Se aika vuodesta

Hei!

Varma kevään merkki on laitoksemme Talviekologian ja -fysiologian kurssi, jolle olen taas menossa opettamaan. Tänään pidän luentoni Oulussa ja sunnuntaina suunnataan kohti Oulangan biologista tutkimusasemaa. Odotan innolla kurssia -se kun tuntuu monesti vähän "hiihtolomalta" ollessaan mukavaa vaihtelua kirjoitushommiin. Toivottavasti säät suosivat ja vaihtariopiskelijammekin saavat mukavia kokemuksia Suomen talvesta ja hiihtämisestä. Tämän postauksen kuvat ovat vuodelta 2006, kun olin itse opiskelijana talvikenttiksellä. Kuvista taitaa löytyä kaikki tämän blogin kirjoittajat :)

Avannon tekoa Oulankajoen jäällä.

Kun ensimmäistä kertaa tulin opettamaan kurssille ja valmistelin luentoslideja, uskoin vakaasti mielessäni tekeväni kerralla hyvät opetusdiat, jotka täytyisi sitten vaan seuraavana vuonna kaivaa taas esiin. Toisin kävi. Joka vuonna olen tehnyt vähän erilaisen esityksen ja muutellut opetusmetodeja. Joskus kyse on siitä, että ajallisesti joku asia on järkevämpää hoitaa toisella tavalla. Toisinaan taas olen hoksannut, kuinka jonkun asian voi esittää yksinkertaisemminkin. Toisaalta myös oma tietämys aiheesta kehittyy ja pitäähän sitä muutenkin yrittää pysyä ajan hermoilla.

Nousu Riisitunturille.

Riisitunturin rinteessä.

Tärkeänä olen pitänyt sitä, että en halua luentojeni olevan opiskelijoiden kannalta pelkkää istumista ja kuuntelemista. Oma aiheeni ei onneksi ole ihan tylsimmästä päästä (kai?), joten siinäkin mielessä opiskelijoiden mielenkiintoa aihetta kohtaa on helppo ylläpitää. Tällä kertaa valmistelin esityksen, josta löytyy aukkokohtia, jotka opiskelijoiden täytyy täydentää, ja lisäksi luvassa on pieni piirtämistehtävä eläinten jälkien tunnistukseen liittyen :) Opiskelijat myös saavat pienryhmissä "kuivaharjoitella" lumimittausvälineiden käyttöä, jotta fysikaalisten ominaisuuksien mittaus sujuu Oulangalla kuin vanhoilta tekijöiltä. Välillä kyllä toivon, että olisin käynyt pedagogiset opinnot, niin saattaisi löytyä enemmänkin keinoa elävöittää luentoja.

Perinteinen talvikenttiksen pulkkakisa.

Omasta tutkimuksesta ei ole oikeastaan mitään uutta sanottavaa. Ekaan ja tokaan kässäriini olen saanut jo jonkin verran kommentteja, ja korjauksiakin olen tehnyt melko paljon. Onneksi korjausehdotukset ovat olleet hyviä, eli niissä on esitetty konkreettisia korjausehdotuksia eikä ole vaan todettu, kuinka "tämä kappale on huono". Olen myös ollut ohjaajieni kanssa samaa mieltä kaikista korjausehdotuksista, joten kinaamaan ei ole tarvinnut alkaa :) Kolmannesta kässäristä puuttuu vielä se mielestäni kaikkein vaikein, eli pohdinta.

Yleinen näky Oulangan jyrkissä rinteissä: kaatunut opiskelija.

Aurinko paistaa ja lämmittääkin jo mukavasti. Itselläni on ollut siinä mielessä vähän erilainen talvi, kun en ole kirjoitushommista johtuen päässyt metsäsuksille kuin yhden kerran. Toki silloinkin löydettiin ahman jäljet :)

Anni

Nyt ei oikein irtoa

Anteeksi, unohdin, että on jo minun vuoroni kirjoittaa!

Viimeiset kaksi viikkoa ovat olleet ihan hulluja. Olen tehnyt lisää käyttäytymiskokeita ja jatkanut intrasellulaarimittauksia. Nyt niistä jopa on tullut dataa! Mittauspäivät ovat venyneet yöhön, ja olen ollut koko viikon ihan sekaisin, ajasta ja kaikesta muustakin. Mutta pääasia on, että dataa tulee. Toivotaan, että se olisi tarpeeksi laadukasta, ja että tämän rupeaman jälkeen voisin alkaa lopultakin työstää ensimmäistä artikkeliani.

Leppoisaa sunnuntaipäivää teille lukijoille!

Vanhemmuudesta ja syrjähypyistä

Ei, en ole hankkinut viime aikoina lapsia, enkä käynyt vieraissa. Mutta suosirritpä käyvät, ja se näkyy niiden jälkeläisissä - geneettisesti.

(Ja anteeksi kun en eilen kirjoittanut. Koko päivä oli yhtä juoksua. Sain nimittäin valmiiksi viikon aikana kirjoittamani APURAHAHAKEMUKSEN Suomen Kulttuurirahaston Pohjois-Pohjanmaan maakuntarahastolle! Toukokuussa selviää, saanko ensi vuodeksi rahoituksen.)

Sain isyysanalyysit tehtyä ongelmitta pari viikkoa sitten. Nyt tarkastan tuloksia, eli käytännössä käyn läpi kaikki ne mikrosatelliittiajot, joista löytyi eroavaisuuksia poikasten ja vanhempien välillä. Alla näkyy esimerkkinä kahden yksilön mikrosatelliittiajot lokuksen Ruff6 osalta (Ruff on englanniksi suokukko, jolle mikrosatelliittilokus alunperin on suunniteltu). Yksilöt eivät ole sukua keskenään.

Y-akselilla näkyy alleelipiikin "voimakkuus", eli kuinka hyvin se on monistunut PCR-laitteessa - mitä korkeampi piikki, sitä enemmän siitä on kopioita. (Joskus alleelipiikit ovat hyvin selkeitä [näkyvillä on vain yksi ainoa piikki], mutta joskus niitä on hyvin vaikea lukea. Tässä tapauksessa lukeminen on vielä suhteellisen helppoa, vaikka yksi alleeli onkin monihuipukas.) X-akselilla on alleelin koko emäspareina (esimerkiksi vasemmanpuoleinen yksilö on heterotsygootti alleelein, jotka ovat 130 ja 142 emäsparia pitkiä). Koon päättäminen voi olla vaikeaa kun alleeleissa on niin monta erikokoista piikkiä. Silloin täytyy vain pysyä johdonmukaisena ja merkitä alleelin koko aina saman piikin perusteella, kuten alla olevassa tapauksessa leveimmän kohdan mukaan.













Tästä löysin virheen: vasemmalla olevassa kuvassa oleva yksilö on siis heterotsygootti. Oikeanpuolesessa kuvassa yksilö on myös merkitty heterotsygoottiseksi, alleelein 130 ja 134. Kuitenkin tarkasteltaessa alleelipiikkien muotoa, huomasin että oikeanpuoleinen yksilö on oikeasti homotsygootti 134-alleelin suhteen. Oikeassa kuvassa 130-alleeliksi merkitty piikki näkyy hyvin vasemmanpuoleisen yksilön molemmissa alleeleissa. Piikki on siis osa alleelia, ei omansa. Virheen löysin, kun isyysanalyysi ehdotti oikeanpuoleista poikasta EPF-poikaseksi (extra-pair fertilization). Sen molemmat vanhemmat olivat homotsygootteja alleelin 134 suhteen, joten poikanen ei olisi voinut saada alleelia 130 mistään muualta kuin parin ulkopuoliselta yksilöltä. Tapaus ratkesi, ja poikanen oli kuin olikin vanhempiensa summa.

Monissa tapauksissa alleelit kuitenkin näyttävät olevan oikein luettuja, ja vaikka vain yhdessä lokuksessa olisi ero poikasen ja isän välillä, ne tulkitaan EPF-poikasiksi. Vastaan on tullut muutama tapaus, joissa poikanen eroaa lähes kaikissa lokuksissa isästään. Olisivatpa kaikki näin selkeitä! Vielä en osaa sanoa kuinka paljon EPF-poikasia suosirreillä keskimäärin on, sillä aineiston tarkastaminen on vielä kesken.

Tässäpä pieni käytännön katsaus työhöni. Paperihommia, paljolti.

Hyvää viikonloppua,

Nelli

Piip!

Blogi on tauolla tämän viikon!

Palaamme asiaan ensi perjantaina.

Impact factor

Moi!

Piti vähän aikaa miettiä, mistä kirjoittaisin tällä kertaa. Kässäreiden kirjoittaminen on edennyt, mutta niistä ei ole kyllä mitään uutta kerrottavaa. Päätin siis referoida teille joitakin kirjoituksia, joihin olen tutustunut tänään. Aiheena on siis impact factor eli ns. vaikuttavuuskerroin. Itselleni aihe on ajankohtainen, sillä olen jo vähän alkanut miettiä, missä tieteellisessä sarjassa artikkelini julkaisen.

Vaikuttavuuskerroin (impact factor, IF) on siis tilastoluku, joka kuvaa tieteellisen julkaisun merkittävyyttä. IF kertoo kuinka monta viitettä keskimäärin kyseinen julkaisu sai kahden edellisen vuoden artikkeleihinsa. Mitä suurempi kerroin on, sitä "parempi" julkaisu on. Huippulehti Naturen IF on 36.104 ja Science-lehden 31.377. Suurin osa ekologian alan sarjoista omaa kuitenkin melko pienen impact factorin, joka yleensä alkaa nollalla tai ykkösellä. Conservation Biologyn IF on 4.894, Journal of Wildlife Managementin 1.555 ja Wildlife Biologyn 0.697. Luonnollisesti tutkijat pyrkivät julkaisemaan mahdollisimman hyvässä sarjassa, joten julkaisuyritykset aloitetaan melko korkealta, ja hylkäävien vastauksien myötä mennään pikkuhiljaa alemmas.


Kaikki, kuten tämäkään asia, ei kuitenkaan ole aivan mustavalkoista: vaikuttavuuskerrointa kohtaan on esitetty myös paljon kritiikkiä. Ensinnäkin, koska IF-arvo lasketaan vain viittausten perusteella, se arvioi lehden laatua vain julkaisevien ja viittauksia tuottavien tutkijoiden osalta. Se ei ota huomioon lehden muunlaista käyttöä, kuten pelkkää lukemista, mikä voi joidenkin lehtien kohdalla olla merkittävää. Toiseksi, eri tieteenalojen erilaisia viittauskäytäntöjä ei oteta huomioon, mikä estää eri tieteenalojen välisen vertailun. Nykykäsityksen mukaan IF sopii parhaiten luonnontieteisiin ja lääketieteeseen. Luonnontieteissä, joissa pääpaino on artikkelijulkaisemisessa, on sitaattien laskeminen ollut ongelmattomampaa. Sosiaali- ja humanistisessa tieteissä sen sijaan kirjojen sulkeminen systeemin ulkopuolelle on ongelmallista. Huvittava pointti lisäksi on se, että IF ei ota huomioon viittauskontekstia eli sitä, missä mielessä artikkeliin on viitattu. Viittaus ei aina ole merkki arvostuksesta, vaan artikkeleihin viitataan monesta eri syystä, esimerkiksi virheellisten tulosten takia ;) Artikkelien saamat viittaukset lasketaan vain Thomson Reutersin tietokantaan kuuluvista lehdistä. Tietokantaan valitut lehdet painottuvat englanninkielisiin ja valitettavasti muunkieliset lehdet sekä kehitysmaissa julkaistavat lehdet ovat aliedustettuina.

Liiallinen keskittyminen IF-arvon kasvattamiseen voi johtaa vääristymiin lehtien julkaisupolitiikassa ja tieteenalojen rahoituksesta päätettäessä. Lehdet voivat esimerkiksi ryhtyä julkaisemaan enemmän review-artikkeleita, koska niihin yleensä viitataan paljon. Lisäksi tutkijat pyrkivät julkaisemaan korkean IF-arvon saaneissa lehdissä, vaikka joskus olisi tarkoituksenmukaisempaa julkaista esimerkiksi juuri artikkelin aihetta vastaavassa lehdessä.

Vaikka IF kehiteltiin alun perin eri lehtien keskinäistä vertailua varten, sitä on lisääntyvässä määrin alettu käyttää ”oikotienä” myös yksittäisten artikkeleiden tai jopa tutkijoiden tai tutkijaryhmien vertailuun ja rankingiin. Esimerkiksi Brasiliassa impact factoria on käytetty tärkeänä parametrinä yliopistojen jatkokurssien, laitosten ja apurahaehdotusten arvioinnissa ja jopa arvioitaessa yliopistovirkoihin ehdolla olevien tieteellistä tuotteliaisuutta. Helsingin yliopiston kansleri Kari Raivio on arvioinut, että Suomessa ainakin yliopistojen lääketieteellisessä tutkimuksessa ollaan erityisen aktiivisia IF:n käyttäjiä tutkimusrahojen jaossa. Hän on todennut, että ”yhden impact factor -pisteen keskihinta on noin 80 000 mk”.


Myös manipulointia harrastetaan. Toimittaja voi pyytää, että kirjoittaja lisää viittauksia lehden aikaisempiin artikkeleihin. Muita tapoja nostaa vaikuttavuuskerrointa on luoda keskusteluja, joissa viittaukset aikaisempiin artikkeleihin ovat välttämättömiä. Kiero tiedemaailma!

Viittausten jakaantuminen noudattaa usein 80/20 -ilmiötä, jonka mukaan 20 % artikkeleista saa 80 % viittauksista. On sanottu: ”Jos käytetään journal impact factoria ilmaisemaan artikkelin laatua, yliarvioidaan huonot ja aliarvioidaan hyvät artikkelit”. Yleisesti ns. hitaat tieteenalat pärjäävät IF-vertailussa huonoiten. Erityisesti perustaksonomian alalla tutkimus on erittäin kallista ja hidasta, mutta hyvä artikkeli voi kelvata lähteenä jopa sata vuotta – ilman että se näkyy impact factorissa.

Tiivistetysti voisi siis sanoa, että IF on kohtuullisen hyvä mittari, kun sitä käytetään oikein ja muistetaan olla myös kriittisiä. Ainoana mittarina ja valinnan perusteena sitä ei kuitenkaan välttämättä kannata käyttää.

Tärkeimmät lähteet tässä kirjoituksessa:
Oulun yliopiston Tutkimuksen työkalupakki
Tieteessä tapahtuu
Sarjakuvat: PhD Comics

Anni

Vituiks Män ja muita savolaisia supersankareita

Heipä hei, lukijat!

Oma Negatiivisen Elämänasenteen™ sanansaattajanne on näppäimistön takana jälleen! Kuten arvata saattaa, mikään ei töissäni vieläkään mene niin kuin pitää. Nelli nauraa vastoinkäymisilleni aina niin makeasti, että ihan huumoriarvon vuoksi lienee paikallaan lyhyesti kertoa, mikä mättää.

Joulukuun alun punkkiräjähdyksen jälkeen torakoita on olut vain siinä kliimakaapissa, jossa punkkeja ei tuolloin ollut. Viime perjantaina pikkupirulaiset kuitenkin järjestivät yllätyksen myös ”puhtaassa” kaapissa. Sain jälleen rakkaat torakkani pelastettua, koska huomasin punkit ennen kuin ne olivat kaikkialla. Kliimakaappi kuumennettiin viiteenkymmeneen asteeseen, jolloin kaikki näkyvillä olevat punkit kuolevat. Tutkimusryhmämme diplomi-insinööri rakenteli iltapuhteinaan otsonointilaitteen, joka säteilee UV-A:ta ja muodostaa otsoonia. UV-säteily aiheuttaa DNA-vaurioita ja otsooni on eliöille myrkyllistä. Toiveena olisi, että tämä ”tuplamyrkytys” vaikuttaisi myös niihin punkkiyksilöihin, joita kuumennus ei tapa. Lienevätkö ne sitten jossain lepomuodossa kliimakaapin tiivisteiden välissä, vai miten ne kuumuudesta selviävät, en tiedä. Fakta kuitenkin on, että normaalein keinoin niistä ei näytä pääsevän eroon.

Joulun alla aloitin jälleen intrasellulaarimittaukset. Koejärjestely oli valmiina ja loppukesästä toimivaksi todettu, ja ajattelin pääseväni tarttumaan toimeen hyvinkin pian. Joulunalusviikko oli yhtä katastrofia. Joka päivä tuli eteen uusi, täysin odottamaton ongelma, joka vaati jonkin asian säätöä. Aatonaattona luulin rikkoneeni huippukalliin mittausvahvistimen, ja olin asiasta aivan palasina. Vahvistin oli onneksi kunnossa ja vika löytyi elektrodeista, ja pääsin joulunviettoon kevein mielin. Välipäivinä en uskaltanut yrittääkään mittauksia, koska töissä ei ollut ketään, jolta olisi voinut kysyä apua.

Uuden vuoden jälkeen jatkoin koemittauksia. Sama päätön meininki jatkui kuin joulun alla, kunnes lopulta viime torstaina kaikki meni niin kuin oppikirjassa. Olin riemuissani; perjantaina yrittäisin mittauksia yhdellä viidestä kallisarvoisesta koetorakastani! Perjantai meni kuitenkin ihan pipariksi yllämainittujen punkkien ansiosta. Operaatio Pelastakaa Minkä Voitte kesti nelisen tuntia, eikä sen jälkeen enää kannattanut aloittaa. Jäin siis jännittyneenä odottamaan maanantaita ja ensimmäistä varsinaista mittausta.

Maanantaina tutkimusryhmämme aamupalaverissa toinen ohjaajani sanoi kuulleensa kahdesta muusta tutkimusryhmästä, jotka ovat tekemässä hyvin samanlaista tutkimusta kuin mikä minulla on ollut työn alla jo hyvän aikaa. Meidän on pakko saada tulokset julkaistua ensimmäisinä, mikäli mielimme saada ne julkaistua niin korkealla kuin on suunniteltu. Siksipä deadlineani kiristettiin. Käsikirjoituksesta on oltava olemassa ensimmäinen vedos huhtikuussa. Ei paineita…

Lounaan jälkeen aloittelin töitä tohkeissani. Preparaatti torakasta numero 92 onnistui hyvin ja mittauslaitteisto toimi. Torakka vain ei tulosten perustella ollut ihan ”priimakuntoinen”. Mittaustuloksia tuli, mutta ne olivat aika heikkolaatuisia. Paineet kasvoivat tiistaita kohden.

Tiistain sivulla laboratoriopäiväkirjassani lukee koko sivun peittävä ”KAIKKI MENI PÄIN V*TTUA!” Ei siitä sen enempää.

Keskiviikkona olin jo niin hermoraunio, että päätin preparoida taas yhden numeroimattoman ”joutotorakan” ja kokeilla systemaattisesti, mikä mittauksissa mättää. No, keskiviikkonapa ei mättänyt yhtään mikään. Itse asiassa keskiviikon mittaukset olivat parhaimpia mitä olen koskaan tehnyt! Harmi vain, että niitä ei saatu numeroidusta eli käyttäytymiskokeisiin käytetystä yksilöstä, tosin tämäkin data menee varmasti artikkeliin.

Keskiviikon onnistumisen myötä itsetuntoni kohosi sen verran, että preparoin torstaina torakan numero 94. Preparointi sujui hyvin, mutta mittauksista ei taaskaan tullut mitään: soluja löytyi huonosti, enkä löytänyt preparaatista yhden yhtä valovastetta, eli silmä tuntui olevan kokonaan sokea. Mitä ihmettä? Torakka oli pärjännyt ihan hyvin näköön perustuvaa käyttäytymistä testaavissa kokeissa, ei se voi olla sokea. Jokin oli joka tapauksessa taas vialla, ja niin olin käyttänyt 3/5 numeroiduista torakoistani saamatta yhtään kelvollista mittausta.

Tänään en edes yritä. Olen tehnyt koko viikon töitä iltaa myöten, ja tänään ajattelin lähteä kotiin jo iltapäivällä. Toinen ohjaajani kävi kyselemässä edistymisestäni, eikä minun auttanut kuin ääni väristen kertoa, mikä täydellinen katastrofi tämä viikko on ollut. Ohjaajani nauroi makeasti ja totesi, että tervetuloa elektrofysiologian pariin!

Nyt kaulukset pystyyn ja nokka kohti ensi viikkoa ja uusia epäonnistumisia!

Reipas startti uuteen vuoteen

Hyvää alkanutta vuotta kaikille! Palasin töihin maanantaina, unirytmi sekaisin loman jäljiltä, ihmetellen mihin ihmeeseen minä jäinkään. Tiistaihin mennessä olin taas kartalla, ja nyt olen saanut koottua koko suosirriaineiston (vihdoinkin) oikeaan muotoon exceliin ja pääsen tänään aloittamaan analyysit! Ensi viikolla voin sitten kirjoittaa menetelmät ja tulokset, sitten johdannon ja pohdinnankin ja juttu voidaan julkaista jo tänä keväänä. Tai sitten ei. Mutta kuulostaisi kivalta, eikö? Ensin kuitenkin peukut pystyyn että analyysit toimivat ja tuloksia tulee.





Tutkin nyt sitä, onko suosirreillä paljon parin ulkopuolisia jälkeläisiä (engl. extra-pair fertilization, EPF tai extra-pair paternity, EPP). Käytännössä tämä tapahtuu listaamalla vuosittain kaikkien poikasten, niiden emojen ja kaikkien paikalla olleiden koiraiden genotyypit (tässä tapauksessa mikrosatelliitit) ja tarkastelemalla vastaavatko poikasten genotyypit vanhempien genotyyppejä. Jos poikaset ovat pesän "sosiaalisen parin" jälkeläisiä (eli sen parin, joka pesällä hääräilee ja hautoo), poikasten genotyypit vastaavat vanhempien genotyyppejä (puolet poikasen mikrosatelliittialleeleista tulee äidiltä, puolet isältä).

Jollain poikasella voi kuitenkin olla ns. mismatcheja mikrosatelliiteissaan, eli puolet sen mikrosatelliittialleeleista vastaa sen äidin mikrosatelliitteja, mutta toinen puoli ei sovikaan pesän koiraaseen, sosiaaliseen isään, vaan vastaa jonkin toisen koiraan mikrosatelliitteja. Tällöin naaras on käynyt vieraissa, paritellut pesinnän aikana jonkin toisen koiraan kanssa muodostaen tämän kanssa "geneettisen parin". Osa jälkeläisistä voi siis olla jonkun toisen koiraan siittämiä.

Analyysien ja kirjoitustyön ohessa pitäisi saada tentittyä yksi kirja liittyen luonnonsuojelubiologiaan. Kevään opetushommista en vielä tiedä - saattaa olla että pääsen taas molekyylilekologian kurssille avustamaan. Minua yritettiin nakittaa myös tilastomatikan harkkoihin opettajaksi, mutta kieltäydyin kohteliaasti. Saavat laittaa asialle jonkun jolla on parempi matikkapää.

Kaiken ajattelutyön ohella on mukava välillä rentoutua aiheeseen liittyvän sarjakuvan parissa, joka tarjoaa osuvia sutkautuksia jatko-opiskelun arjesta. Jos sarjakuva käsittelee jatko-opiskelua, eikö sen lukeminen silloin kuulu työhöni? Ai ei?





Nyt niiden analyysien pariin että ehtii tämän päivän aikana saada jotain valmiiksi asti!

Nelli