perjantai 4. marraskuuta 2011

Journal Club #3 - Matka luonnontieteiden alkulähteelle

Ihan aluksi on pakko kommentoida lehdistön sensaatiohakuisuutta. Kun tänä aamuna katsoin uutisotsikot, Suomen lehdistön otsikot eräästä fossiililöydöstä toitottivat tutkijoiden löytäneen "sapelihammasoravan" fossiilin. Eräässä lehdessä oli kuvituksena käytetty raflaavasti Ice Age -animaation fiktiivistä sapelihammasoravaa. Kyseisestä jutusta saa sen käsityksen, että kyseessä on oravan fossiili. Valtakunnan päälehden jutussa on mediaseksikkäästä otsikosta huolimatta näköjään kuitenkin ymmärretty, että otus ei ole orava. Jos ette pääse lukemaan alkuperäistä juttua Naturesta, lukekaa sentään BBC:n fiksu uutinen aiheesta täältä. Nyt kyllä hävettää suomalainen uutisoinnin taso.

Kokeeni etenevät tuskaisen hitaasti. Niistä ei ole hirveästi raportoitavaa, enkä sen takia tänä syksynä osallistu Kaamos-symposioonkaan. Siis ainakaan puheen tai posterin merkeissä. Tänään blogissa on taas vuorossa Journal Club, jossa kurkistetaan tieteen historiaan pilke silmäkulmassa! En malttanut tiivistää juttua mitenkään, joten tämä kannattaa lueskella ajan kanssa.

Royal Society on avannut vanhat lehtiarkistonsa yleisölle. Kaikki yli 70 vuotta vanhat tieteelliset julkaisut ovat nyt verkossa vapaasti saatavilla. Kävin vilkaisemassa arkistoa osoitteessa http://royalsocietypublishing.org/journals. Käynnistä tuli pikamatka tieteen historiaan, jollaisia täytynee tehdä huvin ja urheilun vuoksi vastaisuudessa useampia! Lukiessani näitä aikanaan uutisoimisen arvoisia juttuja, aloin todella arvostaa sitä, että nämä havainnot ja kokeet on jo tehty ja minä saan tieteentekijänä pitää itsestäänselvyytenä esimerkiksi sitä, että hämähäkin voi nielaista ilman kuolemanvaaraa. Tässäpä teillekin parhaita paloja vuosisatojen takaa!

Philosophical Transactios of the Royal Society of London B -lehden (nykyinen Philosophical Transactions B eli biologia käsittelevä julkaisu) ensimmäisestä numerosta vuodelta 1887 löytyi mm. seuraavia aihepiirejä:

Elektrofysiologia:

The electromotive properties of the electricval organ of Torpedo marmorata (marmorisähkörauskun sähköelimen elektromotiiviset ominaisuudet), kirjoittanut Francis Gotch, 50 sivua

On the action of the excised mammalian heart (irtonaisen nisäkässydämen toiminnasta), kirj. Augustus D. Waller ja E. Waymouth Reid, 41 sivua

Neurotiede:

A minute analysis (Exoerimental) of the various movements produced by stimulating in the monkey different regions of the cortical centre for the upper limb, as defined by Professor Ferrier (pieni kokeellinen analyysi erilaisista liikeistä, jotka aikaansaadaan stimuloimalla apinassa eri alueita aivokuoren yläraajakeskuksessa, jonka määritteli professori Ferrier), kirj. Charles E. Beevor ja Victor Horsley, 14 sivua

Embryologia:

The embryology of Monotremata and Marsupialia. Part I (nokka- ja pussieläinten alkiokehitysoppi), kirj. W. H. Caldwell, 23 sivua

Anatomia:

Remarks on the cloaka and on the copulatory organs of the Amniota (huomioita vesikalvollisten kloaakista ja lisääntymiselimistä), kirj. Hans Gadow, 32 sivua. Artikkeli sisältää upean yksityiskohtaisia piirroskuvia matelijoiden ja lintujen lisääntymiselimistä.

Pikaisella katsauksella voin todeta, että 1800-luvulla ei pihistelty artikkelien sivumäärässä, ja raportit olivat kuvailevia, ehkä jopa jaarittelevia nykyisiin verrattuna. Tiede sinänsä on ollut hyvin edistynyttä.

Vielä vanhempiin lehtiin mentäessä löytyy koko Philosophical Transactions -sarjan ihkaensimmäinen vuosikerta 1665-1666, jossa nykytiedon valossa käsitellään kaikkien luonnontieteiden lisäksi myös monenlaista humpuukia. Kaikkien kirjoittajien nimetkään eivät ole tiedossa. Poimintoja ensimmäisen vuoden aiheista:

Kirja-arvostelut:

An account of micrographia, or the physiological descriptions of minute bodies, made by magnifying glasses (selonteko Mikrografiasta, eli pienten kohteiden fysiologisesta kuvauksesta, joka on suoritettu suurentavilla laseilla), kirjoittaja tuntematon, 6 sivua. Esittele Robert Hooken mikroskopia-aiheisen kirjan Micrographia. Ote tekstistä: ”Here our Author maketh it not improbable, but that, by thefe helps the fubtilty of the compofition of Bodies, the ftructure of their parts, the various texture of their matter, the inftruments and manner of their inward motions, and all the other appearances of things, may be more fully discovered; whence may emerge many admirable advantages towards the enlargement of the Active and Mechanick part of knowledge, because we may perhaps be enabled to difcern the fecret workings of Nature, almoft in the fame mammer, as we do thofe that are the productions of Art, and are managed by Wheels, and Engines, and Springs, that were devifed by Humane wit.” Hyvin jaarittelevaa tekstiä, jos sitä vertaa nykyjulkaisujen kieleen! Lopuksi ennustetaan hyvin kaukaista tulevaa: “Laftly, this Author defpairs not that there may be found many Mechanical Inventions, to improve our Senfes of Hearing, Smelling, Tafting, Touching, as well as we have improved that of Seeing by Optick Glaffes.”

An experimental history of cold (kylmän kokeellinen historia), kirj. tuntematon. Arvostelu Robert Boylen kirjasta New experiments and observations upon cold. Kirjan kerrotaan sisältävän mm. kokeita veden ja vesiliuosten laajenemisesta niden jäätyessä.

Silkkitoukkien hoito:

An extract of a letter containing some observations, made in the ordering of Silk-Worms, communicated by That Known Vertuoso, Mr. Dudley Palmer, from the Ingenious Mr. Edward Digges (Ote kirjeestä joka sisältää joitakin huomioita silkki-matojen järjestämisestä, kertonut Se Tunnettu Virtuooso, Hra. Dudley Palmer, saatu Nerokkaalta Hra. Edward Diggesiltä), kirj. Herrat Palmer ja Digges, noin sivun pituinen. HErrat kertovat yrityksestään tuottaa silkkiä Virginiassa. Silkkiperhosen toukkien kaikinpuolinen hyvinvointi on ollut herroille ensiarvoisen tärkeää. Jopa mahdolliset hajuärsytykset on otettu huomioon: “I never obferved, that the fmell of Tobacco, or fmels that are rank, did any waies annoy the worm.”

Tähtitiede:

An account of some observations, lately made in Spain, by His Excellency the Earl of Sandwich (selonteko huomioista, jotka viimeaikoina on Espanjassa tehnyt Hänen Ylhäisyytensä Sandwichin Jaarli), kirj. Sandwichin Jaarli, 1 sivu. Hänen ylhäisyytensä kuvaa, kuinka valtioneuvotteluiden ohessa on ehtinyt tehdä myös astronomisia ja fysiologisia kokeita, ja etenkin huomioinut kesäkuista auringonpimennystä.

The figure of the stars in the constellation of Cygnus; Together with the new star in it, discover’d some years since, and very lately seen by, M. Hevelius again (Tähtien kuvio Joutsenen tähdistössä, kera siellä olevan uuden tähden, jonka löysi muutamia vuosia takaperin, ja ihan vastikään näki taas, M. Hevelius), kirj. M. Hevelius, yksi sivu. M. Hevelius on lähettänyt piirroksen Joutsenen tähdistöstä, jonka ”rintaan” on ilmestynyt uusi tähti.

An account of four Suns, which very lately appeard in France, and of two Raine-Bows, unusually posited, seen in the same kingdom, somewhat longer agoe (Selonteko neljästä auringosta, jotka ihan vastikään näyttäytyivät Ranskassa, ja kahdesta epätavallisessa asennossa olevasta sateenkaaresta, jotka nähtiin samaisessa valtakunnassa jokseenkin pitempi aika sitten), kirj. tuntematon, neljä sivua. Artikkeli kuvailee epätavallisia valoilmiöitä Ranskan taivaalla.

Optiikka / Mikroskopia:

Of Monsieur Hevelius’s promise of imparting to the world his invention of making optick glasses; And of the hopes given by Monsieur Hugens of Zulichem, to perform something of the like nature; As also of the expectations, conceived of some ingenious persons in England, to improve telescopes (Monsieur Heveliuksen lupauksesta saattaa maailmalle hänen keksintönsä optisten lasien tekemisestä; ja Zulichemin Monsieur Hugensin toiveista tehdä jotain samanluonteista; ja odotuksista, jotka aikaansaivat eräät nerokkaat henkilöt Englannissa, teleskooppien parantamiseksi), kirj. Monsieur Hevelius ja Monsieur Hugens, 1,5 sivua . Artikkeli kertoo optiikan viimeaikaisista kehitysaskelista 1660-luvulla.

Epämuodostumat:

An account of a very odd monstrous calf (kuvaus hyvin kummallisesta hirviömäisestä vasikasta), kirj. Robert Boyle, puoli sivua. Kirjoittaja kuvailee, kuinka Hampshiren Limmingtonissa teurastaja oli löytänyt lehmän sisältä epämuodostuneen sikiön, joka vaikutti olevan osaksi kiveä.

An observation imparted to the Noble Mr. Boyle, by Mr. David Thomas, touching some particulars further considerable in the Monster mentioned in the first papers of these Philosophical Transactions (Huomio, jonka on välittänyt ylhäiselle Hra. Boylelle Hra. David Thomas, koskien joitakin huomionarvoisia yksityiskohtia Hirviössä, joka mainitaan näiden Filosofisten Transaktioiden ensimmäisissä papereissa), kirj. David Thomas, noin puoli sivua.

Some observations of odde constitutions of bodies (Huomioita kehojen oudoista rakenteista), kirj. tuntematon, 1 sivu. Kirjoitus esittelee kummallisia potilastapauksia Hollannista.

Observables upon a monstrous head (Huomioita hirviömäisestä päästä), kirj. tuntematon, 1,5 sivua ja sivun kokoinen piirroskuva. Artikkeli kuvailee epämuodostuneen orivarsan pään. Varsan muu ruumis vaikutti kirjoittajan mukaan normaalilta ”ilman mitään näkyvää hirvittävyyttä”.

Merenkäynti:

A narrative concerning the success of pendulum-watches at sea for the longitudes (kertomus koskien heiluri-kellojen menestystä merellä pituuspiirien määrityksessä), kirjoittaja tuntematon, kaksi sivua.

An extract of a letter, written from Holland, about preserving of ships from being worm-eaten (Ote Hollannissa kirjoitetusta kirjeestä, joka käsittelee laivojen suojelua madonsyömäksi joutumiselta), kirj. tuntematon, puolitoista sivua.

Mainokset:

”The Reader is hereby advertifes, that by reafon of the prefent Contagion in London, which may unhappily caufe an interruption afwel of Correspondencies, as of Publick Meetings, the printing of thefe Philosophical Tranfactions may poffibly for a while be intermitted; though endeavors fhall be ufed to continue them, if it may be.” Lontoossa levisi rutto vuonna 1665, ja tartuntavaaran vuoksi tiedetapaamiset ja julkaisutoiminta pistettiin väliaikaisesti jäihin. Lehdessä mainostettiin asiaa, jotta lukijat eivät suotta hermostuisi.

Seismologia:

A relation concerning the late earthquake neer Oxford; Together with some observations of the sealed weatherglass, and the barometer both upon that phenomenon, and in general (Kertomus koskien vastikään tapahtunutta maanjäristystä lähellä Oxfordia, yhdessä sinetöidystä säälasista ja ilmapuntarista tehtyjen huomioden kanssa, koskien tätä ilmiötä ja yleisesti), kirj. tuntematon, 5,5 sivua. Kirjoittaja esittelee hienon lämpömittarinsa ja ilmapuntarinsa.

Entomologia/Arachnologia:

Extract of a letter, lately written by Mr. Nathaniel Fairfax to the publisher, containing observations about some insects, and their innoxiousness, &c (Ote kirjeestä, jonka vastikään kirjoitti Hra. Nathaniel Fairfax julkaisijalle, sisältäen huomioita muutamista hyönteisistä ja heidän vaarattomuudestaan, jne.), kirj. Nathaniel Fairfax, puolitoista sivua. Kirjoittaja todistaa, että kaikki myrkyllisinä pidetyt hyönteiset (tähän aikaan ilmeisesti hämähäkitkin luettiin hyönteisiksi) eivät ole ihmiselle vaarallisia nieltyinä. Lisäksi kerrotaan, että joistakin hämähäkeistä lähtee veteen puristettuna sinistä väriä. Ote tekstistä: ”…that Creatures, reputed Venomous, are indeed no Poyfons, when fwallow’d, though they may prove fo when put into Wounds: He, for confirmation thereof, alledges Examples of feveral Perfons well known to him (himfelf alfo having been an Eye-witnefs to fome fuch Experiments) who have frequently fwallow’d Spiders, even of the rankeft kind, without any more harm than happens to Hens, Robin-red-breasts, and other Birds, who make Spiders their daily Commons.”

Some observations of swarms of strange insects, and the mischief done by them (Huomioita oudoista hyönteisistä ja niiden tekemistä tihutöistä), kirj. tuntematon, 1,5 sivua. Kuvaus kulkusirkkaparvista.

Hammaslääketiede:

A relation of an uncommon accident in two aged persons (tarina epätavallisesta sattumuksesta kahdessa iäkkäässä henkilössä), kirj. Mr. Colepresse, n. yksi sivu. Hra. Colepresse kertoo, kuinka 81-vuotiaalle miehelle ja noin 75-vuotiaalle naiselle oli vanhoilla päivillään kasvanut uusia hampaita.

Eläintiede:

An extract of a letter not long since written from Rome, rectifying the relation of salamanders living in fire (ote vähän aikaa sitten Roomassa kirjoitetusta kirjeestä, joka oikaisee tarinaa tulessa elävistä salamantereista), kirj. tuntematon, puoli sivua. Tarina on suorastaan uskomaton ja tänä päivänä tuntuu hassulta, että se on edes julkaistu. Tässä se kokonaisuudessaan: This came from that Expert Anatomift M. Steno, to Dr. Croon-Videl. That a Knight called Corvini, had affured him, that, havin caft a Salamander, brought him out of the Indies, into the Fire, the Animal thereupon fwell’d prefently, and then vomited ftore of thick flimy matter, which did put out the neighbouring Coals, to which the Salamander retired immediately, putting them out again in the fame manner, as foon as they re-kindled, and by this means faving himfelf from the force of the Fire, for the fpace of two hours; the Gentleman above-mentioned being then unwilling to hazard the Creature any further: That afterwards it lived nine Months: That he had kept it eleven Months without any other food, but what it took by licking the Earth, on which it moved, and on which it had been brought out of the Indies; which at firft was covered with a thick moifture, but being dried afterwards, the Urin of the Animal fervid to moiften the fame. After the eleven Months, the Owner having a mind to try, how the Animal would do upon Italian Earth, it died three days after it had changed the Earth.”

A relation of a kind of worms, that eat out stomes (tarina eräänlaisista madoista, jotka syövät kiveä), kirj. tuntematon, kaksi sivua. Kirjoittaja kuvailee kymmensilmäisen, kovasti vesiperhosen toukkaa muistuttavan eläimen, joka asuu pikkukivistä ja ”vihertävistä munista” rakennetussa putkessa, josta se ryömii ulos syömään kiveä. Artikkelista jää sellainen mielikuva, että kirjoittaja on nähnyt hiekkakiveä, jossa on fossiloituneena merenpohjan eläimiä ja niiden tekemiä onkaloita, ja olettanut niiden olevan vastikään syötyjä reikiä.

A way of preserving birds taken out of the egge, and other small featus’s; communicated by Mr. Boyle (Menetelmä säilöä munasta ulos otettuja lintuja ja muita pieniä sikiöitä Hra. Boylen kertomana), kirja. Mr. Boyle, 2 sivua. Hra. Boyle kertoo, kuinka pirtuun säilötyt kananalkiot säilyvät hyvin myöhempää tarkastelua varten.

Some observations of vipers (Huomioita kyykäärmeistä), kirj. Francesco Redi, 2,5 sivua. Hra. Redi selvitti mm., että kyyn myrkky ei ole hampaissa, hännässä eikä sappirakossa, vaan hampaiden kautta tyhjentyvissä myrkkypusseissa.

An observation touching the bodies of snakes and vipers (Huomio koskien käärmeiden ja kyiden ruumiita), kirjoittaja tuntematon. Teksti kokonaisuudessaan: ”Several have taken notice, that there is a difference between the brooding of Snakes and Vipers, thofe laying their Eggs in Dung-hills, by whofe warmth they are hatched; but thefe (Vipers) brooding their Eggs within their Bellies, and bringing forth live Vipers. To which may be added, That fome affirm to have seen Snakes lye upon their Eggs, as Hens fit upon theirs.”Luonnontarkkailua parhaimmillaan!

Of a way of killing ratle-snakes (Tavasta tappaa kalkaro-kärmeksiä), kirj. tuntematon, puoli sivua. Artikkeli kertoo kapteeni Silas Taylorin kertoman Virginialaisen tavan tappaa kalkkarokäärmeitä käyttäen aseena erään kasvin lehtiä kepin päässä.

Geologia:

A description of a Swedish stone, which affords Sulphur, Vitriol, Allum, and Minium (kuvaus Ruotsalaisesta kivestä, josta saadaan rikkiä, vitriolia, alunaa(?) ja miniumia), kirj. tuntematon, puolitoista sivua.

Eläinfysiologia:

The method observed in transfusing the bloud out of one animal into another (Metodi jota käytettiin siirrettäessä verta yhdestä eläimestä toiseen), kirj. tuntematon, 5 sivua. Artikkeli kuvaa nykypäivän fysiologin silmin hyvin kummallisen kokeen, jossa kahden koiran verenkierrot yhdistetään käyttäen sulkia(!?) sekä neuloina että keinotekoisina suonina. Kokeessa ”verenluovuttajakoiralle” käy köpelösti, kun se valutetaan tyhjiin ja sen veri juoksee vastaanottajakoiraan. Tällaisia kokeita tehtiin vuonna 1666.

Kivettymien:

Observables touching petrification (kivettymistä koskevia huomioita), kirj. tuntematon, kaksi sivua. Kirjoittaja kuvailee, kuinka kirurgi on poistanut naisen kohdusta sinne muodostuneen kiven.

Anatomia:

Some considerations concerning the parenchymous parts of the body (Huomioita ruumiin parenkymaalisista osista), kirj. tuntematon, 4 sivua. Kirjottaja kertoilee parenkyymisolukon tutkimuksestaan, ja kuinka se ei aina mene ihan putkeen: ”…I was both confounded and tired. For I faw (and fo muft any, that will attempt this work) in my endeavouring to preferve on Veffel of a traceable magnitude, I fpoiled an infinite number of others lefs difcernable, which were as truly Veffels…”

Some anatomical observations of milk found in veins, instead of blood, and of grass, found in the wind-pipes of some animals (Anatomisia huomioita maidosta suonissa veren sijaan, ja ruohosta joidenkin eläinten hengitystiehyissä), kirj. tuntematon, 1 sivu.

Observables in the body of the Earl of Balcarres (Huomioita Balcarresin jaarlin ruumiista), kirj. tuntematon, 1 sivu. Jaarlin ruumiinavauspöytäkirja.

Filosofia:

Monsieur Auzout’s speculations of the changes, likely to be discovered in the Earth and Moon, by theit respective inhabitants (Mösjöö Auzoutin spekulaatioita muutoksista, joita maan ja kuun asukkaat todennäköisesti huomaavat), kirj. Monsieur Auzout, 3,5 sivua. Filosofi Auzout pohtii, miltä maan pinta käuttää kuu-ukkojen mielestä vuodenaikojen vaihtuessa.

Paleobotanismi:

Of a place in England, where, without petrifying water, wood is turned into stone (Kertomus paikasta Englannissa, jossa, ilman kivettävää vettä, puu muuttuu kiveksi), kirj. tuntematon, 1 sivu. 1600-luvun tiedemiehet painivat fossiloitumisilmiön parissa.

1660-luvulla tiedelehteen on kelvannut moni asia, joka nykyisin lähinnä naurattaa, ja useat jutut ovat maalaisjärjellä ajateltuna silkkaa valhetta, kuulopuheista ylöskirjattuja. Tieteelliseksi raportiksi on kelvannut sähkemittainen lyhyt selonteko. Moni nykyisin tuttu asia on vielä hukassa ja keksimättä, mutta kovaa vauhtia nämä miehet ovat menossa oikeaan suuntaan!

Seuraavaan kertaan!

perjantai 28. lokakuuta 2011

Perjantaiuutinen, hyvä sellainen

Huomenta.

Ensimmäinen artikkelini meni yhden korjauskierroksen kautta läpi Diverstity & Distributions -lehteen. Se on sitten hyvässä lykyssä kolmasosa väikkäristä takana! Nykyään kun opuksen ei tarvitse koostua enää puolesta kymmenestä artikkelista, vaan muutama riittää, eikä niissäkään tarvitse olla kaikissa ensimmäinen kirjoittaja. Eikä niitä tarvitse edes ehtiä julkaista, pelkät käsikirjoitukset riittävät (tai no, yksi julkaistu juttu pitää olla, loput voivat olla käsikirjoitusvaiheessa). Tällä menolla väittelen ensi vuonna!

No en sentään, on tässä vielä tekemistä. Mutta on mukava tunne kun edistystä tapahtuu, tietää ainakin jotain tehneensä oikein.

Nyt kahville, sitten excel-taulukon ja suosirrien mikrosatelliittiaineiston kimppuun, sitten opettamaan lintujen lajintunnistusta. Ja sitten viikonlopun viettoon.

Syysterkuin,

Nelli

torstai 20. lokakuuta 2011

Hyvä esitys

Hei!

Minulla on vielä tämän vuoden puolella pidettävänä yhteensä kolme tutkimukseeni liittyvää esitystä, joita olen valmistellut viime päivinä. Kaikki esitykset tapahtuvat Suomessa ja ovat osa verrattain pientä tilaisuutta/seminaaria, joten kovin suuria sydämentykytyksiä tilanteet eivät tule aiheuttamaan. Kaikki esiintymiskokemukset kuitenkin lisäävät esiintymisvarmuutta ja ovat sitten erittäin tervetulleita!

Kolmen viikon päästä kerron ahmatutkimuksestani täällä Sotkamossa paikallisille ihmisille luontoyhdistyksen järjestämässä tilaisuudessa. Tällaiset tilaisuudet, joissa kerrotaan tutkimuksesta paikallisille ihmisille, ovat mielestäni tärkeitä erityisesti suurpetopuolella. Monet asiat, kuten loukkujen käyttö, tutkimuksen hyöty ja eläinten liikkeet, kiinnostavat usein ihmisiä, joiden läheisyydessä tutkimus tapahtuu.

Seuraavan esitykseni pidän sitten marraskuun loppupuolella Hyytiälässä, jonne RLTL:n jatko-opiskelijat kokoontuvat kertomaan omista tutkimuksistaan ja kuuntelemaan asiantuntija-alustuksia. Tänä vuonna teemana on paikkatieto ja sen hyödyntäminen riista- ja kalapuolen tutkimuksessa, eli liippaa melko läheltä meikäläisenkin tutkimusta. Odotan kyllä innolla esityksiä ja muiden riistapuolen tutkijoiden tapaamista!

Kolmannen esitykseni pidän oman laitoksemme Kaamos Symposiumissa joulukuussa. Tämä esitys varmaan tulee olemaan se jännittävin, koska yleisössä tulee olemaan niin paljon tuttuja naamoja :) Aluksi meinasin tehdä myös posterin tähän tilaisuuteen, mutta luultavasti minulla ei tule olemaan riittävästi aikaa laadukkaan julisteen tekemiseen.

Nyt olenkin sitten pohtinut, millainen on hyvä powerpoint -esitys. Mielestäni tärkeää on se, että esitys ei sisällä liikaa tietoa yhdellä sivulla. Parhaiten toimii esitys, jossa tärkeimmät asiat näkyvät dialla, mutta esiintyjä selittää ja avaa asiat omin sanoin. On tylsää kuunnella esitystä, jossa esittäjä lukee asiat suoraan valkokankaalta. Lisäksi teksti tulisi erottua hyvin taustasta, ja räikeitä värejä ja liikettä/animaatioita tulisi välttää. Eli vaikka rakastankin kirkkaita värejä, ja hyppivillä otsikoilla on joskus hauska leikitellä, ei sellainen yleensä sovi tieteelliseen esitykseen.

Tieteellisten esityksien rakenne on yleensä hyvin kaavamainen: johdanto-menetelmät-tulokset-pohdinta. Jotta yleisö jaksaisi kiinnostua aiheesta tilaisuudessa, jossa esitetään peräkkäin lukuisia toistensa tyylisiä esitelmiä, esityksen tulisi olla jollain tapaa kiinnostava ja herättävä. Myös puhujan tyyli esiintyä vaikuttaa tähän. On paljon mukavampaa kuunnella innostunutta, elehtivää puhujaa kuin monotonisella, hiljaisella äänellä mutisevaa synkkänaamaista esiintyjää.

Mikäli mieleenne tulee vinkkejä siitä, millainen on hyvä esitys, jakakaa ihmeessä tietonne kommentti-laatikkoon!

Syysterveisin,

Anni

perjantai 14. lokakuuta 2011

Visionarium X

Heissan! Pahoittelen heti aluksi, että olen laiminlyönyt blogiamme jo jonkin aikaa. Syynä on ollut kaikenlainen reissaaminen ja muutto, joiden takia ei ole ollut ylimääräistä energiaa kirjoitella kuulumisia. Mutta nytpä onkin taas jutun juurta.

Osallistuin syyskuun lopulla Visionarium X -konferenssiin Tvärminnen eläintieteellisellä asemalla Hangossa. Visionarium on vuosittainen kansainvälinen näkötutkijoiden kokoontuminen, jossa esitellään omaa tutkimusta ja jaetaan ideoita leppoisassa ilmapiirissä. Tämän vuoden tapahtuma oli jo kymmenes (siitä siis tuo X tapahtuman nimessä; ei mitään raflaavuuden tavoittelua). Paikalla oli tutkijoita Suomen lisäksi Ruotsista, Venäjältä, Saksasta ja USA:sta.

Pidin Visionariumissa puheen tutkimuksestani ja sen uusista käänteistä. Minut oli aikataulutettu kolmipäiväisen tapahtuman ensimmäiselle iltapäivälle. Olin siitä kovasti mielissäni, koska esiintymisjännitys ei pääsisi pilaamaan koko viikonloppua. Puhe lähti käyntiin hieman hitaasti, kuten minulla yleensäkin, päästen täyteen vauhtiin kuitenkin jo ensimmäisen viiden minuutin aikana. Yleisön reaktiot olivat positiivisia, ja kuulemani mukaan käyttäytymiskokeitani esittelevä videopätkä oli saanut muutamat nuoret tutkijat yleisössä haukkomaan henkeään. Esitys herätti vilkasta keskustelua ja sain sekä kyselyosuuden aikana että myöhemmin vapaan seurustelun merkeissä paljon kommentteja ja hyviä ehdotuksia kokeisiini liittyen.

Tapasin myös saksalaisen tohtoriopiskelijan, joka on jatkanut gradussani alkanutta tutkimusta pienten yöperhosten silmän rakenteesta. Lähestulkoon punastuin, kun hän aloitti puheensa sanoen: "Olen erittäin iloinen siitä, että paikalla on myös Anna Honkanen, jonka eleganttiin julkaisuun koko väitöstutkimukseni perustuu." Entistä innostuneemmaksi kävin esityksen aikana, kun miehen tuloksista selvisi, että ne eriskummallisuudet, jotka Ectoedemia argyropezan silmässä kuvasin, ovat paremminkin sääntö kuin poikkeus pienillä yöperhosilla. Puhetta kuunnellessani minulle tuli harvinainen tuntemus siitä, että olen ihan oikea tieteentekijä ja osa arvokasta työtä tekevää ketjua! Ryntäsin heti seuraavalla tauolla jututtamaan ja onnittelemaan miestä tutkimuksestaan. Toivottavasti saamme vielä mahdollisuuksia tehdä yhteistyötä hyönteisen näköaistiin liittyen. Tieteellisesti konferenssista jäi siis varsin hyvä maku.

Tapasin Visionariumissa myös vanhoja tuttuja Lundista ja Helsingistä ja tutustuin uusiin tiedekollegoihin. Visionariumissa on helppo päästä juttusille kenen tahansa kanssa. Tämän kaltainen pienimuotoinen ja lämminhenkinen kansainvälinen tapaaminen on ilmeisesti melkoinen harvinaisuus, sillä suuremmissa kokouksissa kuulostaa olevan enemmän kilpailuhenkinen ilmapiiri. Yhteistyökuvioita kokeiltiin myös vapaa-ajalla: rakensin erään Uppsalan yliopistossa lintujen näköä tutkivan tohtorin kanssa tyhjistä oluttölkeistä pöytätasosta laipioon ulottuvat kaksoistornit, jotka seisoivat pystyssä vielä seuraavana aamuna. Torneista ja kauniilla paikalla sijaitsevasta Tvärminnen asemasta olisi valokuviakin, mutta kuvat ovat valitettavasti muuttohässäkän takia yhä kamerallani. Ehkäpä saan niitä näytille joskus myöhemmin.

Nyt palaan labraan tekemään tiedettä, josta toivottavasti saan kertoa teillekin jo myöhemmin tänä vuonna tai viimeistään ensi keväänä!

Kirjoittelemisiin!

perjantai 7. lokakuuta 2011

Skotlanti - veit palan sydämestäni

Aye! Wee! Haggis! Neeps & tatties! Eli terkkuja Skotlannista!

Kävin syyskuun lopulla IWSG:n (
International Wader Study Group:in) järjestämässä kahlaajakonferenssissa, joka viime vuonna oli Portugalissa. Tällä kertaa samainen tapahtuma pidettiin pienessä Strathpefferin kylässä, nelisen tuntia bussilla Edinburghista pohjoiseen.

Poiketen viime kerrasta, t
änä vuonna pidin konferenssissa esitelmän, ensimmäiseni ulkomailla. Aiheena tuttu ja turvallinen lapinsirri ja sen geneettinen populaatiorakenne. Olin valmistautunut tosi hyvin ja esitelmä meni mainiosti - mutta silti jännitti niin etten saanut aamulla syötyä mitään. Olihan katsomo täynnä kahlaajatutkijoita, mitäpä minä pieni osaisin heille kertoa, reilusti yli satapäiselle yleisölle. Kuitenkin jännitys kaikkosi heti kun pääsin puhumaan. Osasin vastata kysymyksiinkin suhteellisen hyvin. Ja ensimmäistä kertaa puhuin ilman lunttilappua (tai raapustin minä hätäpäissäni juuri ennen esitystä pienen lappusen, mutta en katsonut sitä kertaakaan esityksen aikana). Olen oikein tyytyväinen itseeni!

Lopetin esitelmäni kiittämällä erästä lähisukulaistani, joka on ollut minulle suuri inspiraationlähde, syy miksi olen biologi ja
ylipäänsä tutkin lapinsirriä - ja joka muuten puolenkymmentä vuotta sitten sai valmiiksi oman väitöskirjansa lapinsirristä. Kiitos isi.










Nelli ja Nellin esitelmä. Copyright Aija Lehikoinen.


Konferenssissa oli lukuisia mielenkiintoisia esitelmiä kahlaajien elinympäristöistä, ruokailukäyttäytymisestä, genetiikasta, muuttoreiteistä, populaatiokoon muutoksista, sulkasadosta, patogeeneistä - kaikesta mitä kuvitella saattaa. Kahlaajat ovatkin erityisen monimuotoinen, maailmanlaajuinen linturyhmä, joten tutkittavaa riittää. On mukava olla osana yhteisöä, jolta paitsi saa paljon tietoa, mutta jolle voi myös itse antaa oman panoksensa.

Konferenssitapahtumien ohella paikalliseen ympäristöön ja kulttuuriin piti tietenkin tutustua. En ole aiemmin käynyt Skotlannissa, ja Isossa-Britanniassakin vain Birminghamissa (jota ei voi kovin
esteettiseksi paikaksi sanoa), joten rakastuin heti ylämaan kauniiseen luontoon - sen vuoriin, puihin, ilmastoon ja kilttimiehiin.

Kävimme muun muassa katsomassa Loch Nessin hirviötä (ei näkynyt), vietimme hieman aikaa linturetkillä (näimme varpusia, variksia ja punarinnan), söimme haggista (näin kasvissyöjänä voin sanoa että oli herkullista), ja tanssimme skottilaisia kansantansseja (huh!).














Kaunista maisemaa. Copyright Aija Lehikoinen.


Reissulla oli mukana kesän maastokaveri Aija (kiitos kuvista hänelle), jonka kanssa matkasimme konferenssin jälkeen vielä päiväksi Edinburghiin seikkailemaan. Ehdin onneksi nähdä lähtöpäivänä isohaarahaukan, joten reissun lintusaldo jäi kokonaisuudessaan plussan puolelle.

Haikeana palasin sateiseen ja tuuliseen Helsinkiin loistavan matkan jälkeen, kokemusta rikkaampana, jäljellä läjä mustelmia ja nyrjähtänyt nilkka (kiitos kansantanssien).
Taisin jättää osan itsestäni ylämaille.

Nelli

torstai 29. syyskuuta 2011

Toimintaa loukulla & AIC

Hei!

Edellisessä postauksessa kerroin, että olemme virittäneet loukun tänne Sotkamoon, tarkoituksenamme pyydystää ahma pannoitusta varten. Loukku ei ole vielä onnistunut pyydystämään ahmaa, joten yritys jatkuu edelleen. Toivoa emme ole kuitenkaan vielä menettäneet, sillä ahmat vierailivat loukulla useita kertoja kuun vaihteessa. Loistavasta tuuristani kertoo se, että juuri silloin olin itse reissussa, eikä loukku siis ollut vireessä. Syötävää loukulla kuitenkin oli, ja riistakamera oli tallentanut mukavia videonpätkiä ahmaperheestä. Oli huikeaa päästä seuraamaan tutkimuseläimensä käyttäytymistä haaskalla!

Ainoastaan yhdelle videolle oli tallentunut koko ahmaperhe: emo ja sen kaksi edellistalven pentua. Niiden käyttäytymisessä oli havaittavissa selviä eroja: emo oli kaikkein varovaisin ja tuijotteli kovasti loukkua pentujen ollessa selvästi rohkeampia ja uteliaampia. Ilmeisesti toinen pennuista kiinnostui loukusta ja haaskasta niin kovasti, että vieraili loukulla useaan otteseen myöhemminkin. Videoilla ahmat ovat herkutelleet haaskalla, kiipeilleet loukun päälle, käyneet loukun sisällä, yrittäneet kaataa loukkua, kaivautua sen alle ja kiipeilleet puissa. Usein, mutta ei aina, ahmaemo vieroittaa pennut juuri näihin aikoihin syksyllä. Mahdollisesti nämäkään ahmat eivät enää jatkuvasti liiku yhdessä, mutta kohtaavat toisensa juuri tällaisilla haaskapaikoilla.

Nyt ahmoja ei ole näkynyt moneen viikkoon. Toivottavasti joku niistä kuitenkin vielä suuntaisi haaskalle ja päätyisi loukkuun. Tässä teille katsottavaksi eräs ahmavideoista:



Kirjoitusrintamalla asiat ovat edenneet hitaasti, mutta varmasti. Nyt olen keskittynyt eniten ahman habitaatinvalintaan liittyvään kässäriin. Jutussa siis tutkitaan, mitkä tekijät vaikuttavat eniten siihen, millaisen paikan ahma valitsee elinalueekseen. Vaikuttaako valintaan esimerkiksi asutus, pellot, tiestö, metsätyyppi ja meitä eniten kiinnostavana tekijänä suden läheisyys? Tulokset olivat suurimmaksi osaksi odotetunlaisia, mutta niitä en paljasta vielä.

Minulle uusi juttu tätä työtä tehdessä oli AIC:n (Akaike’s information criterion, Akaiken informaatiokriteeri) käyttö mallin valinnassa. Yleensähän tieteellinen päättely noudattaa perinteistä rakennetta, jossa tiettyä hypoteesia testataan tilastollisesti ja hypoteesi joko saa tukea tai ei saa tukea. Eräissä tapauksissa kuitenkin ns. informaatioteoreettinen mallinvalinta toimii paremmin. Tällöin muotoillaan etukäteen useita ehdokasmalleja, jotka ovat tutkimuksen kannalta mahdollisia ja kiinnostavia.

AIC on yksi tällaisissa tilanteissa käytetyistä indekseistä, joka huomioi paitsi mallin yhteensopivuuden havaintoaineiston kanssa, niin myös mallissa olevien parametrien määrän. Tavoitteena on löytää malli, jonka yhteensopivuus on mahdollisimman hyvä suhteessa käytettyjen parametrien määrään. Se malli, jonka AIC on pienin, on paras. Esim. R-ohjelmalla voimme pyörittää näppärästi nämä asiat silmiemme eteen (kiitos vaan kollegalleni RKTL:lle, joka teki tämän puolestani). Tuloksiin palaamme, kunhan niiden julkaiseminen alkaa olla ajankohtaista :)

Kaunista syksyä kaikille!

Anni




perjantai 2. syyskuuta 2011

Syksyn kiireet

Heippa!

Mullapa alkaa kohta opetus selkärankaisten lajintunnistuskurssilla. Koska olen kielinaisia, sain oppilaikseni kasan vaihtareita. Ensin tuntui että mihin sitä on nyt itsensä sotkenut, enhän muista lajeja (paitsi lintuja) enää itsekään, ja ei nyt olisi oikein aikaa. Mutta nyt on tosi kiva fiilis. Kurssi alkaa kahden viikon päästä, joten ehdin hyvin vielä kerrata myyrät, kallot ja kalat (ja pitää niitä lintujakin vähän katella). Opetuskertoja on yhteensä kahdeksan kahden tunnin sessiota, kerran viikossa, joten senkään puolesta ei pitäisi tulla kiire. Sitä paitsi olen reissussa silloin kun pitäisi opettaa myyrät, eli en välttämättä joudu opettelemaan niitä itse lainkaan! Toisaalta ei tekisi pahaa muistella miten pelto- ja metsämyyrän erottaa toisistaan.

Lähetin eilen lapinsirriartikkelin korjatun version uudelleenarvioitavaksi. Pijetään taas peukkuja. Saimme ajoitettua lapinsirrin kahden mitokondriolinjan erkanemisajankohdan kauas kauas Pleistoseenin jäätiköitymisten ajalle. Aikahaarukka on kuitenkin hyvin iso: noin puolestatoista miljoonasta vuodesta kolmeensataantuhanteen vuoteen. Tämä johtuu epävarmuudesta "molekyylikellossa" (eli käytännössä mtDNA:n muuntumisnopeudessa), mikä hankaloittaa tarkkaa ajoitusta. Arviot mtDNA:n sekvenssien välille kertyvistä eroista miljoonaa vuotta kohden vaihtelevat parista prosentista jopa yli kahteenkymmeneen, joten se, kuinka kauaksi kahden erilaisen sekvenssin eroamisajankohdan arvioi, riippuu siitä mitä mutaationopeutta päättää käyttää.

Mainitsemani yli 20 % sekvenssien välistä eroa on kovin suuri arvio, joka perustuu hyvin lyhyen, nopeasti muuntelevan kontrollialueen sekvenssin perusteella laskettuun nopeuteen. Me päädyimme arvioimaan erkanemisaikahaarukkaa minimissään kahden ja maksimissaan kymmenen prosentin erkanemisvauhdilla (per miljoona vuotta). Tämä arvio on melko laaja, ja sisältää monien muiden tutkijoiden käyttämiä arvioita eri lajien mutaationopeuksista, joten todennäköisesti arvioimamme aikaväli pitää sisällään linjojen eroamistapahtuman. Kuitenkaan mitään kovin varmaa ei voi sanoa vaikkapa tietyistä jääkausista tai niiden välisistä interglasiaaleista, jolloin populaatiot olisivat voineet joutua eristyksiin ja geneettinen erilaistuminen alkaa.

Olen aloittanut kirjoittamaan alustavasti seuraavaa kässäriäni (lähinnä tutustumalla aiheeseen ja lukemalla artikkeleita). Alan tutkimaan sitä, vaikuttaako naaraiden ja koiraiden geneettinen samankaltaisuus parinvalintaan. Aineistona on monen, monen vuoden näytteet, tiedot pareista ja niiden jälkeläisistä, avioeroista ja uudelleenpariutumisista. Oletuksena on, että parien pitäisi olla keskenään geneettisesti erilaisempia kuin jos pariutuminen olisi populaatiossa täysin satunnaista. Ja, jos avioero tulee, niin uuden parin pitäisi olla geneettisesti erilaisempi kuin vanhan. Täten uskollisuuteen vaikuttaa se, kuinka samanlaisia yksilöt ovat, ja syrjähyppyjä pitäisi tulla sitä enemmän, mitä enemmän mikrosatelliittialleeleita pari jakaa.

Tämä kumppanien geneettinen erilaisuus liittyy sukusiitoksen välttämiseen ja jälkeläisten geneettisen diversiteetin maksimoimiseen, eli lähisukulaiset tunnistetaan ja näin voidaan välttää mahdollisesti haitallisten geenien yleistyminen populaatiossa. Tätä kutsutaan geneettiseksi yhteensopivuushypoteesiksi (genetic compatibility hypothesis). Sukusiitosta voidaan välttää myös dispersoimalla pois synnyinalueeltaan, jolloin todennäköisyys pariutua sukulaisen kanssa pienenee huomattavasti. Suosirri on kuitenkin melko paikkauskollinen, joten sukusiitoksen välttämiseksi täytyy olla jokin muu keino (kuten juuri lähisukulaisten tai muuten samankaltaisten yksilöiden tunnistaminen).

Kolmen viikon päästä lähden Skotlantiin kahlaajatutkimusryhmän konferenssiin, jossa pidän esitelmän lapinsirristä. Jännittää, mutta hyvällä tavalla. Paljon on taas suunnitelmissa tälle syksylle. Sitten onkin jo kaksi vuotta väikkärintekoa takana. Mihin tämä aika kuluu?

Hyvää syyskuuta!

P.S. Anna pyysi ilmoittamaan että lähtee Lappiin samoilemaan viikonloppuna, ja viipyy reissussa jonkin aikaa, eli ensi perjantaina on tauon paikka.

Nelli