Science Chicks - Tieteen Kananpojat

Impact factor

2012-01-26T16:33:00.006+02:00

Moi!

Piti vähän aikaa miettiä, mistä kirjoittaisin tällä kertaa. Kässäreiden kirjoittaminen on edennyt, mutta niistä ei ole kyllä mitään uutta kerrottavaa. Päätin siis referoida teille joitakin kirjoituksia, joihin olen tutustunut tänään. Aiheena on siis impact factor eli ns. vaikuttavuuskerroin. Itselleni aihe on ajankohtainen, sillä olen jo vähän alkanut miettiä, missä tieteellisessä sarjassa artikkelini julkaisen.

Vaikuttavuuskerroin (impact factor, IF) on siis tilastoluku, joka kuvaa tieteellisen julkaisun merkittävyyttä. IF kertoo kuinka monta viitettä keskimäärin kyseinen julkaisu sai kahden edellisen vuoden artikkeleihinsa. Mitä suurempi kerroin on, sitä "parempi" julkaisu on. Huippulehti Naturen IF on 36.104 ja Science-lehden 31.377. Suurin osa ekologian alan sarjoista omaa kuitenkin melko pienen impact factorin, joka yleensä alkaa nollalla tai ykkösellä. Conservation Biologyn IF on 4.894, Journal of Wildlife Managementin 1.555 ja Wildlife Biologyn 0.697. Luonnollisesti tutkijat pyrkivät julkaisemaan mahdollisimman hyvässä sarjassa, joten julkaisuyritykset aloitetaan melko korkealta, ja hylkäävien vastauksien myötä mennään pikkuhiljaa alemmas.

Kaikki, kuten tämäkään asia, ei kuitenkaan ole aivan mustavalkoista: vaikuttavuuskerrointa kohtaan on esitetty myös paljon kritiikkiä. Ensinnäkin, koska IF-arvo lasketaan vain viittausten perusteella, se arvioi lehden laatua vain julkaisevien ja viittauksia tuottavien tutkijoiden osalta. Se ei ota huomioon lehden muunlaista käyttöä, kuten pelkkää lukemista, mikä voi joidenkin lehtien kohdalla olla merkittävää. Toiseksi, eri tieteenalojen erilaisia viittauskäytäntöjä ei oteta huomioon, mikä estää eri tieteenalojen välisen vertailun. Nykykäsityksen mukaan IF sopii parhaiten luonnontieteisiin ja lääketieteeseen. Luonnontieteissä, joissa pääpaino on artikkelijulkaisemisessa, on sitaattien laskeminen ollut ongelmattomampaa. Sosiaali- ja humanistisessa tieteissä sen sijaan kirjojen sulkeminen systeemin ulkopuolelle on ongelmallista. Huvittava pointti lisäksi on se, että IF ei ota huomioon viittauskontekstia eli sitä, missä mielessä artikkeliin on viitattu. Viittaus ei aina ole merkki arvostuksesta, vaan artikkeleihin viitataan monesta eri syystä, esimerkiksi virheellisten tulosten takia ;) Artikkelien saamat viittaukset lasketaan vain Thomson Reutersin tietokantaan kuuluvista lehdistä. Tietokantaan valitut lehdet painottuvat englanninkielisiin ja valitettavasti muunkieliset lehdet sekä kehitysmaissa julkaistavat lehdet ovat aliedustettuina.

Liiallinen keskittyminen IF-arvon kasvattamiseen voi johtaa vääristymiin lehtien julkaisupolitiikassa ja tieteenalojen rahoituksesta päätettäessä. Lehdet voivat esimerkiksi ryhtyä julkaisemaan enemmän review-artikkeleita, koska niihin yleensä viitataan paljon. Lisäksi tutkijat pyrkivät julkaisemaan korkean IF-arvon saaneissa lehdissä, vaikka joskus olisi tarkoituksenmukaisempaa julkaista esimerkiksi juuri artikkelin aihetta vastaavassa lehdessä.

Vaikka IF kehiteltiin alun perin eri lehtien keskinäistä vertailua varten, sitä on lisääntyvässä määrin alettu käyttää ”oikotienä” myös yksittäisten artikkeleiden tai jopa tutkijoiden tai tutkijaryhmien vertailuun ja rankingiin. Esimerkiksi Brasiliassa impact factoria on käytetty tärkeänä parametrinä yliopistojen jatkokurssien, laitosten ja apurahaehdotusten arvioinnissa ja jopa arvioitaessa yliopistovirkoihin ehdolla olevien tieteellistä tuotteliaisuutta. Helsingin yliopiston kansleri Kari Raivio on arvioinut, että Suomessa ainakin yliopistojen lääketieteellisessä tutkimuksessa ollaan erityisen aktiivisia IF:n käyttäjiä tutkimusrahojen jaossa. Hän on todennut, että ”yhden impact factor -pisteen keskihinta on noin 80 000 mk”.

Myös manipulointia harrastetaan. Toimittaja voi pyytää, että kirjoittaja lisää viittauksia lehden aikaisempiin artikkeleihin. Muita tapoja nostaa vaikuttavuuskerrointa on luoda keskusteluja, joissa viittaukset aikaisempiin artikkeleihin ovat välttämättömiä. Kiero tiedemaailma!

Viittausten jakaantuminen noudattaa usein 80/20 -ilmiötä, jonka mukaan 20 % artikkeleista saa 80 % viittauksista. On sanottu: ”Jos käytetään journal impact factoria ilmaisemaan artikkelin laatua, yliarvioidaan huonot ja aliarvioidaan hyvät artikkelit”. Yleisesti ns. hitaat tieteenalat pärjäävät IF-vertailussa huonoiten. Erityisesti perustaksonomian alalla tutkimus on erittäin kallista ja hidasta, mutta hyvä artikkeli voi kelvata lähteenä jopa sata vuotta – ilman että se näkyy impact factorissa.

Tiivistetysti voisi siis sanoa, että IF on kohtuullisen hyvä mittari, kun sitä käytetään oikein ja muistetaan olla myös kriittisiä. Ainoana mittarina ja valinnan perusteena sitä ei kuitenkaan välttämättä kannata käyttää.

Tärkeimmät lähteet tässä kirjoituksessa:
Oulun yliopiston Tutkimuksen työkalupakki
Tieteessä tapahtuu
Sarjakuvat: PhD Comics

Anni

Vituiks Män ja muita savolaisia supersankareita

2012-01-20T12:46:00.003+02:00

Heipä hei, lukijat!

Oma Negatiivisen Elämänasenteen™ sanansaattajanne on näppäimistön takana jälleen! Kuten arvata saattaa, mikään ei töissäni vieläkään mene niin kuin pitää. Nelli nauraa vastoinkäymisilleni aina niin makeasti, että ihan huumoriarvon vuoksi lienee paikallaan lyhyesti kertoa, mikä mättää.

Joulukuun alun punkkiräjähdyksen jälkeen torakoita on olut vain siinä kliimakaapissa, jossa punkkeja ei tuolloin ollut. Viime perjantaina pikkupirulaiset kuitenkin järjestivät yllätyksen myös ”puhtaassa” kaapissa. Sain jälleen rakkaat torakkani pelastettua, koska huomasin punkit ennen kuin ne olivat kaikkialla. Kliimakaappi kuumennettiin viiteenkymmeneen asteeseen, jolloin kaikki näkyvillä olevat punkit kuolevat. Tutkimusryhmämme diplomi-insinööri rakenteli iltapuhteinaan otsonointilaitteen, joka säteilee UV-A:ta ja muodostaa otsoonia. UV-säteily aiheuttaa DNA-vaurioita ja otsooni on eliöille myrkyllistä. Toiveena olisi, että tämä ”tuplamyrkytys” vaikuttaisi myös niihin punkkiyksilöihin, joita kuumennus ei tapa. Lienevätkö ne sitten jossain lepomuodossa kliimakaapin tiivisteiden välissä, vai miten ne kuumuudesta selviävät, en tiedä. Fakta kuitenkin on, että normaalein keinoin niistä ei näytä pääsevän eroon.

Joulun alla aloitin jälleen intrasellulaarimittaukset. Koejärjestely oli valmiina ja loppukesästä toimivaksi todettu, ja ajattelin pääseväni tarttumaan toimeen hyvinkin pian. Joulunalusviikko oli yhtä katastrofia. Joka päivä tuli eteen uusi, täysin odottamaton ongelma, joka vaati jonkin asian säätöä. Aatonaattona luulin rikkoneeni huippukalliin mittausvahvistimen, ja olin asiasta aivan palasina. Vahvistin oli onneksi kunnossa ja vika löytyi elektrodeista, ja pääsin joulunviettoon kevein mielin. Välipäivinä en uskaltanut yrittääkään mittauksia, koska töissä ei ollut ketään, jolta olisi voinut kysyä apua.

Uuden vuoden jälkeen jatkoin koemittauksia. Sama päätön meininki jatkui kuin joulun alla, kunnes lopulta viime torstaina kaikki meni niin kuin oppikirjassa. Olin riemuissani; perjantaina yrittäisin mittauksia yhdellä viidestä kallisarvoisesta koetorakastani! Perjantai meni kuitenkin ihan pipariksi yllämainittujen punkkien ansiosta. Operaatio Pelastakaa Minkä Voitte kesti nelisen tuntia, eikä sen jälkeen enää kannattanut aloittaa. Jäin siis jännittyneenä odottamaan maanantaita ja ensimmäistä varsinaista mittausta.

Maanantaina tutkimusryhmämme aamupalaverissa toinen ohjaajani sanoi kuulleensa kahdesta muusta tutkimusryhmästä, jotka ovat tekemässä hyvin samanlaista tutkimusta kuin mikä minulla on ollut työn alla jo hyvän aikaa. Meidän on pakko saada tulokset julkaistua ensimmäisinä, mikäli mielimme saada ne julkaistua niin korkealla kuin on suunniteltu. Siksipä deadlineani kiristettiin. Käsikirjoituksesta on oltava olemassa ensimmäinen vedos huhtikuussa. Ei paineita…

Lounaan jälkeen aloittelin töitä tohkeissani. Preparaatti torakasta numero 92 onnistui hyvin ja mittauslaitteisto toimi. Torakka vain ei tulosten perustella ollut ihan ”priimakuntoinen”. Mittaustuloksia tuli, mutta ne olivat aika heikkolaatuisia. Paineet kasvoivat tiistaita kohden.

Tiistain sivulla laboratoriopäiväkirjassani lukee koko sivun peittävä ”KAIKKI MENI PÄIN V*TTUA!” Ei siitä sen enempää.

Keskiviikkona olin jo niin hermoraunio, että päätin preparoida taas yhden numeroimattoman ”joutotorakan” ja kokeilla systemaattisesti, mikä mittauksissa mättää. No, keskiviikkonapa ei mättänyt yhtään mikään. Itse asiassa keskiviikon mittaukset olivat parhaimpia mitä olen koskaan tehnyt! Harmi vain, että niitä ei saatu numeroidusta eli käyttäytymiskokeisiin käytetystä yksilöstä, tosin tämäkin data menee varmasti artikkeliin.

Keskiviikon onnistumisen myötä itsetuntoni kohosi sen verran, että preparoin torstaina torakan numero 94. Preparointi sujui hyvin, mutta mittauksista ei taaskaan tullut mitään: soluja löytyi huonosti, enkä löytänyt preparaatista yhden yhtä valovastetta, eli silmä tuntui olevan kokonaan sokea. Mitä ihmettä? Torakka oli pärjännyt ihan hyvin näköön perustuvaa käyttäytymistä testaavissa kokeissa, ei se voi olla sokea. Jokin oli joka tapauksessa taas vialla, ja niin olin käyttänyt 3/5 numeroiduista torakoistani saamatta yhtään kelvollista mittausta.

Tänään en edes yritä. Olen tehnyt koko viikon töitä iltaa myöten, ja tänään ajattelin lähteä kotiin jo iltapäivällä. Toinen ohjaajani kävi kyselemässä edistymisestäni, eikä minun auttanut kuin ääni väristen kertoa, mikä täydellinen katastrofi tämä viikko on ollut. Ohjaajani nauroi makeasti ja totesi, että tervetuloa elektrofysiologian pariin!

Nyt kaulukset pystyyn ja nokka kohti ensi viikkoa ja uusia epäonnistumisia!

Reipas startti uuteen vuoteen

2012-01-13T10:01:00.009+02:00

Hyvää alkanutta vuotta kaikille! Palasin töihin maanantaina, unirytmi sekaisin loman jäljiltä, ihmetellen mihin ihmeeseen minä jäinkään. Tiistaihin mennessä olin taas kartalla, ja nyt olen saanut koottua koko suosirriaineiston (vihdoinkin) oikeaan muotoon exceliin ja pääsen tänään aloittamaan analyysit! Ensi viikolla voin sitten kirjoittaa menetelmät ja tulokset, sitten johdannon ja pohdinnankin ja juttu voidaan julkaista jo tänä keväänä. Tai sitten ei. Mutta kuulostaisi kivalta, eikö? Ensin kuitenkin peukut pystyyn että analyysit toimivat ja tuloksia tulee.

Tutkin nyt sitä, onko suosirreillä paljon parin ulkopuolisia jälkeläisiä (engl. extra-pair fertilization, EPF tai extra-pair paternity, EPP). Käytännössä tämä tapahtuu listaamalla vuosittain kaikkien poikasten, niiden emojen ja kaikkien paikalla olleiden koiraiden genotyypit (tässä tapauksessa mikrosatelliitit) ja tarkastelemalla vastaavatko poikasten genotyypit vanhempien genotyyppejä. Jos poikaset ovat pesän "sosiaalisen parin" jälkeläisiä (eli sen parin, joka pesällä hääräilee ja hautoo), poikasten genotyypit vastaavat vanhempien genotyyppejä (puolet poikasen mikrosatelliittialleeleista tulee äidiltä, puolet isältä).

Jollain poikasella voi kuitenkin olla ns. mismatcheja mikrosatelliiteissaan, eli puolet sen mikrosatelliittialleeleista vastaa sen äidin mikrosatelliitteja, mutta toinen puoli ei sovikaan pesän koiraaseen, sosiaaliseen isään, vaan vastaa jonkin toisen koiraan mikrosatelliitteja. Tällöin naaras on käynyt vieraissa, paritellut pesinnän aikana jonkin toisen koiraan kanssa muodostaen tämän kanssa "geneettisen parin". Osa jälkeläisistä voi siis olla jonkun toisen koiraan siittämiä.

Analyysien ja kirjoitustyön ohessa pitäisi saada tentittyä yksi kirja liittyen luonnonsuojelubiologiaan. Kevään opetushommista en vielä tiedä - saattaa olla että pääsen taas molekyylilekologian kurssille avustamaan. Minua yritettiin nakittaa myös tilastomatikan harkkoihin opettajaksi, mutta kieltäydyin kohteliaasti. Saavat laittaa asialle jonkun jolla on parempi matikkapää.

Kaiken ajattelutyön ohella on mukava välillä rentoutua aiheeseen liittyvän sarjakuvan parissa, joka tarjoaa osuvia sutkautuksia jatko-opiskelun arjesta. Jos sarjakuva käsittelee jatko-opiskelua, eikö sen lukeminen silloin kuulu työhöni? Ai ei?

Nyt niiden analyysien pariin että ehtii tämän päivän aikana saada jotain valmiiksi asti!

Nelli

Esityksien summausta

2011-12-20T13:57:00.004+02:00

Heippa!

Näin vuoden viimeisien päivien aikana on hyvä tehdä pientä yhteenvetoa siitä, mitä vuoden aikana on tullut tehtyä. Tässä postauksessa ajattelin kertoa kolmesta pienestä esityksestäni, jotka pidin nyt loppuvuoden aikana. Kaikki esitykset menivät ihan ookoosti, mutta ainahan on myös vähän parantamisen varaa.

Marraskuun alussa pidin suomenkielisen esityksen (kaksi muuta esitystä pidettiin englanniksi) Sotkamon virastotalolla. Sotkamon Luonto ry piti syyskokouksensa yhteydessä ahmaillan, jossa kerroin yleisesti ahmoista ja ahmatutkimuksesta ja yleisö sai kysyä mieltään askarruttavista asioista. Esitykseni kesti tunnin ja siihen päälle tuli vielä puoli tuntia kysymyksiä, joten flunssainen ääneni oli melko kovilla. Esitys kuitenkin meni ihan kivasti ja kysymykset olivat suurimmaksi osaksi melko helppoja vastata. Tällaisissa tilaisuuksissa kivaa onkin juuri se, että ihmisiä kiinnostavat ne oikeasti oleelliset asiat (kuten vaikkapa, kuinka vanhaksi ahma elää), eikä sellaiset toisarvoiset asiat, kuten tilastollisen testin valinta tai otoskoko ;)

Myöhemmin marraskuussa käväisin Hyytiälässä, Helsingin yliopiston metsäasemalla, jossa pidettiin RKTL:n jatko-opiskelijoiden seminaari. Kolmen päivän reissu oli oikein hauska ja hyödyllinen: tapasin muita jatko-opiskelijoita, joista moni teki jollain tapaa samantyyppistä tutkimusta kuin minä, kuuntelin mielenkiintoisia esityksiä ja pidin myös oman esitykseni. Tapaamisen aiheena oli paikkatiedon hyödyntäminen riistan- ja kalantutkimuksessa, ja opinkin paljon uusia asioita. Tosin todettakoon myös, että välillä jotkut asiat menivät yli ymmärrykseni. Oma esitykseni meni ihan hyvin palautteen perusteella, tosin parissa lapussa toivottiin hiukan vähäisempää karttakepillä huitomista :D Juuri tämän takia on hyvä saada palautetta omasta esityksestä: tuo oli juuri sellainen asia, mitä en varmaan olisi hoksannut korjata, jos joku ei olisi asiasta huomauttanut.

Nyt joulukuussa pidin esityksen laitoksemme omassa Kaamos Symposiumissa. Itse asiassa pidin täsmälleen saman esityksen, jonka olin jo pitänyt Hyytiälässä, eli puhe oli ainakin jo kunnolla harjoiteltu. Täällä ehkä ensimmäistä kertaa tuli tunne, että on ihan kivaa olla edessä puhumassa itselleen jo niin tutusta aiheesta. Yleisöstä tulleet kysymyksetkin olivat leppoisia. Palautteesta huomasin kuitenkin, että parantamisen varaakin on toki edelleen: joidenkin mielestä kuvatekstini olivat liian pienet, en kertonut riittävästi tutkimuksen taustoista ja olipa yhteen slideen lipsahtanut aika iso virhekin, hups! Suurimmaksi osaksi palaute oli kuitenkin melko positiivista (useassa lapussa kiiteltiin mm. kuvaa kakkaavasta norsusta...) ja yllätyksekseni minut palkittiin iltajuhlissa päivän parhaana puhujana! Tämä taitaa olla jo pieni perinne tämän blogin kirjoittajien keskuudessa, koska viime vuonna Anna voitti kyseisen palkinnon :)

Jännittävää nähdä, mitä ensi vuosi tuo tullessaan. Kaikenlaista mielenkiintoista on jo suunnitteilla ahmatutkimukseen liittyen, mutta enpä taida paljastaa vielä mitään ;) Tunnelmallista joulunaikaa ja onnellista uutta vuotta kaikille blogin lukijoille!

Anni

Department of Redundancy Department

2011-12-16T11:59:00.005+02:00

Hei ihmiset!

Minulta jäi edellinen kirjoitusvuoroni käyttämättä -Anteeksi! Tuntuu, että minulla ei ole koskaan mitään erityisen tähdellistä kerrottavaa, kun en uskalla puhua keskeneräisistä kokeista mitään, eikä työhöni liity mitään erityisen valokuvaamisen arvoista... Siksipä toistan taas itseäni.

Viimeaikojen "merkittävät" tapahtumat työrintamalla ovat olleet taas yksi punkkiräjähdys torakkakaapissa, minkä takia kaapin torakoille koitti tuomion päivä. Onneksi ehdin huomata ongelman ja siirtää kokeissa käyttämäni eläimet turvaan muualle ennen kuin punkit levisivät niihinkin. Niinikään mittaustietokoneeni kanssa on ollut pieniä hankaluuksia, jotka onneksi eivät tuhoa dataa, mutta tekevät sen selvittelystä hiukan hankalampaa. Ja kokeet junnaavat paikoillaan, osaksi omaa saamattomuuttani.

Positiivisina tapahtumina mainitsen hiipimisen kuuntelemaan paria sessiota Kaamos-symposiumissa ja työkaverin väitöstilaisuuden viime perjantaina. Oli ehdottomasti rennoin väitös ja väittelijä ikinä! Ehkä täytyy itsekin pyrkiä samaan sitten kun sen aika on. Mitäpä sitä turhaan hermoilee jos osaa asiansa. Tätä vauhtia tosin en tule väittelemään ikinä...

Loppukevennykseksi pieni mielenkiintoinen artikkeli hyönteiskyborgeista.

Ei muuta kun hyvää talvipäivänseisausta ja sen johdannaisia kaikille! Tieteen kananpojat palannevat orrelle tammikuun puolella, ellei jollakulla tule sitä ennen oikein kiireellilstä kotkotettavaa. :)

Väitös

2011-12-09T16:23:00.002+02:00

Kaveri väitteli äsken, juuri saatiin kuoharilasit tiskattua ja bussi lähtee kohta eli kotiin kiireellä valmistautumaan illan karonkkaan. Väitös oli mukava: hauskuutta löytyi, hyviä kysymyksiä sateli (ja vastauksia), mielenkiintoista oli. Todella hyvä fiilis ystävän puolesta. Tämän takia kai tätä työtä tekee - joskus toivottavasti itsekin pääsee samaan pisteeseen.

(Huomasin juuri että on perjantai ja mun vuoro kirjoittaa joten vähän nyt nolosti kävi.)

Nyt pitää juosta, tai oikeastaan eilisten liukastumisten takia köpöttää, bussille. Näkemisiin!

Nelli

Haikeutta ilmassa

2011-12-02T10:36:00.014+02:00

Moikka!

Joulu lähestyy, ihmiset ovat kiireisiä ja deadlinet häämöttävät jo hyvinkin lähellä. Itse olen keskittynyt viime aikoina parantamaan itseäni sitkeästä, useita viikkoja kestäneestä flunssasta, ja työt ovat olleet hiukan toissijainen asia elämässäni. Jotain mullistusta on kuitenkin työrintamalla tapahtunut. Päätin nimittäin, että maastotyöt loppuvat kohdallani, koska nyt on todellakin keskityttävä kirjoittamiseen. Viikonloppuna on edessä ahmaloukun hakeminen pois maastosta ja siirtyminen Oulun tutkijankammioon.

Vaikka tämä nyt ei oikeasti ole mikään iso asia, tuntuu kuitenkin, että joku vaihe elämässä on nyt päättymässä ja uusi alkamassa. Tähän asti maastotyöt (joko lumijälkihiihdot, panta-ahman perässä kulkemiset tai loukunpito) ovat olleet keskeinen osa työtäni, vaikka pitkiä toimistorupeamiakin on toki arkeen mahtunut. Tuntuu kyllä aika haikealta ajatella, että jatkossa sitä puolta työssä ei enää luultavasti ole (tämän projektin osalta).

Olen varmasti juuri niitä tutkijoita, jotka mielummin keräävät aineistoa kuin analysoivat ja kirjoittavat tuloksia. Epäilemättä kevään mittaan tulee ikävä sitä tunnetta, kun suksi luistaa kovalla hangella ja edessä välkkyvät auringonvalossa niin tutut ja silti jännittävät ahmanjäljet. Siksi ajattelinkin koota alle muutamia kuvia, jotka maastossa ovat tuoneet hymyn huulilleni. Niiden hetkien takia kannatti opiskella useita vuosia ja päätyä tekemään tätä työtä.

Ylläoleva kuva on aika huonolaatuinen, mutta pakko se oli silti laittaa, koska siinä näkyy ensimmäisenä maastopäivänäni (helmikuu 2008) löytämäni ensimmäiset ahmanjäljet. Muistan vieläkin sen jännityksen, kun ei yhtään voinut tietää, mitä kaikkea jälkien varrelta voi löytyä.

Kaunis sää on myös tuonut hymyn huulille useasti. Kevätauringon lämmittäessä poskia työ on tuntunut välillä ihan "sunnuntaihiihtelyltä".

Vaikka yleensä hiihdinkin yksin, joskus sain onneksi myös seuraa. Onnistuin huijaamaan pahaa-aavistamattoman ystäväni mukaan ja huonoksi onneksi maasto sattui olemaan juuri silloin vähän haastavaa. Kuvassa kaverini on kaatunut melko syvään ojaan ja ylöspääseminen ei ollut kovin helppoa. Silloin kyllä naurettiin :D

Myös isäni on ollut monesti mukana auttamassa, iso kiitos siitä hänelle!

Hyvällä mielikuvituksella metsästä voi löytää vaikka mitä. Tässä minä näin sydämen ja heti alkoi hymyilyttää.

Usein maisemat saattavat vaihtua monta kertaa yhden päivän aikana, eikä ahma onneksi aina kulje niissä vaikeakulkuisissa ryteiköissä. Monesti maiseman vaihtuessa piti ihan pysähtyä ja katsoa edessä aukeavaa maisemaa -ja hymyillä. Usein tälläiset siniset hetket olivat kaikkein kauneimpia.

Tämä kuva tuo mieleen ääriolosuhteet. Auton lämpömittari näytti tuolloin muistaakseni -33 astetta, mutta päivä sujui ihan hyvin, kun vaan muisti pysyä liikkeessä ja kääntyä ajoissa takaisin autolle päin. Maastotöissä siis pääsee myös testaamaan itseään ja sitä, kuinka pärjää vähän haastavammissakin olosuhteissa.

Mieleen ovat tietenkin jääneet myös pannoitukset. Vaikka pannoitushetkellä kovasti jännittää ja asiat yritetään hoitaa melko nopeaa tahtia, ehtii hymykin nousta huulille viimeistään siinä vaiheessa, kun ahmalainen nousee jaloilleen herättyään nukutuksesta ja suuntaa kohti uusia seikkailuja. Yleensä siinä vaiheessa toivotan ahmalle hyvää matkaa!

Yksi maastopäivien ilon aihe on ollut koirani Johka, jonka otin viime syksynä ensimmäistä kertaa mukaan maastoon. Vihdoinkin seuraa! On myös ollut ilo seurata koiran kasvamista ja kehittymistä hakutyöskentelyssä. Ja kyllähän se naurattaa, kun koira päättääkin joinakin päivinä hullutella, ja lähteekin kiikuttamaan löytämäänsä aarretta poispäin mammasta sen sijaan, että toisi tutkimusaineiston minulle (kuten ylläolevassa kuvassa).

Maastotöiden ansiosta olen myös päässyt käymään paikoissa, joissa en ole ennen käynyt (kuva Talaskankaalta). Olen nyt monta kokemusta, aistimusta ja ajatusta rikkaampi!

Jatkossa minulta sitten alkaa tulla tylsiä postauksia kässärin kirjoittamisen vaikeudesta ;) Palataan!

Anni

Pätevää

2011-11-18T15:31:00.004+02:00

Tämän viikon olen tuntenut itseni erittäin päteväksi. Minua pyydettiin arvioimaan artikkelia ensimmäistä kertaa. Aihepiirinä oli erään kahlaajalajin populaatiorakenne, hyvin tuttua asiaa siis, joten otin arviointityön mielelläni vastaan. Sain pari minuuttia sitten lähetettyä valmiin arvioinnin lehteen. Lehden toimitus käyttää sitten minun, ja jonkun toisen (yleensä arvioijia on kaksi) arviointeja hyväkseen päättäessään mitä artikkelille tapahtuu - julkaistaanko vai hylätäänkö se.

Oli todella mukava huomata että ymmärsin mitä artikkelissa oli tehty, ja osasin tehdä korjausehdotuksia jos joku oli mennyt väärin. Yhden isomman virheen löysinkin, ja monta pientä. Artikkelia kirjoittaessaan täytyy olla täsmällinen, mutta silti virheitä jää, vaikka olisi kuinka kokenut kirjoittaja (kuten arvioimassani artikkelissa). Onneksi siis kaikki jutut luetutetaan muilla ennen hyväksymistä. Uskon että kommenteistani on hyötyä. Ainakin itse koin arviointiprosessin erittäin hyödylliseksi omalta kannaltani.

Nyt pitää juosta vielä tunteroiseksi eläinmuseolle kertaamaan oppilaiden kanssa Suomen lajistoa ennen ensi tiistaina olevaa tenttiä. Kiireinen viikko on ollut.

Rauhallista viikonloppua, ja toivotaan että sitä lunta nyt tulisi enemmän!

Nelli

Petovahingot

2011-11-09T09:28:00.011+02:00

Moi!

Koska minulla ei ole tällä kertaa mitään uutta kerrottavaa tutkimushommista, ajattelin pohdiskella aihetta vähän asian vierestä. Eräs tutkimukseni taustalla olevista kysymyksistähän on, voisiko ahmojen esiintymisen painopistettä siirtää etelämmäksi, koska poronhoitoalueella ahman aiheuttamia porovahinkoja ei aina katsota hyvällä. Ahma on viime vuosina aiheuttanut hyvin vähän vahinkoa ihmisille tai kotieläimille poronhoitoalueen ulkopuolella, mutta vähän aikaa sitten juuri täällä Sotkamossa tuli ilmi tapaus, jossa epäiltiin ahman tappaneen viisi lammasta. Ajattelinkin aiheen ajankohtaisuuden vuoksi kirjoittaa tällä kertaa petovahingoista.

Suomessa kotieläinvahinkoja aiheuttaviin petoihin lasketaan karhu, susi, ilves ja ahma. Lisäksi on syytä huomioida myös kettu, koira ja korppi (!), jotka pystyvät tappamaan esimerkiksi vastasyntyneitä karitsoita. Seuraavat tiedot on poimittu mm. Petovahinko-oppaasta ja tilastot vuosilta 2003-2008 (kuvat: www.yle.fi).

Ahma aiheuttaa suurimman osan (51 %) Suomen porovahingoista. Ahman aiheuttamat vahingot ovat keskittyneet maantieteellisesti voimakkaimmin, sillä suurin osa vahingoista tapahtuu Enontekiön ja Inarin alueilla. Poronvasojen kohdalla ahma on sen sijaan syyllinen vain 11 % tapauksista. Kotieläinvahingoista (eli muut kuin porovahingot) ahmalle kirjattiin vain 1 % vahingoista. Porovahingot ajoittuvat pääasiassa talvi- ja kevätkuukausille, jolloin ahmankin ravinnontarve on usein lisääntymisen takia suurimmillaan. Saalistaessaan ahma hyppää saaliin selkään ja puree tyypillisesti eläintä säkään, selkään ja niskaan ja irroittaa usein pään tai muita ruhonosia.

Karhun osuus porovahingoista on 19 % (aikuiset porot) ja 21 % (vasat). Karhun osalta vahingot ovat jakautuneet melko tasaisesti koko poronhoitoalueelle. Karhun kotieläinvahingot koostuvat mehiläis-, tuorerehu- ja lammasvahingoista. Porovahingot ajoittuvat pääasiassa kevääseen, alkukesään ja syksyyn. Vasat karhu syö niin täydellisesti, että jäljelle jää usein vain muutama luu, jolloin jäänteet jäävät usein löytymättä ja vahinko tilastoimatta. Karhu tappaa saaliinsa joko puremalla niskan, hartian tai selän alueelta tai katkaisemalla eläimen selkärangan tassunlyönnillä. Karhu syö saaliinsa usein melko tarkkaan ja osaa myös nylkeä sen niin taidokkaasti, että tekosista epäillään joskus ihmistä. Karhu yleensä peittelee saaliinsa huolellisesti tai raahaa sen puroon tai vesikuoppaan.

Suden aiheuttamat porovahingot (19 % kuolleista aikuisista poroista ja 15 % vasoista) ovat keskittyneet erityisesti Hallaan ja Kallioluomaan. Suurin osa susien aiheuttamista kotieläinvahingoista on koiravahinkoja. Sudet ovat viime vuosina tappaneet 20-40 koiraa vuosittain, joista suurin osa metsästystilanteissa. Pihoilta koiria tappavat sudet ovat yleensä yksinäisiä susia, metsästystilanteissa koiran kuoleman taustalla on yleensä lauma. Koirien lisäksi sudet ovat tappaneet lampaita, nautoja ja vuohia. Susi pyrkii saalistaessaan ensin pysäyttämään tai kaatamaan saaliinsa, jonka jälkeen se voi käydä kiinni kurkkuun. Tarttumisjälkiä näkyy yleensä myös saaliin takajalkojen kintereissä.

Petojen tappamista aikuisista poroista 11 % menee ilveksen kontolle, vasoista 7 %. Ilvesvahinkojen määrä on ollut viime vuosina kasvussa johtuen ilvespopulaation kasvusta. Suhteellisesti eniten ilvesvahinkoja on korvattu Kainuun ja Kuusamon alueilla. Ilveksen aiheuttamat kotieläinvahingot ovat pääsääntöisesti lammasvahinkoja. Ilves tappaa saaliinsa yleensä puremalle sitä kurkkuun. Kulmahammasvälin perusteella voi erottaa suden tappaman raadon ilveksen tappamasta.

Ahmojen perässä kulkiessani olen itsekin saanut huomata, että haaskojen kuolinsyyn määrittäminen ei todellakaan ole helppoa. Usein eläin on jo syöty niin perusteellisesti, ettei esim. puremakohtia tai kulmahampaiden jälkiä voi löytää. Ahma monesti vierailee haaskoilla vasta, kun varsinainen saalistaja on jo poistunut paikalta. Päällimmäiseksi paikalle jää ahman jäljet, jolloin eläin monesti määritetään ahman saalistamaksi. Eläimiä myös kuolee paljon luonnollisista syistä.

Tällä hetkellä poromiehillä kuluu paljon aikaa raatojen etsintään. Toisaalta keskustellaan siitä, kuinka luotettavasti saalistaja pystytään määrittämään ilman asiantuntija-apua (tai edes asiantuntijan ollessa paikalla). Kuolinsyytä ei mielellään laiteta luokkaan määrittämätön, vaikka todellisia perusteluja ei aina osata antaa sillä kertaa valitulle kuolinsyylle. Petokorvausjärjestelmää ei siis missään nimessä voi pitää täysin ongelmattomana, mutta mikä olisi parempi ratkaisu? Ruotsin reviiripohjainen petokorvausmalli, jossa poronomistajille maksetaan korvauksia, mikäli heidän paliskuntansa alueella pesii ahma?

No, joka tapauksessa myös tilastoja tarkastelemalla huomaa, että ahman ihmisille aiheuttamat ongelmat keskittyvät lähes yksinomaan poronhoitoalueelle, eikä ahma juurikaan aiheuta ihmisille haittaa poronhoitoalueen eteläpuolella. Tulisiko uusia siirtoistutuksia suorittaa, jotta kannan painopiste siirtyisi etelämmäksi? Siirtoistutuksien avulla toki saataisiin tehostettua eläinten leviämistä etelään, mutta kuinkas sitten ahmakannat saataisiin pidettyä pieninä poronhoitoalueella? Vai pitäisikö vain hyväksyä se biologinen tosiasia, että pedot saalistavat luonnossa vapaana kulkevia sorkkaeläimiä?

Anni

Journal Club #3 - Matka luonnontieteiden alkulähteelle

2011-11-04T09:55:00.009+02:00

Ihan aluksi on pakko kommentoida lehdistön sensaatiohakuisuutta. Kun tänä aamuna katsoin uutisotsikot, Suomen lehdistön otsikot eräästä fossiililöydöstä toitottivat tutkijoiden löytäneen "sapelihammasoravan" fossiilin. Eräässä lehdessä oli kuvituksena käytetty raflaavasti Ice Age -animaation fiktiivistä sapelihammasoravaa. Kyseisestä jutusta saa sen käsityksen, että kyseessä on oravan fossiili. Valtakunnan päälehden jutussa on mediaseksikkäästä otsikosta huolimatta näköjään kuitenkin ymmärretty, että otus ei ole orava. Jos ette pääse lukemaan alkuperäistä juttua Naturesta, lukekaa sentään BBC:n fiksu uutinen aiheesta täältä. Nyt kyllä hävettää suomalainen uutisoinnin taso.

Kokeeni etenevät tuskaisen hitaasti. Niistä ei ole hirveästi raportoitavaa, enkä sen takia tänä syksynä osallistu Kaamos-symposioonkaan. Siis ainakaan puheen tai posterin merkeissä. Tänään blogissa on taas vuorossa Journal Club, jossa kurkistetaan tieteen historiaan pilke silmäkulmassa! En malttanut tiivistää juttua mitenkään, joten tämä kannattaa lueskella ajan kanssa.

Royal Society on avannut vanhat lehtiarkistonsa yleisölle. Kaikki yli 70 vuotta vanhat tieteelliset julkaisut ovat nyt verkossa vapaasti saatavilla. Kävin vilkaisemassa arkistoa osoitteessa http://royalsocietypublishing.org/journals. Käynnistä tuli pikamatka tieteen historiaan, jollaisia täytynee tehdä huvin ja urheilun vuoksi vastaisuudessa useampia! Lukiessani näitä aikanaan uutisoimisen arvoisia juttuja, aloin todella arvostaa sitä, että nämä havainnot ja kokeet on jo tehty ja minä saan tieteentekijänä pitää itsestäänselvyytenä esimerkiksi sitä, että hämähäkin voi nielaista ilman kuolemanvaaraa. Tässäpä teillekin parhaita paloja vuosisatojen takaa!

Philosophical Transactios of the Royal Society of London B -lehden (nykyinen Philosophical Transactions B eli biologia käsittelevä julkaisu) ensimmäisestä numerosta vuodelta 1887 löytyi mm. seuraavia aihepiirejä:

Elektrofysiologia:

The electromotive properties of the electricval organ of Torpedo marmorata (marmorisähkörauskun sähköelimen elektromotiiviset ominaisuudet), kirjoittanut Francis Gotch, 50 sivua

On the action of the excised mammalian heart (irtonaisen nisäkässydämen toiminnasta), kirj. Augustus D. Waller ja E. Waymouth Reid, 41 sivua

Neurotiede:

A minute analysis (Exoerimental) of the various movements produced by stimulating in the monkey different regions of the cortical centre for the upper limb, as defined by Professor Ferrier (pieni kokeellinen analyysi erilaisista liikeistä, jotka aikaansaadaan stimuloimalla apinassa eri alueita aivokuoren yläraajakeskuksessa, jonka määritteli professori Ferrier), kirj. Charles E. Beevor ja Victor Horsley, 14 sivua

Embryologia:

The embryology of Monotremata and Marsupialia. Part I (nokka- ja pussieläinten alkiokehitysoppi), kirj. W. H. Caldwell, 23 sivua

Anatomia:

Remarks on the cloaka and on the copulatory organs of the Amniota (huomioita vesikalvollisten kloaakista ja lisääntymiselimistä), kirj. Hans Gadow, 32 sivua. Artikkeli sisältää upean yksityiskohtaisia piirroskuvia matelijoiden ja lintujen lisääntymiselimistä.

Pikaisella katsauksella voin todeta, että 1800-luvulla ei pihistelty artikkelien sivumäärässä, ja raportit olivat kuvailevia, ehkä jopa jaarittelevia nykyisiin verrattuna. Tiede sinänsä on ollut hyvin edistynyttä.

Vielä vanhempiin lehtiin mentäessä löytyy koko Philosophical Transactions -sarjan ihkaensimmäinen vuosikerta 1665-1666, jossa nykytiedon valossa käsitellään kaikkien luonnontieteiden lisäksi myös monenlaista humpuukia. Kaikkien kirjoittajien nimetkään eivät ole tiedossa. Poimintoja ensimmäisen vuoden aiheista:

Kirja-arvostelut:

An account of micrographia, or the physiological descriptions of minute bodies, made by magnifying glasses (selonteko Mikrografiasta, eli pienten kohteiden fysiologisesta kuvauksesta, joka on suoritettu suurentavilla laseilla), kirjoittaja tuntematon, 6 sivua. Esittele Robert Hooken mikroskopia-aiheisen kirjan Micrographia. Ote tekstistä: ”Here our Author maketh it not improbable, but that, by thefe helps the fubtilty of the compofition of Bodies, the ftructure of their parts, the various texture of their matter, the inftruments and manner of their inward motions, and all the other appearances of things, may be more fully discovered; whence may emerge many admirable advantages towards the enlargement of the Active and Mechanick part of knowledge, because we may perhaps be enabled to difcern the fecret workings of Nature, almoft in the fame mammer, as we do thofe that are the productions of Art, and are managed by Wheels, and Engines, and Springs, that were devifed by Humane wit.” Hyvin jaarittelevaa tekstiä, jos sitä vertaa nykyjulkaisujen kieleen! Lopuksi ennustetaan hyvin kaukaista tulevaa: “Laftly, this Author defpairs not that there may be found many Mechanical Inventions, to improve our Senfes of Hearing, Smelling, Tafting, Touching, as well as we have improved that of Seeing by Optick Glaffes.”

An experimental history of cold (kylmän kokeellinen historia), kirj. tuntematon. Arvostelu Robert Boylen kirjasta New experiments and observations upon cold. Kirjan kerrotaan sisältävän mm. kokeita veden ja vesiliuosten laajenemisesta niden jäätyessä.

Silkkitoukkien hoito:

An extract of a letter containing some observations, made in the ordering of Silk-Worms, communicated by That Known Vertuoso, Mr. Dudley Palmer, from the Ingenious Mr. Edward Digges (Ote kirjeestä joka sisältää joitakin huomioita silkki-matojen järjestämisestä, kertonut Se Tunnettu Virtuooso, Hra. Dudley Palmer, saatu Nerokkaalta Hra. Edward Diggesiltä), kirj. Herrat Palmer ja Digges, noin sivun pituinen. HErrat kertovat yrityksestään tuottaa silkkiä Virginiassa. Silkkiperhosen toukkien kaikinpuolinen hyvinvointi on ollut herroille ensiarvoisen tärkeää. Jopa mahdolliset hajuärsytykset on otettu huomioon: “I never obferved, that the fmell of Tobacco, or fmels that are rank, did any waies annoy the worm.”

Tähtitiede:

An account of some observations, lately made in Spain, by His Excellency the Earl of Sandwich (selonteko huomioista, jotka viimeaikoina on Espanjassa tehnyt Hänen Ylhäisyytensä Sandwichin Jaarli), kirj. Sandwichin Jaarli, 1 sivu. Hänen ylhäisyytensä kuvaa, kuinka valtioneuvotteluiden ohessa on ehtinyt tehdä myös astronomisia ja fysiologisia kokeita, ja etenkin huomioinut kesäkuista auringonpimennystä.

The figure of the stars in the constellation of Cygnus; Together with the new star in it, discover’d some years since, and very lately seen by, M. Hevelius again (Tähtien kuvio Joutsenen tähdistössä, kera siellä olevan uuden tähden, jonka löysi muutamia vuosia takaperin, ja ihan vastikään näki taas, M. Hevelius), kirj. M. Hevelius, yksi sivu. M. Hevelius on lähettänyt piirroksen Joutsenen tähdistöstä, jonka ”rintaan” on ilmestynyt uusi tähti.

An account of four Suns, which very lately appeard in France, and of two Raine-Bows, unusually posited, seen in the same kingdom, somewhat longer agoe (Selonteko neljästä auringosta, jotka ihan vastikään näyttäytyivät Ranskassa, ja kahdesta epätavallisessa asennossa olevasta sateenkaaresta, jotka nähtiin samaisessa valtakunnassa jokseenkin pitempi aika sitten), kirj. tuntematon, neljä sivua. Artikkeli kuvailee epätavallisia valoilmiöitä Ranskan taivaalla.

Optiikka / Mikroskopia:

Of Monsieur Hevelius’s promise of imparting to the world his invention of making optick glasses; And of the hopes given by Monsieur Hugens of Zulichem, to perform something of the like nature; As also of the expectations, conceived of some ingenious persons in England, to improve telescopes (Monsieur Heveliuksen lupauksesta saattaa maailmalle hänen keksintönsä optisten lasien tekemisestä; ja Zulichemin Monsieur Hugensin toiveista tehdä jotain samanluonteista; ja odotuksista, jotka aikaansaivat eräät nerokkaat henkilöt Englannissa, teleskooppien parantamiseksi), kirj. Monsieur Hevelius ja Monsieur Hugens, 1,5 sivua . Artikkeli kertoo optiikan viimeaikaisista kehitysaskelista 1660-luvulla.

Epämuodostumat:

An account of a very odd monstrous calf (kuvaus hyvin kummallisesta hirviömäisestä vasikasta), kirj. Robert Boyle, puoli sivua. Kirjoittaja kuvailee, kuinka Hampshiren Limmingtonissa teurastaja oli löytänyt lehmän sisältä epämuodostuneen sikiön, joka vaikutti olevan osaksi kiveä.

An observation imparted to the Noble Mr. Boyle, by Mr. David Thomas, touching some particulars further considerable in the Monster mentioned in the first papers of these Philosophical Transactions (Huomio, jonka on välittänyt ylhäiselle Hra. Boylelle Hra. David Thomas, koskien joitakin huomionarvoisia yksityiskohtia Hirviössä, joka mainitaan näiden Filosofisten Transaktioiden ensimmäisissä papereissa), kirj. David Thomas, noin puoli sivua.

Some observations of odde constitutions of bodies (Huomioita kehojen oudoista rakenteista), kirj. tuntematon, 1 sivu. Kirjoitus esittelee kummallisia potilastapauksia Hollannista.

Observables upon a monstrous head (Huomioita hirviömäisestä päästä), kirj. tuntematon, 1,5 sivua ja sivun kokoinen piirroskuva. Artikkeli kuvailee epämuodostuneen orivarsan pään. Varsan muu ruumis vaikutti kirjoittajan mukaan normaalilta ”ilman mitään näkyvää hirvittävyyttä”.

Merenkäynti:

A narrative concerning the success of pendulum-watches at sea for the longitudes (kertomus koskien heiluri-kellojen menestystä merellä pituuspiirien määrityksessä), kirjoittaja tuntematon, kaksi sivua.

An extract of a letter, written from Holland, about preserving of ships from being worm-eaten (Ote Hollannissa kirjoitetusta kirjeestä, joka käsittelee laivojen suojelua madonsyömäksi joutumiselta), kirj. tuntematon, puolitoista sivua.

Mainokset:

”The Reader is hereby advertifes, that by reafon of the prefent Contagion in London, which may unhappily caufe an interruption afwel of Correspondencies, as of Publick Meetings, the printing of thefe Philosophical Tranfactions may poffibly for a while be intermitted; though endeavors fhall be ufed to continue them, if it may be.” Lontoossa levisi rutto vuonna 1665, ja tartuntavaaran vuoksi tiedetapaamiset ja julkaisutoiminta pistettiin väliaikaisesti jäihin. Lehdessä mainostettiin asiaa, jotta lukijat eivät suotta hermostuisi.

Seismologia:

A relation concerning the late earthquake neer Oxford; Together with some observations of the sealed weatherglass, and the barometer both upon that phenomenon, and in general (Kertomus koskien vastikään tapahtunutta maanjäristystä lähellä Oxfordia, yhdessä sinetöidystä säälasista ja ilmapuntarista tehtyjen huomioden kanssa, koskien tätä ilmiötä ja yleisesti), kirj. tuntematon, 5,5 sivua. Kirjoittaja esittelee hienon lämpömittarinsa ja ilmapuntarinsa.

Entomologia/Arachnologia:

Extract of a letter, lately written by Mr. Nathaniel Fairfax to the publisher, containing observations about some insects, and their innoxiousness, &c (Ote kirjeestä, jonka vastikään kirjoitti Hra. Nathaniel Fairfax julkaisijalle, sisältäen huomioita muutamista hyönteisistä ja heidän vaarattomuudestaan, jne.), kirj. Nathaniel Fairfax, puolitoista sivua. Kirjoittaja todistaa, että kaikki myrkyllisinä pidetyt hyönteiset (tähän aikaan ilmeisesti hämähäkitkin luettiin hyönteisiksi) eivät ole ihmiselle vaarallisia nieltyinä. Lisäksi kerrotaan, että joistakin hämähäkeistä lähtee veteen puristettuna sinistä väriä. Ote tekstistä: ”…that Creatures, reputed Venomous, are indeed no Poyfons, when fwallow’d, though they may prove fo when put into Wounds: He, for confirmation thereof, alledges Examples of feveral Perfons well known to him (himfelf alfo having been an Eye-witnefs to fome fuch Experiments) who have frequently fwallow’d Spiders, even of the rankeft kind, without any more harm than happens to Hens, Robin-red-breasts, and other Birds, who make Spiders their daily Commons.”

Some observations of swarms of strange insects, and the mischief done by them (Huomioita oudoista hyönteisistä ja niiden tekemistä tihutöistä), kirj. tuntematon, 1,5 sivua. Kuvaus kulkusirkkaparvista.

Hammaslääketiede:

A relation of an uncommon accident in two aged persons (tarina epätavallisesta sattumuksesta kahdessa iäkkäässä henkilössä), kirj. Mr. Colepresse, n. yksi sivu. Hra. Colepresse kertoo, kuinka 81-vuotiaalle miehelle ja noin 75-vuotiaalle naiselle oli vanhoilla päivillään kasvanut uusia hampaita.

Eläintiede:

An extract of a letter not long since written from Rome, rectifying the relation of salamanders living in fire (ote vähän aikaa sitten Roomassa kirjoitetusta kirjeestä, joka oikaisee tarinaa tulessa elävistä salamantereista), kirj. tuntematon, puoli sivua. Tarina on suorastaan uskomaton ja tänä päivänä tuntuu hassulta, että se on edes julkaistu. Tässä se kokonaisuudessaan: This came from that Expert Anatomift M. Steno, to Dr. Croon-Videl. That a Knight called Corvini, had affured him, that, havin caft a Salamander, brought him out of the Indies, into the Fire, the Animal thereupon fwell’d prefently, and then vomited ftore of thick flimy matter, which did put out the neighbouring Coals, to which the Salamander retired immediately, putting them out again in the fame manner, as foon as they re-kindled, and by this means faving himfelf from the force of the Fire, for the fpace of two hours; the Gentleman above-mentioned being then unwilling to hazard the Creature any further: That afterwards it lived nine Months: That he had kept it eleven Months without any other food, but what it took by licking the Earth, on which it moved, and on which it had been brought out of the Indies; which at firft was covered with a thick moifture, but being dried afterwards, the Urin of the Animal fervid to moiften the fame. After the eleven Months, the Owner having a mind to try, how the Animal would do upon Italian Earth, it died three days after it had changed the Earth.”

A relation of a kind of worms, that eat out stomes (tarina eräänlaisista madoista, jotka syövät kiveä), kirj. tuntematon, kaksi sivua. Kirjoittaja kuvailee kymmensilmäisen, kovasti vesiperhosen toukkaa muistuttavan eläimen, joka asuu pikkukivistä ja ”vihertävistä munista” rakennetussa putkessa, josta se ryömii ulos syömään kiveä. Artikkelista jää sellainen mielikuva, että kirjoittaja on nähnyt hiekkakiveä, jossa on fossiloituneena merenpohjan eläimiä ja niiden tekemiä onkaloita, ja olettanut niiden olevan vastikään syötyjä reikiä.

A way of preserving birds taken out of the egge, and other small featus’s; communicated by Mr. Boyle (Menetelmä säilöä munasta ulos otettuja lintuja ja muita pieniä sikiöitä Hra. Boylen kertomana), kirja. Mr. Boyle, 2 sivua. Hra. Boyle kertoo, kuinka pirtuun säilötyt kananalkiot säilyvät hyvin myöhempää tarkastelua varten.

Some observations of vipers (Huomioita kyykäärmeistä), kirj. Francesco Redi, 2,5 sivua. Hra. Redi selvitti mm., että kyyn myrkky ei ole hampaissa, hännässä eikä sappirakossa, vaan hampaiden kautta tyhjentyvissä myrkkypusseissa.

An observation touching the bodies of snakes and vipers (Huomio koskien käärmeiden ja kyiden ruumiita), kirjoittaja tuntematon. Teksti kokonaisuudessaan: ”Several have taken notice, that there is a difference between the brooding of Snakes and Vipers, thofe laying their Eggs in Dung-hills, by whofe warmth they are hatched; but thefe (Vipers) brooding their Eggs within their Bellies, and bringing forth live Vipers. To which may be added, That fome affirm to have seen Snakes lye upon their Eggs, as Hens fit upon theirs.”Luonnontarkkailua parhaimmillaan!

Of a way of killing ratle-snakes (Tavasta tappaa kalkaro-kärmeksiä), kirj. tuntematon, puoli sivua. Artikkeli kertoo kapteeni Silas Taylorin kertoman Virginialaisen tavan tappaa kalkkarokäärmeitä käyttäen aseena erään kasvin lehtiä kepin päässä.

Geologia:

A description of a Swedish stone, which affords Sulphur, Vitriol, Allum, and Minium (kuvaus Ruotsalaisesta kivestä, josta saadaan rikkiä, vitriolia, alunaa(?) ja miniumia), kirj. tuntematon, puolitoista sivua.

Eläinfysiologia:

The method observed in transfusing the bloud out of one animal into another (Metodi jota käytettiin siirrettäessä verta yhdestä eläimestä toiseen), kirj. tuntematon, 5 sivua. Artikkeli kuvaa nykypäivän fysiologin silmin hyvin kummallisen kokeen, jossa kahden koiran verenkierrot yhdistetään käyttäen sulkia(!?) sekä neuloina että keinotekoisina suonina. Kokeessa ”verenluovuttajakoiralle” käy köpelösti, kun se valutetaan tyhjiin ja sen veri juoksee vastaanottajakoiraan. Tällaisia kokeita tehtiin vuonna 1666.

Kivettymien:

Observables touching petrification (kivettymistä koskevia huomioita), kirj. tuntematon, kaksi sivua. Kirjoittaja kuvailee, kuinka kirurgi on poistanut naisen kohdusta sinne muodostuneen kiven.

Anatomia:

Some considerations concerning the parenchymous parts of the body (Huomioita ruumiin parenkymaalisista osista), kirj. tuntematon, 4 sivua. Kirjottaja kertoilee parenkyymisolukon tutkimuksestaan, ja kuinka se ei aina mene ihan putkeen: ”…I was both confounded and tired. For I faw (and fo muft any, that will attempt this work) in my endeavouring to preferve on Veffel of a traceable magnitude, I fpoiled an infinite number of others lefs difcernable, which were as truly Veffels…”

Some anatomical observations of milk found in veins, instead of blood, and of grass, found in the wind-pipes of some animals (Anatomisia huomioita maidosta suonissa veren sijaan, ja ruohosta joidenkin eläinten hengitystiehyissä), kirj. tuntematon, 1 sivu.

Observables in the body of the Earl of Balcarres (Huomioita Balcarresin jaarlin ruumiista), kirj. tuntematon, 1 sivu. Jaarlin ruumiinavauspöytäkirja.

Filosofia:

Monsieur Auzout’s speculations of the changes, likely to be discovered in the Earth and Moon, by theit respective inhabitants (Mösjöö Auzoutin spekulaatioita muutoksista, joita maan ja kuun asukkaat todennäköisesti huomaavat), kirj. Monsieur Auzout, 3,5 sivua. Filosofi Auzout pohtii, miltä maan pinta käuttää kuu-ukkojen mielestä vuodenaikojen vaihtuessa.

Paleobotanismi:

Of a place in England, where, without petrifying water, wood is turned into stone (Kertomus paikasta Englannissa, jossa, ilman kivettävää vettä, puu muuttuu kiveksi), kirj. tuntematon, 1 sivu. 1600-luvun tiedemiehet painivat fossiloitumisilmiön parissa.

1660-luvulla tiedelehteen on kelvannut moni asia, joka nykyisin lähinnä naurattaa, ja useat jutut ovat maalaisjärjellä ajateltuna silkkaa valhetta, kuulopuheista ylöskirjattuja. Tieteelliseksi raportiksi on kelvannut sähkemittainen lyhyt selonteko. Moni nykyisin tuttu asia on vielä hukassa ja keksimättä, mutta kovaa vauhtia nämä miehet ovat menossa oikeaan suuntaan!

Seuraavaan kertaan!

Perjantaiuutinen, hyvä sellainen

2011-10-28T07:55:00.002+03:00

Huomenta.

Ensimmäinen artikkelini meni yhden korjauskierroksen kautta läpi Diverstity & Distributions -lehteen. Se on sitten hyvässä lykyssä kolmasosa väikkäristä takana! Nykyään kun opuksen ei tarvitse koostua enää puolesta kymmenestä artikkelista, vaan muutama riittää, eikä niissäkään tarvitse olla kaikissa ensimmäinen kirjoittaja. Eikä niitä tarvitse edes ehtiä julkaista, pelkät käsikirjoitukset riittävät (tai no, yksi julkaistu juttu pitää olla, loput voivat olla käsikirjoitusvaiheessa). Tällä menolla väittelen ensi vuonna!

No en sentään, on tässä vielä tekemistä. Mutta on mukava tunne kun edistystä tapahtuu, tietää ainakin jotain tehneensä oikein.

Nyt kahville, sitten excel-taulukon ja suosirrien mikrosatelliittiaineiston kimppuun, sitten opettamaan lintujen lajintunnistusta. Ja sitten viikonlopun viettoon.

Syysterkuin,

Nelli

Hyvä esitys

2011-10-20T09:15:00.005+03:00

Hei!

Minulla on vielä tämän vuoden puolella pidettävänä yhteensä kolme tutkimukseeni liittyvää esitystä, joita olen valmistellut viime päivinä. Kaikki esitykset tapahtuvat Suomessa ja ovat osa verrattain pientä tilaisuutta/seminaaria, joten kovin suuria sydämentykytyksiä tilanteet eivät tule aiheuttamaan. Kaikki esiintymiskokemukset kuitenkin lisäävät esiintymisvarmuutta ja ovat sitten erittäin tervetulleita!

Kolmen viikon päästä kerron ahmatutkimuksestani täällä Sotkamossa paikallisille ihmisille luontoyhdistyksen järjestämässä tilaisuudessa. Tällaiset tilaisuudet, joissa kerrotaan tutkimuksesta paikallisille ihmisille, ovat mielestäni tärkeitä erityisesti suurpetopuolella. Monet asiat, kuten loukkujen käyttö, tutkimuksen hyöty ja eläinten liikkeet, kiinnostavat usein ihmisiä, joiden läheisyydessä tutkimus tapahtuu.

Seuraavan esitykseni pidän sitten marraskuun loppupuolella Hyytiälässä, jonne RLTL:n jatko-opiskelijat kokoontuvat kertomaan omista tutkimuksistaan ja kuuntelemaan asiantuntija-alustuksia. Tänä vuonna teemana on paikkatieto ja sen hyödyntäminen riista- ja kalapuolen tutkimuksessa, eli liippaa melko läheltä meikäläisenkin tutkimusta. Odotan kyllä innolla esityksiä ja muiden riistapuolen tutkijoiden tapaamista!

Kolmannen esitykseni pidän oman laitoksemme Kaamos Symposiumissa joulukuussa. Tämä esitys varmaan tulee olemaan se jännittävin, koska yleisössä tulee olemaan niin paljon tuttuja naamoja :) Aluksi meinasin tehdä myös posterin tähän tilaisuuteen, mutta luultavasti minulla ei tule olemaan riittävästi aikaa laadukkaan julisteen tekemiseen.

Nyt olenkin sitten pohtinut, millainen on hyvä powerpoint -esitys. Mielestäni tärkeää on se, että esitys ei sisällä liikaa tietoa yhdellä sivulla. Parhaiten toimii esitys, jossa tärkeimmät asiat näkyvät dialla, mutta esiintyjä selittää ja avaa asiat omin sanoin. On tylsää kuunnella esitystä, jossa esittäjä lukee asiat suoraan valkokankaalta. Lisäksi teksti tulisi erottua hyvin taustasta, ja räikeitä värejä ja liikettä/animaatioita tulisi välttää. Eli vaikka rakastankin kirkkaita värejä, ja hyppivillä otsikoilla on joskus hauska leikitellä, ei sellainen yleensä sovi tieteelliseen esitykseen.

Tieteellisten esityksien rakenne on yleensä hyvin kaavamainen: johdanto-menetelmät-tulokset-pohdinta. Jotta yleisö jaksaisi kiinnostua aiheesta tilaisuudessa, jossa esitetään peräkkäin lukuisia toistensa tyylisiä esitelmiä, esityksen tulisi olla jollain tapaa kiinnostava ja herättävä. Myös puhujan tyyli esiintyä vaikuttaa tähän. On paljon mukavampaa kuunnella innostunutta, elehtivää puhujaa kuin monotonisella, hiljaisella äänellä mutisevaa synkkänaamaista esiintyjää.

Mikäli mieleenne tulee vinkkejä siitä, millainen on hyvä esitys, jakakaa ihmeessä tietonne kommentti-laatikkoon!

Syysterveisin,

Anni

Visionarium X

2011-10-14T12:44:00.000+03:00

Heissan! Pahoittelen heti aluksi, että olen laiminlyönyt blogiamme jo jonkin aikaa. Syynä on ollut kaikenlainen reissaaminen ja muutto, joiden takia ei ole ollut ylimääräistä energiaa kirjoitella kuulumisia. Mutta nytpä onkin taas jutun juurta.

Osallistuin syyskuun lopulla Visionarium X -konferenssiin Tvärminnen eläintieteellisellä asemalla Hangossa. Visionarium on vuosittainen kansainvälinen näkötutkijoiden kokoontuminen, jossa esitellään omaa tutkimusta ja jaetaan ideoita leppoisassa ilmapiirissä. Tämän vuoden tapahtuma oli jo kymmenes (siitä siis tuo X tapahtuman nimessä; ei mitään raflaavuuden tavoittelua). Paikalla oli tutkijoita Suomen lisäksi Ruotsista, Venäjältä, Saksasta ja USA:sta.

Pidin Visionariumissa puheen tutkimuksestani ja sen uusista käänteistä. Minut oli aikataulutettu kolmipäiväisen tapahtuman ensimmäiselle iltapäivälle. Olin siitä kovasti mielissäni, koska esiintymisjännitys ei pääsisi pilaamaan koko viikonloppua. Puhe lähti käyntiin hieman hitaasti, kuten minulla yleensäkin, päästen täyteen vauhtiin kuitenkin jo ensimmäisen viiden minuutin aikana. Yleisön reaktiot olivat positiivisia, ja kuulemani mukaan käyttäytymiskokeitani esittelevä videopätkä oli saanut muutamat nuoret tutkijat yleisössä haukkomaan henkeään. Esitys herätti vilkasta keskustelua ja sain sekä kyselyosuuden aikana että myöhemmin vapaan seurustelun merkeissä paljon kommentteja ja hyviä ehdotuksia kokeisiini liittyen.

Tapasin myös saksalaisen tohtoriopiskelijan, joka on jatkanut gradussani alkanutta tutkimusta pienten yöperhosten silmän rakenteesta. Lähestulkoon punastuin, kun hän aloitti puheensa sanoen: "Olen erittäin iloinen siitä, että paikalla on myös Anna Honkanen, jonka eleganttiin julkaisuun koko väitöstutkimukseni perustuu." Entistä innostuneemmaksi kävin esityksen aikana, kun miehen tuloksista selvisi, että ne eriskummallisuudet, jotka Ectoedemia argyropezan silmässä kuvasin, ovat paremminkin sääntö kuin poikkeus pienillä yöperhosilla. Puhetta kuunnellessani minulle tuli harvinainen tuntemus siitä, että olen ihan oikea tieteentekijä ja osa arvokasta työtä tekevää ketjua! Ryntäsin heti seuraavalla tauolla jututtamaan ja onnittelemaan miestä tutkimuksestaan. Toivottavasti saamme vielä mahdollisuuksia tehdä yhteistyötä hyönteisen näköaistiin liittyen. Tieteellisesti konferenssista jäi siis varsin hyvä maku.

Tapasin Visionariumissa myös vanhoja tuttuja Lundista ja Helsingistä ja tutustuin uusiin tiedekollegoihin. Visionariumissa on helppo päästä juttusille kenen tahansa kanssa. Tämän kaltainen pienimuotoinen ja lämminhenkinen kansainvälinen tapaaminen on ilmeisesti melkoinen harvinaisuus, sillä suuremmissa kokouksissa kuulostaa olevan enemmän kilpailuhenkinen ilmapiiri. Yhteistyökuvioita kokeiltiin myös vapaa-ajalla: rakensin erään Uppsalan yliopistossa lintujen näköä tutkivan tohtorin kanssa tyhjistä oluttölkeistä pöytätasosta laipioon ulottuvat kaksoistornit, jotka seisoivat pystyssä vielä seuraavana aamuna. Torneista ja kauniilla paikalla sijaitsevasta Tvärminnen asemasta olisi valokuviakin, mutta kuvat ovat valitettavasti muuttohässäkän takia yhä kamerallani. Ehkäpä saan niitä näytille joskus myöhemmin.

Nyt palaan labraan tekemään tiedettä, josta toivottavasti saan kertoa teillekin jo myöhemmin tänä vuonna tai viimeistään ensi keväänä!

Kirjoittelemisiin!

Skotlanti - veit palan sydämestäni

2011-10-07T11:25:00.005+03:00

Aye! Wee! Haggis! Neeps & tatties! Eli terkkuja Skotlannista!

Kävin syyskuun lopulla IWSG:n (International Wader Study Group:in) järjestämässä kahlaajakonferenssissa, joka viime vuonna oli Portugalissa. Tällä kertaa samainen tapahtuma pidettiin pienessä Strathpefferin kylässä, nelisen tuntia bussilla Edinburghista pohjoiseen.

Poiketen viime kerrasta, tänä vuonna pidin konferenssissa esitelmän, ensimmäiseni ulkomailla. Aiheena tuttu ja turvallinen lapinsirri ja sen geneettinen populaatiorakenne. Olin valmistautunut tosi hyvin ja esitelmä meni mainiosti - mutta silti jännitti niin etten saanut aamulla syötyä mitään. Olihan katsomo täynnä kahlaajatutkijoita, mitäpä minä pieni osaisin heille kertoa, reilusti yli satapäiselle yleisölle. Kuitenkin jännitys kaikkosi heti kun pääsin puhumaan. Osasin vastata kysymyksiinkin suhteellisen hyvin. Ja ensimmäistä kertaa puhuin ilman lunttilappua (tai raapustin minä hätäpäissäni juuri ennen esitystä pienen lappusen, mutta en katsonut sitä kertaakaan esityksen aikana). Olen oikein tyytyväinen itseeni!

Lopetin esitelmäni kiittämällä erästä lähisukulaistani, joka on ollut minulle suuri inspiraationlähde, syy miksi olen biologi ja ylipäänsä tutkin lapinsirriä - ja joka muuten puolenkymmentä vuotta sitten sai valmiiksi oman väitöskirjansa lapinsirristä. Kiitos isi.

Nelli ja Nellin esitelmä. Copyright Aija Lehikoinen.

Konferenssissa oli lukuisia mielenkiintoisia esitelmiä kahlaajien elinympäristöistä, ruokailukäyttäytymisestä, genetiikasta, muuttoreiteistä, populaatiokoon muutoksista, sulkasadosta, patogeeneistä - kaikesta mitä kuvitella saattaa. Kahlaajat ovatkin erityisen monimuotoinen, maailmanlaajuinen linturyhmä, joten tutkittavaa riittää. On mukava olla osana yhteisöä, jolta paitsi saa paljon tietoa, mutta jolle voi myös itse antaa oman panoksensa.

Konferenssitapahtumien ohella paikalliseen ympäristöön ja kulttuuriin piti tietenkin tutustua. En ole aiemmin käynyt Skotlannissa, ja Isossa-Britanniassakin vain Birminghamissa (jota ei voi kovin esteettiseksi paikaksi sanoa), joten rakastuin heti ylämaan kauniiseen luontoon - sen vuoriin, puihin, ilmastoon ja kilttimiehiin.

Kävimme muun muassa katsomassa Loch Nessin hirviötä (ei näkynyt), vietimme hieman aikaa linturetkillä (näimme varpusia, variksia ja punarinnan), söimme haggista (näin kasvissyöjänä voin sanoa että oli herkullista), ja tanssimme skottilaisia kansantansseja (huh!).

Kaunista maisemaa. Copyright Aija Lehikoinen.

Reissulla oli mukana kesän maastokaveri Aija (kiitos kuvista hänelle), jonka kanssa matkasimme konferenssin jälkeen vielä päiväksi Edinburghiin seikkailemaan. Ehdin onneksi nähdä lähtöpäivänä isohaarahaukan, joten reissun lintusaldo jäi kokonaisuudessaan plussan puolelle.

Haikeana palasin sateiseen ja tuuliseen Helsinkiin loistavan matkan jälkeen, kokemusta rikkaampana, jäljellä läjä mustelmia ja nyrjähtänyt nilkka (kiitos kansantanssien). Taisin jättää osan itsestäni ylämaille.

Nelli

Toimintaa loukulla & AIC

2011-09-29T09:13:00.006+03:00

Hei!

Edellisessä postauksessa kerroin, että olemme virittäneet loukun tänne Sotkamoon, tarkoituksenamme pyydystää ahma pannoitusta varten. Loukku ei ole vielä onnistunut pyydystämään ahmaa, joten yritys jatkuu edelleen. Toivoa emme ole kuitenkaan vielä menettäneet, sillä ahmat vierailivat loukulla useita kertoja kuun vaihteessa. Loistavasta tuuristani kertoo se, että juuri silloin olin itse reissussa, eikä loukku siis ollut vireessä. Syötävää loukulla kuitenkin oli, ja riistakamera oli tallentanut mukavia videonpätkiä ahmaperheestä. Oli huikeaa päästä seuraamaan tutkimuseläimensä käyttäytymistä haaskalla!

Ainoastaan yhdelle videolle oli tallentunut koko ahmaperhe: emo ja sen kaksi edellistalven pentua. Niiden käyttäytymisessä oli havaittavissa selviä eroja: emo oli kaikkein varovaisin ja tuijotteli kovasti loukkua pentujen ollessa selvästi rohkeampia ja uteliaampia. Ilmeisesti toinen pennuista kiinnostui loukusta ja haaskasta niin kovasti, että vieraili loukulla useaan otteseen myöhemminkin. Videoilla ahmat ovat herkutelleet haaskalla, kiipeilleet loukun päälle, käyneet loukun sisällä, yrittäneet kaataa loukkua, kaivautua sen alle ja kiipeilleet puissa. Usein, mutta ei aina, ahmaemo vieroittaa pennut juuri näihin aikoihin syksyllä. Mahdollisesti nämäkään ahmat eivät enää jatkuvasti liiku yhdessä, mutta kohtaavat toisensa juuri tällaisilla haaskapaikoilla.

Nyt ahmoja ei ole näkynyt moneen viikkoon. Toivottavasti joku niistä kuitenkin vielä suuntaisi haaskalle ja päätyisi loukkuun. Tässä teille katsottavaksi eräs ahmavideoista:

Kirjoitusrintamalla asiat ovat edenneet hitaasti, mutta varmasti. Nyt olen keskittynyt eniten ahman habitaatinvalintaan liittyvään kässäriin. Jutussa siis tutkitaan, mitkä tekijät vaikuttavat eniten siihen, millaisen paikan ahma valitsee elinalueekseen. Vaikuttaako valintaan esimerkiksi asutus, pellot, tiestö, metsätyyppi ja meitä eniten kiinnostavana tekijänä suden läheisyys? Tulokset olivat suurimmaksi osaksi odotetunlaisia, mutta niitä en paljasta vielä.

Minulle uusi juttu tätä työtä tehdessä oli AIC:n (Akaike’s information criterion, Akaiken informaatiokriteeri) käyttö mallin valinnassa. Yleensähän tieteellinen päättely noudattaa perinteistä rakennetta, jossa tiettyä hypoteesia testataan tilastollisesti ja hypoteesi joko saa tukea tai ei saa tukea. Eräissä tapauksissa kuitenkin ns. informaatioteoreettinen mallinvalinta toimii paremmin. Tällöin muotoillaan etukäteen useita ehdokasmalleja, jotka ovat tutkimuksen kannalta mahdollisia ja kiinnostavia.

AIC on yksi tällaisissa tilanteissa käytetyistä indekseistä, joka huomioi paitsi mallin yhteensopivuuden havaintoaineiston kanssa, niin myös mallissa olevien parametrien määrän. Tavoitteena on löytää malli, jonka yhteensopivuus on mahdollisimman hyvä suhteessa käytettyjen parametrien määrään. Se malli, jonka AIC on pienin, on paras. Esim. R-ohjelmalla voimme pyörittää näppärästi nämä asiat silmiemme eteen (kiitos vaan kollegalleni RKTL:lle, joka teki tämän puolestani). Tuloksiin palaamme, kunhan niiden julkaiseminen alkaa olla ajankohtaista :)

Kaunista syksyä kaikille!

Anni

Syksyn kiireet

2011-09-02T13:52:00.011+03:00

Heippa!

Mullapa alkaa kohta opetus selkärankaisten lajintunnistuskurssilla. Koska olen kielinaisia, sain oppilaikseni kasan vaihtareita. Ensin tuntui että mihin sitä on nyt itsensä sotkenut, enhän muista lajeja (paitsi lintuja) enää itsekään, ja ei nyt olisi oikein aikaa. Mutta nyt on tosi kiva fiilis. Kurssi alkaa kahden viikon päästä, joten ehdin hyvin vielä kerrata myyrät, kallot ja kalat (ja pitää niitä lintujakin vähän katella). Opetuskertoja on yhteensä kahdeksan kahden tunnin sessiota, kerran viikossa, joten senkään puolesta ei pitäisi tulla kiire. Sitä paitsi olen reissussa silloin kun pitäisi opettaa myyrät, eli en välttämättä joudu opettelemaan niitä itse lainkaan! Toisaalta ei tekisi pahaa muistella miten pelto- ja metsämyyrän erottaa toisistaan.

Lähetin eilen lapinsirriartikkelin korjatun version uudelleenarvioitavaksi. Pijetään taas peukkuja. Saimme ajoitettua lapinsirrin kahden mitokondriolinjan erkanemisajankohdan kauas kauas Pleistoseenin jäätiköitymisten ajalle. Aikahaarukka on kuitenkin hyvin iso: noin puolestatoista miljoonasta vuodesta kolmeensataantuhanteen vuoteen. Tämä johtuu epävarmuudesta "molekyylikellossa" (eli käytännössä mtDNA:n muuntumisnopeudessa), mikä hankaloittaa tarkkaa ajoitusta. Arviot mtDNA:n sekvenssien välille kertyvistä eroista miljoonaa vuotta kohden vaihtelevat parista prosentista jopa yli kahteenkymmeneen, joten se, kuinka kauaksi kahden erilaisen sekvenssin eroamisajankohdan arvioi, riippuu siitä mitä mutaationopeutta päättää käyttää.

Mainitsemani yli 20 % sekvenssien välistä eroa on kovin suuri arvio, joka perustuu hyvin lyhyen, nopeasti muuntelevan kontrollialueen sekvenssin perusteella laskettuun nopeuteen. Me päädyimme arvioimaan erkanemisaikahaarukkaa minimissään kahden ja maksimissaan kymmenen prosentin erkanemisvauhdilla (per miljoona vuotta). Tämä arvio on melko laaja, ja sisältää monien muiden tutkijoiden käyttämiä arvioita eri lajien mutaationopeuksista, joten todennäköisesti arvioimamme aikaväli pitää sisällään linjojen eroamistapahtuman. Kuitenkaan mitään kovin varmaa ei voi sanoa vaikkapa tietyistä jääkausista tai niiden välisistä interglasiaaleista, jolloin populaatiot olisivat voineet joutua eristyksiin ja geneettinen erilaistuminen alkaa.

Olen aloittanut kirjoittamaan alustavasti seuraavaa kässäriäni (lähinnä tutustumalla aiheeseen ja lukemalla artikkeleita). Alan tutkimaan sitä, vaikuttaako naaraiden ja koiraiden geneettinen samankaltaisuus parinvalintaan. Aineistona on monen, monen vuoden näytteet, tiedot pareista ja niiden jälkeläisistä, avioeroista ja uudelleenpariutumisista. Oletuksena on, että parien pitäisi olla keskenään geneettisesti erilaisempia kuin jos pariutuminen olisi populaatiossa täysin satunnaista. Ja, jos avioero tulee, niin uuden parin pitäisi olla geneettisesti erilaisempi kuin vanhan. Täten uskollisuuteen vaikuttaa se, kuinka samanlaisia yksilöt ovat, ja syrjähyppyjä pitäisi tulla sitä enemmän, mitä enemmän mikrosatelliittialleeleita pari jakaa.

Tämä kumppanien geneettinen erilaisuus liittyy sukusiitoksen välttämiseen ja jälkeläisten geneettisen diversiteetin maksimoimiseen, eli lähisukulaiset tunnistetaan ja näin voidaan välttää mahdollisesti haitallisten geenien yleistyminen populaatiossa. Tätä kutsutaan geneettiseksi yhteensopivuushypoteesiksi (genetic compatibility hypothesis). Sukusiitosta voidaan välttää myös dispersoimalla pois synnyinalueeltaan, jolloin todennäköisyys pariutua sukulaisen kanssa pienenee huomattavasti. Suosirri on kuitenkin melko paikkauskollinen, joten sukusiitoksen välttämiseksi täytyy olla jokin muu keino (kuten juuri lähisukulaisten tai muuten samankaltaisten yksilöiden tunnistaminen).

Kolmen viikon päästä lähden Skotlantiin kahlaajatutkimusryhmän konferenssiin, jossa pidän esitelmän lapinsirristä. Jännittää, mutta hyvällä tavalla. Paljon on taas suunnitelmissa tälle syksylle. Sitten onkin jo kaksi vuotta väikkärintekoa takana. Mihin tämä aika kuluu?

Hyvää syyskuuta!

P.S. Anna pyysi ilmoittamaan että lähtee Lappiin samoilemaan viikonloppuna, ja viipyy reissussa jonkin aikaa, eli ensi perjantaina on tauon paikka.

Nelli

Ahmajahdissa!

2011-08-23T15:01:00.005+03:00

Heippa!

Mietin jo kesällä, vieläkö meidän kannattaa projektissamme yrittää pannoittaa lisää ahmoja. Julkaisujen tehtailu eli kirjoittaminen olisi tällä hetkellä kiireellisyydessään ykkösenä ja aikakin on melko kortilla. Toisaalta taas tähän mennessä keräämäni aineistot eivät vielä täysin riitä about neljään tieteelliseen artikkeliin, joista väitöskirjan tulisi koostua. Niinpä päätin, että yritetään vielä tänä syksynä! Tämän jälkeen alkaakin olla liian myöhäistä pannoittaa tämän väitöskirjatyön puitteissa.

Niinpä olen ollut viimeiset pari viikkoa Kainuussa "ahmajahdissa". Toisin sanoen käyn joka aamu tarkistamassa loukun, jolla yritämme ahmaa pyydystää. Vien sinne tarvittaessa lisää lihaa ja tarkistan liiketunnistimella varustetun kameran. Tähän mennessä kamera on ottanut videopätkiä ainoastaan minusta, parista närhestä ja heiluvista oksista :) Närhien takia olen viime aikoina laittanut loukun ulkopuolella olevat syötit kivien alle, ja viime yönä joku oli käynyt syömässä lihat -mutta kameraan ei ollut tallentunut mitään. Jännää! Alla kuva loukusta.

Loukun vasemmassa päädyssä näkyy narun päässä roikkuva lihasyötti, joka on kuorrutettu naudan verellä. Loukun oikeassa päädyssä näkyy luukku, joka rämähtää alas, kun eläin nykäisee narun päässä olevaa syöttiä. Häkki on sen verran pitkä, että nykäistessään syöttiä ahma on riittävän kaukana luukku-päädystä, eikä siis voi jäädä putoavan luukun alle.

Emme ole maisemoineet loukkua juurikaan, koska siitä ei tunnu olevan hyötyä ahman houkuttelussa. Ainoastaan ritiläpohjan olemme peittäneet sammalilla, jotta se tuntuisi tutummalta ahman tassuun. Muutamista puun rungoista teimme myös johteita loukun sisäänmenoaukon suuntaan. Olen melko varma, että puusta valmistetut loukut, joita mm. Pohjois-Amerikassa on käytetty, toimisivat paremmin ahmankin kohdalla. Moni eläin tuntuu vierastavan metallirakenteita. Meillä ei kuitenkaan valitettavasti ole käytössä puusta valmistettuja, riittävän järeitä loukkuja.

Loukun paikan valinta ei aina ole helppoa. Ahmat liikkuvat hyvin laajalla alueella (uroksen elinalue voi olla jopa useita tuhansia neliökilometrejä), joten usein on ahmanpyynti tuntuu samanlaiselta hakuammunnalta kuin neulan etsiminen heinäsuovasta. Täällä Kainuussa kuitenkin sain vihjeen eräästä alueesta, jolla on nähty n. kuukausi sitten kolme ahmaa. Kyseessä on siis todennäköisesti emo ja sen kaksi edellistalven pentua. Tällaisten emo-pennut-ryhmien elinalueen koko on yleensä huomattavasti pienempi kuin uroksilla ja yksin liikkuvilla naarailla. Siispä päätimme viedä loukun alueelle, jolla kyseinen näköhavainto oli tehty. Minne tahansa loukkua ei voi kuitenkaan viedä. Tässä muutamia seikkoja, jotka tulisi ottaa huomioon loukun sijoittamisessa:

* Ihmistoiminta: loukun tulisi sijaita rauhallisella alueella ja riittävän kaukana asutuksesta
* Maanomistus: meillä on haaskan- ja loukunpitolupa valtion mailla (myös yksityisten mailla, jos on saatu lupa maanomistajilta)
* Tien läheisyys: häkki painaa sen verran paljon, ettei sitä jaksa kantaa kovin kauas peräkärrystä
* Metsän laatu: ei kovinkaan tärkeä, kunhan loukkua ei sijoita ihan hakkuuaukean keskelle. Ahmat tuntuvat suosivan taimikkoja ja vaikeakulkuisia tiheikköjä, eli liian hyvin hoidetut puupellot eivät ehkä ole parhaita mahdollisia paikkoja.
* Hajun leviäminen: aivan notkelmaan loukkua ei kannata sijoittaa, jos haluaa, että haaskasta lähtevä haju leviäisi mahdollisimman tehokkaasti

Löysimme loukulle melko hyvän paikan -tai niin ajattelimme silloin, kun loukun paikalle veimme. Maasto oli ahmalle oikein sopivaa risukkoa, taimikkoa ja vanhempaakin kuusikkoa rauhallisella metsä-suo-kuviolla, kaukana asutuksesta. Minun tuuriani tietenkin oli, että heti loukun maastoon viemistä seuraavalla viikolla loukun läheisyyssä alettiin tehdä avohakkuita, salaojatöitä ja tienparannustöitä. Suuret metsäkoneet, rekat ja kuorma-autot jyrisevät loukun ympärillä päivisin, joten en yhtään ihmettele, jos ahmatkin väistyvät hiukan syrjemmälle. Hakkuut ovat jo onneksi loppumassa, joten emme ainakaan vielä ole siirtämässä loukkua uuteen paikkaan. Olisi kyllä mukavaa saada ahma pannoitettua täällä. Pääsisimme Johka-koiran kanssa maastotöihin aivan kotikonnuille :)

Loukun vahtiminen ei onneksi vie kovin paljoa työaikaani, joten ehdin hyvin myös työstämään kässäreitäni apurahahakemusten kirjoittamisen ohella. Lisäksi olen jo suunnitellut esitystäni tulevaan Kaamos Symposiumiin. Tämä on kyllä ehkä vielä hiukan aikaista, koska kys. tapahtuma on vasta joulukuussa.

Anni

Elektrofysiologiaa

2011-08-19T09:39:00.003+03:00

Heissan!

Kesäloma on lusittu ja olen palannut niin sanotusti sorvin ääreen eli harjoittelemaan intrasellulaarimittauksia. Päivät ovat venyneet jopa 11-tuntisiksi (no joo, ei se vielä mitään mutta en oo toistaiseksi jaksanut olla kovin myöhään illalla…) jos illansuussa on löytynyt hyviä soluja. Ja kun minusta on kyse, kömmähdyksittä ei ole selvitty. Sössin päivittäin jotain, joko preparaatin kriittiset hetket tai jotain mittauspöytäkirjoihin liittyvää. Ja tietenkin kohtelen laitteita roppakouraisesti. Lisäksi huomasin alkuviikosta, että osa käytössäni olevista stimuluksista ei ole sitä mitä ne väittävät olevansa. Turhautumisensietokyky taas kasvaa. Parhaiten yleensä onnistuu, kun muistaa syödä hyvän välipalan iltapäivällä niin, ettei nälkäkiukku pääse turhauttamaan fiilistä labrassa.

En nyt horise tässä tämän enempää, sillä saatte lukea ryhmämme tutkimuksesta toisen ryhmänjohtajamme, Mikon, haastattelusta Tietysti.fi:ssä. Haastattelussa on myös kuva käyttämästäni hyönteisten virtuaalimaailmasta.

Haluatko tietää, miten mehiläinen ajattelee?

Seuraavaan kertaan,

Hyviä uutisia!

2011-08-12T14:16:00.001+03:00

Ensimmäinen, ihkaoikea neljän viikon kesäloma on nyt lusittu. Puolet lomasta meni flunssassa sohvalla maaten (tulipahan levättyä). Tietokoneen ääressä on hankala olla, ja tuntuu että kaikki biologiaan liittyvä on kadonnut päästä (ehkä rään mukana?). Tyhmä olo. Mutta eiköhän se tästä, kun vauhtiin pääsee.

Sain pari viikkoa sitten arvioitsijoiden kommentit ensimmäiseen käsikirjoitukseeni. Pidin eritoten lauseista: "The paper is very well written", "The many complicated analyses are of the highest standard" ja "I enjoyed reading the manuscript". Tämä tarkoittaa sitä, että ellen kovin kauheasti kämmää korjausehdotuksia, joita arvioitsijat kehottivat minua tekemään, saan kenties pian julkaistua ensimmäisen väitöskirjatyöni! Mahtavaa!

Juttu käsittelee siis lapinsirrin koko levinneisyysalueen geneettistä historiaa ja populaatiorakennetta (eli fylogeografiaa) mitokondrio-DNA:n ja mikrosatelliittien avulla tutkittuna. Edellämainittujen kivojen kommenttien lisäksi arvioitsijat ehdottivat tehtäväksi muutaman hieman työläämmän jutun, sekä kaikenlaista pientä. Meidän pitää mm. tehdä populaatiorakenneanalyysi uudestaan, koska aiemmin tietokoneohjelman asetukset olivat pielessä (analyysi raksuttaa tuossa parast´aikaa). Lisäksi meidän pitää ajoittaa kahden löydetyn mtDNA-linjan erkanemisajankohta - tai oikeastaan melko laaja aikahaarukka, jonne eroaminen sijoittuu (ajoittaminen riippuu sekvenssin mutatoitumisnopeudesta, ja mtDNA:n kontrollialueen mutaatiovauhtiarviot vaihtelevat kovin). Tarkoituksena on myös pohtia enemmän mahdollisia syitä selkeän populaatiorakenteen puuttumiselle. Nämä ovat ne aikaavievimmät, ja loput hoituvat toivon mukaan nopeasti.

Hyviä uutisia siis tällä kertaa! Nyt peukut pystyyn että kaikki sujuu leppoisasti!

Nelli

Tieteellistä ahmakeskustelua

2011-07-11T14:13:00.004+03:00

Hei!

Koska minulla ei ole mitään uutta kerrottavaa työn saralla (kässäreiden kirjoittaminen jatkuu edelleen), ajattelin referoida teille pari uutta ahmajulkaisua. Samalla saan itsekin kahlattua ne läpi :)

Kaikki kolme juttua on julkaistu Population Ecologyssä. Yksi niistä on varsinainen, alkuperäinen artikkeli, seuraava tähän liittyvä lyhyt kommenttipaperi ja kolmas taas alkuperäisten kirjoittajien vastaus kommentteihin. Minun väikkäriaiheeseeni nämä eivät suoranaisesti liity, mutta on toki hyvä pysyä ajan hermoilla oman tutkimuslajinsa kanssa. Tämä on myös hyvä esimerkki siitä, kuinka tieteelliset julkaisusarjat eivät ole pelkästään omien papereiden julkaisuvälineitä, vaan niitä voidaan käyttää myös keskusteluun ja tieteelliseen väittelyyn. On mukavaa (ja omalta kannalta pelottavaa, heh) tietää, ettei juttujen arviointi ole aina pelkästään refereiden varassa, vaan toisinaan myös kriittiset lukijat saattavat puuttua asiaan, jos huomaavat tekstissä jotain omituista.

Aluperäinen artikkeli käsittelee ilmastonmuutoksen aiheuttaman lumipeitteen ohenemisen vaikutuksia ahman populaatiodynamiikkaan. Lumi on merkittävä komponentti ahman habitaattivaatimuksissa: ahmat synnyttävät poikasensa lumiluolaan ja niillä on monia, mm. fysiologisia adaptaatioita lumisiin olosuhteisiin. Tutkimuksessa oli havaittu, että lumipeite oli ohentunut selvästi lähes koko tutkimusalueella (alueita Pohjois-Amerikasta) vuosina 1970-2004. Oleellista tätä artikkelia seuraavan keskustelun kannalta on se, että tutkimusaineistona on käytetty turkistilastoja (eli kuinka paljon ahmaa on metsästetty kys. vuosina). Tutkimuksessa pääteltiin, että koska ahmasaaliiden määrä laski samalla, kun lumipeite oheni tutkimusalueella, lumen syvyydellä on merkittävä vaikutus ahman populaation pienenemiseen.

Seuraavassa numerossa McKelvey ja kumppanit kritisoivat Brodien ja Postin artikkelia toteamalla mm., että ilmastonmuutoksen lisäksi myös samalle tutkimusjaksolle ajoittuvat ns. yleiset antropogeeniset eli ihmisestä johtuvat vaikutukset (mm. maankäytön ja elinympäristöjen muutokset) voivat aiheuttaa ahmakannan pienenemistä. Lisäksi he kritisoivat turkistilastojen käyttöä: heidän mielestään saalismääriä ei voi pitää suorana mittarina ahmakannan koosta. Metsästyksen määrään voi vaikuttaa sekä metsästäjien panostus harrastukseensa että lajin saatavuus. Panostukseen taas voivat vaikuttaa mm. turkiksen hinta, sääolot ja kustannukset. Populaation koko voi vaikuttaa lajin saatavuuteen, mutta toinen vaikuttava tekijä on se, sattuvatko metsästäjien luvat hyville vai huonoille lajin esiintymisalueille. Samassa numerossa on myös toinen, samansuuntainen kommenttipaperi.

Samassa numerossa Brodie ja Post vastaavat tyrmäämällä huolellisesti kaikki esitetyt kritiikit. Vastaus on pitkälti tilastollista jargonia, jota on hiukan vaikea ymmärtää. Joka tapauksessa kirjoittajat myöntävät, että osa saalismäärän pienenemisestä voi toki johtua myös metsästäjien erilaisesta käyttäytymisestä/panostuksesta. Artikkelin lopussa todetaan ahman uhanalainen tilanne ja päädytään tunteisiinvetoavaan lopputoteamukseen: "While our most urgent need is for additional field data, to eschew all other sources of information based on a philosophical bias is irresponsible and risks throwing the proverbial baby out with the bathwater."

Ehkä aina ei ole tärkeintä tietää, kenen mielipide on se oikea. Usein merkityksellisintä saattaa olla se, että nostetaan esille riittävän monta eri vaihtoehtoa. Harva asia biologiassa on mustavalkoista, ja usein ilmiö selittyy usean tekijän yhteisvaikutuksella.

Tällaista tällä kertaa. Rentouttavaa lomaa kaikille, ketkä sellaista viettävät. Itse en raski pitää kunnon lomaa, koska tuntuu, että en ole saanut muutenkaan riittävästi aikaiseksi nyt keväällä ja alkukesällä. Mutta ensi viikolla lähden viikoksi Lappiin vaeltamaan ja rentoutumaan. Jospa siellä kävelis ahma vastaan :)

Anni

Artikkelit:

* Brodie & Post (2010): Nonlinear responses of wolverine populations to declining winter snowpack. Population ecology 52: 279-287.

* McKelvey et al. (2011): Comments on Brodie and Post: Climate-driven declines in wolverine populations: causal connection or spurious correlations? Population ecology 53: 263-266.

* Brodie & Post (2011): Wolverines and declining snow pack: responses to comments. Population ecology 53: 267-269.

Journal Club #2 - Lentämisen evoluutiosta

2011-07-08T08:58:00.005+03:00

Viimeinen työpäivä ennen lomaa, jee! Loman takia jätän kolmen viikon päästä olevan kirjoitusvuoroni väliin. Näin loman alla on kiva kertoa hyviä uutisia: Sain koejärjestelyni toimimaan ja olen päässyt labrahommiin viime viikosta alkaen! Laitteiston käyttö alkaa sujua, mutta kunnollisia mittauksia en ole vielä saanut. Elektrofysiologisissa mittauksissa on kuulemma ihan normaalia, että homma alkaa sujua vasta muutaman turhautumisen jälkeen. En siis anna periksi. Loma katkaisee harmittavasti hyvän alun, mutta siitä en valita!

Omien touhujeni sijaan ajattelin tänään taas pitää pienen kirjallisuuskatsauksen. Innostuin viime viikolla valtavasti BBC:n tiedeuutisesta, jonka otsikko kuuluu vapaasti suomennettuna: Lintujen räpyttelyjuoksu on avain lentämisen evoluutioon. Alkuperäisen artikkelin julkaisi The Journal of Experimental Biology, ja siihen pääsee ainakin yliopiston verkosta käsiksi täällä.

Monenlaisten "esilintujen" ja jopa höyhenpeitteisten dinosaurusten fossiileja on aikojen saatossa löytynyt useita. Höyhenten on oletettu toimineen alun perin lämmönsäätelyssä ja soidinmenoissa visuaalisena houkuttimena. Selvää on, että kaikki muinaiset höyhenpeitteiset eläimet eivät ole osanneet lentää. Tutkijoita on askarruttanut pitkään, kuinka linnut ovat pystyneet muuttumaan kävelevistä ja kiipeilevistä kantamuodoista lentäviin. On mm. ehdotettu, että linnut olisivat hyppineet maasta ylös siipiään räpytellen, tai loikkineet puista alas hidastaen putoamista siivillään. Näille hypoteeseille ei kuitenkaan ole todisteita. Tässä esittelemäni artikkeli valottaa siirtymää maan pinnalta ilmaan nerokkaalla tavalla.

Tutkijoiden huomio oli kiinnittynyt vuoripyyn (Alectoris chukar) tapaan juosta jyrkät ylämäet siipiään räpytellen lentämisen sijaan. Myös lentämään opettelevat linnunpoikaset käyttävät samaa tekniikkaa, ja aikuisten pulujen voi nähdä räpyttelyjuoksevan ylös harjakattoja pitkin. Kyseessä on siis hyvin laajalle levinnyt liikkumistekniikka linnuilla. Tutkijat muodostivat hypoteesin, että räpyttelujuoksu (engl. wing-assisted incline running, WAIR) on lentolihaksia vähemmän rasittavaa kuin lentäminen. Hypoteesin mukaan räpyttelyjuoksulla siis voi saada nopeusedun räpyttelemättä juokseviin lajitovereihin nähden vaikka siivet eivät olisi lentämiseen soveltuvat, ja luonnossa muutama millisekunti erottaa nopeat kuolleista. Ajan saatossa kilpailu siitä, kuka räpyttelyjuoksee nopeimmin, on johtanut siipisulkien evoluutioon kohti tehokkaampaa (juoksunaikaista) aerodynamiikkaa ja siipiä liikuttavien rintalihasten voimistumiseen. Jossain vaiheessa joku esilintu on ollut niin timmi ja tiivissiipinen, että on juoksun aikana noussut ilmaan saalistajansa ulottumattomiin. Sen jälkeen rajana oli kirjaimellisesti vain taivas.

Miten hypoteesia sitten testattiin? Koe-eläimeksi valittiin pulu (Columba livia), koska räpyttelyjuoksu kuuluu pulujen luonnolliseen käyttäytymiseen, ja niiden lihasten toiminta ja siipien liikkuvuus lennon aikana tunnetaan entuudestaan hyvin. Kokeessa käytettiin kolme aikuista pulua, jotka opetettiin räpyttelyjuoksemaan ylös kahden metrin mittaista lankkua 65 ja 85 asteen kulmassa. Räpyttelyjuoksun lisäksi linnut suorittivat kokeessa nousulennon n. 80 asteen kulmassa, laskeutumislennon n. 60 asteen kulmassa (tällä pystytään testaamaan puusta alas –hypoteesia lentämisen evoluutiosta) sekä vaakalennon. Lentolihaksen toimintaa mitattiin suoritusten aikana, ja mittaukset synkronoitiin suorituksesta otetun videon (250 kuvaa sekunnissa) kanssa, jotta voitiin varmistaa, mitä lintu mittauksen missäkin vaiheessa tarkalleen ottaen teki.

Lintuihin istutettiin kirurgisesti ihonalaisia elektrodeja ja muuttimia , joilla voitiin mitata motoristen yksiköiden rekrytointia (eli alfamotoneuroneiden hermottamien lihassolujen käyttöönottoa lihassupistuksen aikana) sekä lihakseen kohdistuvaa rasitusta ja venymistä. Elektromyografista aktiivisuutta (EMG, "lihassähkökäyrä") mitattiin rintalihaksen etuosasta hopealankaelektrodeilla, ja lihaksen pituutta samalta alueelta sonomikrometriaksi kutsutun tekniikan avulla, joka mittaa etäisyyttä kahden pietsosähköisen kiteen välillä äänisignaalien avulla. Lihaksen lepopituus mitattiin pulun istuessa orrella siivet lepoasennossa ja lentolihakset levossa. Lihaksen venyminen mitattiin kullekin suoritukselle erikseen ja useita kertoja. Lihaksen voimantuottoa mitattiin venymäliuska-anturilla olkaluun tuntumasta.

Mittausten jälkeen linnut lopetettiin natriumpentobarbitaalilla, ja mittausanturien tarkat sijainnit lentolihaksen sisällä tarkistettiin. Olkaluu venymäliuska-antureineen irrotettiin ja kiinnitettiin laitteeseen, joka mittasi lihasten vääntövoimaa ja luihin kohdistuvaa vääntöä. Näin saatiin venymäliuska-anturille kalibrointikertoimet kullekin siiven asennolle. Lihassyykimppujen keskimääräinen pituus määritettiin rintalihaksesta. Rinta- ja sen alapuolinen supracoracoideus-lihas punnittiin 0,1 gramman tarkkuudella. Mittausten ja videoiden perusteella määritettiin erilaisia lihastoiminnan mittoja, kuten lihaksen tekemä työ ja siiveniskun kesto, ja aineistolle suoritettiin tilastollisia testejä.

Tuloksia:

Siipien liike eroaa räpyttelyjuoksussa lentämisestä siinä, että siipiä ei räpyttelyjuoksun aikana isketä täysin alas (vaikka se lankkua pitkin juostessa olisi mahdollista). Rintalihaksen EMG-signaalin amplitudi räpyttelyjuoksun aikana on noin kymmenesosa vastaavan lennon aikaisesta, ja lihasten aktivoitumisesta kertovien EMG-purskeiden kesto oli merkitsevästi lyhyempi räpyttelyjuoksun aikana lentämiseen verrattuna. Voimantuoton ja lihaspurskeiden alun ja lopun ajoitus erosivat myös räpyttelyjuoksun ja lennon välillä. Rintalihaksen massasta riippuva voimantuotto oli nousulennon aikana huikeat 142±48 W/kg verrattuna 65 asteen räpyttelyjuoksun tuottamaan 11±1 W/kg. Jyrkempikin räpyttelyjuoksu oli merkittävästi vähemmän voimaa tuottavaa kuin nouseva tai tasalento, ja samanlainen mutta pienempi ero oli verrattuna laskeutumislentoon. Lihasten venyminen, lihaksen kokonaisrasitus ja lihaksen supistuspituus tukevat myös hypoteesia, jonka mukaan lentolihakset tekevät vähemmän työtä räpyttelyjuoksun kuin lentämisen aikana.

Koe todisti, että lentämään opettelevat ja uupuneet aikuiset linnut voivat hyötyä räpyttelyjuoksusta paetessaan jalan liikkuvia saalistajia. Täysissä voimissaan olevat aikuiset linnut voivat käyttää räpyttelyjuoksua ylöspäin liikkumiseen säästääkseen voimiaan myöhempää lentoonlähtöä varten. Tämän lihastutkimuksen perusteella on hyvin todennäköistä, että lentämisen evoluutiossa räpyttelyjuoksu ja putoamisen hidastaminen räpyttelemällä ovat olleet väliportaita jalkaisin liikkumisesta lentämiseen siirryttäessä.

Lähde: Jackson B. E., Tobalske B. W. & Dial K. P. (2011): The broad range of contractile behavior of the avian pectoralis: functional and evolutionary implications. J. Exp. Biol. 214: 2354-2361.

Vielä on pakko mainita toinen hauska höyhenpukuun liittyvä BBC:n tiedeuutinen otsikolla: Lintufossiilit paljastavat elämän värikkään kemian. Manchesterin yliopiston tutkijat skannasivat röntgensynkotronilla kaksi fossiilinäytettä: 110 miljoonaa vuotta vanhan Gansus yumenensis -nimisen vesilinnun ja 120 miljoonaa vuotta vanhan Confuciusornis sanctus -nimisen linnun, jolla oli fossiiliaineistossa ensimmäinen hampaaton nokka. Tarkoitus oli paljastaa, missä päin eläimen höyheniä on ollut tummaa väripigmenttiä nimeltä eumelaniini. Eumelaniinimolekyyliin on tiettyyn muotoon sitoutuneena kuparimolekyyli, joita näytteistä etsittiin kyseisellä röntgenmenetelmällä. Vaikka itse pigmenttimolekyylit eivät säily fossiileissa, kupari säilyy. Tutkijat pystyivät tekemään lintujen höyhenpuvusta mustavalkorekonstruktion, josta nähdään, missä osissa höyhenpeitettä tummaa eumelaniinia on ollut. Käykää katsomassa kuvat tuosta linkistä!

Nyt toivota kaikille mukavia kesäpäiviä. Palataan asiaan syksymmällä!

Loma alkaa...

2011-07-01T16:05:00.007+03:00

...pian. Vielä pari viikkoa maastohommia, tipoittain kuoriutuvien sirrinpoikasten rengastusta ja niityillä laiduntavien lehmien pakoilua. Sonnit voivat olla äkäsiä kun laumassa on vasikoita, ja eilen oli jännät paikat Hailuodossa kun neljä otusta lähti yhtäkkiä tulemaan aika vauhdilla kohti. Säikähin ja pakenin vähän syvemmälle Perämereen. Lehmät tulivat vain katselemaan ja palasivat pian takaisin lauman pariin. Olipahan mukavan viileä loppupäivä saappaiden ollessa täynnä vettä.

Aija, maastoapulaisemme, rengastaa tässä suosirrin poikasta.

Pari viikkoa sitten kävimme Kattilankallassa lapinsirrihommissa. Satuimme sinne hieman huonojen merisäiden aikaan emmekä meinanneet päästä pois. Keitimme ruuaksi horsmantaimia ja koivunlehtiteetä. Kannibalismiin ei kuitenkaan tarvinut ryhtyä. Yksi sirrinpesä löytyi, mutta siinä oli vasta yksi muna (seuraavana aamuna, kesäpäivänseisaustaikojen jälkeen munia oli kaksi), joten muninta oli vielä kesken. Toiselta puolelta saarta löytyi monta soidinkuoppaa, soiva koiras ja sen seurassa hengaileva naaras, joten mahdollisesti toinenkin pesä saarella on. Tämä tietää uutta reissua saarelle vielä tänä kesänä, mikä on mukavaa.

Aijan käsittelyssä ollut meriharakka.

Suosirrikausi alkaa olemaan lopuillaan. Lapinsirrinpesiä on kuoriutumatta kymmenkunta, ja ne ovat keskittyneet Kattilankallaa lukuunottamatta yhdelle rannalle, joten kerralla saa yleensä hoidettua monta poikuetta. Lapinsirrimaastot ovat mukavia, koska niihin liittyy useimmiten hiekkaranta. Uimassa on käyty kuumien maastopäivien jälkeen jo monta kertaa.

Tauvo ja Aijan varpaat.

Hyvää heinäkuuta!

Nelli

P.S. Nähdään elokuun lopulla!

Hauskaa juhannusta!

2011-06-23T10:02:00.005+03:00

Moi!

Minullakaan ei ole mitään uutta, mullistavaa kerrottavaa. Viimeksi kerroin, että olen piakkoin saamassa tulokset kahdesta eri aineistosta, ja tässä asiassa on onneksi tapahtunut edistystä. Toisesta aineistosta saimme ohjaajani kanssa tulokset irti toissapäivänä, taisteltuamme useita tunteja erään nimeltämainitsemattoman tilasto-ohjelman kanssa. Tosin eilen huomasin, että emme tainneetkaan tehdä ihan kaikkia tarvittavia analyysejä. Itselläni ei ole mahdollisuutta käyttää kyseistä tilasto-ohjelmaa, joten minun ilmeisesti täytyy nyt odottaa, että ohjaajani palaa juuri alkavalta lomaltaan takaisin töihin. Joka tapauksessa minulla on nyt sen verran tuloksia, että pystyn jo oikein hyvin aloittamaan kässärin kirjoittamisen. Itse asiassa olenkin jo kirjoittanut jonkin verran menetelmiä, tuloksia ja johdantoa. Juttu käsittelee ahman ravintoa (kuten allaoleva sarjiskin?).

En ole varma, tajuanko tuon sarjiksen ideaa, mutta idea suurpedoista nakkikioskilla oli niin huvittava, että oli pakko laittaa tähän. Lähde: www.seppo.net

Toisestakin aineistostani saimme jo alustavat tulokset, mutta joitakin lisäselvityksiä tarvitaan vielä. Luultavasti saamme lopulliset tulokset viimeistään heti juhannuksen jälkeen, ja pääsen todenteolla kirjoittamaan tätäkin kässäriä. Olen jo vähän kirjoittanutkin menetelmiä ja johdantoa. Tämä aineisto käsittelee ahman habitaatin valintaa ja erityisesti suden vaikutusta.

Tässä paras löytämäni yhteiskuva ahmasta ja sudesta ;)
Lähde: rosswoodstudlar.blogspot.com

Vaikka olenkin kässärien kirjoittamisessa vielä aivan alkuvaiheessa, olen jo päässyt huomaamaan, kuinka vaikeaa kirjoittaminen voi olla. Olen aina pitänyt kirjoittamisesta, oman tekstin luomisesta, ja ehkä jotenkin naiivisti ajattelin, että kässärienkin kirjoittaminen on minulle helppoa. Hah! Voin kertoa, että on hiukan helpompaa kirjoitella omaksi ilokseen pieniä novelleja ja pöytälaatikkorunoja kuin tuottaa tieteellistä, tietyn rakenteen omaavaa, englanninkielistä tekstiä. Mutta uskon, että tässäkin harjoitus tekee mestarin ja ehkä sitten joskus sen kolmannen kässärin aloittaminen on hiukan helpompaa.

Tällaista se joskus on:

(lähde: www.phdcomics.com)

Vihreää, koivulta tuoksuvaa juhannusta kaikille!
Anni

Tylsää

2011-06-17T13:04:00.002+03:00

Terve taas!

Edellistä päivitystä kirjoittaessani olin aivan varma, että tämänviikkoinen tekstini käsittelisi taas jotain mielekästä omaan tutkimukseen liittyvä. Ylläri-pylläri, eipä käsittelekään.

Koejärjestelyni kanssa on ollut pieniä ongelmia ja ohjaajani on keskittynyt viimeisen viikon ajan täysillä käsikirjoituksensa viimeistelyyn. Itse olen lähinnä lukenut (arvatkaa, kuinka tylsää on pitemmän päälle lukea vain siksi, että ei ole muutakaan!), koska työselostusten tarkistamistakaan ei enää tälle keväälle ole.

Boringe. I has it.

Onneksi sentään on kesä. Illalla voin käydä purkamassa patoutumiani rullaluistimilla tai möyhentää multaa parvekkeella tai viljelypalstalla. Sen lähemmäs biologihommia en juuri nyt pääse. Peukut pystyyn, että seuraavalla kerralla voisin kertoa jotain piristävämpää.

Nauttikaa auringosta!

Maastossa

2011-06-12T20:32:00.002+03:00

Heippa!

Maastokausi on saatu niin kunnolla käyntiin etten ole käynyt yliopistolla pitkään aikaan. Kotona minulla ei ole nettiä joten on melko sattumanvaraista milloin pääsen koneelle - kuten nyt, vanhempieni luona kyläillessäni. Meillä on tässä lähellä, kuten viime kesänäkin, viljelyspalsta Annan kanssa, joten voin palstalla möyrimisen ohessa kätevästi hyödyntää myös netissä käynnit ja blogailun.

Tänä kesänä ollaan päästy tositoimiin sirrien kanssa - pesiä etsimään, emoja pyytämään, rengastamaan ja verinäytteitä ottamaan. Olen seikkaillut maastoapulaisemme Aijan kanssa lähinnä Hailuodossa. Nyt minulla on pitkästä aikaa muutaman päivän hengähdystauko, kun uusia sirriläisiä ei juuri tällä hetkellä ole kuoriutumassa. Ensimmäinen kuoriutumishuippu oli pari viikkoa sitten, toinen tulee lähiaikoina. Vesi nousi alkukesällä niin korkealle että monien suosirrien pesät tuhoutuivat, ja nämä ensi viikolla ja juhannuksen alla kuoriutuvat ovat tuhoutuneiden pesien uusintoja.

Suosirrikausi alkaa olla lopuillaan parin viikon päästä, ja sitten alkaa lapinsirrikausi, joka kestää heinäkuun alkuun. Tauvossa näimme viime keskiviikkona monta lapinsirriä (jei!), ja muutama pesäkin löytyi. Siinä sivussa tuli poltettua nahka aika lahjakkaasti ja heitettyä talviturkki.

Siinäpä pikakatsaus maastohommiin, nähdään muutaman viikon päästä!

Nelli

Ahmahaviksia

2011-06-03T09:23:00.003+03:00

Hei!

Toukokuun Suomen Luonto -numerossa oli pieni juttu ahmoista ja ahmatutkimuksesta. Jutun lopussa oli pieni maininta, jossa pyysin ihmisiä ilmoittamaan minulle ahmahavainnoistaan. Havaintoja tulikin jonkin verran, ja niitä oli todella mielenkiintoista lukea. Hienoa, että ihmiset jaksoivat kirjoittaa melko pitkiäkin kuvauksia kokemuksistaan. Kiitos kaikille tietoa lähettäneille!

Kahdessa sähköpostissa mainittiin havainto, jossa ahma hätyytteli ensin pesivää joutsenparia ja lopulta söi munat joutsenten pesästä. Ahma epäilemättä harrastaa munarosvousta, jos pesiä sen tielle sattuu, mutta munan kuoria on kyllä löytynyt yllättävän vähän ahman ulosteista. Malttaisiko ahma toisinaan jättää kuoret syömättä?

Muitakin mielenkiintoisia havaintoja ilmoituksista löytyi. Osa niistä on tietenkin sellaisia, joita en suoranaisesti pysty omassa tutkimuksessa hyödyntämään, mutta siitä huolimatta näistä havainnoista on suurta iloa ahmoista ja luonnosta kiinnostuneille. Ahman on mm. havaittu ottavan nokosia tasalatvaisten puiden latva-osissa. Itsehän olen maastossa merkinnyt ylös kaikki maasta löytämäni ahman makaukset, enkä ole ajatellut ollenkaan, että ahma saattaisi lepäillä myös puussa.

Eräs havainto tuli Keski-Pohjanmaalta, mikä oli erityisen ilahduttavaa, koska Keski-Pohjanmaan ja Keski-Suomen ahmoja ei ole tutkittu lainkaan. Havainnon mukaan ahma oli mahdollisesti saalistanut metsäpeuran vasan. Paljon olemmekin miettineet, mikä merkitys metsäpeuralla on ahmalle. Metsäpeura on epäilemättä poroa suurempana, pitkäjalkaisempana ja varovaisempana sorkkaeläimenä vaikeampi saalis ahmalle.

Itse tällä hetkellä yritän saada VIHDOINKIN tulokset esiin kahdesta aineistostani. Asia on edennyt odotettua hitaammin monestakin syystä johtuen, mutta nyt jo näkyy vähän valoa tunnelin päässä. Toivon, että tulokset saatuani innostun kirjoittamaan kässärit valmiiksi tehokkaalla vauhdilla. Mitään aikataulua asiasta en ole enää jaksanut tehdä: niin monta suunnitelmaa ja deadlinea tässä on jo mennyt pieleen ;) Tulee olemaan mielenkiintoista kirjoittaa yhtäaikaa kahta kässäriä. Luulen nimittäin, että en malta tehdä ensin toista valmiiksi ja aloittaa toinen vasta sen jälkeen.

Odotan myös kiinnostuneena Oulun yliopiston uuden tutkijakoulun (University of Oulu Graduate School, UniOGS) käynnistymistä. Aiheesta kerrotaan varmasti lisää tässäkin blogissa, kunhan tietoa tulee. Tässä vaiheessa liikkuu mm. kiinnostavia huhuja siitä, että jatkossa meidän laitoksellamme väitöskirjaan saattaisi riittää kolme julkaisua... Tutkijakoulun pitäisi aloittaa toimintansa elokuussa, ja silloin näistä asioista pitäisi jo olla varmaa tietoa.

Itselläni kesä taitaa mennä pääasiassa Oulussa koneella istuen (maastotöitä ei ole tiedossa). Toivoisin tosin, että ehtisin jossain välissä matkustaa läppärin kanssa Kainuuseen kirjoittamaan vähän pitemmäksikin aikaa. Terkkuja isälle ja äidille! :) Ja oikein mukavia kesäpäiviä kaikille blogin lukijoille!

Anni

ps: Tässä kuussa voitte lukea ahmoista Metsästys ja Kalastus -lehdestä.

Journal Club - Hyppivä torakka

2011-05-27T12:51:00.015+03:00

Hei lukijat!

Helsingin Sanomat uutisoi tiistaina tutkijoiden kokoaman top 10-listan viime vuonna raportoiduista uusista eliölajeista. Juttu kannattaa ihan mielenkiinnon vuoksi käydä lukemassa täältä.

Oman mielenkiintoni jutussa herätti Saltoblattella montistabularis, heinäsirkkojen tapaan hyppivä torakka Etelä-Afrikasta. Kerron tällä kertaa tästä erikoisuudesta. Kirjoitukseni perustuu Arthropod Systematics & Phylogeny-sarjassa julkaistuun lajikuvaukseen, joka on vapaasti saatavilla täällä. Käykää katsomassa ainakin kuvat! Kirjoittelen tähän auki yleistajuisia asioita. Tarkempaa tietoa kaipaavat saavat lukea artikkelin itse.

Ensimmäiset havainnot lajista tehtiin vuosina 2006 ja 2007 Kapkaupungin Pöytävuorelta, Etelä-Afrikasta. Tätä ennen hyppiviä Dictyoptera-lahkon hyönteisiä on tunnettu ainoastaan myöhäisen jurakauden fossiiliaineistosta. Sen lisäksi, että hyppivä torakka on uusi laji, se myös kuuluu kokonaan uuteen sukuun. Suvun nimi Saltoblattella koostuu latinan hyppimistä tarkoittavasta sanasta saltare ja pientä torakkaa tarkoittavasta sanasta blattella (blatta = torakka). Lajin nimi montistabularis on genetiivi Pöytävuoren latinankielisestä nimestä Mons Tabularis. Suomennettuna tämän hyönteisen tieteellinen nimi siis tarkoittaa Pöytävuoren hyppivää pikkutorakkaa. Tähän mennessä lajia ei ole tavattu mistään muualta kuin Pöytävuorelta. Virallista suomenkielistä nimeä tällä torakalla ei taida vielä olla, joten kutsun sitä tässä hyppiväksi torakaksi tai hyppytorakaksi.

Ulkonäkö

Hyppivä torakka on vajaan sentin mittainen ”niskakilven” etureunasta takaruumiin takakärkeen mitattuna. Lenninsiipiä ei ole lainkaan, ja peitinsiivet ovat yhden millimetrin mittaiset tyngät. Tuntosarvet ovat ruumista pidemmät, ja takajalat ovat mittasuhteiltaan samankaltaiset kuin heinäsirkoilla. Etummainen ja keskimmäinen jalkapari ovat mittasuhteiltaan torakkamaiset. Naaraan takajalka (poisluettuna nilkkajaokkeet) on vähän ruumista pitempi, koiraan hieman lyhempi.

Hyppytorakan verkkosilmät ovat pallomaiset ja sijaitsevat tuntosarvien takapuolella. Pallomaiset silmät takaavat laajan näkökentän, ja oletettavasti tällä hyppimällä liikkuvalla päiväaktiivisella lajilla on torakaksi varsin hyvä näkö (Tätä olisikin kiinnostavaa tutkia!).

Perusväritys on koiraalla punaoranssi, naaraalla keltaoranssi (katso alkuperäisartikkelin kuvat 1A-D (koiras) ja 1E-F (naaras)). Molemmilla sukupuolilla kyljissä kulkee vaalea rantu. Naaraan ruumiissa on kauttaaltaan enemmän tummaa pigmenttiä, ja hyppyjalat ovat selvemmin pilkulliset kuin koirailla. Naaraan kantamassa neljä millimetriä pitkässä munakotelossa (kuva 1F) on yhteensä 11 munaa. Naaras kuljettaa munakoteloa mukanaan päivän tai kaksi ennen kuin jättää sen oman onnensa nojaan kuoriutumaan.

Biologia

Hyppivän torakan ”koti” Pöytävuorella kuuluu Fynbos-biomiin, joka ilmeisesti luettaisiin koulukirjoissa välimerenkasvillisuuteen. Biomin lajirunsaus on suuri, ja siellä esiintyy paljon kasvi- ja eläinlajeja, joita muualta ei löydy. Hyppytorakat viihtyvät alueilla, jonka kasvillisuus on matalaa mutta tiheää yksivuotista heinää ja saraa.

Aikuisia hyppytorakoita on löydetty Pöytävuorelta helmikuun ja huhtikuun lopun välisenä aikana, eli eteläisen pallonpuoliskon loppukesällä. Nuoria yksilöitä ei ole löydetty. Aikuiset hyppytorakat ovat aktiivisia päiväeläimiä, jotka liikkuvat erikokoisin loikin tai vilkkaasti kävellen muiden torakoiden tapaan. Luonnollisia ravintokasveja ei tiedetä, mutta vankeudessa hyppytorakat syövät monenlaista kasvimateriaalia.

Hyppytorakan tarkka sijoittuminen ”torakoiden sukupuuhun” ei ole vielä selvillä, mutta se kuulunee heimojen Blattellidae ja Blaberidae muodostamalle oksalle. Artikkelin kirjoittaja sijoittaa sen alustavasti Blattellinae-alaheimoon.

Lähde: Bohn H., Picker M., Klass K.-D. & Colville J. 2010: A jumping cockroach from South Africa, Saltoblattella montistabularis, gen. nov., spec. nov. (Blattodea: Blattellidae). Arthropod Systematics & Phylogeny 68: 53-69.

Lopuksi päivän AWWW! –biologiauutinen: Valkoinen kiivinpoikanen. Rengastas tuo, Nelli!

Reipasta viikonloppua,

Wuhuu!

2011-05-22T11:45:00.003+03:00

Nyt se on sitten lähetetty, ensimmäinen artikkeli, ensimmäistä kertaa lehteen! Perjantai-iltana kello kahdeksan painoin Submit-nappia. Hymy oli melko herkässä. :) Maastokausikin alkoi pari viikkoa sitten, joten nyt joudan sitten keskittymään täysillä sirrilöiden etsimiseen artikkeli ollessa vähän aikaa pois käsistä, odottamassa editorien päätöstä (pidetään peukut pystyssä että se hyväksytään).

Hailuodosta on löytynyt jo monta suosirrin pesää. Ainakin kolmella pesällä toinen emoista on ollut renkaaton, mikä tarkoittaa sitä, että immigraatiota näyttäisi olevan ihan kivasti meneillään. Hailuoto, ja muutkin Perämeren tutkimusalueemme kolutaan joka vuosi läpikotaisin. Kaikki pesät etsitään ja emot ja poikaset rengastetaan. Näin on tehty jo 90-luvulta alkaen, joten kaikki renkaattomat linnut voidaan luotettavasti määritellä jossain muualla syntyneiksi. Immigraatio on tärkeää varsinkin pienten populaatioiden elinkyvyn kannalta (hieman geenivirtaa ei ole koskaan pahitteeksi), joten on mukava nähdä että Perämerelle tulee lintuja.

Kesäkuun alusta tulee kiireinen, jos kaikki löytämämme pesät säilyvät ehjinä poikasten kuoriutumiseen asti. Yksi pesä löytyi viime viikolla syötynä, mutta emot olivat jo kiivaasti aloittelemassa uutta pesintää. Muninnasta kuoriutumiseen kestää noin kolme viikkoa, jonka jälkeen alkaa ahkera poikasten rengastus.

En ole vielä rengastanut suosirrejä, mutta muutama viikko sitten kävin Tauvon rengastusasemalla harjoittelemassa rengastusta pikkulinnuilla. Pystytimme verkot ehkä noin puolen kilometrin matkalle, jonka kiersimme tunnin välein lähes vuorokauden ympäri (yöllä oli muutaman tunnin tauko). Yleensä verkkoihin oli jäänyt muutama lintu, jotka sitten irrotimme ja rengastimme. Eniten oli järripeippoja ja peippoja, mutta myös punarintoja ja tiaisia oli jonkin verran. Söpöin tapaus oli töyhtötiainen, hyvin pieni ja kaunis töyhtöineen ja viininpunaisine silmineen. Kaikille linnuille piti lässyttää koko ajan (tapa, josta varmaan pääsisi eroon jos rengastusta harjoittaisi jatkuvasti).

Huomenna jatkuvat siis maastohommat. Mikäli ilmat sen sallivat, tarkoituksena on pyytää renkaattomat emot pesiltään ja rengastaa ne. Tämä helpottaa sitten työmäärää poikasrengastusvaiheessa, kun emoja ei enää tarvitse rengastaa.

Nyt sunnuntain viettoon ja ulkoilemaan. Nähdään muutaman viikon päästä!

Nelli

Epävarmuudesta

2011-05-13T20:06:00.003+03:00

Heippa!

Olen tainnut jo aikaisemminkin kirjoittaa jotain tutkijan työn epävarmuudesta, mutta koska tiedän muutamien alaa harkitsevien seuraavan tätä blogia, on hyvä kerrata tärkeä asia. Tarkoitus ei missään nimessä ole peloitella ihmisiä tai mustamaalata alaa. Ihmisten vaan on mielestäni hyvä tiedostaa ja sisäistää tämäkin piirre tutkijan työssä, ettei se sitten ainakaan tule kenellekään yllätyksenä.

Määräaikaiset työsuhteet eli tuttavallisemmin pätkätyöt ovat vakiintuneet yhdeksi työmuodoksi aina 1990-luvun taloudellisesta lamasta lähtien läpäisten niin julkisen kuin yksityisenkin sektorin palkkatyön. Ne ovat vastakkaisia normaalityön ideaalille, jota jäsentää ajatus elämänmittaisesta kokoaikatyöstä yhden työnantajan alaisuudessa. Epätyypilliset työsuhteet ovat yleistyneet kaikissa ikäluokissa, mutta eniten ne ovat kohdistuneet nuoriin työmarkkinoille siirtyviin henkilöihin. Työmarkkinoille siirtyminen ei ole enää yksinkertainen askel taloudellisesti itsenäiseen elämään, vaan nuorten ja nuorten aikuisten on oltava valmis joustamaan ja sopeutumaan epävarmuuteen, koska vaihtoehdot ovat kovin vähäiset. Nykyään Suomessa tehdään enemmän pätkätöitä kuin muissa pohjoisen Euroopan maissa.

Apurahalla työskentelevän jatko-opiskelijan työ on hyvä esimerkki pätkätyöstä, jossa suurin epävarmuustekijä on yleensä rahoitus. Suomessa on kymmeniä apurahasäätiöitä, mutta silti rahoituksen saaminen tuntuu toisinaan olevan melko haastavaa. Myös rahoituskausien lyhyys lisää epävarmuutta: itse en ainakaan jaksaisi kauheasti innostua parin kuukauden apurahasta, kun kuitenkin joutuisi heti aloittamaan uusien apurahojen hakemisen. Onneksi pääsin erään rahaston ”apurahaputkeen”, eli saatuani rahoituksen ensimmäiseksi vuodeksi, sama säätiö myönsi rahoituksen myös toiselle ja kolmannelle vuodelle. Varmuutta tästä ei tietenkään koskaan ollut, vaan aina joutui jännittämään myöntöpäivään asti. Harmi vaan, ettei ainakaan oma väitöskirjaprojektini ole toteutettavissa kolmessa vuodessa, eli jostain olisi vielä löydettävä rahoitus yhdelle vuodelle. Tässä työssä on suuresti hyötyä ajattelumallista: ”Älä murehdi tulevia, sen aika ei ole vielä.” Vuodet apurahatutkijana myös turruttavat jonkin verran: enää en stressaa tulevasta niin paljon kuin projektin alkupuolella.

Rahoituksen lisäksi toisen asia, joka lisää epävarmuutta tutkijan työssä, on aikataluissa pysyminen. Paras on vaan tottua siihen, että deadlinet paukkuvat, vaikka se ei toivottavaa olekaan. Itselleni melko täsmällisenä henkilönä tämän asian hyväksyminen oli alussa vaikeaa, ja minua ärsytti suuresti, kun asiat siirtyivät ja siirtyivät –ja usein vieläpä minusta riippumattomista syistä.

Aikatauluihin taas kytköksissä ovat julkaisut, jotka myös aiheuttavat epävarmuuden tunnetta. Julkaisuilla mitataan tutkijan arvo, joten olisi suotavaa, että tutkija olisi tehokas ja tuottelias tällä saralla. Julkaisujen määrä myös vaikuttaa apurahapäätöksiin, joten noidankehä on valmis.

Varsinkin biologin työssä epävarmuutta lisää ihanat tutkimuskohteemme: elävät organismit. Varsinkin luonnonkokeita tehtäessä on mahdotonta kontrolloida kaikkia muuttujia. Vaikka kaikki muu menisi nappiin, saattaa geneetikon banaanikärpäspopulaatio kuolla kesken kokeen mystiseen tartuntatautiin, kasviekologin tutkimusmetsä muuttua yllättäen hakkuuaukeaksi tai ahmatutkijan ahmat olla menemättä loukkuun. Sitten vähän aikaa synkistellään, seuraavaksi nauretaan ja sitten mietitään, mitä tehtäis seuraavaksi!

Kevätterveisin,

Anni

Ps: Huolimatta tän blogauksen aiheesta itselläni menee ihan hyvin tällä hetkellä. Rahoitus ei ole vielä loppunut ja aineistot ovat jo ihan hyvällä mallilla :)

Opetäteilyä

2011-05-06T12:20:00.004+03:00

Taas on se aika keväästä, kun opetusvelvollisuus kutsuu. Vedän viime keväältä tuttua labratyötä ”Entsyymireaktioiden kinetiikka”, mutta täysin ongelmitta en ole selvinnyt.

Tarkistin Laitteiston toimivuuden pariinkin kertaan ennen ensimmäistä kurssikertaa ja tilasin uutta entsyymiä jotta reaktio varmasti onnistuu. Kaiken piti olla kunnossa ja tiptop. Sitten tulivat opiskelijat ja alkoivat ohjeideni mukaan töihin.

Työn alkumetreillä sattui pieni vahinko ja arvokkaat elektrodit sisältänyt reraktioastia putosi pöydältä – onneksi vain lavuaariin. Tarkistin elektrodien kunnon silmämääräisesti ja ne näyttivät ehjiltä. Työtä jatkettiin.

Hetken kuluttua elektrodien putoamisesta alkoivat ongelmat. Mittaussofta kaatui. Käynnistin sen uudelleen ja se näytti toimivat, mutta vain tovin. Softa alkoi kaatuilla vähän väliä, eikä lopulta suostunut toimimaan lainkaan.

Minulla eri ole mitään kokemusta siitä, mitä kyseiset softat ovat syöneet ja miten niiden toimivuus tarkistetaan. Siksipä kipaisin hakemaan paikalle kätevämmän työkaverini, joka kävi softan kimppuun. Siksi aikaa lähetin opiskelijat kahville.

Hetken tietokoneen kanssa juteltuaan työkaverini tuli siihen tulokseen, että softa on kunnossa. Ongelma oli hänen mukaansa elektrodien päässä. ”Mahtravaa,” ajattelin, ”elektrodit hajosivat!”

Etsin opiskelijat käsiini. Sovimme, että koska he olivat jo päässeet kokeilemaan työn kaikkia vaiheita käytännössä, ja koska työ on pääasiassa pipetoimista ja odottamista (mitä he jo saivat harjoitella, hehe), heidän ei tarvitse varata uutta labra-aikaa. Lupasin lähettää heille jonkin viimevuotisen datasetin työn viimeisestä osiosta, joka heiltä jäi keräämättä. Sen avulla työselostuksen voi tehdä, vaikka data ei omaa olekaan.

Seuraavana päivänä ryhdyin toden teolla selvittämään elektrodien ongelmaa. Ne eivät onneksi olleet rikki, mutta referenssielektrodi oli niin tukossa, että se piti tyhjentää ja puhdistaa oikein viimeisen päälle hyvin. Sen jälkeen kokeillessani kaikki toimi täydellisesti. Seuraavan työparin kanssa jännitin laitteiston toimimista, mutta onneksi ongelmia ei tullut.

Vielä tänään sulkeudun opiskelijoiden kanssa laboratorioon koko iltapäiväksi, ja sitten on lähiopetus tältä keväältä purkissa. Työselostukset pitää tietenkin vielä tarkistaa, mutta muuten voin rauhassa keskittyä taas omiin tutkimuksiini.

Aurinkoista äitienpäiväviikonloppua kaikille!

Kuulumisia

2011-04-14T08:47:00.003+03:00

Hei!

Käväisin lomalla etelän lämmössä ja nyt on ihan uusi draivi päällä! Sain vihdoin hoidettua loppuun ulosteanalyysirumban, eli nyt on ahman ravinnonkäyttöaineisto kasassa. Vaikeita näytteitä siellä riitti, mutta jotenkin siitä selvittiin. Keräämiäni, analysoituja ulosteita oli loppujen lopuksi 186 kappaletta (osa huuhtoutui kokonaan viemäriin pesuvaiheessa, jolloin niistä ei saanut määritettyä lajia). Yhteensä 12 ulostetta päätyi luokkaan "määrittämätön", kun osassa ulosteista oli esim. pelkästään luumurskaa tai aluskarvoja, joiden perusteella lajia ei saanut määritettyä. Lähetin eilen tiedoston ohjaajalleni, joka aikaisemmin lupasi auttaa aineiston käsittelyssä. Toivottavasti saisimme datasta nopeasti tulokset ulos ja pääsisin kirjoittamaan.

Toinen, keskeneräinen aineistoni ahman ja suden interaktiosta jumittaa jossain Helsingin suunnilla. Olisi mukava saada tätäkin eteenpäin, mutta erinäiset harmilliset takaiskut ovat hidastaneet aineiston valmistumista. Aineisto siis koostuu riistakolmiolaskennoissa havaittujen susien ja ahmojen sijaintitiedoista (paikka, jossa jäljet havaittu). Olimme jo saaneet alustavia tuloksia aineistosta, kun huomasimme, että koordinaatit eivät ole riittävän tarkkoja. Siinä vaiheessa myös huomasimme, että osa RKTL:n mapeista, joista tarkat kartat löytyvät, sijaitsevat Helsingissä, osa Taivalkoskella. Olen itse hakenut Taivalkoskelta puuttuvat tiedot, mutta Helsingin päässä on ollut ongelmaa. Toivottavasti saisin pian sieltäkin puuttuvat tiedot, tai sitten lähden itse hakemaan ne. Hiukan ärsyttäää, kun asiat venyvät ja venyvät tällaisten pikkuasioiden takia.

Lisäksi olen viime aikoina mm. valmistautunut opponoimaan erästä jatko-opiskelijaa ensi viikon tutkimussuunnitelmaseminaarissa. On muuten yllättävän vaikeaa keksiä kritiikkiä -varsinkin silloin, kun tutkimussuunnitelma vaikuttaa oikein hyvältä ja perusteelliselta. Pakko on kuitenkin aina jotain kehitettävää sanoa :)

Sain muutaman ahmahavaintoilmoituksen (tietenkin juuri lomamatkani aikana) Kainuusta, mutta tällä hetkellä hiihtäminen siellä on aika turhaa kelin takia. Kovasti kyllä tekisi jo mieli maastoon metsänhajua hengittämään ja ahmojen tekemisiä tutkimaan. Jospa lumet sulaisivat nopeasti ja saisimme ahman pannoitettua. Eeki, Tahvo ja Seita tarvitsevat jo seuraajan :)

Nauttikaahan kevään etenemisestä!

Anni

Pienimuotoisen kansainvälisen tiedetapahtuman järjestämisestä

2011-04-08T10:37:00.002+03:00

Biocenter-päivästä on nyt kulunut puolitoista viikkoa. Stressi on hellittänyt. Nyt onkin hyvä aika ottaa asia esille ja ruotia vähän tämänvuotista tapahtumaa ja järjestelyjä. Muistin virkistämiseksi, näin ajattelin viime keväänä Biocenter-päivän jälkeen.

Tänä vuonna olin järjestelykomitean puheenjohtaja, koska olin komiteasta ainoa, joka oli mukana myös viime vuonna. Puheenjohtajana kutsuin kokoukset koolle, jaoin puheenvuoroja ja hieman ruoskin ihmisiä hommissaan eteenpäin. Myös varsinainen toimenkuvani komiteassa poikkesi viimevuotisesta. Olin tällä kertaa järjestämässä päivän tieteellistä ohjelmaa yhdessä kahden muun järjestelijän kanssa. Tehtävänä oli siis löytää sopivia puhujia ympäri maailman ja yrittää saada heidät tulemaan Ouluun. Se on helpommin sanottu kuin tehty! Seitsemän puhujaa saadakseni lähetin 19 kutsua. Tämä on kuulemma hyvin normaalia etenkin, jos on liikkeellä myöhään ja jos on järjestämässä pienen skaalan tapahtumaa pienellä paikkakunnalla kaukomaassa, josta puhuja ei tiedä mitään. Puhujat kuitenkin saatiin kasaan, ja varsin monipuolinen ohjelma aiheesta ”Fysikaaliset voimat biologiassa” koottua.

Itse tapahtumapäivänä me ohjelmatiimiläiset toimimme vuorotellen sessioiden puheenjohtajina. Järjestelykomitean päällepäsmärinä sain sen lisäksi lausua päivän avaus- ja loppusanat. Se olikin yllättävän hermostuttavaa! Puhun sujuvasti yleisön edessä omasta tutkimuksestani, mutta kun pitää avata tieteellinen tilaisuus ja esitellä kutsuttuja puhujia, olen ihan kipsissä. En voi sanoa muistavani paljoakaan avauspuheestani! Saamani palautteen mukaan se meni ihan hyvin, mitä nyt hermostus kuului äänessäni. Jospa se siitä, seuraavalla kerralla vastaavassa tilaisuudessa olen jo varmasti rennompi.

Biocenter-päivä ja sitä seuraava illallinen kustannetaan sponsorivaroin. Järjestelykomiteassa oli neljän hengen tiimi sponsorinmetsästäjiä, joiden tehtävä oli ottaa yhteyttä eri bioalan yrityksiin ja pyytää heitä sponsoreiksi. Oulun Biocenter-päivä on perinteisesti sponsoriyrityksille mieluinen tapahtuma halpojen hintojen (esittelypöydistä, mainoksista ohjelmalehdessä yms.), suuren näkyvyyden ja hyvän sijainnin (sponsorinäyttely on lääketieteellisen tiedekunnan päärakennuksen aulassa, josta kulkee läpi paljon muutakin bioalan väkeä kuin Biocenter-päivän luennoille osallistuvaa) sekä hyvin hoidettujen järjestelyjen ansiosta. Nämä kommentit ovat suoraa palautetta sponsorifirmojen edustajilta.

Konferenssi-illallisen onnistumiseksi järjestelykomiteassa oli kolmen hengen illallistiimi, jonka toimenkuvaan kuului kilpailuttaa illallispaikkojen ja ruoan toimittajien tarjouksia sekä etsiä tilaisuuteen sopiva bändi. Juhlapaikaksi valikoitui tällä kertaa virastotalossa sijaitseva lounasravintola Vanilla. Musiikista vastasi Grooveyard Diggers, joka sai vipinää myös erään puhujan kinttuihin.

Biocenter-päivää varten painatetaan tiedotuslehti, Biocenter Day Bulletin, jossa kerrotaan päivän tapahtumasta ja esitellään Biocenterin tutkimusryhmien projekteja miniposterien muodossa. Bulletinia kasaamaan nakitetaan järjestelykomiteasta kaksi ihmistä, joista toisella on päätoimittajan vastuu. Bulletiniin pyydetään tehrvehdykset Biocenterin johtajalta, Biocenterin tohtoriohjelman johtajalta ja koordinaattorilta, sekä järjestelykomitean puheenjohtajalta (*kröhöm*). Lehteen painetaan myös sponsorien mainoksia ja kaikkien sponsoriyritysten nimet ja logot. Lehden kasaaminen on välillä varsin turhauttavaa puuhaa, kuten viime vuoden tekstissäni totesin.

Päivä ja ilta saatiin kunnialla pulkkaan, ja hyvä niin. Mitä tästä kaikesta opin? Tiimityöskentelyä nyt ainakin, ja toivon mukaan jotain tiimin vetämisestä. En aina luota muiden työpanoksiin ja saatan olla sen takia melkoinen jyrä yhteisissä asioissa. Yritin tällä kertaa välttää toimimasta niin, mutta hirmuisen stressin onnistuin itselleni rakentamaan. Sekin selvisi, että ulkomaisia puhujia on mahdollista saada tulemaan tänne periferiaan, vaikka aluksi se hieman epäilytti. Myöskin huomasin osaavani pitää kutsuvieraille seuraa, ja olin iloinen siitä, että minuun suhtauduttiin keskusteluissa kuin nuoreen tutkijaan. Itse en välttämättä osaa rooliani määritellä (olenko maallikko, opiskelija, vai kenties tutkija?) kun puhun vanhempien tieteentekijöiden kanssa.

Biocenterin sivuilla on muutamia kuvia tapahtumasta, kas tässä linkki.

Helpottunein terveisin,

TuTiSe!

2011-04-04T12:08:00.011+03:00

Mulle kävi juuri niin kuin Annille meinasi käydä viime viikolla, eli kiireessä unohin kirjoittaa blogiin! Ja sitten olinkin viikonlopun reissussa. No tässä tulee ny.

Otsikko viittaa ennen vanhaan Tiistaisin pidettävään TutkimussuunnitelmaSeminaariin, joka on nykyisin maanantaisin, ja joka oli minulla tänäaamuna. Puhuin puoli tuntia oman väitöskirjani aiheesta parinkymmenen hengen yleisölle, joka koostui muista jatko-opiskelijoista, ohjaajistani, ja muusta laitoksen henkilökunnasta.

Olen ollut muutaman päivän hyvin innoissani seminaarin pitämisestä. Ja hyvin se menikin. Ensimmäistä kertaa elämässäni minua ei jännittänyt ollenkaan. On mahtavaa huomata kuinka minusta, joka on aina jännittänyt ja luullut ettei missään nimessä pysty puhumaan kenellekään, onkin tullut noin luonteva puhuja. Toisaalta, harjoittelin aika paljon ja luin ihan älyttömästi, joten olisi olllut kumma jos se ei olisi mennyt hyvin. Osasin myös vastata ihan sujuvasti muiden esittämiin kysymyksiin (yleensä jännittävin asia seminaareissa). Hyvä minä.

Tänään käyn läpi tutkimussuunnitelmani myös teidän kanssanne. Suunnitelma on kyllä muuttunut paljon siitä, mistä aiemmin kerroin. Niin siinä monesti käy; suunnitelmat muokkautuvat työtä tehdessä. Sen sijaan että keskittyisin yksilöiden paikkauskollisuuteen, sukulaisuuden vaikutukseen parinvalintaan, sekä sosiaalisen parin ulkopuolisiin pariutumisiin, alankin tutkimaan geneettistä populaatiorakennetta, pienessä/pienenevässä populaatiossa tapahtuvia geneettisiä muutoksia sekä tekijöitä, jotka vaikuttavat populaation elinkykyyn ja sukupuuttoriskiin.

Ensimmäinen juttu (lapinsirrin populaatiorakenne) lähtee aivan näinä viikkoina lehteen arvioitavaksi (eri asia on sitten se kuinka paljon kommentteja ja korjauksehdotuksia sieltä tulee, eli kuinka kauan käsikirjoituksen julkaisuun oikeasti vielä menee aikaa). Mutta lähellä ollaan.

Toinen juttuni, joka koskee myös lapinsirriä, tulee käsittelemään Perämeren pienessä populaatiossa tapahtuneita geneettisiä muutoksia viidentoista vuoden aikana. Tutkimme, kuinka sukusiitoksen määrä on muuttunut (lisääntynyt), ja onko efektiivisessä populaatiokoossa tapahtunut muutoksia (pienenemistä).

Efektiivinen populaatiokoko eli Ne tarkoittaa sellaista ideaalipopulaation kokoa, jolla on samanlaiset geneettiset ominaisuudet kuin tutkittavalla populaatiolla. Se ei siis ole absoluuttinen yksilömäärän mitta, vaan arvio sellaisesta populaatiokoosta, joka tuottaa samanlaisen geneettisen rakenteen kuin tutkittavassa populaatiossa havaitaan. Yleensä Ne on pienempi kuin oikea populaatio, koska kaikki populaation yksilöt eivät osallistu lisääntymiseen - osa on liian nuoria, toiset liian vanhoja, tietyt koiraat voivat olla naaraasta houkuttelevimpia kuin toiset (jolloin ne pääsevät todennäköisemmin lisääntymään)... Moni asia vaikuttaa efektiiviseen populaatiokokoon.

Tiedämme että populaatiokoko, lisääntymismenestys ja aikuisten selviytymistodennäköisyys ovat pienentyneet/huonontuneet Perämeren lapisirripopulaatiossa viime vuosikymmenten aikana, joten oletamme, että pieni populaatiokoko on lisännyt sukusiitoksen (lähisukuisten yksilöiden pariuitumisen) määrää ja johtanut sukusiitosheikkouteen (sukusiitoksen aiheuttamaan kelpoisuuden pienenemiseen) ja vaikuttanut myös efektiiviseen populaatiokokoon negatiivisesti. Tiedämme myös, että Perämeren populaatioon tulee migrantteja eli geenivirtaa (jos muualta tulleet yksilöt pääsevät lisääntymään) Lapin populaatiosta, mutta tällä hetkellä Perämeren populaation aikuiskuolleisuus ja poikastuotto ovat niin alhaisia, ja predaatio niin suurta, että tämänhetkinen geenivirta tulee tuskin pelastamaan populaatiota sukupuutolta.

Kolmannessa työssäni käsittelen etelänsuosirrin, suosirrin eurooppalaisen alalajin, populaatiorakennetta, sukusiitoksen määrää ja migraation suuntaa ja määrää Itämeren koko populaatiossa. Tutkimme populaatiorakennetta yli 20 mikrosatelliittimarkkerin avulla; niiden avulla voidaan arvioida muuntelun määrää niin yksilö- kuin populaatiotasolla. Tulemme saamaan selkeän kuvan geneettisestä populaatiorakenteesta Itämerellä. Oletamme, että näissä pienissä, hajallaan olevissa populaatioissa näkyy selkeitä sukusiitoksen merkkejä.

Neljäs työni käsittelee niin ikään etelänsuosirriä. Teemme Itämeren populaatiolle elinkykyanalyysin (PVA, population viability analysis), jossa ympäristötekijät, pitkäaikainen ekologinen data, migraation määrän arviot ja tieto sukusiitoksesta tuodaan yhteen. Arvioimme populaation "tasoa" nyt ja tulevaisuudessa, ja arvioimme sen sukupuuttoriskiä tietyn ajan kuluessa. Oletamme, että sukusiitos heikentää etelänsuosirrin elinkykyä. Oletamme myös, että vanhempien välisen geneettisen samankaltaisuuden ja lisääntymiseen liittyvien asioiden (pesyekoon, kuoriutumistodennäköisyyden, kuoriutuneiden poikasten kunnon...) välillä on yhteys (mitä samankaltaisempia vanhemmat ovat, sitä pienempiä/huonompia ovat edellämainitut asiat). Kaiken tämä tiedon perusteella pystymme arvioimaan, mitkä populaatiot kaipaavat kipeimmin hoitotoimenpiteitä, jotta populaatio säilyisi elinkykyisenä.

Pienten populaatioiden tutkiminen auttaa päätöksentekijöitä ja muita tutkijoita niin kansallisesti kuin kansainvälisestikin suunnittelemaan toimenpiteitä, jotka pitävät yllä, tai lisäävät, populaatioiden geneettistä monimuotoisuutta. Koska geneettiset asiat vaikuttavat suuresti varsinkin pienten populaatioiden elinkykyyn, ne on tärkeää ottaa huomioon tällaisia suojelutoimenpiteitä suunniteltaessa.

Pysyittekö mukana loppuun asti?

Nelli

En ossaa!

2011-03-24T14:31:00.002+02:00

Hei!

Päätin kirjoittaa jo tänään, koska huomenna on niin paljon tekemistä, että bloggaus saattaisi unohtua kaiken kiireen keskellä.

Viime ajat olen testannut hermojani karvamäärityksien parissa. Olen siis tutkinut keräämistäni ahman ulosteista, mitä ahma on syönyt. Useimmiten lajinmääritys tapahtuu ulosteista löytyvien karvojen avulla, mutta toisinaan esim. luun, kynnen tai hampaankin avulla pääsee oikeille jäljille. Olen tehnyt näitä analyysejä aikaisemminkin, mutta taito tuntuu kasvavan tässä hommassa varsin hitaasti. Kukaan ei käsittääkseni meidän laitoksellamme tee tällä hetkellä ulosteanalyysejä, joten kukaan ei ole pystynyt opettamaan minulle tätä kädestä pitäen. Sen sijaan olen tutustunut alan kirjallisuuteen ja pommittanut eri yliopistojen ihmisiä sähköposteilla. Olenkin saanut monelta hyviä vinkkejä (kiitos niistä, jos joku teistä lukee tätä blogia!) tekniikasta ja siitä, kuinka erottaa vaikeat lajiparit toisistaan karvojen perusteella. Tosin olen myös huomannut, että lähes kaikki ovat kehittäneet "oman määrityskaavansa" ja kolleegoilta saamani neuvot saattavat poiketa aika rajustikin toisistaan. Kuka sitten on oikeassa vai ovatko kaikki?

Mikä tässä sitten on niin vaikeaa? Aloitetaanpa perusteista. Eläinten karvapeite koostuu aluskarvasta (underhair) ja päällyskarvasta (overhair, stiff hair). Aluskarvoissa ei ole havaittu selviä lajienvälisiä eroja, joten määritykset tehdään yleensä päällyskarvasta. Päällyskarvassa on erotettavissa paksumpi (shield) ja ohuempi (shaft) osa, ja yleensä määritys tehdään paksunnuksen kohdalta. Jos tässä tulee ensimmäinen ongelma: läheskään aina karvoista, jotka ovat ahman ulosteeseen päätyneet, ei vaan yksinkertaisesti löydy päällyskarvoja, joista määrityksen voisi tehdä. Parhaiten määritys onnistuu selän ja kylkien karvoista, mutta jos ahma on järsinyt esimerkiksi hirven tai jäniksen jalkaa, ei karvoissa enää välttämättä näekään tunnusomaisia piirteitä.

Joku voisi sanoa, että kyllähän nyt esimerkiksi hirven karvan tunnistaa jo paljaalla silmälläkin. Mutta jos ulosteesta löytyy vaan lyhkäisiä hirven karvoja, saattavat ne muistuttaa ulkonäöltään vaikkapa kesäpukuisen jäniksen karvaa. Siksi mikroskooppia tarvitaan.

Vaikka käytettävissä olisikin päällyskarvoja, ongelmia riittää edelleen. Ensinnäkin, preparaatit eivät aina onnistu. Tässä kyllä voisin itsekin skarpata. Käytän nimittäin ns. kynsilakkamenetelmää preparaattien teossa, kun olisi olemassa vaihtoehtoinenkin menetelmä, ns. asetaattimuovimenetelmä. Kynsilakan edut ovat nopeus ja helppos, kun taas muovisysteemillä tehdessä menee enemmän aikaa ja vaivaa, mutta lopputulos on käsittääkseni yleensä parempi. Suurin osa kolleegoista tuntuu käyttävän kynsilakkamenetelmää, mutta he, ketkä käyttävät asetaattimuovia, kehuvat kyllä kovasti sen paremmuutta.

Toiseksi, ei ole mitenkään helppoa nähdä määritysoppaiden listaamia eroja karvoissa. Erot siis saattavat olla joko medullassa tai karvan pinnan suomukuvioissa. En halua alkaa arvailemaan tai kuvittelemaan mitään, joten arvatenkin työ on hidasta ja tässä vaiheessa on vielä kovasti matskua laatikossa nimeltä "en osaa määrittää, yritä uudelleen jossain vaiheessa". Jänis on ihanan helppo, ja hirvikin silloin, kun ei ole vaaraa muista hirvieläimistä. Linnut menevät yleensä yhteen luokkaan, vaikka toisinaan saan määritettyä kanalinnut lajilleenkin. Mutta kaikki muut tuottavat vaikeuksia.

Tässä siis selitys sille, miksi väikkärini etenee tällä hetkellä etanan vauhtia. Deadlinet paukkuu ja kovaa, mutta ei auta kuin tehdä uudet aikataulut. Ensi viikolla lähden reiluksi viikoksi Arabiemiraatteihin rentoutumaan ja toivon mukaan reissun jälkeen on taas paljon uutta energiaa :)

Anni

Biocenter-päivä tulee taas!

2011-03-18T10:19:00.009+02:00

Käytänkin oman kirjoitusvuoroni häpeämättömästi mainostamiseen. Kirjoittelin tällaisen lehdistötiedotteen tapahtumasta, pitäkääpä silmät auki jos se vaikka tulisi jossain pikkumediassa vastaan. :)

Biocenter-päivä

Biocenter Oulun nuoret väitöskirjatutkijat järjestävät jälleen vuotuisen Biocenter-päivän tiistaina 29.3.2011. Kansainvälisten huippututkijoiden luentoja seuraamaan odotetaan yli 150 tutkijaa Oulun yliopiston luonnontieteellisestä ja lääketieteellisestä tiedekunnasta.

Biocenter-päivän tämänvuotisena teemana ovat fysikaaliset voimat biologiassa. Erilaiset fysikaaliset voimat ja vuorovaikutukset muodostavat pohjan elämälle sen kaikissa ilmenemismuodoissa. Altistuminen tietyille ympäristötekijöiden aiheuttamille fysikaalisille voimille voi myös aiheuttaa ongelmia elävissä soluissa. Kutsupuheiden aiheet käsittelevät fysikaalisia voimia monilta eri kannoilta. Aiheita ovat mm. fysikaalisten vuorovaikutusten mittaaminen, niiden mallintaminen tietokoneita käyttäen, sekä ionisoivasta säteilystä johtuvien DNA-vaurioiden korjaaminen.

Kutsuttuja puhujia saapuu Suomen lisäksi useista Euroopan maista. He ovat alojensa tunnettuja tutkijoita, joiden tuloksia julkaistaan tieteen huippujulkaisuissa. Fysikaalisten vuorovaikutusten tutkimuksesta saadaan arvokasta tietoa, jota voidaan soveltaa mm. lääketieteessä.

Biocenter-päivän tapahtumapaikka on Oulun yliopiston lääketieteellisen tiedekunnan päärakennuksen auditorio 101A. Tilaisuuteen ovat tervetulleita kaikki kiinnostuneet. Biocenter-päivän tarkempi ohjelma on luettavissa täällä.

Nähdään tiedeluentojen merkeissä!

Labroi

2011-03-11T14:35:00.002+02:00

Perjantaita!

Viivästys kestikin sitten kokonaisen viikon, suonette anteeksi sen!

Tällä viikolla päivät ovat menneet hujauksessa (miten ihmeessä nyt on jo perjantai?!!) molekyyliekologian labraharkkoja opettaessa ja omia labroja tehdessä. Opettaminen on ollut kivaa ja helppoa, kun kaiken opetettavan tuntee läpikotaisin ja tietää mistä puhuu. Eilen teimme yhdessä sekvensointi-PCR:n kalapuikoista eristetylle DNA:lle; tarkoituksena on katsoa (kuten viime vuonnakin kyseisellä kurssilla), onko kala sitä mitä paketissa lukee. Alkuviikosta määritimme geneettisesti talitiaisten sukupuolia, ja ensi viikolla monistamme mikrosatelliitteja. Mukavaa. :)

Omat labratyöni keskittyvät tällä hetkellä suosirrin noin 20 mikrosatelliittilokuksen monistamiseen ja näytteiden sukupuolenmäärittämiseen. Lintujen sukupuolenmääritys saattaa olla vaikeaa luonnossa, koska usein höyhenpuvut ovat samannäköiset ja koko ei välttämättä eroa sukupuolten välillä kovin paljoa. Sukupuolet voidaan kuitenkin määrittää geneettisesti; sitä varten on kehitelty alukkeet, jotka monistavat tiettyä lokusta lintujen sukupuolikromosomeissa, jotka on nimetty X:ää ja Y:tä vastaavasti W:ksi ja Z:ksi. Siinä missä esimerkiksi ihmisillä miehillä on yksi Y- ja yksi X-kromosomi ja naisilla kaksi X:ää, linnuilla naarailla on yksi kappale kumpaakin (Z ja W), ja koirailla kaksi Zetaa. Naaraat ovat siis heterogameettisia ja koiraat homogameettisia. DNA-pätkä, jota alukkeet monistavat, on eri mittainen eri sukupuolikromosomeissa. Täten, koska koirailla on kaksi samanlaista kromosomia, niillä monistuu vain yhden mittaista pätkää (sama pätkä kummastakin kromosomista). Naarailla puolestaan monistuu kahta eri mittaista DNA-pätkää (yksi molemmista kromosomista). Tämä voidaan sitten havainnollistaa ajamalla PCR-tuote agaroosigeelillä - naaraiksi voidaan määrittää ne näytteet, joiden kohdalla geelillä näkyy kaksi erillistä rantua, ja koiraiksi ne, joilla rantuja on vain yksi.

Tältä näyttää onnistunut sukupuolenmääritys (naarailla kaksi, koirailla yksi rantu). Valokuvat on otettu valokuvista, eli anteeksi oudot heijastumat...

Edelliset kuvat ovat siis agaroosigeelistä, jossa näytteet ajetaan. Geeli valetaan ajoa varten tietynlaiseen muottiin, ja geeliin lisätään ainetta (yleensä etidiumbromidia), joka sitoutuu DNA:han ja saa sen hohtamaan UV-valossa. Geeliin upotetaan valuvaiheessa "kammat", jotka jättävät geeliin kuopparivin, johon DNA-näytteet sitten pipetoidaan latauspuskurin kanssa (ks. seuraavat kuvat). Geelin läpi laitetaan kulkemaan sähkövirta, ja koska DNA on negatiivisesti varautunutta, näytteet alkavat liikkua kuopistaan ajolaitteen positiivista napaa kohti. Näytteiden kulkunopeus riippuu ensisijaisesti DNA-pätkän pituudesta; lyhyemmät pätkät kulkevat nopeammin ja pidemmät hitaammin. Myös geelin "tiukkuus" vaikuttaa eli mitä jämäkämpi geeli on (mitä enemmän siinä on agaroosia), sitä hitaammin DNA siinä kulkee. Jämäkämpää geeliä käytetään esimerkiksi sukupuolenmäärityksessä, kun halutaan saada erotettua toisistaan naaraiden kaksi erimittaista pätkää. Geelille pipetoidaan näytteiden lisäksi myös tunnettua kokostandardia, johon omien näytteiden kokoa voidaan verrata.

Lähikuva geeliin tulevista kuopista, johon näytteet pipetoidaan.

Kuvassa geeli ajon jälkeen: sinisenä näkyy näytteiden sekaan pipetoitu latauspuskuri.

Ja tässä geeli UV-valossa; punaisena hohtavat DNA-rannut näkyvät hienosti.

Edellisellä geelillä näkyy erimittaisia mikrosatelliittilokuksia. Oikeassa reunassa näkyy kokostandardi, jonka avulla oikeanpuoleiset seitsemän näytettä voidaan määrittää noin 100 emäsparin pituisiksi, ja vasemmalla olevat rannut (näkyvissä kolme ja puoli rantua) noin parisataa emäsparia pidemmiksi. Standardin rantujen koot siis tiedetään; ne ovat alhaalta ylöspäin järjestyksessä 100, 200, 300 ja 400 emäsparia. Tätä suuremmat rannut eivät ole erotettavissa tässä kuvassa toisistaan (jotta ne saisi kunnolla näkyviin ja erkanemaan, pitäisi geeliä ajaa vielä paljon pidemmälle).

Tällaisia juttuja minä siis laboratoriossa puuhastelen, ja tykkään kovasti. Onhan se hienoa kun ihan oikeaa DNA:ta, pienenpientä molekyyliä, voi näin päästä (muutamien välivaiheiden kautta) paljailla silmillä tarkastelemaan!

Tässä vielä kohtalokas näyteputki, nimesin linnun Damieniksi.

Hyvää viikonloppua, me lähdetään Annan kanssa hiihtelemään ja rentoutumaan pariksi päiväksi.

Viivästys

2011-03-05T19:02:00.002+02:00

Nyt on tiedossa pieni viivästys; saatte sitten ensi viikolla lukea viimeaikaisista tekemisistäni, jotka koskevat lähinnä Oulun yliopiston eläinmuseon yläkerran laboratoriota ja siellä tapahtuneita sattumuksia. (Viivästyksen syy tiivistyy kahteen asiaan: Bloggerin toimimattomuuteen perjantai-iltana sekä kameran kotiinunohtamiseen.)

Nähdään ensi viikolla,

Nelli