lauantai 13. maaliskuuta 2010

Hupsista

Eilen oli jotenkin niin kiire ja jännä päivä töissä että unohdin kokonaan kirjoittaa oman blogitekstini! Aamulla sen vielä muistin, mutta sitten se jotenkin unohtui. Anteeksi siis kaikille, jotka eilen jo kävivät ihmettelemässä missä teksti viipyy.

Kuten jo mainitsin, eilen oli siis melko jännä päivä. Tai oikeastaan melkein koko viime viikko on ollut jännää ja mukavaa, sillä olen päässyt ensimmäisenä ihmisenä maailmassa tarkastelemaan lapinsirrin sytokromioksidaasi 1- (CO1-) geenin sekvenssiä. CO1 on niin sanottu viivakoodigeeni (englanniksi bar coding gene), ja sen avulla voidaan erottaa lajit toisistaan tietääkseni poikkeuksetta. Geeni on siis tarpeeksi konservatiivinen pitämään saman lajin yksilöt yhdessä, mutta erottamaan jopa hyvin lähisukuisetkin lajit toisistaan. CO1 on mitokondriaalinen geeni, ja koodaa soluhengitykseen liittyvää proteiinia.

Alkuviikosta sekvenssit olivat siis valmiit, ja pääsin katselemaan niitä sekvenssinkäsittelyohjelman avulla. Työläin vaihe on sekvenssien linjaaminen, jossa jokainen sekvenssi pitää käydä yksitellen läpi epäselvien emästen korjaamiseksi. Lopulta kaikista näytteistä on kasassa suunnilleen samanmittainen pätkä DNA:ta (tässä tapauksessa reilut 800 emästä), joilla voidaan sitten tehdä kaikenlaisia geneettisiä analyysejä. Muutama päivä on mennyt alkuiltaan asti tietokoneella istuessa ja linjatessa. Meinaavat niskat olla vähän jumissa.

CO1:n avulla on tarkoitus sijoittaa lapinsirri Calidris-suvun fylogenia- eli sukupuuhun, mitä ei siis kukaan ole aiemmin tehnyt. CO1 on sekvensoitu suurelta osalta kyseisen suvun kahlaajista, mutta muutama laji puuttuu vielä; muun muassa pikkusirri, joka on lapinsirrin kaltainen pieni sirri. Pikkusirrin DNA:takin olisi tarkoitus saada lähitulevaisuudessa, jolloin päästään näkemään miten pikkusirri sijoittuu sukupuuhun, ja kuinka läheistä sukua se onkaan lapinsirrille.

Muutakin jännää selviää sekvensoinnin kautta. Olin labra-avustajana molekyyliekologian kurssilla, ja sekvensoimme eri pakastekalojen DNA:ta selvittääksemme ovatko ne oikeasti sitä, mitä pakkauksessa lukee, vai jotain muuta. Kaikki olivat kyllä oikeaa lajia, mutta kaksi lajeista olivat uhanalaisia tai vaarantuneita. Tästä seuraa nyt pieni moraalinen neuvo, halusittepa sitä tai ette: älkää syökö muuta kuin itse onkimaanne kalaa...

Saapa nähdä jaksanko odottaa maanantaihin vai eksynkö huomenna yliopistolle tietokoneen ääreen jumiuttamaan niskaani lisää. Mieli ainakin tekisi. :)

Nelli

EDIT (Ma 15.3.) Eksyin tänään geenipankkiin (josta siis löytyvät kaikki tähän mennessä sekvensoidut eliöt), ja kas, siellä oli CO1-sekvenssit sekä lapin- että pikkusirristä ynnä muutamasta muusta "puuttuvasta" sirristä (Kerr ym. 2009: Filling the gap - CO1 barcode resolution in eastern Palearctic birds). Ja juuri kun sain sekvensoitua itsekin tuon alueen! Noh, ei se mitään, tällaista tämä tutkimus on, joku muu todennäköisesti tekee juuri samaa kuin mitä itse. Aion minä silti tehdä sirriläisten sukupuun jossa on lapin- ja pikkusirri mukana. Ellei joku muu ehdi ensin.


2 kommenttia:

  1. Näitä takaiskujahan tulee. Ei sitä joka päivä ehdi tarkistamaan, onko joku jo edellisen vilkaisun jälkeen tutkinut samaa juttua.

    Mutta on se vaan mahtava tunne kun edes kuvittelee tekevänsä ja näkevänsä jotain ensimmäisenä maailmassa (nimimerkki Mikroskoopilla Tihrustanut)! :)

    VastaaPoista
  2. Olihan se hienoa nähdä sekvenssiä mitä ei (silloisen tietoni mukaan) kukaan ollut koskaan nähnyt! :) Ja oon mää aika innoissaan vieläki, sekvenssit on ihania.

    VastaaPoista