Kuulumisia

Hei!

Käväisin lomalla etelän lämmössä ja nyt on ihan uusi draivi päällä! Sain vihdoin hoidettua loppuun ulosteanalyysirumban, eli nyt on ahman ravinnonkäyttöaineisto kasassa. Vaikeita näytteitä siellä riitti, mutta jotenkin siitä selvittiin. Keräämiäni, analysoituja ulosteita oli loppujen lopuksi 186 kappaletta (osa huuhtoutui kokonaan viemäriin pesuvaiheessa, jolloin niistä ei saanut määritettyä lajia). Yhteensä 12 ulostetta päätyi luokkaan "määrittämätön", kun osassa ulosteista oli esim. pelkästään luumurskaa tai aluskarvoja, joiden perusteella lajia ei saanut määritettyä. Lähetin eilen tiedoston ohjaajalleni, joka aikaisemmin lupasi auttaa aineiston käsittelyssä. Toivottavasti saisimme datasta nopeasti tulokset ulos ja pääsisin kirjoittamaan.

Toinen, keskeneräinen aineistoni ahman ja suden interaktiosta jumittaa jossain Helsingin suunnilla. Olisi mukava saada tätäkin eteenpäin, mutta erinäiset harmilliset takaiskut ovat hidastaneet aineiston valmistumista. Aineisto siis koostuu riistakolmiolaskennoissa havaittujen susien ja ahmojen sijaintitiedoista (paikka, jossa jäljet havaittu). Olimme jo saaneet alustavia tuloksia aineistosta, kun huomasimme, että koordinaatit eivät ole riittävän tarkkoja. Siinä vaiheessa myös huomasimme, että osa RKTL:n mapeista, joista tarkat kartat löytyvät, sijaitsevat Helsingissä, osa Taivalkoskella. Olen itse hakenut Taivalkoskelta puuttuvat tiedot, mutta Helsingin päässä on ollut ongelmaa. Toivottavasti saisin pian sieltäkin puuttuvat tiedot, tai sitten lähden itse hakemaan ne. Hiukan ärsyttäää, kun asiat venyvät ja venyvät tällaisten pikkuasioiden takia.

Lisäksi olen viime aikoina mm. valmistautunut opponoimaan erästä jatko-opiskelijaa ensi viikon tutkimussuunnitelmaseminaarissa. On muuten yllättävän vaikeaa keksiä kritiikkiä -varsinkin silloin, kun tutkimussuunnitelma vaikuttaa oikein hyvältä ja perusteelliselta. Pakko on kuitenkin aina jotain kehitettävää sanoa :)

Sain muutaman ahmahavaintoilmoituksen (tietenkin juuri lomamatkani aikana) Kainuusta, mutta tällä hetkellä hiihtäminen siellä on aika turhaa kelin takia. Kovasti kyllä tekisi jo mieli maastoon metsänhajua hengittämään ja ahmojen tekemisiä tutkimaan. Jospa lumet sulaisivat nopeasti ja saisimme ahman pannoitettua. Eeki, Tahvo ja Seita tarvitsevat jo seuraajan :)

Nauttikaahan kevään etenemisestä!

Anni

Pienimuotoisen kansainvälisen tiedetapahtuman järjestämisestä

Biocenter-päivästä on nyt kulunut puolitoista viikkoa. Stressi on hellittänyt. Nyt onkin hyvä aika ottaa asia esille ja ruotia vähän tämänvuotista tapahtumaa ja järjestelyjä. Muistin virkistämiseksi, näin ajattelin viime keväänä Biocenter-päivän jälkeen.

Tänä vuonna olin järjestelykomitean puheenjohtaja, koska olin komiteasta ainoa, joka oli mukana myös viime vuonna. Puheenjohtajana kutsuin kokoukset koolle, jaoin puheenvuoroja ja hieman ruoskin ihmisiä hommissaan eteenpäin. Myös varsinainen toimenkuvani komiteassa poikkesi viimevuotisesta. Olin tällä kertaa järjestämässä päivän tieteellistä ohjelmaa yhdessä kahden muun järjestelijän kanssa. Tehtävänä oli siis löytää sopivia puhujia ympäri maailman ja yrittää saada heidät tulemaan Ouluun. Se on helpommin sanottu kuin tehty! Seitsemän puhujaa saadakseni lähetin 19 kutsua. Tämä on kuulemma hyvin normaalia etenkin, jos on liikkeellä myöhään ja jos on järjestämässä pienen skaalan tapahtumaa pienellä paikkakunnalla kaukomaassa, josta puhuja ei tiedä mitään. Puhujat kuitenkin saatiin kasaan, ja varsin monipuolinen ohjelma aiheesta ”Fysikaaliset voimat biologiassa” koottua.

Itse tapahtumapäivänä me ohjelmatiimiläiset toimimme vuorotellen sessioiden puheenjohtajina. Järjestelykomitean päällepäsmärinä sain sen lisäksi lausua päivän avaus- ja loppusanat. Se olikin yllättävän hermostuttavaa! Puhun sujuvasti yleisön edessä omasta tutkimuksestani, mutta kun pitää avata tieteellinen tilaisuus ja esitellä kutsuttuja puhujia, olen ihan kipsissä. En voi sanoa muistavani paljoakaan avauspuheestani! Saamani palautteen mukaan se meni ihan hyvin, mitä nyt hermostus kuului äänessäni. Jospa se siitä, seuraavalla kerralla vastaavassa tilaisuudessa olen jo varmasti rennompi.

Biocenter-päivä ja sitä seuraava illallinen kustannetaan sponsorivaroin. Järjestelykomiteassa oli neljän hengen tiimi sponsorinmetsästäjiä, joiden tehtävä oli ottaa yhteyttä eri bioalan yrityksiin ja pyytää heitä sponsoreiksi. Oulun Biocenter-päivä on perinteisesti sponsoriyrityksille mieluinen tapahtuma halpojen hintojen (esittelypöydistä, mainoksista ohjelmalehdessä yms.), suuren näkyvyyden ja hyvän sijainnin (sponsorinäyttely on lääketieteellisen tiedekunnan päärakennuksen aulassa, josta kulkee läpi paljon muutakin bioalan väkeä kuin Biocenter-päivän luennoille osallistuvaa) sekä hyvin hoidettujen järjestelyjen ansiosta. Nämä kommentit ovat suoraa palautetta sponsorifirmojen edustajilta.

Konferenssi-illallisen onnistumiseksi järjestelykomiteassa oli kolmen hengen illallistiimi, jonka toimenkuvaan kuului kilpailuttaa illallispaikkojen ja ruoan toimittajien tarjouksia sekä etsiä tilaisuuteen sopiva bändi. Juhlapaikaksi valikoitui tällä kertaa virastotalossa sijaitseva lounasravintola Vanilla. Musiikista vastasi Grooveyard Diggers, joka sai vipinää myös erään puhujan kinttuihin.

Biocenter-päivää varten painatetaan tiedotuslehti, Biocenter Day Bulletin, jossa kerrotaan päivän tapahtumasta ja esitellään Biocenterin tutkimusryhmien projekteja miniposterien muodossa. Bulletinia kasaamaan nakitetaan järjestelykomiteasta kaksi ihmistä, joista toisella on päätoimittajan vastuu. Bulletiniin pyydetään tehrvehdykset Biocenterin johtajalta, Biocenterin tohtoriohjelman johtajalta ja koordinaattorilta, sekä järjestelykomitean puheenjohtajalta (*kröhöm*). Lehteen painetaan myös sponsorien mainoksia ja kaikkien sponsoriyritysten nimet ja logot. Lehden kasaaminen on välillä varsin turhauttavaa puuhaa, kuten viime vuoden tekstissäni totesin.

Päivä ja ilta saatiin kunnialla pulkkaan, ja hyvä niin. Mitä tästä kaikesta opin? Tiimityöskentelyä nyt ainakin, ja toivon mukaan jotain tiimin vetämisestä. En aina luota muiden työpanoksiin ja saatan olla sen takia melkoinen jyrä yhteisissä asioissa. Yritin tällä kertaa välttää toimimasta niin, mutta hirmuisen stressin onnistuin itselleni rakentamaan. Sekin selvisi, että ulkomaisia puhujia on mahdollista saada tulemaan tänne periferiaan, vaikka aluksi se hieman epäilytti. Myöskin huomasin osaavani pitää kutsuvieraille seuraa, ja olin iloinen siitä, että minuun suhtauduttiin keskusteluissa kuin nuoreen tutkijaan. Itse en välttämättä osaa rooliani määritellä (olenko maallikko, opiskelija, vai kenties tutkija?) kun puhun vanhempien tieteentekijöiden kanssa.

Biocenterin sivuilla on muutamia kuvia tapahtumasta, kas tässä linkki.

Helpottunein terveisin,

TuTiSe!

Mulle kävi juuri niin kuin Annille meinasi käydä viime viikolla, eli kiireessä unohin kirjoittaa blogiin! Ja sitten olinkin viikonlopun reissussa. No tässä tulee ny.

Otsikko viittaa ennen vanhaan Tiistaisin pidettävään TutkimussuunnitelmaSeminaariin, joka on nykyisin maanantaisin, ja joka oli minulla tänäaamuna. Puhuin puoli tuntia oman väitöskirjani aiheesta parinkymmenen hengen yleisölle, joka koostui muista jatko-opiskelijoista, ohjaajistani, ja muusta laitoksen henkilökunnasta.

Olen ollut muutaman päivän hyvin innoissani seminaarin pitämisestä. Ja hyvin se menikin. Ensimmäistä kertaa elämässäni minua ei jännittänyt ollenkaan. On mahtavaa huomata kuinka minusta, joka on aina jännittänyt ja luullut ettei missään nimessä pysty puhumaan kenellekään, onkin tullut noin luonteva puhuja. Toisaalta, harjoittelin aika paljon ja luin ihan älyttömästi, joten olisi olllut kumma jos se ei olisi mennyt hyvin. Osasin myös vastata ihan sujuvasti muiden esittämiin kysymyksiin (yleensä jännittävin asia seminaareissa). Hyvä minä.











Tänään käyn läpi tutkimussuunnitelmani myös teidän kanssanne. Suunnitelma on kyllä muuttunut paljon siitä, mistä aiemmin kerroin. Niin siinä monesti käy; suunnitelmat muokkautuvat työtä tehdessä. Sen sijaan että keskittyisin yksilöiden paikkauskollisuuteen, sukulaisuuden vaikutukseen parinvalintaan, sekä sosiaalisen parin ulkopuolisiin pariutumisiin, alankin tutkimaan geneettistä populaatiorakennetta, pienessä/pienenevässä populaatiossa tapahtuvia geneettisiä muutoksia sekä tekijöitä, jotka vaikuttavat populaation elinkykyyn ja sukupuuttoriskiin.

Ensimmäinen juttu (lapinsirrin populaatiorakenne) lähtee aivan näinä viikkoina lehteen arvioitavaksi (eri asia on sitten se kuinka paljon kommentteja ja korjauksehdotuksia sieltä tulee, eli kuinka kauan käsikirjoituksen julkaisuun oikeasti vielä menee aikaa). Mutta lähellä ollaan.

Toinen juttuni, joka koskee myös lapinsirriä, tulee käsittelemään Perämeren pienessä populaatiossa tapahtuneita geneettisiä muutoksia viidentoista vuoden aikana. Tutkimme, kuinka sukusiitoksen määrä on muuttunut (lisääntynyt), ja onko efektiivisessä populaatiokoossa tapahtunut muutoksia (pienenemistä).

Efektiivinen populaatiokoko eli Ne tarkoittaa sellaista ideaalipopulaation kokoa, jolla on samanlaiset geneettiset ominaisuudet kuin tutkittavalla populaatiolla. Se ei siis ole absoluuttinen yksilömäärän mitta, vaan arvio sellaisesta populaatiokoosta, joka tuottaa samanlaisen geneettisen rakenteen kuin tutkittavassa populaatiossa havaitaan. Yleensä Ne on pienempi kuin oikea populaatio, koska kaikki populaation yksilöt eivät osallistu lisääntymiseen - osa on liian nuoria, toiset liian vanhoja, tietyt koiraat voivat olla naaraasta houkuttelevimpia kuin toiset (jolloin ne pääsevät todennäköisemmin lisääntymään)... Moni asia vaikuttaa efektiiviseen populaatiokokoon.

Tiedämme että populaatiokoko, lisääntymismenestys ja aikuisten selviytymistodennäköisyys ovat pienentyneet/huonontuneet Perämeren lapisirripopulaatiossa viime vuosikymmenten aikana, joten oletamme, että pieni populaatiokoko on lisännyt sukusiitoksen (lähisukuisten yksilöiden pariuitumisen) määrää ja johtanut sukusiitosheikkouteen (sukusiitoksen aiheuttamaan kelpoisuuden pienenemiseen) ja vaikuttanut myös efektiiviseen populaatiokokoon negatiivisesti. Tiedämme myös, että Perämeren populaatioon tulee migrantteja eli geenivirtaa (jos muualta tulleet yksilöt pääsevät lisääntymään) Lapin populaatiosta, mutta tällä hetkellä Perämeren populaation aikuiskuolleisuus ja poikastuotto ovat niin alhaisia, ja predaatio niin suurta, että tämänhetkinen geenivirta tulee tuskin pelastamaan populaatiota sukupuutolta.

Kolmannessa työssäni käsittelen etelänsuosirrin, suosirrin eurooppalaisen alalajin, populaatiorakennetta, sukusiitoksen määrää ja migraation suuntaa ja määrää Itämeren koko populaatiossa. Tutkimme populaatiorakennetta yli 20 mikrosatelliittimarkkerin avulla; niiden avulla voidaan arvioida muuntelun määrää niin yksilö- kuin populaatiotasolla. Tulemme saamaan selkeän kuvan geneettisestä populaatiorakenteesta Itämerellä. Oletamme, että näissä pienissä, hajallaan olevissa populaatioissa näkyy selkeitä sukusiitoksen merkkejä.

Neljäs työni käsittelee niin ikään etelänsuosirriä. Teemme Itämeren populaatiolle elinkykyanalyysin (PVA, population viability analysis), jossa ympäristötekijät, pitkäaikainen ekologinen data, migraation määrän arviot ja tieto sukusiitoksesta tuodaan yhteen. Arvioimme populaation "tasoa" nyt ja tulevaisuudessa, ja arvioimme sen sukupuuttoriskiä tietyn ajan kuluessa. Oletamme, että sukusiitos heikentää etelänsuosirrin elinkykyä. Oletamme myös, että vanhempien välisen geneettisen samankaltaisuuden ja lisääntymiseen liittyvien asioiden (pesyekoon, kuoriutumistodennäköisyyden, kuoriutuneiden poikasten kunnon...) välillä on yhteys (mitä samankaltaisempia vanhemmat ovat, sitä pienempiä/huonompia ovat edellämainitut asiat). Kaiken tämä tiedon perusteella pystymme arvioimaan, mitkä populaatiot kaipaavat kipeimmin hoitotoimenpiteitä, jotta populaatio säilyisi elinkykyisenä.











Pienten populaatioiden tutkiminen auttaa päätöksentekijöitä ja muita tutkijoita niin kansallisesti kuin kansainvälisestikin suunnittelemaan toimenpiteitä, jotka pitävät yllä, tai lisäävät, populaatioiden geneettistä monimuotoisuutta. Koska geneettiset asiat vaikuttavat suuresti varsinkin pienten populaatioiden elinkykyyn, ne on tärkeää ottaa huomioon tällaisia suojelutoimenpiteitä suunniteltaessa.

Pysyittekö mukana loppuun asti?

Nelli

En ossaa!

Hei!

Päätin kirjoittaa jo tänään, koska huomenna on niin paljon tekemistä, että bloggaus saattaisi unohtua kaiken kiireen keskellä.

Viime ajat olen testannut hermojani karvamäärityksien parissa. Olen siis tutkinut keräämistäni ahman ulosteista, mitä ahma on syönyt. Useimmiten lajinmääritys tapahtuu ulosteista löytyvien karvojen avulla, mutta toisinaan esim. luun, kynnen tai hampaankin avulla pääsee oikeille jäljille. Olen tehnyt näitä analyysejä aikaisemminkin, mutta taito tuntuu kasvavan tässä hommassa varsin hitaasti. Kukaan ei käsittääkseni meidän laitoksellamme tee tällä hetkellä ulosteanalyysejä, joten kukaan ei ole pystynyt opettamaan minulle tätä kädestä pitäen. Sen sijaan olen tutustunut alan kirjallisuuteen ja pommittanut eri yliopistojen ihmisiä sähköposteilla. Olenkin saanut monelta hyviä vinkkejä (kiitos niistä, jos joku teistä lukee tätä blogia!) tekniikasta ja siitä, kuinka erottaa vaikeat lajiparit toisistaan karvojen perusteella. Tosin olen myös huomannut, että lähes kaikki ovat kehittäneet "oman määrityskaavansa" ja kolleegoilta saamani neuvot saattavat poiketa aika rajustikin toisistaan. Kuka sitten on oikeassa vai ovatko kaikki?

Mikä tässä sitten on niin vaikeaa? Aloitetaanpa perusteista. Eläinten karvapeite koostuu aluskarvasta (underhair) ja päällyskarvasta (overhair, stiff hair). Aluskarvoissa ei ole havaittu selviä lajienvälisiä eroja, joten määritykset tehdään yleensä päällyskarvasta. Päällyskarvassa on erotettavissa paksumpi (shield) ja ohuempi (shaft) osa, ja yleensä määritys tehdään paksunnuksen kohdalta. Jos tässä tulee ensimmäinen ongelma: läheskään aina karvoista, jotka ovat ahman ulosteeseen päätyneet, ei vaan yksinkertaisesti löydy päällyskarvoja, joista määrityksen voisi tehdä. Parhaiten määritys onnistuu selän ja kylkien karvoista, mutta jos ahma on järsinyt esimerkiksi hirven tai jäniksen jalkaa, ei karvoissa enää välttämättä näekään tunnusomaisia piirteitä.

Joku voisi sanoa, että kyllähän nyt esimerkiksi hirven karvan tunnistaa jo paljaalla silmälläkin. Mutta jos ulosteesta löytyy vaan lyhkäisiä hirven karvoja, saattavat ne muistuttaa ulkonäöltään vaikkapa kesäpukuisen jäniksen karvaa. Siksi mikroskooppia tarvitaan.

Vaikka käytettävissä olisikin päällyskarvoja, ongelmia riittää edelleen. Ensinnäkin, preparaatit eivät aina onnistu. Tässä kyllä voisin itsekin skarpata. Käytän nimittäin ns. kynsilakkamenetelmää preparaattien teossa, kun olisi olemassa vaihtoehtoinenkin menetelmä, ns. asetaattimuovimenetelmä. Kynsilakan edut ovat nopeus ja helppos, kun taas muovisysteemillä tehdessä menee enemmän aikaa ja vaivaa, mutta lopputulos on käsittääkseni yleensä parempi. Suurin osa kolleegoista tuntuu käyttävän kynsilakkamenetelmää, mutta he, ketkä käyttävät asetaattimuovia, kehuvat kyllä kovasti sen paremmuutta.

Toiseksi, ei ole mitenkään helppoa nähdä määritysoppaiden listaamia eroja karvoissa. Erot siis saattavat olla joko medullassa tai karvan pinnan suomukuvioissa. En halua alkaa arvailemaan tai kuvittelemaan mitään, joten arvatenkin työ on hidasta ja tässä vaiheessa on vielä kovasti matskua laatikossa nimeltä "en osaa määrittää, yritä uudelleen jossain vaiheessa". Jänis on ihanan helppo, ja hirvikin silloin, kun ei ole vaaraa muista hirvieläimistä. Linnut menevät yleensä yhteen luokkaan, vaikka toisinaan saan määritettyä kanalinnut lajilleenkin. Mutta kaikki muut tuottavat vaikeuksia.

Tässä siis selitys sille, miksi väikkärini etenee tällä hetkellä etanan vauhtia. Deadlinet paukkuu ja kovaa, mutta ei auta kuin tehdä uudet aikataulut. Ensi viikolla lähden reiluksi viikoksi Arabiemiraatteihin rentoutumaan ja toivon mukaan reissun jälkeen on taas paljon uutta energiaa :)

Anni

Biocenter-päivä tulee taas!

Käytänkin oman kirjoitusvuoroni häpeämättömästi mainostamiseen. Kirjoittelin tällaisen lehdistötiedotteen tapahtumasta, pitäkääpä silmät auki jos se vaikka tulisi jossain pikkumediassa vastaan. :)

Biocenter-päivä

Biocenter Oulun nuoret väitöskirjatutkijat järjestävät jälleen vuotuisen Biocenter-päivän tiistaina 29.3.2011. Kansainvälisten huippututkijoiden luentoja seuraamaan odotetaan yli 150 tutkijaa Oulun yliopiston luonnontieteellisestä ja lääketieteellisestä tiedekunnasta.

Biocenter-päivän tämänvuotisena teemana ovat fysikaaliset voimat biologiassa. Erilaiset fysikaaliset voimat ja vuorovaikutukset muodostavat pohjan elämälle sen kaikissa ilmenemismuodoissa. Altistuminen tietyille ympäristötekijöiden aiheuttamille fysikaalisille voimille voi myös aiheuttaa ongelmia elävissä soluissa. Kutsupuheiden aiheet käsittelevät fysikaalisia voimia monilta eri kannoilta. Aiheita ovat mm. fysikaalisten vuorovaikutusten mittaaminen, niiden mallintaminen tietokoneita käyttäen, sekä ionisoivasta säteilystä johtuvien DNA-vaurioiden korjaaminen.

Kutsuttuja puhujia saapuu Suomen lisäksi useista Euroopan maista. He ovat alojensa tunnettuja tutkijoita, joiden tuloksia julkaistaan tieteen huippujulkaisuissa. Fysikaalisten vuorovaikutusten tutkimuksesta saadaan arvokasta tietoa, jota voidaan soveltaa mm. lääketieteessä.

Biocenter-päivän tapahtumapaikka on Oulun yliopiston lääketieteellisen tiedekunnan päärakennuksen auditorio 101A. Tilaisuuteen ovat tervetulleita kaikki kiinnostuneet. Biocenter-päivän tarkempi ohjelma on luettavissa täällä.


Nähdään tiedeluentojen merkeissä!

Labroi

Perjantaita!

Viivästys kestikin sitten kokonaisen viikon, suonette anteeksi sen!

Tällä viikolla päivät ovat menneet hujauksessa (miten ihmeessä nyt on jo perjantai?!!) molekyyliekologian labraharkkoja opettaessa ja omia labroja tehdessä. Opettaminen on ollut kivaa ja helppoa, kun kaiken opetettavan tuntee läpikotaisin ja tietää mistä puhuu. Eilen teimme yhdessä sekvensointi-PCR:n kalapuikoista eristetylle DNA:lle; tarkoituksena on katsoa (kuten viime vuonnakin kyseisellä kurssilla), onko kala sitä mitä paketissa lukee. Alkuviikosta määritimme geneettisesti talitiaisten sukupuolia, ja ensi viikolla monistamme mikrosatelliitteja. Mukavaa. :)

Omat labratyöni keskittyvät tällä hetkellä suosirrin noin 20 mikrosatelliittilokuksen monistamiseen ja näytteiden sukupuolenmäärittämiseen. Lintujen sukupuolenmääritys saattaa olla vaikeaa luonnossa, koska usein höyhenpuvut ovat samannäköiset ja koko ei välttämättä eroa sukupuolten välillä kovin paljoa. Sukupuolet voidaan kuitenkin määrittää geneettisesti; sitä varten on kehitelty alukkeet, jotka monistavat tiettyä lokusta lintujen sukupuolikromosomeissa, jotka on nimetty X:ää ja Y:tä vastaavasti W:ksi ja Z:ksi. Siinä missä esimerkiksi ihmisillä miehillä on yksi Y- ja yksi X-kromosomi ja naisilla kaksi X:ää, linnuilla naarailla on yksi kappale kumpaakin (Z ja W), ja koirailla kaksi Zetaa. Naaraat ovat siis heterogameettisia ja koiraat homogameettisia. DNA-pätkä, jota alukkeet monistavat, on eri mittainen eri sukupuolikromosomeissa. Täten, koska koirailla on kaksi samanlaista kromosomia, niillä monistuu vain yhden mittaista pätkää (sama pätkä kummastakin kromosomista). Naarailla puolestaan monistuu kahta eri mittaista DNA-pätkää (yksi molemmista kromosomista). Tämä voidaan sitten havainnollistaa ajamalla PCR-tuote agaroosigeelillä - naaraiksi voidaan määrittää ne näytteet, joiden kohdalla geelillä näkyy kaksi erillistä rantua, ja koiraiksi ne, joilla rantuja on vain yksi.












Tältä näyttää onnistunut sukupuolenmääritys (naarailla kaksi, koirailla yksi rantu). Valokuvat on otettu valokuvista, eli anteeksi oudot heijastumat...


Edelliset kuvat ovat siis agaroosigeelistä, jossa näytteet ajetaan. Geeli valetaan ajoa varten tietynlaiseen muottiin, ja geeliin lisätään ainetta (yleensä etidiumbromidia), joka sitoutuu DNA:han ja saa sen hohtamaan UV-valossa. Geeliin upotetaan valuvaiheessa "kammat", jotka jättävät geeliin kuopparivin, johon DNA-näytteet sitten pipetoidaan latauspuskurin kanssa (ks. seuraavat kuvat). Geelin läpi laitetaan kulkemaan sähkövirta, ja koska DNA on negatiivisesti varautunutta, näytteet alkavat liikkua kuopistaan ajolaitteen positiivista napaa kohti. Näytteiden kulkunopeus riippuu ensisijaisesti DNA-pätkän pituudesta; lyhyemmät pätkät kulkevat nopeammin ja pidemmät hitaammin. Myös geelin "tiukkuus" vaikuttaa eli mitä jämäkämpi geeli on (mitä enemmän siinä on agaroosia), sitä hitaammin DNA siinä kulkee. Jämäkämpää geeliä käytetään esimerkiksi sukupuolenmäärityksessä, kun halutaan saada erotettua toisistaan naaraiden kaksi erimittaista pätkää. Geelille pipetoidaan näytteiden lisäksi myös tunnettua kokostandardia, johon omien näytteiden kokoa voidaan verrata.












Lähikuva geeliin tulevista kuopista, johon näytteet pipetoidaan.












Kuvassa geeli ajon jälkeen: sinisenä näkyy näytteiden sekaan pipetoitu latauspuskuri.












Ja tässä geeli UV-valossa; punaisena hohtavat DNA-rannut näkyvät hienosti.


Edellisellä geelillä näkyy erimittaisia mikrosatelliittilokuksia. Oikeassa reunassa näkyy kokostandardi, jonka avulla oikeanpuoleiset seitsemän näytettä voidaan määrittää noin 100 emäsparin pituisiksi, ja vasemmalla olevat rannut (näkyvissä kolme ja puoli rantua) noin parisataa emäsparia pidemmiksi. Standardin rantujen koot siis tiedetään; ne ovat alhaalta ylöspäin järjestyksessä 100, 200, 300 ja 400 emäsparia. Tätä suuremmat rannut eivät ole erotettavissa tässä kuvassa toisistaan (jotta ne saisi kunnolla näkyviin ja erkanemaan, pitäisi geeliä ajaa vielä paljon pidemmälle).

Tällaisia juttuja minä siis laboratoriossa puuhastelen, ja tykkään kovasti. Onhan se hienoa kun ihan oikeaa DNA:ta, pienenpientä molekyyliä, voi näin päästä (muutamien välivaiheiden kautta) paljailla silmillä tarkastelemaan!

Tässä vielä kohtalokas näyteputki, nimesin linnun Damieniksi.











Hyvää viikonloppua, me lähdetään Annan kanssa hiihtelemään ja rentoutumaan pariksi päiväksi.

Viivästys

Nyt on tiedossa pieni viivästys; saatte sitten ensi viikolla lukea viimeaikaisista tekemisistäni, jotka koskevat lähinnä Oulun yliopiston eläinmuseon yläkerran laboratoriota ja siellä tapahtuneita sattumuksia. (Viivästyksen syy tiivistyy kahteen asiaan: Bloggerin toimimattomuuteen perjantai-iltana sekä kameran kotiinunohtamiseen.)

Nähdään ensi viikolla,

Nelli