Rahantuloa ei voi estää!
Sain Oulun yliopiston tukisäätiöltä 4000 euroa työskentelyapurahaa kesäksi. Lisäksi sain UniOGSilta (University of Oulu Graduate School) 1000 euroa matka-apurahaa Virossa syksyllä järjestettävää konferenssia varten. Eikä siinä vielä kaikki! Sain myös Luonnonystäväin yhdistykseltä 1000 euroa matka-apurahaa loppuvuoden post doc -opintoihin liittyvää ulkomaanmatkaa varten. Selvittelen tässä kesän mittaan tuota viimeisintä reissua ja kerron sitten lisää.
Maastotyöt ovat olleet käynnissä jo reippaasti yli kuukauden. Kevät oli aikainen, mutta toukokuun alun kylmät ilmat viivästyttivät pesinnän alkua jonkin verran. Lisäksi pesäpredaatiota on ollut paljon, joten esimerkiksi Hailuodossa vasta kaksi pesää on kuoriutunut (rengastin toissapäivänä ensimmäisen poikueen). Eilen kävin Kraaselin saarella etsimässä pesää (löysin sieltä pari viikkoa sitten hirveästi pesäkuoppia), mutta ilmeisesti pesä oli tuhoutunut, sillä löysin yhden suosirriparin rannalta ruokailemasta. Ne eivät selvästikään hautoneet, ja koiras soi kovasti, mikä viittaa siihen, että ne ovat tekemässä uutta pesää. Ensi viikolla täytyy vielä tehdä uusi reissu Kraaseliin - jospa siellä sitten olisi poikasia tulossa.
Laitoimme viime vuonna 30 linnulle valopaikantimet, jotka kertovat, missä lintu on talvensa viettänyt. Paikantimet olisi tarkoitus kerätä tänä vuonna pois, mutta koska suuri osa pesistä on tuhoutunut ennen kuin linnut ovat aloittaneet haudonnan, emme ole saaneet kiinni kuin vasta kymmenen lintua (linnut siis otetaan kiinni haudontavaiheessa pesältä, tai viimeistään poikasten kuoriuduttua). Toivotaan nyt että linnut vielä tekevät uusintapesiä ja että loputkin valopaikantimet saadaan talteen.
Vietän tässä parhaillaan toimistopäivää, ja kipaisen nyt labraan tekemään yhden rantakurvin PCR:n. Loppuviikko meneekin viikonloppu mukaan lukien kokonaan maastossa. Nähdään taas, todennäköisesti heinäkuun puolella!
Nelli
Kertomus oululaisista biologeista, jotka harjottelevat tutkijan elämää tohtoriopintoja tehden. Koska matka on yleensä mielenkiintoisempi kuin päämäärä, haluamme jakaa väikkärintekijän arkemme kanssasi. Tervetuloa seuraamaan, kantavatko kandijalat ja gradusiivet, ja kasvaako tieteen kananpojille lopulta heltta.
keskiviikko 4. kesäkuuta 2014
perjantai 16. toukokuuta 2014
Haku(ja) päällä
Päivää taas, että pätkähti!
Heti alkuun artikkeliuutisia. Käsikirjoitukseni tuli kahdesta lehdestä nopeana bumerangina takaisin, mutta kolmannessa se pääsi vertaisarviointiin. Kahdesta arvioijasta ensimmäinen oli hyvin positiivinen käsikirjoitustamme kohtaan, kommentoiden enimmäkseen muotoseikkoja. Toinen arvioija kirjoitti pitävänsä tekemistämme kokeista, mutta suhtautui kommenteissaan äärimmäisen kriittisesti johtopäätöksiimme. Kakkonen selvästi tuntee alansa hyvin, mutta meidän näkökulmastamme osa hänen kommenteistaan ja laskelmistaan menee datamme ohi.
Heti alkuun artikkeliuutisia. Käsikirjoitukseni tuli kahdesta lehdestä nopeana bumerangina takaisin, mutta kolmannessa se pääsi vertaisarviointiin. Kahdesta arvioijasta ensimmäinen oli hyvin positiivinen käsikirjoitustamme kohtaan, kommentoiden enimmäkseen muotoseikkoja. Toinen arvioija kirjoitti pitävänsä tekemistämme kokeista, mutta suhtautui kommenteissaan äärimmäisen kriittisesti johtopäätöksiimme. Kakkonen selvästi tuntee alansa hyvin, mutta meidän näkökulmastamme osa hänen kommenteistaan ja laskelmistaan menee datamme ohi.
Korjaukset ja
vastineet arvioijien kommentteihin ovat edelleen työn alla. Jotenkin olen
jumahtanut taas paikoilleni kirjoittamisessa. Täytynee hätyytellä ohjaajaa apuun,
ellen pääse korjausten kanssa pian eteenpäin. Kirjoittamiseen liittyvät
ongelmat ovat minulla joskus tosi pienestä kiinni, ja lähtevät purkautumaan,
kun joku toinen antaa vähän uutta näkökulmaa käsillä olevaan tekstiin. Pitää
vaan niellä ylpeytensä ja käydä kysymässä apua. Tämä käsikirjoitus olisi hyvä
saada lopultakin julkaistua.
Vihoviimeisen
käsikirjoituksen data on suunnilleen analysoitu, mutta sanaakaan en ole siihen
vielä ehtinyt kirjoittaa. Tulosten kuvallisessa esityksessä on vielä jonkin
verran mietittävää, ja kirjallisuuden lukeminen on –kuten tavallista minulle–
vähän jäänyt. Voi olla, että lähiaikoina kirjasto kutsuu tai sitten selaimelta blokattuihin
sivustoihin lisätään väikkärin valmistumiseen asti iltapäivälehtien seuraksi
monta muutakin ”häiriötekijää”. Monta niin mahottoman lystiä ”häiriötekijää”…
Niin,
matkaakinhan tässä taas pukkaa! Tällä hetkellä näyttää siltä, että olen
heinä-elokuun vaihteessa Japanin Sapporossa neuroetologian konferenssissa.
Esitän siellä okellikokeideni tuloksia posterina. Matkassa on enää se mutka,
että rahoitus puuttuu. Ilmoittauduin konferenssiin sen verran viime tingassa,
että en pystynyt enää hakemaan järjestäjätahon matka-avustuksia. Myös OniOGS:n
kevään matka-apurahahaut menivät jo. Yhden hakemuksen olen saanut lähetettyä,
joten toivotaan että sieltä tärppää tai jotain muuta sopivaa sattuu kohdalle.
Japani on kuitenkin niin kaukana, että sinne ei ihan taskurahoilla pääse.
Muitakin
apurahahakuja on meneillään. Proffa velvoitti minut hakemaan väikkärin
viimeistelyapurahoja peräti kahdesta paikasta. Olisihan se kiva saada pari
kuukautta lisää töitä tälle vuodelle, mutta toisaalta tahtoisin saada kirjan
valmiiksi heinäkuun loppuun mennessä, jolloin tämänhetkinen työsopimukseni
loppuu. Tiedän, että jos deadline siirtyy kuukaudella tai kahdella, en ainakaan
työskentele kesällä yhtään ahkerammin.
Äh. Näitä
miettiessä rupeaa aina ahdistamaan. Joten eipä murehdita! Ensi viikon lopulla
on tiedossa kiva reissu Helsinkiin, kun blogimme perustajajäsen Maria väittelee.
Kenties saan Marialta fiiliksiä välitettäväksi blogiin asti.
Kuulumisiin,
torstai 8. toukokuuta 2014
Pätkivien nettiyhteyksien kuulumisia
Terkkuja Norjasta, tänne tulin jo keskelle tuntureita
aloittamaan kesäkautta. Viime päivät ovat kuluneet suksia vahatessa,
leiritavaroita inventoidessa, tulostellessa ja kurssisuunnitelmien
saattamisessa ajan tasalle ja niihin opetellessa. Laskeutuminen
toimistoelämästä on vielä käsin kosketeltavissa - vielä sähköpostien tarkastelu
kolkuttelee iltaisin mielessä. Nyt jo illalla kurssibussi paukahtaa keskelle
lumimaata ja sitten voi unohtua sähköpostit muutamaksi päiväksi, ja hyvä niinJ.
Tänne tuloa ennen aika yliopistolla onkin kulunut kaikkeen muuhun
kuin väitöskirjan aineksiin. Ja oikeastaan, ihan hyvällä omatunnolla niin.
Mulla on siis kaksi harrastukseksikin kutsuttavaa rakasta projektia, joiden
puolesta tulee välillä touhotettua: olen ollut mukana kampanjoimassa Oulun
ainoan laajemman metsäalueen suojelun puolesta ja toinen projekti ajaa
ilmastolakia, tällä hetkellä lähinnä kansanedustajien lobbaamisen kautta. Nyt
molemmissa projekteissa on pienoinen kriisi päällä ja ne ovat vaatineet melko
nopeaa reagoimista ja toimimista. En tiedä onko asiat sen enempää touhutessa
edistyneet, mutta sentään välillä on vallannut sellainen olo, että yritetty on.
Onneksi, sekä Sanginjoki että Polttis -projekteissa on molemmissa ympärillä
hulvattoman hauskoja ja päteviä tyyppejä, joiden kanssa mielellään puuhaa ja
sen puolesta toimiminen tuntuukin aika kevyeltä. Vaikka on niitäkin hetkiä
sattunut, että vielä yhdeltä yöllä aivot höyryää taukki-poliitikon kommenteista
ja pittää päästä purkamaan äkäisiä vastauksia kommentteihin (tapahtunut esim.
viikko sitten).
Aikaisemmin painin aika paljon sen kanssa, kuinka paljon
aikaa on lupa kuluttaa kaikkeen työmäiseen, mutta kuitenkin opiskeluihin
kuulumattomaan puuhaan. Kultaista sääntöä sille en varmaan vieläkään ole
löytänyt ja tokko tulen löytämäänkään. Sen sijaan ajattelen, että myös
tarvitsen näitä sivuprojekteja voidakseni motivoitua toisiin koitoksiin. Ja
jossain määrin nuo projektit on syynäkin siihen, että tykkään ja tehdä
projektimuotoista työtä, josta voi välillä rokottaa aikaa ihan muihin hommiin.
Ja oppiihan noistakin projekteista erinäisiä taitoja… Ehkä näiden kanssa pätee
samat ohjeet, kuin moneen muuhunkin – kannattaa tehdä sitä, mistä tykkää ja
vasta myöhemmin, mitä muiden mielestä pitäisi tehdä.
Viime viikkojen Sanginjoki-aiheisten kirjottelun ja
soittelun ja selvittelyn jälkeen, mulle tulikin yllättäen olo, että miten
maltankaan lähteä Norjaan keskellä tämän kaiken. Tämä kaikki vaikka päivät
kierähtikin välillä aivan yöhön. Taisi olla ensimmäinen kerta, kun velvotteet
kääntyy tällä tavoin kiksien puolelle. Siitä suoriduttuna, ei se sen kummempaa
ollut irtautua (ja varmaan ihan tervettäkin – etäisyys on hyvä suhteellisuuden
mitta). Sitäpaitsi Oulussa odottaa varmaankin uusi mielenosoitus heti
ensimmäisenä päivänä kun sinne saavun..
Mun oli tarkoitus avata nämä kampanjakriisit tämän
kirjoituksen aikana, mutta nyt täytyy jo mennä. Sen sijaan, että laittaisin
kuvia tietokoneen ruudusta ja minusta kirjottamassa äkäsiä viestejä itse
kullekin, niin laitan kuvia täältä Norjasta. Käytin kurssinvetäjä-Laurin kanssa
tarkistamassa majoituspaikan tarvikkeet ja samalla hiihdettiin toisen kukkulan
päälle katsomaan maisemia Alta-kanjoniin päin. Keli oli mitä parhain – aurinko
paistoi, lumi kiilsi ja hanki kantoi täydellisesti. Jos seuraavat viikot on
samanlaisia, niin ei tämäkään opetusharrastus yhtään sen hullummalta tunnu.
Aurinkoisia päiviä ruudun toisellekin puolelle, ensi
kerralla yritän muistaa ottaa kuvia myös niistä äkäsistä hetkistä päätteen
äärellä tai taulukoiden parissa.
-henni
perjantai 18. huhtikuuta 2014
Pitkää perjantaita!
Minulla on vaikka minkälaista kerrottavaa näin pääsiäisen alla. Kaikkea mukavaa (ja vähän turhauttavaakin).
Aloitetaan vaikka siitä että minulla on ihka oma gradulainen! Olen aivan innoissani. Aloitimme hommat tiistaina eristämällä DNA:ta rantakurvin (Xenus cinereus) verinäytteistä. Tarkoituksenamme on tutkia rantakurvin geneettistä rakennetta sen koko levinneisyysalueen mittakaavassa Perämeren rannalta Itä-Siperiaan saakka. Selvitämme muun muassa, eroavatko levinneisyysalueen reunalla sijaitsevat populaatiot geneettisesti ydinalueella elelevistä populaatioista. Kun levinneisyysalue on laaja, niin kuin rantakurvilla, populaatioiden välillä saattaa olla demografista ja geneettistä vaihtelua, joka kenties vaikuttaa lajin suojeluun. Kerron työstä tarkemmin tässä vuoden mittaan työn edetessä.

Kuva 1. Rantakurvin poikanen hyppysissäni. Copyright Aija Lehikoinen (luulisin).
Toinen hyvä uutinen on se, että suosirrin mikrosatelliittiaineisto alkaa olla valmis. Tässä kävi vähän hassusti, ja yritän suhtautua asiaan huumorilla (tähän mennessä sujuu ihan hyvin). Nimittäin kävi ilmi, että ABI-niminen laite, josta kaikki mikrosatelliittitulokseni tulevat, oli viallinen! Asia on nyt korjattu, mutta olen tehnyt liioittelematta vähintään kuukausien ylimääräisen työn aineiston kanssa tapellessa. Koska tulokset ovat olleet niin vaikeasti tulkittavia, on se myös vaikuttanut työmotivaatioon ja hidastanut väikkärini etenemistä paljon. Vaikka olen tehnyt tänä vuonna hurjasti töitä, tuntuu että vasta nyt homma alkaa oikeasti etenemään.
Ensinnäkin, luullessani että PCR ei ole toiminut (koska ABI:n tulokset ovat olleet niin huonoja eikä alleeleista ole saanut tolkkua), olen tehnyt samoilta yksilöiltä jopa neljä eri PCR:ää yhtä mikrosatelliittilokusta monistaessani, tuhlaten näin DNA:ta turhaan. Haaskuseen on mennyt myös melkoisen tyyristä, ABI-ajoissa tarvittavaa alleelikokojen määrittämiseen vaadittavaa kokostandardia (yksi pieni 0,2 ml purtilo ainetta maksaa satoja euroja).
Toiseksi, olen monistanut lähes jokaisen viidestätoista mikrosatelliittilokuksestamme erikseen omissa PCR:issään, enkä niin sanotussa Multiplex-PCR:ssä, jossa yhdessä PCR-ajossa voi monistaa vaikkapa kolmea eri lokusta samanaikaisesti (koska ABI-tulokset ovat olleet niin huonoja että olen luullut, etteivät multiplexit toimi). Olen tehnyt kymmeniä ylimääräisiä PCR:iä.
Kolmanneksi, olen taistellut alleelien tulkinnan kanssa (ohjelmalla nimeltä GeneMapper) niin paljon etten muista milloinkaan tehneeni näin kovasti töitä. Alla esimerkkinä lokuksen nimeltä Cme6 uudelleen, toimivalla ABI:lla ajetut alleelit, sekä sen alla vanhat, vialliset ABI-tulokset (kuvat 2 ja 3). Ero on hämmästyttävä.
Kuva 2. Uusi, toimiva ABI-ajo. Molemmista yksilöistä erottuu selvästi kaksi alleelia, ylemmässä yksilön CA1020 alleelit 198 ja 200, alemmassa yksilön CA1021 alleelit 190 ja 192. CA on lyhenne Calidris alpinasta, eli suosirristä.

Kuva 3. Vanhan, viallisen ABI-ajon mukaan samat yksilöt, CA1020 ja CA1021, näyttivät tältä. Tulkitsin molemmat aiemmin homotsygooteiksi 198/198, ja 192/192. Ja huomaattehan, kuinka vaikeaa on päättää, laittaako alleelin 198:ksi vai 200:ksi, kun se kuvassa osuu noin 199 kohdalle (samoin alemman yksilön kanssa; onko alleeli 190 vai 192, kun se osuu melkein 191 kohdalle?). Tällaisia pyörittelin päivätolkulla ja vertailin sukulaisten alleeleita ja kävin näitä aina uudestaan ja uudestaan läpi jotta sain alleelit merkittyä systemaattisesti samalla tavalla kaikkiin.
Alla toinen lokus, CAS26, jossa oli aiemmin kaikenlaisia ongelmia (kuvat 4 ja 5). Uusinta-ABI-tuloksia katsellessani minulta kesti kaikkien yksilöiden alleelien selvittämiseen tämän lokuksen osalta yksi ainoa päivä, kun taas aiempien, huonojen tulosten takia en ollut saanut edes käytyä kaikkia yksilöitä läpi viimeisen puolen vuoden aikana!

Kuva 4. Uuden, toimivan ABI-ajon tulos, jossa näkyy erittäin selkeästi kaksi alleelia (242 ja 246).
Kuva 5. Samainen CAS26-lokus näytti aiemmin tältä (kuvissa eri yksilöt). En ollut varma ovatko tämän lokuksen alleelit parillisia vai parittomia (246 vai 247?), koska pylväät ovat niin leveitä että tulkinta on vaikeaa. Ja mikä on oikean 246-alleelin edessä oleva pylväs? Onko se toinen alleeli vai pelkästään ns. etupiikki? Kävi ilmi, että se ei ole alleeli, vaan jotain ylimääräistä. Molemmat kuvassa olevat yksilöt ovat homotsygootteja alleelin 246 suhteen.
Neljänneksi, koska ABI-laite oli viallinen, vaikutti se myös alleelien koon määrittämisessä käytettävän kokostandardin tulkitsemiseen. Alla esimerkit viallisesta ja toimivasta kokostandardista (kuvat 6 ja 7).
Kuva 6. Viallinen kokostandardi. Piikit ovat aivan liian leveitä, minkä takia alleelien koon määrittäminen epämääräistyy huomattavasti.

Kuva 7. Toimiva kokostandardi. Piikit ovat selkeitä, ja alleelien koon määrittäminen sujuu mainiosti.
Jos olisin tiennyt että vika on laitteessa eikä näytteissä tai PCR-olosuhteissa, olisin saanut aineiston valmiiksi aikoja sitten. Mistäpä sen olisi voinut tietää? Onneksi tämä kävi kuitenkin ilmi. Ja onni onnettomuudessa - kaikki ABI-näytelevyt olivat tallessa, joten ne täytyi vain ajaa laitteessa uudestaan, enkä siis joutunut pipetoimaan mitään ylimääräistä.
Kolmas mukava uutinen on, että uudet suosirrirenkaat kolahtivat postiluukusta eilen, ja että pääsiäisen jälkeen pääsen maastohommiin. Sirrit ovat siis saapuneet! Tai saapumassa. Etelä-Suomessa niitä on jo nähty reilu viikko takaperin. Kiire tulee olemaan.
Ja vielä neljäskin kiva esiuutinen: minulla on väitöskirjan valmistumisen jälkeisiä suunnitelmia. Enpäs kerrokaan niistä vielä kauheasti, hehe, katsotaan nyt miten tässä suunnitelmat etenevät, mutta sen verran voin paljastaa että ulkomaille olen lähdössä.
Oikein rauhaisaa pääsiäistä kaikille! Aasinsiltana pääsiäisestä ja suklaamunista kanoihin.
Tavataan taas toukokuussa.
Nelli
Aloitetaan vaikka siitä että minulla on ihka oma gradulainen! Olen aivan innoissani. Aloitimme hommat tiistaina eristämällä DNA:ta rantakurvin (Xenus cinereus) verinäytteistä. Tarkoituksenamme on tutkia rantakurvin geneettistä rakennetta sen koko levinneisyysalueen mittakaavassa Perämeren rannalta Itä-Siperiaan saakka. Selvitämme muun muassa, eroavatko levinneisyysalueen reunalla sijaitsevat populaatiot geneettisesti ydinalueella elelevistä populaatioista. Kun levinneisyysalue on laaja, niin kuin rantakurvilla, populaatioiden välillä saattaa olla demografista ja geneettistä vaihtelua, joka kenties vaikuttaa lajin suojeluun. Kerron työstä tarkemmin tässä vuoden mittaan työn edetessä.
Kuva 1. Rantakurvin poikanen hyppysissäni. Copyright Aija Lehikoinen (luulisin).
Toinen hyvä uutinen on se, että suosirrin mikrosatelliittiaineisto alkaa olla valmis. Tässä kävi vähän hassusti, ja yritän suhtautua asiaan huumorilla (tähän mennessä sujuu ihan hyvin). Nimittäin kävi ilmi, että ABI-niminen laite, josta kaikki mikrosatelliittitulokseni tulevat, oli viallinen! Asia on nyt korjattu, mutta olen tehnyt liioittelematta vähintään kuukausien ylimääräisen työn aineiston kanssa tapellessa. Koska tulokset ovat olleet niin vaikeasti tulkittavia, on se myös vaikuttanut työmotivaatioon ja hidastanut väikkärini etenemistä paljon. Vaikka olen tehnyt tänä vuonna hurjasti töitä, tuntuu että vasta nyt homma alkaa oikeasti etenemään.
Ensinnäkin, luullessani että PCR ei ole toiminut (koska ABI:n tulokset ovat olleet niin huonoja eikä alleeleista ole saanut tolkkua), olen tehnyt samoilta yksilöiltä jopa neljä eri PCR:ää yhtä mikrosatelliittilokusta monistaessani, tuhlaten näin DNA:ta turhaan. Haaskuseen on mennyt myös melkoisen tyyristä, ABI-ajoissa tarvittavaa alleelikokojen määrittämiseen vaadittavaa kokostandardia (yksi pieni 0,2 ml purtilo ainetta maksaa satoja euroja).
Toiseksi, olen monistanut lähes jokaisen viidestätoista mikrosatelliittilokuksestamme erikseen omissa PCR:issään, enkä niin sanotussa Multiplex-PCR:ssä, jossa yhdessä PCR-ajossa voi monistaa vaikkapa kolmea eri lokusta samanaikaisesti (koska ABI-tulokset ovat olleet niin huonoja että olen luullut, etteivät multiplexit toimi). Olen tehnyt kymmeniä ylimääräisiä PCR:iä.
Kolmanneksi, olen taistellut alleelien tulkinnan kanssa (ohjelmalla nimeltä GeneMapper) niin paljon etten muista milloinkaan tehneeni näin kovasti töitä. Alla esimerkkinä lokuksen nimeltä Cme6 uudelleen, toimivalla ABI:lla ajetut alleelit, sekä sen alla vanhat, vialliset ABI-tulokset (kuvat 2 ja 3). Ero on hämmästyttävä.
Kuva 2. Uusi, toimiva ABI-ajo. Molemmista yksilöistä erottuu selvästi kaksi alleelia, ylemmässä yksilön CA1020 alleelit 198 ja 200, alemmassa yksilön CA1021 alleelit 190 ja 192. CA on lyhenne Calidris alpinasta, eli suosirristä.

Kuva 3. Vanhan, viallisen ABI-ajon mukaan samat yksilöt, CA1020 ja CA1021, näyttivät tältä. Tulkitsin molemmat aiemmin homotsygooteiksi 198/198, ja 192/192. Ja huomaattehan, kuinka vaikeaa on päättää, laittaako alleelin 198:ksi vai 200:ksi, kun se kuvassa osuu noin 199 kohdalle (samoin alemman yksilön kanssa; onko alleeli 190 vai 192, kun se osuu melkein 191 kohdalle?). Tällaisia pyörittelin päivätolkulla ja vertailin sukulaisten alleeleita ja kävin näitä aina uudestaan ja uudestaan läpi jotta sain alleelit merkittyä systemaattisesti samalla tavalla kaikkiin.
Alla toinen lokus, CAS26, jossa oli aiemmin kaikenlaisia ongelmia (kuvat 4 ja 5). Uusinta-ABI-tuloksia katsellessani minulta kesti kaikkien yksilöiden alleelien selvittämiseen tämän lokuksen osalta yksi ainoa päivä, kun taas aiempien, huonojen tulosten takia en ollut saanut edes käytyä kaikkia yksilöitä läpi viimeisen puolen vuoden aikana!

Kuva 4. Uuden, toimivan ABI-ajon tulos, jossa näkyy erittäin selkeästi kaksi alleelia (242 ja 246).
Kuva 5. Samainen CAS26-lokus näytti aiemmin tältä (kuvissa eri yksilöt). En ollut varma ovatko tämän lokuksen alleelit parillisia vai parittomia (246 vai 247?), koska pylväät ovat niin leveitä että tulkinta on vaikeaa. Ja mikä on oikean 246-alleelin edessä oleva pylväs? Onko se toinen alleeli vai pelkästään ns. etupiikki? Kävi ilmi, että se ei ole alleeli, vaan jotain ylimääräistä. Molemmat kuvassa olevat yksilöt ovat homotsygootteja alleelin 246 suhteen.
Neljänneksi, koska ABI-laite oli viallinen, vaikutti se myös alleelien koon määrittämisessä käytettävän kokostandardin tulkitsemiseen. Alla esimerkit viallisesta ja toimivasta kokostandardista (kuvat 6 ja 7).
Kuva 6. Viallinen kokostandardi. Piikit ovat aivan liian leveitä, minkä takia alleelien koon määrittäminen epämääräistyy huomattavasti.

Kuva 7. Toimiva kokostandardi. Piikit ovat selkeitä, ja alleelien koon määrittäminen sujuu mainiosti.
Jos olisin tiennyt että vika on laitteessa eikä näytteissä tai PCR-olosuhteissa, olisin saanut aineiston valmiiksi aikoja sitten. Mistäpä sen olisi voinut tietää? Onneksi tämä kävi kuitenkin ilmi. Ja onni onnettomuudessa - kaikki ABI-näytelevyt olivat tallessa, joten ne täytyi vain ajaa laitteessa uudestaan, enkä siis joutunut pipetoimaan mitään ylimääräistä.
Kolmas mukava uutinen on, että uudet suosirrirenkaat kolahtivat postiluukusta eilen, ja että pääsiäisen jälkeen pääsen maastohommiin. Sirrit ovat siis saapuneet! Tai saapumassa. Etelä-Suomessa niitä on jo nähty reilu viikko takaperin. Kiire tulee olemaan.
Ja vielä neljäskin kiva esiuutinen: minulla on väitöskirjan valmistumisen jälkeisiä suunnitelmia. Enpäs kerrokaan niistä vielä kauheasti, hehe, katsotaan nyt miten tässä suunnitelmat etenevät, mutta sen verran voin paljastaa että ulkomaille olen lähdössä.
Oikein rauhaisaa pääsiäistä kaikille! Aasinsiltana pääsiäisestä ja suklaamunista kanoihin.
Tavataan taas toukokuussa.
Nelli
sunnuntai 6. huhtikuuta 2014
Huhtikuun ensimmäistä sunnuntaita!
Nyt se pitää jo myöntää – kevät on jo tullut. Lupaan
lopettaa takatalven odottamisen ja siirtää ajatukset jo ensi kesään. Ulkona
onkin jo niin valoisaa, että myös yöttömät yöt saapuvat kohta Ouluun, ja
saavatkin tulla!
Kesässä mulla on ollut töissäkin ajatukset. Minä olen tehnyt
tuntitaulukoita, varustelistoja ja aikatauluja, hoitanut lupa-asioita ja kirjoittanut
ohjeita. Nämä ei olekaan kesälomavalmisteluja vaan hehei kenttähommia varten. Mulla
odottaa taas kesäviikkoja Norjassa alkaen vapusta ja jatkuen syyskuulle. Ei sentään
aivan putkeen vaan jaettuna kuuteen pienoiseen reissuun. Ja nyt kun olen
päästänyt ne ajatuksiini, niin haluaisin aloittaa ne jo heti!
Kesäkaudessa ensimmäiseksi lähden tunturikurssille opettamaan,
vaikkei se vielä kenttäkautta ole, on se tosi kaivattua vaihtelua
toimistotöille. Sitä varten ehdin kuukausi sitten käydä Turussa auttamassa
kurssin luentojen kanssa. Se oli hassu reissu koska päädyin vähän metsästä
esittämään kasvidemoja, jakamaan käytännön ryhmiä ja pitämään turvallisuuskoulutusta.
(Mun turvallisuuskoulutus alkoi sillä, että opetin aikuisille ihmisille kuinka
kurssibussissa pitää piettää turvavöitä ja veneissä pelastusliivejä:)...) Luentojen jälkeen
kurssivalmistelut ovat jatkuneet enemmin määrin, tässä on tullut huomattua että
samat monot on tullut luvattua kolmelle kurssilaiselle lainaan ja suksien
määrästä on ollut monia tietoja. Minä päätin, että lasken kaiken itse uudelleen,
päivitän monisteet ja hoidan ryhmäjaot. Jos vaikka tuplavarmistuksella olisi
sitten todennäköisempää, että kaikki tarvittavat välineet saadaan sitten
paikalle. Kurssinvastuuvetäjäkin on sittemmin laittanut kaikille kurssilaisille
viestiä, että kaikissa tärkeissä asioissa minuun pitää ottaa yhteyttä, sillä
mulla langat ovat selvemmässä järjestyksessä:).
Koetan siis pitääkin ne niin. Alkusäätöjen lisäksi mun olisi tarkoitus mennä
ennen kurssia valmistelemaan kurssipaikkaa tunturitupaan, mä en ole vielä
setvinyt sitä lankavyyhtiä ja selvittänyt miten sinne pääsen...
Kuitenkin vielä neljä viikkoa malttia kesäkauteen asti, sillä
välillä pitäisi saattaa käsis sellaiseen vaiheeseen, että sen voi haudata
kansioon viideksi kuukaudeksi. Siinä on nyt vihdoin tulokset jotakuinkin selkeänä,
mutta johdantoa ja pohdintaa pittää vielä muokata vähän sopivammaksi niille
tuloksille. Mun toinen ohjaaja on ehtinyt panostaa siihen mun ohella todella
paljon ja hän on sammaan aikaan hahmotellut juttua viime kesältä jääneeltä
ylijäämäaineistosta. Se on ollutkin tosi hyödyllistä jakaa aineistoa, sillä nyt
mäkin ymmärrän paremmin omaa aineistoani, kun Sari selittää, mitä hänen
lohkossaan on tapahtunut. Ja muutoin tuskin kukaan malttaisi jutella musta koekäsittelyjen
aiheuttamasta typpi-fosfori-stoikiometriasta sun muusta.
Mulla oli kyllä suuret aikeet saada se lähetettyä se jo
ennen kesää juuri noiden ajatuskatko-kuukausien takia, mutta ei sitä voi
ajatustaan nopeammin analysoida tai kirjoittaa aineistosta. Ehkä siinä kesänkin
aikana ajatukset pääsee muhisemmaan ja jutut muuttuu viisaammiksi:).
Sen sijaan se meidän ryhmän odotettu juttu tuli vihdoin ja
viimein ulos. Ja hyvään lehteen se pärähtikin, Nature Climate Change-nimiseen melko kovien juttujen joukkoon, mistä ollaan oltu tosimielissämme. Juttu oli kyllä
hurja työvoitto, sillä me kaikki seitsemän kirjoittajaa tehtiin aivan illoiksi
ja viikonlopuiksi venähtänyttä työviikkoa koko joulukuun ajan ja jutun tuloksia
täydennettiin vielä uudelleen lähettämisen deadlinea edeltäneenä yönä
sähköpostin välityksellä Rovaniemen, Nottinghamin ja Oulun välillä. Vaikken
ollutkaan jutussa pääkirjoitusvastuussa, silti jutun hyväksymisen jälkeen kilisteltiin
Oulussa skumppaa työkäytäväporukalla jo tammikuussa. Osaksi siksi, että mun gradu Ouluun oli samasta aineistosta, ja silloin sen aineistoa paljon jahkailin käytävillä. Eikä nyt jokatyypin gradusta juttu pääse moiseen levikkiin, eikä muutenkaan välttämättä enää koskaan pääse tommoseen huippulehteen kirjottajalistaan. Parin kuukauden
odottelun jälkeen juttu on nyt kaikkien nähtävissä täällä: http://www.nature.com/nclimate/journal/vaop/ncurrent/full/nclimate2147.html,
mutta tuosta linkistä mentäessä kokonaisesta jutusta pittää vielä maksaa. Ehkä
se muuttuu ilmaiseksi, sitten kun se tulee paperilehteen - eli ehkä taas parin
kuukauden päästä.
Semmosta kesäunelmointia ja jutun mainontaa tällä kertaa.
Hei, lupasin laittaa tarinoita tundrakurssin teoriaosuuden lisäksi talven hiihtovaellusreissusta. Ei nyt tullut tarinaa, mutta tässä on kuvia onnistuneesta, ei-niin-kovin-lumisesta hiihtoretkestä:):
Hei, lupasin laittaa tarinoita tundrakurssin teoriaosuuden lisäksi talven hiihtovaellusreissusta. Ei nyt tullut tarinaa, mutta tässä on kuvia onnistuneesta, ei-niin-kovin-lumisesta hiihtoretkestä:):
Kuulemisiin,
-henni
![]() | |
| Testattu: Sekä retkisuksien saappaat että retkimonot pitivät vettä! |
keskiviikko 26. maaliskuuta 2014
Ääääh, unohdin taas – kahdesti!
Minun vuoroni
kirjoittaa olisi ollut jo pari viikkoa sitten, mutta minulla on ollut mielessä
vallan jotain muuta viimeaikoina. Kirjoitan siis nyt, koska en voi olla varma,
että muistan kirjoittaa perjantaina.
Käsikirjoitukseni
”loputon” hiominen on ollut loppusuoralla koko kevättalven ja, hypätäkseni suoraan
loppuun, käsikirjoitukseni lähetettiin lehteen ehdolle tänä maanantaina.
Viimeiset kaksi viikkoa ovat olleet todella stressaavia. Hiomista, sanojen
laskemista, korjauksia, sanojen uudelleen laskemista, kuvien hiomista jne. Siinä
vaiheessa viime viikolla, kun kaikki, mihin itse pystyin käsikirjoituksessa ja
oheismateriaalissa vaikuttamaan, oli kasassa, muiden kontribuutioiden
odottaminen kiristi pinnaani uskomattoman paljon. Muiden kontribuutioilla
tarkoitan lähinnä oikolukemista, ja pitäisihän minun ymmärtää, että muut
tekevät sitä omien hommiensa ohessa. Silti kaikki ärsytti monta päivää niin,
että meinasin välillä ärähdellä jopa työhuonekaverilleni, jolla ei edes ole
kässärini kanssa mitään tekemistä.
Maanantaina alkoi
lopulta helpottaa, kun ”lapsi lähti maailmalle”. Tottahan sen kanssa joutuu
vielä puljaamaan, bumerangien ja toivottavasti lopulta arvioitsijoiden
kommenttien muodossa, mutta minua helpotti
suuresti jo saada se edes ensimmäiselle kierrokselle. Nyt ei auta kuin pitää
peukut pystyssä.
Olen paraikaa
tekemässä lisää okellikokeita, jotta saisin riittävästi otoskokoa eli ”ännää”
dataani. Oletan saavani kokeet päätökseen ensi viikolla, ja sitten pitääkin jo
alkaa suunnitella seuraavaa käsikirjoitusta. Jospa se ei stressaisi niin paljoa
kuin tämä tärkein kässärini. Hirvittää ajatellakin, miten paljon itse
väitöskirjan loppuun saattaminen tulee stressaamaan!
Tiedän, tiedän.
Se on ihmisestä kiinni ja minun pitäisi vain olla rennompi. Helpommin sanottu
kuin tehty!
Stressaamisiin!
perjantai 7. maaliskuuta 2014
Aineisto, valmistaudu käsittelyyn!
Sain eilen tehtyä viimeiset labrat. Olen tehnyt vähintään 10 tunnin päivää koko viikon, ja se on tuottanut tulosta. Olen innoissani! Kuten kuvasta näkyy.
Kuvassa olen juuri lähdössä viemään kahdeksaa kuoppalevyllistä PCR-tuotteita ABI-koneelle ajettavaksi (ABI on se laite, joka määrittää alleelikoot ja lähettää datan tietokoneelleni, jolla pääsen sitten katselemaan alleelikäppyröitä ohjelmalla nimeltä GeneMapper). Tänään olen koko päivän koonnut aineistoa, eli tarkistanut GeneMapperista alleeleita ja kirjannut ne excel-taulukkoon. Merkitsen aina vihreällä värillä ne alleelit, jotka on tarkistettu ja jotka ovat kunnossa, ja taulukko alkaa näyttää mukavan vihreältä.
Sain oikein kunnon töytäisyn eteenpäin viime viikkoisesta ystäväni väitöksestä ja karonkasta. Minäkin haluan karonkan! Minäkin haluan olla tohtori! Minä haluan jatko-opintojen jälkeisen eli post doc -paikan ulkomailta! Ja minä haluan sen mieluummin ennemmin kuin myöhemmin. Yritän nyt siis tosissani saada väitöskirjani valmiiksi vuoden sisään. Motivaatiopuuskassani aloitin myös väitöskirjan yhteenvedon kirjoittamisen (sitä on jo peräti kaksi lausetta kasassa). Kaikki on eteenpäin, ja yrittänyttä ei laiteta. Ennen maastokautta haluan ainakin seuraavan juttuni arvioitavaksi. Ja vaikka jäin taas työttömäksi kuun alussa, se ei menoa haittaa - kyllä sitä apurahaa aina jostain, jossain vaiheessa, tulee. Pääasia että nyt saan hommat etenemään.
Tuntuu että postaukseni toistavat kerta toisensa jälkeen itseään - aina on vaan labrat kesken, ja kesken, ja kesken; mistään muusta harvoin puhun. Toisaalta, sitä tämä on pitkään ollut, ja tänne on mukava aina avautua kun turhauttaa/onnistuu. Ja nyt olen onnistunut.
Minulla on työhuoneeni seinällä valokuva, jossa olen puoli elämää sitten piskuinen lapinsirripoikue käsissäni. Digitoin sen hienosti (eli otin siitä valokuvan), jotta tekin pääsette sen näkemään. Kuva taitaa olla Oulunsalon Riutusta, silloin kun siellä vielä lapinsirrejä oli. Tämä on mukava valokuva, ja tätä katsoessa tajuaa että kai sitä oikealla alalla on, kun jo tuolloin muinoin, sitä vielä silloin tajuamattaan, sirreistä tykkäsi.
Nelli
Kuvassa olen juuri lähdössä viemään kahdeksaa kuoppalevyllistä PCR-tuotteita ABI-koneelle ajettavaksi (ABI on se laite, joka määrittää alleelikoot ja lähettää datan tietokoneelleni, jolla pääsen sitten katselemaan alleelikäppyröitä ohjelmalla nimeltä GeneMapper). Tänään olen koko päivän koonnut aineistoa, eli tarkistanut GeneMapperista alleeleita ja kirjannut ne excel-taulukkoon. Merkitsen aina vihreällä värillä ne alleelit, jotka on tarkistettu ja jotka ovat kunnossa, ja taulukko alkaa näyttää mukavan vihreältä.
Sain oikein kunnon töytäisyn eteenpäin viime viikkoisesta ystäväni väitöksestä ja karonkasta. Minäkin haluan karonkan! Minäkin haluan olla tohtori! Minä haluan jatko-opintojen jälkeisen eli post doc -paikan ulkomailta! Ja minä haluan sen mieluummin ennemmin kuin myöhemmin. Yritän nyt siis tosissani saada väitöskirjani valmiiksi vuoden sisään. Motivaatiopuuskassani aloitin myös väitöskirjan yhteenvedon kirjoittamisen (sitä on jo peräti kaksi lausetta kasassa). Kaikki on eteenpäin, ja yrittänyttä ei laiteta. Ennen maastokautta haluan ainakin seuraavan juttuni arvioitavaksi. Ja vaikka jäin taas työttömäksi kuun alussa, se ei menoa haittaa - kyllä sitä apurahaa aina jostain, jossain vaiheessa, tulee. Pääasia että nyt saan hommat etenemään.
Tuntuu että postaukseni toistavat kerta toisensa jälkeen itseään - aina on vaan labrat kesken, ja kesken, ja kesken; mistään muusta harvoin puhun. Toisaalta, sitä tämä on pitkään ollut, ja tänne on mukava aina avautua kun turhauttaa/onnistuu. Ja nyt olen onnistunut.
Minulla on työhuoneeni seinällä valokuva, jossa olen puoli elämää sitten piskuinen lapinsirripoikue käsissäni. Digitoin sen hienosti (eli otin siitä valokuvan), jotta tekin pääsette sen näkemään. Kuva taitaa olla Oulunsalon Riutusta, silloin kun siellä vielä lapinsirrejä oli. Tämä on mukava valokuva, ja tätä katsoessa tajuaa että kai sitä oikealla alalla on, kun jo tuolloin muinoin, sitä vielä silloin tajuamattaan, sirreistä tykkäsi.
Nelli
Tilaa:
Blogitekstit (Atom)









