Maastohommia

Ensimmäiset sirrinpojat ovat kuoriutuneet! Osa pesistä siis säilyi kuin säilyikin kuoriutumiseen asti. Tänään kuoriutumisia pitäisi tapahtua monessa eri pesässä, joten lähdemme iltareissulle Lumijoelle rengastamaan. Huomenna tehdään sama homma Hailuodossa. Sieltä löysimme vielä alkuviikosta pesän, jossa oli vasta yksi muna, eli todella myöhään ovat emot pesinnän aloittaneet. Kuoriutuminen, mikäli pesä säilyy, ajoittuu heinäkuun toiselle viikolle.

Eipä tässä sen kummempia ole ehtinyt muutamassa viikossa tapahtua. Ehdin sairastaa kesäflunssaa viikon verran. Muuten ollaan oltu maastossa, siellä täällä on pidetty lepopäiviä. Tosin mun "lepopäivät" on menny aika lailla palstahommissa, maata kääntäessä ja siemeniä istuttaessa. Kiirettä on pitänyt. Kohta lähden taas palstalle, ehtii vähän papuja istuttaa ennen kuin lähdetään maastoon.

Maastohommia on jäljellä vielä kuukauden päivät, sitten olen noin viikon toimistohommissa, minkä jälkeen alkaa loma. Kirjoittelen vielä ennen lomaa tänne, siihen asti näkemiin!

Nelli

Työpaikoista kilpailevat biologit

Hei!

Vaikka väitökseen onkin vielä paljon aikaa, olen jo alkanut pohtia sitä ikuista kysymystä: mitä sen jälkeen? Hyvin erilaisia urapolkuja on teoreettisesti olemassa, vaikkakin työllisyystilanteen vaikutus todellisiin työpaikkoihin on merkittävä. Väitellyt biologi voi jatkaa työskentelyä yliopistossa esim. post doc -tutkimusta tai muuta tutkimusta tekemällä. Hän voi myös työllistyä erinäisissä tutkimuslaitoksissa ja muissa tahoissa (RKTL, Metla, Metsähallitus, ELY-keskukset jne.). Vaikka useimmat jäävätkin Suomeen, monet lähtevät ulkomaille uusien kokemuksien ja parempien työllisyysnäkymien perässä.

Biologian alan työttömyys kasvoi 15 % vuosina 2005-2010 (lähde). Kaikista koulutusaloista eniten työttömiä tohtoreita on juuri biologian ja biokemian aloilla (lähde).

Tällä hetkellä työ- ja elinkeinotoimiston sivuilla biologi-ammattinimikkeen alta löytyy neljä avointa työpaikkaa: projektipäällikkö (RKTL), projektitutkija (Itä-Suomen yliopisto), research scientist (Iso-Britannia) ja tutkija (Helsingin yliopisto). Näistä voisin työkuvauksien perusteella kuvitella  hakevani korkeintaan ensimmäistä paikkaa, mutta sekin sijaitsisi Helsingissä, jonne en haluaisi muuttaa.  

Kilpailu työpaikoista on paikoitellen melko ankaraa, ja erikoisosaaminen on toisinaan merkittävä etu työnhaussa. Esimerkiksi erikoistuminen yhteen eliöryhmään voi olla valttikortti. Itsehän olen selvästi profiloitunut suurpetoihin, mutta se ryhmä käsittää Suomessa vaan neljä lajia. Riittääkö se? Joissakin työpaikoissa taas tunnutaan etsivän moniosaajaa, jolta löytyy rautaista lajituntemusta niin kasvi- kuin eläinpuolelta. Itsekin olen alkanut vähän kertailla kasveja ja lintuja tänä kesänä ;)

On mulla jotain kivojakin uutisia: sain apurahan tiedekunnalta! Sen turvin päästään jo loppuvuoteen asti :)

Anni

(kuvat täältä, täältä ja täältä)

Taas

Pahus, taasko minä unohdin? Tämä minun bloggaus ei näytä tänä keväänä menevät oikein vahvasti...

Kerrottavaakaan ei ole hirveästi. Olen näplännyt datani parissa aika huonolla motivaatiolla viime viikot. Kaipaisin jotakuta potkimaan minuun vauhtia. Ehkäpä torstaina odottava seurantaryhmän tapaaminen antaa kaivattua potkua? Ainakin siihen pitää hieman tsempata ja väsätä pieni yhteenveto viimeisen vuoden toilailuistani.

Tämän kevään biologian yhteisvalinta oli toukokuun lopulla. Tuli aika nostalginen olo tajutessani, että omasta pääsykokeestani on kymmenen vuotta aikaa. Silloin koe oli tosin kesäkuun alussa, vasta ylioppilasjuhlan jälkeen. Olen aika varma, että kokeessa oli kysymys sukkessiosta (Miten kasvillisuus palautuu paloaukealle?), mutta muita mielikuvia minulla ei siitä ole. Koe meni ilmeisen hyvin, sillä posti toi heinäkuulla hyväksymiskirjeen. Opinnot aloitin kuitenkin vasta seuraavana vuonna.

Parempi lopettaa vanhojen muistelu tähän, ettei joku pistä tikulla silimään...

Sirreillä menee heikosti

Huomenta vaan kaikille! Minä olen lähdössä kohta Pohjois-Pohjanmaan lintutieteellisen yhdistyksen eli PPLY:n järjestämään, vuorokauden mittaiseen kevätralliin. Kai sitä vähän päässä viiraa, kun pitkän maastoviikon jälkeen (kävelyä noin kuudesta kuuteentoista km päivässä) lähden pyörällä lintuja kattoon. Enkä saanut edes kunnollista joukkuetta kasaan, yksi sairastui, toinen perui edellisen poisjäännin takia, ja kolmas ehtii vain vähäksi aikaa mukaan. Mutta oon niin kauan tätä päivää odottanut että lähden retkelle, vaikkakin sitten suurimmaksi osaksi yksin. Eväät on onneksi hyvät (ostin eilen kaikenlaisia herkkuja) - ja sehän on retkeilyssä tärkeintä. :) Ja aurinko paistaa.

Mutta sitten asiaan. Suosirreillä ei mee nyt hyvin. Tänä vuonna pesintä on alkanut todella myöhään, ja lähes kaikki pesät ovat tuhoutuneet saalistuksen seurauksena. Normaalisti tähän aikaan ensimmäiset pesät alkavat jo kuoriutua, mutta nyt hyvä jos on alettu edes hautomaan. Eilen näin yhden suosirriparin pesänrakennustouhuissa; kaukoputkella tarkkailin kun koiras kuopsutteli soidinkuoppaa, ja naaras kävi perässä tarkastamassa tuliko hyvää jälkeä. Mutta löydettiin me toissapäivänä kaksi jo valmista pesää, ja kolmas, johon ilmestyi eilen neljäs muna. Toivotaan että pysyvät hengissä! 




Yksi asia tuli mieleeni, joka varmasti vaikuttaa pesäpredaation määrään: töyhtöhyyppien pesiminen samalla niityllä suosirrien kanssa alentaa pesän tuhoutumistodennäköisyyttä. Hyypät varoittelevat ahkerasti, ja kiusaavat petoja syöksymällä niiden kimppuun ja ajamalla ne pois. Tänä vuonna hyyppiä ei ole ollut eräällä niityllä, ja juuri siellä lähes kaikki pesät ovat tuhoutuneet. Lisäksi märkä kevät on aiheuttanut sen, että niityillä ei ole ollut kuin vähän mahdollisia, tarpeeksi kuivia pesimäpaikkoja. Ja kävihän tuossa niinkin että vesi nousi viikko sitten puoleen metriin, ja vei osan pesistä mukanaan. Pari viime vuotta ovat olleet oikein hyviä poikastuoton kannalta, joten kai se on ihan ymmärrettävää että välillä asiat menevät myös huonosti. Harmi silti.

Keskiviikkona kävimme Kraaselin saarella, ja pääsin ensimmäistä kertaa elämässäni ajamaan venettä. Olihan jännät paikat!

Lapinsirrimaastossa en ole vielä itse käynyt, mutta kuulemma sielläkin kova kuhina käy. Lapinsirrit aloittavat normaalisti pesinnän suosirrejä myöhemmin, joten tänä vuonna pesimäkaudet menevät varmasti päällekäin, mikä lisää kiirettä kesäkuun puolenvälin jälkeen kun kummankin lajin pesät, mikäli sinne asti selviävät, kuoriutuvat samaan aikaan.







Kotirintamalla kevät etenee lujaa; tomaatit, chilit ja paprikat tekevät jo hedelmää, ja parveke kukkii.

Nyt lähden valmistautumaan päivän koitokseen. Ai että on mukava olo.


Oikein mukavaa kesää kaikille!


Nelli

Kuulumisia kesän kynnyksellä

Hei!

Vihdoin jotain on tapahtunut! Kolme viikkoa sitten sain submitattua eli lähetettyä sarjaan kaksi kässäriäni. Se oli huojentavaa, koska olin jo ehtinyt huolestua, valmistuvatko käsikirjoitukset ikinä. Niin vain saimme muokattua ne ohjaajien kanssa sellaiseen kuntoon, että ne kielentarkastuksen läpikäytyään voitiin lähettää eteenpäin. Toki tuntuu siltä, ettei kässäriin ole täydellisen tyytyväinen missään vaiheessa, mutta siitä on vaan osattava päästää irti sopivaan aikaan, eikä jäädä hinkkaamaan muotoseikkoja ikuisuuksia.

Lähde: www.phdcomics.com

Monesti aina pääsee unohtumaan, että käsikirjoituksen kirjoittaminen on vain yksi osa julkaisuprosessia. Aluksi on tietenkin tehty tieteellinen tutkimus, jonka tulosten perusteella kirjoitetaan käsikirjoitus. Sen jälkeen kässäri, monesti kielentarkastajan kautta, lähetetään sarjaan, jossa päätoimittaja (editor in chief) päättää, annetaanko paperi eteenpäin arviointikierrokselle vai hylätäänkö se suorilta käsin. Molemmat kässärini ovat ilmeisesti läpäisseet päätoimittajan seulan, koska niistä ei ole vielä kuulunut mitään ja niiden tämänhetkinen status on "under review".

Sarjan päätoimittaja myös lopullisesti valitsee tekstin arvioijat, vaikka usein myös kirjoittaja voi esittää toivomuksia arvioijien suhteen. Nämä arvioijat (1-5) antavat lausuntonsa yleensä anonyymeinä, ja jälleen päätoimittaja tekee viimeisen päätöksen, kuinka kässärin käy. Kässäri voidaan vielä hylätä tässä vaiheessa, joten minäkään en vielä uskalla hyppiä riemusta. Yleistä on myös, että kirjoittaja joutuu tekemään vielä muutoksia artikkeliinsa, jotta se hyväksytään lehteen. Joskus tarvitaan useampikin reviewkierros, ennenkuin teksti, tässä vaiheessa valmis artikkeli, julkaistaan.

Lähde: www.phdcomics.com

Joissakin huippuaikakaussarjoissa hylkäysprosentti saattaa olla jopa 70 %. Lisäksi monesti toimitukselliseen vastaukseen saattaa kulua jopa 5 kk ja joissakin sarjoissa koko julkaisuprosessi voi kestää jopa 1-2 vuotta. Tämä oli ehkä itselleni yllätys, kun aloitin väitöskirjatyön. Jotenkin ajattelin, että kun kässäri on valmis, se vaan lähetetään sarjaan, ja mikäli sinne hyväksytään, se julkaistaan jo hyvinkin pian. On toisaalta aika harmillista, jos hommat venyvät sen takia, kun joutuu vaan odottelemaan ja odottelemaan...

Kolmas  eli viimeinen kässärini odottelee vielä viimeisiä (?) kommentteja ohjaajiltani. Jospa saisin ne pian ja voisin lähettää tuonkin paperin kielentarkastuksen kautta sarjaan.

Tsemppiä kaikille kanssatutkijoille ja mukavaa kesää blogin lukijoille!

Anni

Sorisorisorisori!

Kyllä, unohdin! Kahtena viikkona peräkkäin, tosin selittelen kovasti sillä, että viime viikolla olin sairaslomalla... En vain ole muistanut kirjoittaa. Pahoitteluni.

Meillä oli täällä jännä päivä. Suomen akatemia on tällä vikolla tehnyt arviointikäynnin kaikissa Suomen fysiikkaa opettavissa yliopistoissa ja tutkimusryhmissä. Tänään, ilmeisesti kiertonsa viimeisenä päivänä, ulkomaalainen arvioitsijakaksikko kävi meillä. Heille piti tietenkin demota myös palloset-upia, ja kovin haltioissaan he vaikuttivat olevan. Kamerakännykkä räpsyi torakan juostessa. Olen päässyt demoamaan virtuaalipalloa myös The Times Educational Supplementin journalistille, joka palloartikkelin ilmestymisen jälkeen lensi Ouluun ihan vain haastattelemaan proffaamme ja ihastelemaan palloamme. Hän oli sellainen englantilaisen koulutetun herrasmiehen perikuva huoliteltuine puheenparsineen ja pikkutakkeineen. En tiedä, joko hänen kirjoittamansa juttu on tullut ulos tai millaisin välein Educational Supplement edes imestyy. Siistiä silti.

Minulta on kyselty, miten kävi taannoisen humpuukiväitöskirjan, josta kirjoitin. Olen tässä kuulopuheiden varassa, mutta ilmeisesti väitöksen hyväksyminen/hylkääminen on jätetty teknillisen tiedekunnan omalle vastuulle. Kuulemma asiaa on käsitelty jo jossakin kokouksessa, mutta se on jätetty pöydälle. Kuulostaa pahasti siltä, että asiaa venytetään kesään, ja väikkäri luikautetaan seulan läpi jossain kesäkokouksessa, johon kaikki asianomaiset eivät ole löytäneet perille. Kerron taas, kunhan asiasta kuuluu jotain uutta.

Nyt aloitan viikonlopun vieton kokeilemalla, söisikö lemmikkisiilini lantakuoriaisen toukkia. Labramme uudet tulokkaat, alun perin Etelä-Afrikasta kotoisin olevat lantakuoriaiset (jotka tosin tulivat meille Australiasta), ovat munineet reippaasti. Työkaveri erotteli toukkia sisältäviä kakkapalluroita tänään väljempiin kasvatuslaatikoihin. Touhun tuoksinassa muutama hauras pallo halkesi. Toukat eivät voi elää ilman palloaan, joten vauveleiden roskiin heittämisen välttämiseksi päätimme kokeilla, voisiko niitä kierrättää siilinravinnoksi. Aika sopivaa, afrikkalaisia koppiksentoukkia afrikkalaiselle nelivarvassiilille...

Joo. Muistakaahan ne kumpparit jos meinaatta viikonloppuna ulos mennä!

Jääkausista ja genetiikasta

HUOM (Ma 23.4)! Kirjoitin tämän kyllä jo perjantaina, mutta jostain syystä se ei tullut näkyville. Julkaisen tämän siis uudestaan nyt. Pahoitteluni!


Näin kevään räntä- ja lumisateiden kunniaksi päätin kirjoittaa tänään jääkausista, noista maailmaa myllertäneistä isoista ilmastollisista muutoksista. Ja niiden vaikutuksista lajien geneettiseen monimuotoisuuteen. Ja vähän siltä väliltä. Havainnollistan tekstiäni hienoilla Wordissa askartelemmillani kuvilla.

KAIKKI lähtee liikkeelle maapallon akselin kaltevuuden säännöllisesti 41 000 vuoden välein toistuvista muutoksista, jotka aiheuttavat muutoksia maapallon ilmastossa, ja johtavat jääkausien ja niiden välisten lämpimien jaksojen eli interglasiaalien noin 100 000 vuoden sykleihin. Sen lisäksi että jääkaudet ja niiden väliset lämpökaudet ovat syklisiä, jääkauden aikanakin ilmasto vaihtelee jäätiköitymisjaksojen ja niiden välisten hieman lämpimämpien jaksojen eli interstadiaalien vuorotellessa.

Kuvassa yläpuolella lämpötilan muutos pitkällä aikavälillä (jääkaudet aallonpohjassa, lämpöjaksot aallonharjalla). Alapuolella jääkausien sisäiset muutokset (jäätiköitymisjaksot aallonpohjassa ja interstadiaalit aallonharjalla. Havaittavissa syklisyyttä! Aika kulkee kuvassa vasemmalta oikealle, ja tässä voisi olla vaikka parinsadantuhannen vuoden jakso, johon sisältyy kaksi jääkautta.


 

(Äh, en saa näitä pieniä aaltoja pysymään oikeilla kohdilla, eli kuvitelkaa kaksi pikkuaaltoa yhden jääkausijakson alle.) 

Esimerkiksi edellinen interglasiaali (Eem-interglasiaali) oli rapiat 100 000 vuotta sitten, ja kesti vähän yli 10 000 vuotta. Sen jälkeen tuli Veiksel-jääkausi, ja tällä hetkellä elämme Holoseenia, interglasiaaliaikaa, joka alkoi noin 10 000 vuotta sitten viimeisimmän jäätiköitymisjakson loputtua ja Euroopan peittäneen mannerjään sulettua.

Jäätiköiden laajeneminen ja sulaminen vaikuttaa lajien levinneisyysalueisiin ja populaatiokokoihin sopivien elinympäristöjen muuttuessa ja siirtyessä. Jäätiköitymisjakson aikana, ilmaston kylmetessä, jään reuna etenee etelää kohti (tarkastelemme tilannetta nyt pohjoiselta pallonpuoliskolta), jolloin lämpimien alueiden lajien elinympäristöt supistuvat kohti päiväntasaajaa. Arktisten, kylmien alueiden eliöstöjen elintilat saattavat puolestaan jopa laajeta viileähkön ilmaston myötä, tai ainakaan kylmä ilmasto ei vaikuta arktisiin lajeihin niin paljon kuin eteläisempiin. Lämpimien kausien aikana taas pohjoiset lajit joutuvat koetukselle, kun lämpimämpi ilmasto siirtyvät pikkuhiljaa pohjoisemmaksi ja arktiset habitaatit vähenevät.

Jääkausien aikana populaatiokoko saattaa pienetä levinneisyysalueen pirstoutuessa pienempiin osiin. Populaatioita voi jäädä eristyksiin pienille alueille, niin sanottuihin refugioihin. Esimerkiksi yllä mainittu lämpimän ilmaston siirtyminen pohjoisemmaksi voi johtaa siihen, että arktiset lajit joutuvat siirtymään yhä pohjoisemmaksi, kunnes vastaan tulee Jäämeri eikä pohjoisemmaksi enää pääse, ja populaatiot joutuvat puristuksiin ja jumiin kaikkein pohjoisimpien niemimaiden kärkiin. Eteläisemmät lajit joutuvat refugioihin useimmiten jäätiköitymisen aikana, kun ilmasto viilenee ja lämmin elintila vähenee. Tunnettuja refugioita, joissa pääosa Euroopan nykyisistä lajeista viettivät jääkautensa, ovat muun muassa Iberian ja Balkanin niemimaat sekä Italia. Nämä alueet rajoittuivat jääkauden aikana pohjoisessa vuoriin (Alppeihin, Pyreneisiin ja Balkanvuoriin) ja niiden pohjoispuolella vallitsevaan tundraan ja ikiroutaan, ja muilta suunnilta mereen pitäen populaatiot omissa oloissaan pitkiä aikoja. Eri refugioihin joutuneet saman lajin populaatiot alkoivat sitten eriytyä geneettisesti, koska niiden välillä ei päässyt tapahtumaan geenivirtaa. 

Jääkausien aikaansaamien refugia- eli jäännepopulaatioiden kohdatessa jälleen populaatiot yleensä sekoittuivat, mutta niiden perimään jäi merkki pitkään kestäneestä eristyneisyydestä. Sen lisäksi että refugiapopulaatioiden välille kertyy eroja, geneettinen variaatio usein vähenee refugian seurauksena populaatiokoon supistuessa. Luin äsken artikkelin jääkarhun ja ruskeakarhun geneettisistä suhteista, ja siinä ehdotettiin ruseakarhun geneettisen monimuotoisuuden olevan vähäistä juuri lämpimien ilmastojaksojen aiheuttamien refugioide takia, joissa populaatiokoko ensin pienenee rajusti ja kasvaa sitten taas suuremmaksi olosuhteiden parannuttua.

Tällaista tapahtumaa, jossa populaatio äkkiseltään pienenee ja sitten taas kasvaa, kutsutaan pullonkaulaksi. Muutkin tekijät kuin jääkaudet voivat aiheuttaa pullonkauloja - esimerkiksi taudit ja myrskyt, joihin saattaa kuolla iso osa populaatiosta. Myös vaikkapa uusille alueille levittäytyminen saattaa aiheuttaa pullonkaulan, jos uusi perustajapopulaatio on vain pieni osa alkuperäisestä lähtöpopulaatiosta, ja tämä pieni perustajapopulaatio on sitten kantana uuden elinalueen tulevalle populaatiolle. Tällaista pullonkaulan muotoa kutsutaan perustajanvaikutukseksi.

Tässä pullonkaulan idea: Vaakatasolla on populaatiokoko (mitä leveämpi, sen isompi) - pystyakselilla on aika (vaikkapa 10 000 vuotta), alhaalla menneisyys ja ylhäällä nykyhetki. Populaatio on 5000 vuoden kohdalla pienentynyt rajusti, käynyt läpi pullonkaulan, ja sitten taas kasvanut takaisin alkuperäiseen kokoonsa.





Tässä puolestaan on esimerkki perustajavaikutuksesta; pieni joukko yksilöitä (valkoinen pieni rinkula) erkaantuu isosta populaatiosta (sininen iso rinkeli) ja perustaa uuden populaation uudelle elinalueelle. Pienen perustajapopulaation geneettinen koostumus voi sattuman vaikutuksesta poiketa hyvinkin paljon alkuperäisestä kantapopulaatiosta.

Sekä populaation pieneneminen että kasvu jättävät merkkejä lajin geneettiseen variaatioon. Sattuman kautta jotkut alleelit selviävät pullonkaulasta, ja toiset häviävät, jolloin populaation alleelifrekvenssit muuttuvat. Populaation pienentyessä äkillisesti sattuma voi aiheuttaa sen, että populaation eloonjäänyt osa on geneettiseltä koostumukseltaan aivan erilainen kuin alkuperäinen. Yllä olevassa kuvassa pienessä perustajapopulaatiossa saattaa vaikka olla sattumalta paljon jotain harvinaista alleelia, ja täten uudessa populaatiossa kyseinen alleeli ei enää olekaan harvinainen, vaan on muuttunut yleiseksi. Siinäpä evoluutiota käytännössä, alleelifrekvenssien muuttumista populaatiossa sukupolvesta toiseen!

Siinä teille sekalainen sekoitus jääkausia, genetiikkaa ja ekologisia käsitteitä. Tässä vielä aiheeseen liittyvä mainio artikkeli, johon suuri osa edellisestä tekstistä perustuu: Post-glacial re-colonization of European biota (Hewitt 2008).

Hyvää viikonloppua,

Nelli