tag:blogger.com,1999:blog-4759268766510967338.post7870901046136317724..comments2023-07-30T08:40:32.923+03:00Comments on Tieteen Kananpojat: Luonnonsuojelubiologiaa, osa IIAnnahttp://www.blogger.com/profile/03825188184684046605noreply@blogger.comBlogger4125tag:blogger.com,1999:blog-4759268766510967338.post-83523156234835091932015-11-20T16:18:23.030+02:002015-11-20T16:18:23.030+02:00Hei! Kiva että löysit takaisin. :)
Nämä ovat mon...Hei! Kiva että löysit takaisin. :) <br /><br />Nämä ovat monimutkaisia asioita, ja niin moni seikka vaikuttaa populaatioiden geneettiseen koostumukseen. Ei sitä aina itsekään taida muistaa kaikkea mahdollista ottaa huomioon. Mutta kirjoittaminen ja muiden kanssa keskustelu auttaa ymmärtämään.Nellihttps://www.blogger.com/profile/06591061553547036273noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-4759268766510967338.post-54048630113223986882015-11-06T23:58:27.602+02:002015-11-06T23:58:27.602+02:00Hei taas. Pitkä tovi ehti vierähtää ennen kuin taa...Hei taas. Pitkä tovi ehti vierähtää ennen kuin taas löysin takaisin tänne. Nyt kun luin pitkästä aikaa juttusi uudestaan en huomannut siinä mitään epäselvää :). Hyvin kirjoitettu! En todellakaan silloin aiemmintajunnut kunnolla, mitä tässä oikein tarkasteltiin. Kiitoksia näistä selvennyksistä.<br />Tosiaankin aika mielenkiintoisia juttuja tuon geneettisen variaation avulla saadaan selville. Joidenkin adaptiivisella (esim. proteiinia koodaavalla) alueella olevan variaation (alleellin) yleistyminen tai katoaminen kertonee usein lajin sopeutumisesta ellei kyse ole sitten pienen populaation geneettisestä ajautumisesta.Jouninoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-4759268766510967338.post-51672300629017371192015-09-05T01:11:25.446+03:002015-09-05T01:11:25.446+03:00Hei Jouni, ja kiitos kommentistasi! Anteeksi että ...Hei Jouni, ja kiitos kommentistasi! Anteeksi että vastaus on jäänyt.<br /><br />Hain takaa lähinnä sitä, että sekä neutraali että adaptiivinen muuntelu riippuvat molemmat samoista demografisista parametreista, kuten efektiivisestä populaatiokoosta, jolloin niillä saattaa olla jonkinasteinen yhteys.<br /><br />Olet oikeassa siinä, että usein neutraali muuntelu ei korreloi adaptiivisen muuntelun kanssa. On kuitenkin olemassa muutamia tutkimuksia, joissa näin on (siksi lause "ainakin jossain määrin"). <br /><br />Tämmöisiä esimerkkitutkimuksia löysin:<br /><br />Merilä & Crnokrak 2001, Comparison of genetic differentiation at marker loci and quantitative traits. J Evol Biol 14:892-903.<br /><br />Marsden et al. 2012, Spatial and temporal patterns of neutral and adaptive genetic variation in the endangered African wild dog. Mol Ecol 21:1379-1393.<br /><br />Väli et al. 2008, To what extent do microsatellite markers reflect genome-wide diversity in natural populations? Mol Ecol 17:3808–3817.<br /><br />Joissain tapauksissa mikrosatelliittien perusteella havaittu muuntelu on korkeampaa kuin adaptiivisten ominaisuuksien, ja täten niiden perusteella arvoitu heterotsygotian taso voi olla yliarvio "oikeasta" muuntelusta, ja johtaa vaikkapa suojelutoimien aliarviointiin. Monesti tämä voi johtua siitä, että mikrosatelliittilokukset, jotka tutkimuksiin valitaan, ovat erittäin muuntelevia (kukapa haluaisi ottaa tutkimuksiin mukaan lokuksen, jossa on vain pari alleelia?). <br /><br />Katso tämmöinen tutkimus (ja myös yllämainittu Väli et al. 2008):<br /><br />Hartmann et al. 2014, Genetic depletion at adaptive but not neutral loci in an endangeded bird species. Mol Ecol 23:5712-5725.<br /><br />Ei se tosiaan varmasti aina päde, että neutraali muuntelu olisi samalla tasolla kuin adaptiivinen, mutta ainakin joitain esimerkkejä siitäkin on löytynyt.<br /><br />Kuulisin mielelläni lisää aiheesta, jos sinulla on vielä jotain mielen päällä!Nellihttps://www.blogger.com/profile/06591061553547036273noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-4759268766510967338.post-49065130412476143912015-08-31T22:58:40.518+03:002015-08-31T22:58:40.518+03:00Kiitoksia hyvistä blogikirjoituksista. Yksi asia j...Kiitoksia hyvistä blogikirjoituksista. Yksi asia jäi hieman askarruttamaan itseäni. Kirjoitit, että "Neutraalit markkerit saattavat kuitenkin kuvastaa myös adaptiivisia eroja, ainakin jossain määrin". Tästä olisin hieman eri mieltä. Jos neutraalit markkerit sijaitsevat lähellä alueita joihin kohdistuu voimakas valintapaine positiivinen tai negatiivinen, niin silloin ne saattavat kuvastaa adaptiivisia eroja, mutta ei ymmärtääkseni muutoin.<br />Kirjoitit vielä " Jos populaatiot eroavat toisistaan paljon neutraalien DNA-alueiden suhteen, niiden välillä on todennäköisesti vähän geenivirtaa". Tämä pätee kaiketi yhtä lailla niin neutraaleihin kuin valintapaineen alaisiin DNA-alueisiin. Toisaalta pelkkä adaptiivisten alueiden samankaltaisuus ei riitä todisteeksi siitä että populaatioiden välillä on geenivirtaa, jos populaatioiden elinolosuhteet ovat samanlaiset niin kuin kerroit. Tarvitaan siis tietoa neutraalien DNA alueiden eroista, jotta voidaan olla varmoja mahdollisesta geenivirrasta. Näin ymmärsin kirjoituksestasi. Jouninoreply@blogger.com