatonta tutkimustyötä.

Tulosten julkaiseminen onkin luonnollisesti tutkimuksen seuraava vaihe. Julkaisussa tulokset on osattava esittää selkeästi yhdessä hyvin perusteltujen johtopäätöksien kanssa. Aloittelevilla tutkijoilla pelkkä kirjoittaminen voi kestää kuukausia (Tsemppiä teille juttujenne loppuunsaattamisessa, Nelli ja Maria!), kun taas rutinoitunut tutkija saattaa saada julkaisukelpoista tekstiä aikaan lähestulkoon itsestään. Tästä on elävänä esimerkkinä graduohjaajani, joka kirjoittaa lukuisien tutkimusjulkaisujensa lisäksi vuosittain monta laajaa oman erikoisalansa katsausartikkelia ja aivan käsittämättömästi myös muita tiedeartikkeleita täysin harrastepohjalta. Hänellä ei käsikirjoituksen kanssa kauaa nokka tuhise!

Tulosten julkaisemisessa kirjoittamista vaikeampaa voi olla artikkelin varsinainen julkaistuksi saaminen. Tiedelehtiä on nykyisin pilvin pimein, ja niitä yritetään pistää paremmuusjärjestykseen ns. vaikuttavuuskertoimen eli impact factorin avulla. Koska esim. yliopistoissa yksiköiden rahoitus riippuu osittain siitä, miten korkean "impaktin" lehdissä viime aikojen tulokset on julkaistu, kaikki yrittävät saada tuloksensa mahdollisimman kovan linjan lehtiin. Tämä tietenkin synnyttää kovaa kilpailua. Suurin osa lehteen lähetetyistä eli submittoiduista käsikirjoituksista tulee bumerangina takaisin. Joko lehti vaatii tekstiin korjauksia ja/tai tehtäväksi joitain selventäviä lisätutkimuksia ennen julkaisua, tai sieltä suoraan ilmoitetaan, että kiitos mutta ei kiitos. Monesti käsikirjoitus kiertää useamman lehden kautta ennen kuin "nappaa" ja jokin sarja hyväksyy sen julkaistavaksi. Tässä vaiheessa tutkija itse on todennäköisesti jo suunnitellut uuden tutkimuksen ja häärää uuden tutkimusongelmansa kimpussa jossain labran uumenissa (tai maastossa/koekentällä…).

Nyt pakkaan hammasharjan, vaihtoalkkarit ja puhtaat sukat rinkkaan ja häivyn Ruotsinmaalle. Seuraavassa merkinnässäni lokakuun loppupuolella kerron kurssikuulumisia Lundista, toivon mukaan valokuvien siivittämänä!

Seuraavaan kertaan!

Fhse thoimii! Oikein hienosfhtii!

Yritys ja epäonnistuminen. Yritetään uudelleen. Epäonnistuminen. Uusi yritys, kannoillaan uusi epäonnistuminen. Uudenlainen lähestymistapa ongelmaan, ja nurkan takana vaanii uudenlainen epäonnistuminen. Jatketaan samaa rataa vuosi.

Jossain vaiheessa, kun onnistuminen ei ole enää kuukausiin tuntunut vaihtoehdolta, tapahtuu jotain pientä, mikä saa toivonkipinän kytemään epätoivon tuhkaläjässä. Sitten alkaa hinkkaus, kerrassaan armoton pikkuasioiden viilaus, höyläys ja rälläköinti. Kaiken tämän n*ssimisen jälkeen vanhaa kunnon pilkkua tuskin enää tunnistaa.

Eräänä kauniina päivänä –tai mistä tietäisin, onko se kaunis: istun koko päivän torakoineni pimeässä labrassa– torakka sitten ottaa ja oppii. Väläytän sille valoa ja se kiltisti tekee juuri niin kuin olen sitä opettanut tekemään, eli kipittää koeboksin pimeään päätyyn. Uusi valonvälähdys johtaa toiseen samanlaiseen reaktioon. Kolmannella kerralla eläin tajuaa, ettei mitään epämukavaa seuraakaan, ja jää paikoilleen.

Olen tipahtaa jakkaralta järkytyksestä. Varovasti siirrän torakan ansaitulle iltapalalle yksiöönsä ja tulen työpisteelleni tärisemään. Mietin, uskaltaako asiasta puhua ääneen. Ehkä äskeinen pyyhkiytyy olemattomiin jos mainitsen siitä muille. Pohdintani katkaisee huoneeseen saapuva työkaverini: ”No, oppiiko ne torakat mittään?” Vaikka itse olin jo talven mittaan lakannut uskomasta, työkaveri jaksaa aina labrasessioni päätteeksi esittää tuon saman kysymyksen. Yleensä huokaisen kielteisen vastauksen. En nyt: ”No itse asiassa…”

Sana kiertää ja kollegat ovat kohta lähes enemmän tohkeissaan kuin minä. Itse en uskalla vielä uskoa tapahtunutta todeksi. Tulos on saatava toistettua muilla yksilöillä ennen kuin voin hyvillä mielin sanoa saaneeni torakoita oppimaan. Alkaa jälleen hinkkaus, viilaus ja naulaus. Päivätolkulla etsin otollista torakkaa ja oikeita asetuksia, viilaan protokollaa, kiroan pimeässä huoneessa. Valonpilkahduksen jälkeen risukasassa kökkiminen tuntuu monin verroin kamalammalta. Paineet kasaantuvat, kun joka kerta ovesta ulos astuessani kollegat huikkivat ympäriltäni: ”No, joko löyty taas oppivainen torakka?” Tunnen olevani kuin hätistelty russakka, joka seinänvieriä tunnustelemalla pujahtaa työpisteelle turvaan kirkkaiden käytävälamppujen armottomasta paahteesta.

Viikon kuluttua labratonttu päättää taas olla suosiollinen ja suoda minulle onnistumisen. Parin päivän päästä siitä tulee toinen, ja viikonlopun jälkeen jälleen yksi. Kaava toisensa perään alkaa hahmottua. Näin tämä toimii! Minä ja kömpelöt tiirikkani alamme lopulta olla lähellä torakan keskushermoston salaisuuksien aukomista! Tai ainakin kaiken tämän ronklaamisen jälkeen pystyn näkemään avaimenreiän läpi!

Tämän viikon tiistaina toin makeanpersojen työkavereitteni iloksi kahvihuoneeseen juustokakkua oppivaisten torakoiden kunniaksi. Koko labrajengi oli koolla, ja minulle naurettiin jälleen: ”Eikö sun pitäis syöttää kakku niille fiksuille torakoille eikä meille?”

Kaikkensa sitä yrittää, eikä mikään kelpaa.

Tee työtä, jolla on tarkoitus

Klara Vappen, allihuuppa!

Ensinnäkin pahoittelen tätä parin viikon hiljaisuutta blogissamme! Kyseessä on kirjoittajien keskinäinen kommunikaatiokatkos, joita pyrimme vastaisuudessa välttämään paremmin.

Minulla on tähän mennessä tullut kirjoiteltua ja vuodatettua tänne jo vaikka mitä, mutta yhtä aihetta olen visusti kiertänyt. Syy sille, miksen ole puhunut omasta tutkimuksestani juuri mitään, on pääasiassa nolous. Minulla tulee toukokuun alussa vuosi täyteen jatko-opiskelijana, enkä ole päässyt omissa tutkimuksissani vielä edes kunnolla alkuun. Stressasin tutkimukseni jumittamista aivan hirveästi syksyyn asti, mutta saatuani opetushommia ja muuta arjen täytettä, en ole jaksanut niin kamalasti murehtia omaa aikaansaamattomuuttani labrassa, ja sehän näkyy.

Tutkin hyvin lyhyesti sanottuna torakan näköaistia käyttäytymiskokeiden avulla. Tärkeätä olisi selvittää, millaiset ärsykkeet saavat torakassa aikaan käyttäytymisvasteen. Ryhmäni on tutkinut torakan näköaistia sähköfysiologisin menetelmin vuosikausia, ja toiminnallisesta puolesta solutasolla tiedetään jo yhtä ja toista. Käytännössä siis tiedetään, mitä yksi torakan näköaistinsolu pystyy "näkemään". Nyt olisi tarkoitus päästä vertaamaan sitä, mitä näköaistinsolu havaitsee, ja mitä kokonainen torakka näkee. Kaikki tämä on osa isompaa hermoston tutkimuksen kokonaisuutta.

Olisipa ihanaa päästä kysymään torakalta: "Näitkö, kun äsken väläytin sinulle valoa?" Harmi vain, etteivät hyönteiset puhu. Asia monimutkaistuu, sillä eläin täytyy opettaa kertomaan, kun se näkee valon. Kuvaan astuu klassinen ehdollistaminen, eli sama menetelmä, jota käyttämällä Ivan Pavlov sai kuuluisat koiransa kuolaamaan kellon kilinän kuullessaan. Torakoita ei toki ole tarkoitus opettaa kuolaamaan valoa nähdessään, sillä koiramainen kuolaaminen ei ole hyönteiselle luontainen toiminto. Tutkijana minulle yksinkertaisinta olisi saada torakka reagoimaan valoon välittömästi ja aina samalla tavalla. Tähän tarkoitukseen sopii säikähdys erittäin hyvin, sillä torakalle luonnollinen säikähdysreaktio on hillitön ja välitön pakojuoksu. Reilu kolmisenttinen amerikantorakka pinkoo säikähtäessään yli metrin sekuntivauhdilla! Yritän siis opettaa torakalle, että valoa pitää säikähtää.

Torakat ovat hipsineet maapallolla jo suunnilleen 300 miljoonaa vuotta, joten niiden voisi olettaa olevan aika hyviä pakenemaan saalistajia. Torakoilla on takapäässään pari ilmavirtauksia aistivaa uloketta, kerkit, jotka lähettävät pakokäskyn peräpäästä suoraan jalkoja käskyttäville ganglioille. Kerkkien herkkyydestä kertoo eräs tutkimus, jossa oli tutkittu amerikantorakan pakoreaktiota erään Bufo-sukuisen konnan hyökätessä. Konnat saalistavat hyönteisiä kielellään lipaisemalla, ja amerikantorakka ehtii kääntyä ja aloittaa pakojuoksun tuntiessaan kerkeillään konnan kielen ulostyöntymisen aiheuttaman pienen ilmavirtauksen! Koska tieto menee ensin jaloille ja vasta sitten aivoihin asti, torakka on ehtinyt jo alkaa juosta ennen kuin se edes "tajuaa" (millä tasolla se sitten kykenee tajuamaan asioita, on toinen juttu) juoksevansa! Kerkkisysteemi oli ensimmäinen kohteeni "pelotteluopetukselle". Viime kesänä vietin viikkotolkulla aikaa puhaltelemalla pimeässä huoneessa ilmaa torakan peräpäähän LED-valojen välkkyessä, mutta turhaan. Torakat eivät koejärjestelyssäni olleet vapaana ja ne tottuivat varsin pian puhalluksiin koska eivät päässeet pakoon. Haluaisin vielä testata ilmapuhalluksen avulla kouluttamista toisenlaisessa järjestelyssä. Se tosin on minulle vielä epäselvää, miten hyvin (tai millaisilla viiveillä) reaktio, joka käynnistyy ennen kuin eläin sitä edes itse tajuaa, pystytään ehdollistamaan alkamaan toisen aistiärsykkeen avulla.

Yksinkertaisempaa koejärjestelyä mietittäessä toinen ohjaajistani ehdotti sähköiskuja. Banaanikärpäset oppivat jopa vain yhdellä toistolla varomaan hajua, joka on ehdollistettu sähköiskuun. Torakoita on 1960-luvulla opetettu välttämään koeareenan pimeää päätä sähköiskujen avulla. Sähkö siis sopii passiiviseen välttämisen oppimiseen, ehkä sillä saisi laukaistua myös aktiivisen pakoreaktion. Tuumasta toimeen: minulle rakennettiin sähköiskuboksi. Tällä viikolla istuin maanantaista keskiviikkoon torakoineni pimeässä labrassa ja yritin löytää oikeita ärsykkeen pituuksia ja voimakkuuksia. Se oli aivan kamalaa puuhaa, voitte varmaan kuvitella. Keskiviikkoiltaan mennessä olin telonut useita torakoita, mutta oppimistulokset olivat yhä nollassa. Ja oma motivaationi samoin. Professorimme käski minua pitämään taukoa kyseisestä projektista ja keskittymään erääseen toiseen. Ensi viikolla olisi sitten tarkoitus tapetoida torakoiden leikkikehän seinät...

Jotta näillä mennään.

Seuraavaan kertaan,


P.S.: Stressitöntä vappua kaikille! Toivottavasti pääsette viikonlopun aikana seuraamaan lintujen kevätmuuttoa tai edes nurmikolle ihastelemaan kevääseen herääviä hyönteisiä ja kasveja!