lauantai 6. marraskuuta 2010

Oho...

...taisinpas unohtaa eilen julkaista kirjoittamani tekstin.

Mietin pitkään, mitä uutta voisin kertoa, mitä sellaista asiaa käsitellä, josta en olisi jo aiemmin jotain puhunut.
Tällä hetkellä mielen päällä on lähinnä etelänsuosirrin genetiikka, josta olen kaivanut tietoa Itämeren suosirriä käsittelevään juttuun, johon siis lupauduin kirjoittamaan oman osuuteni Lissabonissa pidetyssä kokouksessa. Tästä taitaa nyt seurata jälleen asiatekstiä. :)

Suosirrillä (Calidris alpina) tunnetaan noin yhdeksän alalajia ympäri maailmaa (riippuen ketä uskoo). Alalajit eroavat toisistaan pääasiassa morfologian perusteella, mutta koska suosirrin pesimäalue ulottuu maapallon ympäri, geneettisiäkin eroja löytyy väkisin. Mitokondrio-DNA:n kontrollialueen perusteella on löydetty viisi erillistä linjaa, jotka kuitenkaan eivät aina vastaa tiettyä alalajia (alalajeja on siis reilusti enemmän kuin geenilinjoja). Tämä on melko yleistä, kun populaatiota tarkastellaan neutraalien markkereiden (kuten mtDNA:n kontrollialueen tai mikrosatelliittien suhteen), sillä ne eivät monestikaan vastaa morfologisia ominaisuuksia. Esimerkiksi lapinsirrillä on löydetty kaksi mtDNA-linjaa, muttei yhtään alalajia, ja vaikkapa mustapyrstyökuirilla kolme eri alalajia, mutta paljon vähemmän muuntelua mtDNA:n kontrollialueessa kuin edellämainituilla kahdella lapinsirrilinjalla.

Suosirriä löytyy Fennoskandiasta kahta eri alalajia, C.a. alpinaa ja schinziitä, joista ensin mainittu on pohjoisempi, ja jälkimmäinen kiinnostuksen kohteenani oleva uhanalainen etelänsuosirri. Schinzii pesii Itämeren rannoilla (mutta myös mm. Islannissa), alpina puolestaan Pohjois-Ruotsin, Pohjois-Norjan ja Lapin alueilla ja siitä itään Jäämeren rannikkoa pitkin aina Yamaliin ja Gydaniin asti läntiseen Siperiaan.
Etelä-Norjassa on schinziin ja alpinan hybridivyöhyke (jossa molemman alalajit siis pesivät).

Selkeää eroa näiden kahden alalajin välillä ei ole geneettisten markkerien suhteen löydetty. Kuitenkin mikrosatelliittien ja mtDNA:n kontrollialueen perusteella on löydetty ns. kliini, eli alleeli- ja haplotyyppifrekvenssit muuttuvat asteittain etelästä pohjoiseen ja itään päin, aina seuraavan suosirrialalajin, centraliksen, seuduille Taimyrin niemimaalle Siperiaan mentäessä. Schinzii koostuu omasta haplotyypistään, centralis pääosin omastaan (vaikka joukossa on vähän schinziin haplotyyppejäkin), ja alpinassa on molempia haplotyyppejä. Läntisimmissä ja eteläisimmissä alpinoissa on vain vähän centralis-haplotyyppejä joukossa, mutta mitä idemmäksi ja pohjoisemmaksi mennään, sitä suuremmaksi kasvaa niiden osuus. Täten alpina on geneettisesti vähän niinkuin välimuoto kahden muun alalajin välissä.

Tämä tieto pitäisi nyt kirjoittaa englanniksi, ja tähän lisätä tietämys siitä, mitä muilla geneettisillä markkereilla on saatu selville. Pääpointti on kuitenkin se, ettei geneettisillä perusteilla voida erottaa näitä alalajeja toisistaan (paitsi tietenkin jos linnulla on siperialainen haplotyyppi, silloin se ei voi olla etelänsuosirri).

Tuli tässä mieleeni että onkohan suosirriä tutkittu ns. viivakoodigeenin, mitokondriaalisen sytokromioksidaasi ykkösen (COI:n) avulla? Se voisi hyvinkin auttaa alalajien geneettisessä määrittämisessä, sillä se ei ole neutraali markkeri ja siten siinä voisi periaatteessa näkyä samankaltaisia eroja alalajien välillä kuin morfologiassakin. (Tiedän että suosirriltä on sekvensoitu kyseinen geeni, mutta en ole varma onko sitä tehty eri alalajeilta.)

Nyt lauantain viettoon ja ulkoilemaan!

Nelli

Ei kommentteja:

Lähetä kommentti