Keskitalven kuulumiset

Hyvää tammikuun viimeistä (ja uutta vuotta minunkin puolestani)!

Alkuvuosi on ollut melkoista ylä- ja alamäkeä. Ennen vuodenvaihdetta sain paljon aikaiseksi, samoin vuoden alussa. Olo oli mukava. Syksyn huolet ja työstressit näyttivät jääneen taakse. Sitten tuli sitkeä flunssa, enkä tehnyt juuri mitään melkein kahteen viikkoon. Onnistuin, ehkä juuri tekemättömyyden vuoksi, saamaan semmoisen stressin aikaiseksi että oksat pois. Unet katosivat ja kaikki tuntui kaatuvan päälle. Syke nousi. Kämmenet hikosivat. Ahdisti. Miten ihmeessä ehdin saada kaiken valmiiksi? Valmistunko koskaan? Mitä ihmettä teen väitöskirjan jälkeen? Osaanko?

Olo on onneksi tässä viikon aikana rauhoittunut. Tiedän että valmistun, tiedän että ehdin, tiedän että osaan. Enkä taatusti ole ainoa väitöskirjan tekijä joka tämmöisten ajatusten parissa painii (liekö kukaan tehnyt väikkäriänsä ajattelematta kertaakaan näin?). Yritän nyt taas keskittyä tekemään yhden asian kerrallaan ja koitan olla murehtimatta liikaa tulevasta. 

Näköjään tämmöiset ajatukset nostavat päätään aika ajoin. Silloin tekee hyvää muistuttaa itselleen, mitä kaikkea on saanut aikaiseksi. Olen kirjoittanut uusimman artikkelini johdannon ja pohdinnan melkein kokonaan, ja siinä samalla väitöskirjan yhteenveto on karttunut mukavasti. Täytyy myös muistaa että kevät on tulossa, valon määrä lisääntyy vauhdilla ja maastokausi lähestyy - mikä on mukavaa. Motivaatiovalaan sanoin:

Kuva: motivaatiovalas.com













Pidin eilen aamulla esitelmän uusimmista tutkimustuloksistani luonnonsuojelugenetiikan ryhmätapaamisessa. Ensimmäistä kertaa ikinä minua ei jännittänyt lainkaan esiintyminen (no okei, ihan vähän juuri ennen esitystä mahanpohjassa hieman muljahti - mutta vain hieman ja vain kerran). Puhuin puolisen tuntia ja esitelmä meni hyvin. Tuommoisistakin jää aina mukava olo.

Eilisestä jäi myös haikea olo, sillä Annalla oli eilen viimeinen työpäivä täällä. Tirautin pienet itkutkin viimeisten aamukahviemme jälkeen. Anna on ollut minulle mitä mainioin ystävä jo vuodesta 2003 saakka kun aloitimme bilsalla yhdessä, ja erittäin tärkeä vertaistuki koko väitöskirjaprojektini ajan. Jotenkin sitä aina tottuu ympärillä oleviin ihmisiin ja kuvittelee että mikään ei muutu, ja sitten yllättäen huomaakin että sinne se nyt menee! (Toisaalta ehkä ihan hyvä niin, sillä ehkä kolmasosa elämästä Oulun yliopistolla alkaa olla tarpeeksi, heh.) Oikein hyvää matkaa, Anna, ja onnea uusiin haasteisiin!

 
Sitten vielä muistutus: blogimme etsii edelleen uusia tipusia/kukonpoikia. Olen saanut houkuteltua melkein mukaan erään ekologin tästä eläinmuseolta, mutta hän pohtii vielä asiaa. Neljäs kirjoittajakaan ei olisi pahitteeksi.

Nähdään pian!

Nelli

Etenemisiä (viimeinkin) ja muita ajattelemisen aiheita

Tsaudihaudi ja mukavaa viikonlopun alkua lukijoille!

Täällä pakkasten keskellä ja toimimattomien pyörien parissa aika on taas juossut ja mukavasti. Sain viime viikolla vihdoin ensimmäisen jutun lähetettyä lehteen, ja jos ensi viikolla se ei pompsahda takaisin, meinaan juhlia tarkastusluentaan pääsyä. Nyt pitäisi vielä malttaa. Jutun lähdettyä olen päässyt uppoutumaan viime kesän näytteiden pariin. Ehdin jo vähän tuskastella, että eih ja voih, kuinka paljon työtä on edessä niiden kanssa. Ja nyt oon ollut todella yllättynyt ja mielissäni, että kerrankin se on sujunut luultua jouhevammin. Jes, pessimisti ei pety!

Tässä labrapuuhien aikaan mulla on taas vapautunut aikaa järjestöhommille. Ilmastolakikampanjassa kahmitaan vielä viimehetken puuhia ennen eduskuntakäsittelyä ja samoiten täällä paikallisesti Sanginjoki-kampanjassa väsäillään näyttelyä toukokuulle. Sen parissa olenkin tällä viikolla päätynyt kirjoittamaan apurahahakemusta, jossa perustellaan tarvetta näyttelylle. Ja nyt, samalla kun on vähän kirjoittelemisia työn alla, sitä huomaa miten paljon kirjoittamisesta myös nauttii. On siistiä, miettiä perusteluja, minkä takia joku tekemisen alla oleva asia on tärkeä. Siinä samalla päässä läjänä olevat suunnitelmat selkeytyy itsellekin tekstin kautta. Ei siis täysin turhaa hommaa, vaikka nyt omaa suhtautumista varmasti keventää se, että oma elanto ei siitä riipu. Hehkuttaessa koko kirjoitusprosessin, tekstissäkin mun ongelmana on vielä se, että välillä hehkutus ja aiheen perustelu menee täysillä ja suoraan aiheen ylitte. Pitäisi ilmeisesti soittaa jotain Maa kutsuu -kasettia samalla (toimisikohan joku oppikirja CD, vaikka lintujen laulut?).

Omista suunnitelmista liika-innostumisesta tuli mieleen keskustelu ennen joulua, jossa biologikollega kyseli väitöskirjani aihetta. Itselleni epätyypillisesti vastasin lyhytsanaisesti, että oikeastaan tarkkailen kuinka porojen laidunnus vaikuttaa ilmastonmuutoksen takaisinkytkentöihin. Siitä keskustelu  jotenkin kääntyi kokonaan siihen, että kuinka ympäripyöreästi voi nimetä oman aiheensa väittämättä, että oikeasti työn tuloksena voisi saada siihen vastausta selville. Ja samalla myös mietittiin, että onko se aina hyvä mainita tutkivansa todella mediaseksikkäitä aiheita kuten vaikka porojen laidunnus (varsinkin Lapissa aihe on niin kuuma peruna, ettei sitä jokaisessa kassajonokeskustelussa uskalla mainita, jos ei ehdi tarkemmin selittämään) tai ilmastonmuutos (kuuma peruna, indeed, mutta varmasti täysin aiheesta)? Ja missä vaiheessa oma tutkimus lähestyy tiedepornoa, jos tutkii vain todella ”kuumia aiheita” vanhoilla menetelmillä. Semmosta. En menettänyt vielä täysin toivoa oman aiheeni kanssa, mutta jäinpähän miettimään.

Siinäpä mun ajattelemisen aiheet nyt. Ensi kertaan!

-henni

Ohi on!

Tervehdys viimeistä kertaa! 

Haikeilla mielin täytyy hoitaa vielä tämä väikkäriprosessin loppuhuipennuksen raportointi. Kaikesta ennakkohermoilusta huolimatta väitöspäiväni koitti ja sujui perinteisen kaavan mukaan. Paperityötkin tuli hoidettua pikavauhtia, ja sain noutaa tohtorin todistukseni tiedekunnan kansliasta ennen joululomaa.

Väitöspäivän tunnelmat välittyvät parhaiten näistä Kaisa Mustosen ottamista valokuvista.

  

Saliin astuessamme jännitys oli huipussaan.

Kaukosäädinongelmat kesken lektion vapauttivat tunnelmaa.

Mitä ihmettä se kysyy?

Jotainhan siihen on vastattava.

Työkaverit olivat tilanneet minulle tohtoristaulun itseltään JP Ahoselta!

Joulukuun alkupuoli olisi ollut todellista hulinaa ilman väitökseen valmistautumistakin. ”Ikuisuusartikkelini”, Cockroach optomotor responses below single photon level, tuli lopulta ulos Journal of Experimental Biology -lehdessä, ja aiheutti meidän labran mittakaavassa ennennäkemättömän kansainvälisen huomion. Molemmat luonnontieteiden jättiläiset, Science ja Nature, uutisoivat tuloksiamme, ja useat kansainväliset yleisviestimet pyysivät meiltä haastatteluja ja/tai materiaalia. Kaiken sen yksinäisen pimeässä labrassa kykkimisen, epätoivon ja masennusjaksojen jälkeen voin rehellisesti sanoa, että tämä tuntuu hyvältä. Lopultakin voin myös näyttää teille, mitä olen oikeasti tehnyt viime vuodet! Alla oleva videomme tiivistää sen aika hyvin.

Tammikuun alussa olen jo ehtinyt pistäytyä tulevalla työpaikallani Lundissa selvittelemässä juoksevia asioita muuttoani varten. Enää ei olekaan kuin pari viikkoa uusien haasteiden alkuun! Sitä ennen kirjoittelen vielä viimeisintä käsikirjoitustani. Tarkoitus olisi saada se liikahtamaan johonkin lehteen vielä ennen muuttoa.

Tämä oli nyt viimeinen kirjoitukseni kananpoikana. Kiitoksia kaikille lukijoille! Muutamat teistä ovat jaksaneet seurata tahmean projektini vaiheita kokonaiset viisi vuotta! Erityiskiitos kananpoika-siskoilleni Annille, Nellille, Hennille ja Marialle vertaistuesta. Teidän kanssa on ollut kiva kasvaa tutkijana ja ihmisenä (ja kanana, kot kot!).

Jos tulee ikävä tai krooninen näköaistijuttujen puute, höpinöitäni voi jatkossa käydä lukemassa uudessa Silmästä silmään -blogissani. 

Näkemisiin!

Är aa dee

Perjantaita!

Islannista on kotiuduttu. Tuntuu että reissusta on ikuisuus, vaikka tulin takaisin Ouluun vasta vähän yli kuukausi sitten. Aika menee nopeasti, kun on paljon tekemistä - ja tekemistä on ollut todella paljon. Väikkäri etenee vauhdilla, ja pitkästä aikaa on ihan positiivinen fiilis. Seuraavat artikkelit (kaksi kipaletta) alkavat olla sillä mallilla että saamme ne lähetettyä arvioitavaksi alkuvuonna, väikkärin Kiitokset-osio on valmis (jostainhan sitä täytyy aloittaa, heh), väikkärin yhteenvetoakin olen jo kirjoittanut monta sivua. Vaikka marraskuu (ja tähän mennessä joulukuukin) on ollut yhtä pimeyttä, märkyyttä ja kurjuutta (kuvaannollisesti), eiköhän tämä tästä vielä iloksi muutu.

Työhommat Islannissa sujuivat lopulta hyvin. Alussa oli ongelmia tarvittavien laboratoriotarvikkeiden saamisessa, minkä vuoksi työt meinasivat viivästyä. Koska aikani Islannissa oli erittäin rajallinen, keksimme pikapikaa toisen projektin, jota aloin työstää: pääsin (änkesin väkisin) mukaan ddRAD-sekvensointiprojektiin. ddRAD tulee sanoista "double digestion Restriction-site Associated DNA-sequencing", eli suomeksi sanottuna kutakuinkin näin: kahdella eri restriktio- eli pilkkojaentsyymillä pätkittyjen DNA-palasten sekvensointi. Olin innoissani, ja mieleeni muistui hyvin, miksi valmistuin aikoinani geneetikoksi. Jännittävää! Kutakuinkin seuraavan kuvan "What I say I do" -kohdan mukaiset fiilikset mulla oli; niin jännittävää oli päästä oppimaan jotain ihan uutta ja erittäin geneettistä. 

RAD-sekvensointi on yksi uuden sukupolven sekvensointimenetelmistä, joiden osaamista nykypäivän geneetikoilta melkeinpä kaikkialla vaaditaan. Tulevaisuuttakin ajatellen oli siis erinomaista että tämmöinen projekti osui kohdalle.

RAD-menetelmässä jokaisen tutkittavan yksilön, tässä tapauksessa merisirrien, genominen DNA pilkotaan tuhansiin ja taas tuhansiin osiin, joista kaikki sekvensoidaan (DNA:n emäsjärjestys selvitetään). Menetelmä on suunniteltu niin, että jokainen yksilö on sekvensoinnin jälkeen tunnistettavissa ja erotettavissa toisistaan, joten RAD:ia voidaan käyttää vaikkapa isyysanalyyseissä vertailtaessa vanhempia ja jälkeläisiä keskenään. Yksilötason lisäksi RAD:ia käytetään isommassa mittakaavassa populaatioita tutkittaessa (esimerkiksi geneettistä populaatiorakennetta selvitettäessä). Sain kahden viikon aherruksen tuloksena RAD:in sekvensointia vaille valmiiksi (itse sekvensoinnista huolehtii paikallinen laboratorioyritys, jossa näytteet ovat nyt ajettavana).

RAD-sekvensoinnin lisäksi valmistelin 130 merisirriyksilön DNA-näytteet mikrosatelliittien avulla tapahtuvaa isyysanalyysiä varten. Mikrosatelliittiajot hoitaa samainen laboratorioyritys, jossa sekvenssit ovat odottelemassa vuoroaan. Alkuvuodesta sekä sekvensoinnit että mikrosatelliitit ovat valmiita, ja tarkoituksenani on lähteä Islantiin uudestaan aineistoa analysoimaan. Käytännössä en vielä osaa sanoa milloin ehdin reissuun, koska etusijalla on nyt oma väitöskirja. Mutta asia selvinnee kevättalven mittaan.

Kirjoittelen parhaillaan RAD-sekvensoinnista yksityiskohtaista protokollaa, jonka julkaisen täälläkin, kunhan saan sen valmiiksi. Asiasta kiinnostuneet voivat täten tutustua menetelmään lähemmin. Ollaanpa tänne meidän omalle eläinmuseollekin suunnittelemassa RAD-projekteja, joihin toivon pääseväni mukaan nyt kun minulla jonkinlainen näppituntuma asiaan on.

Nyt tämän viikon hommat pakettiin ja pikkujoulujen viettoon. Ja maanantaina sitten juhlimaan Annaa! Oi että olen innoissani.

Nelli

Junaterveiset piitkästä aikaa!

Iltaa,

Samaan aikaan kun toiset kananpojat on pullahtelemassa piakkoin yliopistouunista ulos, täälä tosiet vielä jahkailee aivan samojen askareiden parissa kuin viime kirjoittamallakin. Osuvasti näin syksyn teemaan kirjoittelen taas liikkuvasta kulkuvälineestä:/, matkatahti on tosin hidastunut kesän jälkeen ja saa vielä hiljentyä lissääkin – enkä pistä pahaksi! 

Työsarkamalla syksyyn on kuulunut sen saman ensimmäisen artikkelin hiomista loppusuoralle ja labra-puristusta, jolle ei näy loppua edessäpäinkään. . . Porokonferenssi ei mennytkään itkuksi, niin kuin etukäteen uumoilin. Sain esitettäväksi Marian julkaistun artikkelin tulokset, ja tämä taisi olla neljäs esitys samasta tematiikasta. Sen sijaan esiintyminen siellä ja muualla menee aikalailla touhotuksen piikkiin – aina loppuu aika tai jää käyttämättä, tulee jaariteltua liikaa tai unohtuu tärkeitä.  Pitäisi varmaan taas mennä meidän laitoksen omaan seminaariin, jossa voisi taas palautua mieleen, että yleisö harvoin on niin kriittinen ja arvosteleva kuin mitä itse itselle on.

Artikkelin hiominen sen sijaan on ollut kivaa ja antoisaa. Meitä on siinä kolme kirjoittajaa ja tähän asti olemme työstäneet tekstin kaikki vaiheet sähköpostin välityksellä. Nyt tänään olin ohjaajani (tai oikeastaan ohjaajani vanhempien) luona päivätöissä, ja työstimme viimoisia silauksia juttuun kasvotusten. Oltiin molemmat liekeissä siitä, miten nopeaa yhdessä tekeminen olikaan saman pöydän ääreltä. Aiemmin muutama paperiliuska ei ole riittänyt siinä vaiheessa kun olemme kommentoineet toistemme kommentteja tekstistä,  ja siihen verrattuna itse tekstiin päätyvä kirjoitus on ollut alkuverryttelyä sormijumpalle näppäimistön päällä… Kyllähän se on hyvää harjoitusta perustella kaikki kirjallisesti, mutta tämän päivän jälkeen olen aivan hämilläni, kuinka nopeaa ymmärrys voi olla, kun sanojen lisäksi piirtää käsillä ja änkyröi, skrollailee näyttöä ja osoitellee käyriä. Ehkä siihen myös hieman auttoi muutaman kuukauden kestänyt alustus yhteisestä sävelestä… 

Vaikka artikkelin teksti on nyt heitellyt monesti kierroksia yli ja ympäri, sanoma siinä on yhä pysynyt samana. Sain siis käyttööni 19 vuotta vanhan maastokokeen, joka on maastokokeiden maailmassa jo melkoinen vanhus. Kokeessa osaa ruuduista on lämmitetty puoliavoimien kasvihuonekammioiden avulla ja osalta ruuduista on taas leikattu sen valtalajin, mustikan, lehtiä vuosittain kaikkien 19 vuoden läpi. Leikkaamisen kautta variksenmarja on yleistynyt ja korvannut mustikan aseman valtalajina. Samankaltaista kasvillisuusmuutosta on havaittu myös herbivorian myötä, jossa ravinnerikkaat kesävihannat pensaat korvautuvat hyvin puolustautuneilla ikivihreillä varvuilla. Siispä leikkaamalla uskomme voivamme arvioida valikoivan herbivorian seurauksia. Herbivorian on samoiten väitetty vähentävän ekosysteemin varastoiman hiilen määrää, sillä kasvibiomassaa poistuu alalta. Tässä kokeessa leikkaaminen ei kuitenkaan vähentänyt hiilen määrää kokonaisuudessaan, sillä ikivihreissä kasveissa on suurempi määrä hiiltä sitoutuneena typen yksikköä kohden. Aika jännä tulos, joka viestii, että jopa karuilla aloilla herbivoria ei välttämättä ole hiilenkierrolle pahasta.

Artikkelin ohella puuhaillusta labratyöstä ei taida olla mitään uutta, saati jännittävää kerrottavaa: vieläkin erottelen sammalten ja

jäkälien palasia maastosta ottamistani pohjakerroksen näytteistä. Kuvittelin, että tämä vaihe olisi ollut ohi jo kuukausi sitten, mutta työ on edennyt todella hitaasti. Osasyynä voi olla, että olen kehitellyt hyviä syitä, mihin kaikkeen tärkeämpään aikansa voi kuluttaa. Ensi viikolla pitää tosin jollain taktiikalla huijata omat kätöset takaisin pinsettien pariin – olen luvannut että laborantti saa viimein ensimmäisen satsin näytteitä analyyseihin.

Tämän kesän hiilivarastoja

Rentoa viikonloppua minunkin puolesta, seuraavaan kertaan!

-henni

 

Väitöspäivä lähestyy

Iloista perjantaita kaikille!

Tämä on ollut iloisten uutisten päivä, ja pyydänkin nyt anteeksi, jos tällä kirjoituksellani astun Nellin tai Hennin varpaille bloggausasioissa!

Sain tänään väitöskirjani painosta, ja kirjan PDF-versio on luettavissa Oulun Yliopiston kirjaston Jultika -tietokannassa. Väitöstiedote on työn alla, joten eiköhän sekin ilmestyne linjoille ensi viikon aikana. Väitöspäiväksi on varmistunut maanantai, joulukuun 15. Jos olet Linnanmaan suunnalla sinä päivänä, tulehan Kuusamonsaliin puolilta päivin seuraamaan, meneekö kananpojalle jyvät kurkkuun.

Rentouttavaa viikonloppua!

Jännän äärellä

Perjantaita! Onpas edellisestä kerrasta vierähtänyt aikaa! Tuntuu, että vastahan minä kirjoitin, mutta tämä syksy on mennyt niin intensiivisissä ja stressaavissa merkeissä, että ajantaju vähän heittää.

Väitöskirjan yhteenveto on tällä hetkellä esitarkastajilla. Se valmistui ajoissa, tosin teksti on ihan kamalaa, editoimatonta puuroa. Pidän lohtunani työkaverini kokemuksen syvällä rintaäänellä lausumaa mietettä: ”Väikkäri on hetken häpeä, mutta ikuinen kunnia”. Välillä tämän häpeän kanssa on vaikea elää, mutta muistutan itseäni, että kukaan muu kuin esitarkastajat ja vastaväittäjä ei sitä tule koskaan ajatuksella lukemaan.

Esitarkastajat tekeleelleni oli yllättävän helppo löytää, mutta vastaväittäjän saamisessa oli suuria vaikeuksia. Olimme tässäkin asiassa niin myöhään liikkeellä, että ihmisillä alkaa olla loppuvuoden kalenteri täynnä. Aloimme jo pelätä, että joudumme joko kääntymään australialaisten gurujen puoleen (ovat niin kaukana, että tuskin olisivat lähteneet) tai pyytämään jotakuta aihealueeseen perehtymätöntä vastaväittäjäksi. Sitten proffamme muisti, että yksi Australian kovista nimistä on vastikään muuttanut Ruotsiin. Onneksemme herran kalenterissa oli joulukuulla vielä tilaa, joten nyt vaikuttaa vastainttäjäkin olevan jokseenkin varma. Väitöspäivä on alustavasti sovittu joulukuun puoleen väliin.

Matkassa on yhä yksi iso mutka, jossa väitökseni voi vielä lipsahtaa valmiilta uraltaan metsään. Esitarkastajien lausuntojen on ehdittävä tämän kuun 28. päivä olevaan kokoukseen, jos mielin saada kirjalle painatusluvan. Voin sanoa, että jännittää! Jos jotain sattuu ja lausunnot myöhästyvät, koko juttu kosahtaa. Väitöspäivän käytännön järjestelyt on silti pakko aloittaa jo nyt, joten en voi muuta kuin toivoa, että esitarkastajat ehtivät perehtyä tekstiini ajoissa.

Käytännön järjestelyihin kuuluvat tietenkin kaikki valmistumiseen liittyvät paperityöt. Olen käynyt asian tiimoilta turisemassa Fysiikan laitoksen amanuenssin kanssa, ja asioita on setvitty myös sähköpostitse. Opintojen suhteen ei ole ongelmia. Aloitin väitöstyöskentelyni vanhan järjestelmän aikana, joten vaatimuksiini kuuluu 60 opintopistettä jatko-opintoja. Nykyisin vaatimus lienee jossain 20 op:n paikkeilla. Sain aikanaan tähän tutkintoon hyväksi luettua 30 op Manchesterissa suoritettuja neurotieteen opintoja, joten olen saanut käydä kursseja rauhalliseen tahtiin. Yllättävän hyviä kursseja on matkan varrelta löytynytkin, vaikka soveltuvien opintojen löytäminen on kuulemma joillekin jatko-opiskelijoille ollut hankalaa, etenkin vanhojen vaatimusten aikaan.

Ja sitten… Jos ja kun valmistun tälle vuodelle, niin seuraavat työhommat alkavat olla tiedossa. Muutan näillä näkymin helmikuun alussa Ruotsin Lundiin, jossa pääsen tutkimaan yöaktiivisten mehiläisten näköaistia. Projekti on hurjan haastava, mutta työasioissa ei auttane kuin heittäytyä uusiin seikkailuihin, kun sellaisiin mahdollisuuksia aukenee. Tästä kerron ehkä myöhemmin lisää, tai kirjoitan pienen raportin tänne ensi vuonna, jos Kananpojat sen vielä sitten sallivat.

Nyt ei muuta kuin rentouttavaa viikonloppua kaikille! Itse aion rentoutua Oulun sarjakuvafestivaalien merkeissä nyt, kun voin taas kirjoitushommien jälkeen hyvällä omallatunnolla harrastaa.